АвторТема: Параметр Rho (Ро) в Мурке  (Прочитано 6874 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Параметр Rho (Ро) в Мурке
« : 11 Октябрь 2012, 21:11:21 »
Хотел бы обобщить мнения насчет параметра Rho в Мурке.
Если я правильно понимаю - это количество лет в течении которых на панели (в стандартном случае из 67 маркеров) выскакиевает одна мутация.
Уважаемый Valery считает что это 170/175. В среднем для всех гаплогрупп.
Уважаемый Маугли - ~124 (по гаплогруппе N).
Так как меня в прикладном плане больше всего интересует моя гаплогруппа Q вопрос - кто об этом что думает и какую Ро наиболее правильно применять для Q и R (если постулировать, что для всех нисходящих от P гаплогрупп mutation rate и соответственно Rho будут близкими).
Почему я формулирую вопрос именно о значении Rho? Мурка позволяет снять достаточно запутанный спор о числе лет на одно поколение, так как вместо двух спорных параметов оперирует одним:)
А именно Rho=number years for one generation / (mutation rate x number of markers on panel)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #1 : 11 Октябрь 2012, 21:59:41 »
В своих расчётах я использую плавающее значение Rho.
Есть три княжеские династии N1c1-L550 (Рюриковичи, Гедиминовичи и Гедройцы). Вот от их среднего возраста я в расчётах и исхожу.
К этой средневзвешенной дате я и привожу Rho для последующих построений.

Замечу, что при построении дерева без учёта снипов и с учётом их значение Rho отличается, но не пропорционально количеству включённых в построение снипов. Отнюдь нет..

Но, таки, у N1 есть своя специфика - у нас много делеций, поэтому число, указанное Вами, считаю приемлемым для N1, но слишком маленьким для остальных гаплогрупп.

Я уже пару лет твержу о необходимости произвести калибровку по знаменитым династиям R1a1 (а таких есть у нас), но, пока, желающих сделать эту работу нет.

Относительно гаплогруппы Q, я думаю,  число должно быть близким к данным по R1a1, но в гаплогруппе Q присутствует у части гаплотипов одно делеция, то есть, число должно быть, заведомо, меньше, чем для R1a1, но намного выше, чем для N1.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #2 : 11 Октябрь 2012, 22:06:08 »
Для R1 какого-то общепризнанного Rho нет? Да и что считать средним? Если брать Q1b, то у нас одна делеция в DYS425. Кроме того я использую снипы с весами 1000 и 67 маркеров со стандартными весами Вертнера.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #3 : 11 Октябрь 2012, 22:37:11 »
Для R1 какого-то общепризнанного Rho нет? Да и что считать средним? Если брать Q1b, то у нас одна делеция в DYS425.
Общепринятый Rho для R1 - это продукт последних двух лет работы (после того, как уважаемый Nimissin, разработавший саму методику,  отошёл от совместных с ними исследований) хорошо оплачиваемых нехорошими людьми Клёсовым и Рожанским (надеюсь, в том, что такую лажу о скоростях кто-то может выблевать нахаляву, никто не поверит).
Надо провести работу нам самим. Этим данным я, безусловно, поверю.
Кроме того я использую снипы с весами 1000 и 67 маркеров со стандартными весами Вертнера.
"Стандартные весами Вертнера" из его статьи в Вестнике Клёсова - это мой идеал.
Я ими пользуюсь всегда.

Нельзя строить деревья, не пользуясь весами. Это признак лени.
Всегда используйте какие-нибудь веса, и всегда ссылайтесь на источник, откуда Вы их взяли.
Тогда за полученное дерево будете отвечать лично Вы, а не "великий-дух-сталина-какой-то"

Для остальных маркеров (68-111) я использую своё изобретение, толком не апробированное.
Если понадобится, то формулу сразу дам.
« Последнее редактирование: 11 Октябрь 2012, 22:44:37 от mouglley »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #4 : 12 Октябрь 2012, 14:45:19 »
Я уже пару лет твержу о необходимости произвести калибровку по знаменитым династиям R1a1 (а таких есть у нас), но, пока, желающих сделать эту работу нет.
Относительно гаплогруппы Q, я думаю,  число должно быть близким к данным по R1a1, но в гаплогруппе Q присутствует у части гаплотипов одно делеция, то есть, число должно быть, заведомо, меньше, чем для R1a1, но намного выше, чем для N1.
Да, по R1a1 для МВП было в планах, но сейчас, в связи с переходом на другую работу, времени и сил ни на что уже не остаётся. Полагаю, что уважаемый Шад сам мог бы откалибровать Q - генеалогии есть.
Что до калибровки N1, несмотря на её многолетнюю апробацию уважаемым mouglley, нельзя считать её сколько нибудь официальной, за отсутствием публикации на данную тему, хотя бы краткого сообщения в том же RJGG. Сослаться можно лишь на высказывания на форуме, что в серьёзных кругах не принято. А вот в альтернативных сообществах публикации на тему калибровки не устают появляться и без каких-либо возражений (в печати) со стороны оппонентов.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #5 : 14 Октябрь 2012, 22:16:43 »
Попробую. Есть даже подходящий случай. Сейчас уточняю данные.

У меня вопрос по Ерлану. Хочу по Вашим 67 маркерам откалибровать параметр Ро (число лет за которые возникает одна мутация на панели из n маркеров).
Если между вами 5 поколений, то при среднем числе лет на поколение, равном 30, получается 1 мутация за 150 лет. Можно ли по шежире уточнить сколько точно лет у Вас до общего предка?

Число лет на поколение буду брать 30 (если не будет более точных генеалогических данных).
Возник другой вопрос - что принимать за число лет? Период времени от даты рождения ВБОП до даты рождения двух потомков? Взять среднее арифметическое между двумя датами рождения потомков? 

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #6 : 14 Октябрь 2012, 22:53:14 »
Ещё одна семья для калибровки: швейцарцы Shockey. Один из которых, кстати, на расстоянии 40 на 111 маркерах от Аскара.

Цитировать
120859        8 generations  (6 generations to common with 119556 and 5 to common with 179058)

Получается, что на 6 поколениях - 1 мутация, равно как и на 5. Причем на одном и том же маркере. Возможно (хотя по контектсту) до конца не ясно, что 119556 и 179058 это отец и сын.

Цитировать
Их общий предок родился в Kirchheimbolanden, Pfalz, Bayern, Germany в 1720. Его отец жил в  Sankt Stephan, Upper Simmental, Bern, Switzerland. Все участники проекта являются его потомками, даже тот кто носит фамилию Jäggi (так произноситься Shockey на одном из швейцарских диалектов).
До него 8 поколений, но предковый гаплотип, к сожалению, не известен.

6 поколений - это уже 180. Напомню, что я брал в крайнем расчете для гаплогруппы Q - 170.

UPD:
Цитировать
151567        6 generations  (4 generations to common with 184450)

4 поколения - 4 мутации. А это уже полностью меняет картину.

Цитировать
163316        8 generations  (7 generations to common with 124773)

7 поколений - 1 мутация! А как учесть обратные мутации? Кто установит сколько их было??

Цитировать
184450        8 generations  (6 generations to common with 151567)

6 поколений - 4 мутации!!!
« Последнее редактирование: 14 Октябрь 2012, 23:14:01 от Шад »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #7 : 14 Октябрь 2012, 23:05:37 »
Одна ветвь  - не статистика, а начало её освоения.
Рюриковичей, Гедиминовичей и Гедройцев, к примеру, уже десятка два для трёх родов. На подходе род Карцовых N1c1 с не менее старой родословной.
Но - лиха беда начало.
Очень надеюсь на продолжение калибровки скоростей мутаций для гаплогруппы Q!
И желаю успеха.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #8 : 14 Октябрь 2012, 23:07:08 »
Одна ветвь  - не статистика, а начало её освоения.
Рюриковичей, Гедиминовичей и Гедройцев, к примеру, уже десятка два для трёх родов. На подходе род Карцовых N1c1 с не менее старой родословной.
Но - лиха беда начало.
Очень надеюсь на продолжение калибровки скоростей мутаций для гаплогруппы Q!

Я понимаю, что не статистика. Но разброс данных как-то напрягает.
Я не очень врубаюсь в вопрос учета обратных мутаций в данном случае.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #9 : 14 Октябрь 2012, 23:36:03 »
А обратные мутации очень хорошо употребляются при стаствтических работах.
Занимают они свою, определённую в работах Адамова долю и ни на что не влияют (ибо они - уже доля в процессе, то есть замедление мутаций).

По хорошему, ежели без филогении, то вполне адекватно использовать коэффициенты обратных мутаций из статьи Адамова.
Я их использую, а также делаю поправку на этот коэффициент, в соответствии со статьёй,  для возраста общего предка Рюриковичей ли, Гедиминовичей ли, Гедройцев ли.

Эти даты с поправкой и есть точка калибровки.
От неё и нужно плясать, оценивая все остальные даты дерева.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #10 : 15 Октябрь 2012, 16:03:12 »
А обратные мутации очень хорошо употребляются при стаствтических работах.
Занимают они свою, определённую в работах Адамова долю и ни на что не влияют (ибо они - уже доля в процессе, то есть замедление мутаций).

По хорошему, ежели без филогении, то вполне адекватно использовать коэффициенты обратных мутаций из статьи Адамова.
Я их использую, а также делаю поправку на этот коэффициент, в соответствии со статьёй,  для возраста общего предка Рюриковичей ли, Гедиминовичей ли, Гедройцев ли.

Эти даты с поправкой и есть точка калибровки.
От неё и нужно плясать, оценивая все остальные даты дерева.

Уважаемый Маугли! Помню, что Вы не любитель публиковать результаты своих исследований. Может в соответствующих разделах форума про гаплогруппу N есть что-то, что позволит реконструировать ход Вашей мысли относительно калибровки данных по фактическим генеалогиям. Если на форуме что-то есть на этот счет, пожалуйста, подскажите ссылки на соответствующие темы.
Иначе слишком много вопросов. Начиная с того, какое количество пар родственников будет считаться статистически значимым, и заканчивая такими нюансами как расчет обратных мутаций.
В свое время Фаррух сделал огромный вклад в популяризацию Мурки описав эзотерический процесс составления дерева на языке простой инструкции. В данном случае это нереально, но хотелось бы понять хотя бы базовые постулаты процесса калибровки и их применение на примере.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #11 : 15 Октябрь 2012, 17:18:09 »
Я рассчитываю не по парам, а предоставляю Мурке нарисовать дерево с возрастами. Расчёт, к примеру, ведём со скоростью мутаций 0,0216.
Наиболее удалённая от нас тоска пересечения (узел) людей с более-менее известной родословной и есть найденный возраст.
Теперь сравниваем его с временем жизни общего предка (по генеалогии).
Получаем, к примеру, в Мурке возраст 1500 лет
А по генеалогии должно быть 1200 лет.
Следовательно, при следующем построении дерева закладываем скорость мутаций: 0,0216*1500/1200 = 0,027.
Мурка не умеет учитывать скорость возвратных мутаций, но, по мере наращивания массива гаплотипов, получаемые в Мурке возраста будут стремиться к возрастам, рассчитываемых с возвратными мутациями, так как по самому алгоритмы, Мурка вводит в расчёты сами возвратные мутации, если они необходимы.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #12 : 15 Октябрь 2012, 17:28:52 »
Я рассчитываю не по парам, а предоставляю Мурке нарисовать дерево с возрастами. Расчёт, к примеру, ведём со скоростью мутаций 0,0216.
Наиболее удалённая от нас тоска пересечения (узел) людей с более-менее известной родословной и есть найденный возраст.
Теперь сравниваем его с временем жизни общего предка (по генеалогии).
Получаем, к примеру, в Мурке возраст 1500 лет
А по генеалогии должно быть 1200 лет.
Следовательно, при следующем построении дерева закладываем скорость мутаций: 0,0216*1500/1200 = 0,027.
Мурка не умеет учитывать скорость возвратных мутаций, но, по мере наращивания массива гаплотипов, получаемые в Мурке возраста будут стремиться к возрастам, рассчитываемых с возвратными мутациями, так как по самому алгоритмы, Мурка вводит в расчёты сами возвратные мутации, если они необходимы.

То есть все регулируем через mutation rate?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #13 : 15 Октябрь 2012, 19:03:51 »
Совершенно верно.
Подбираем такую скорость, чтобы была, ну, более менее удовлетворительной для возрастов всех династий, по которым идёт расчёт.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5536
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3011/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Параметр Rho (Ро) в Мурке
« Ответ #14 : 15 Октябрь 2012, 19:14:25 »
Нельзя строить деревья, не пользуясь весами. Это признак лени.
Ви таки считаете что я ленив? ;)
Цитировать
Я рассчитываю не по парам, а предоставляю Мурке нарисовать дерево с возрастами. Расчёт, к примеру, ведём со скоростью мутаций 0,0216.
Наиболее удалённая от нас тоска пересечения (узел) людей с более-менее известной родословной и есть найденный возраст.
Теперь сравниваем его с временем жизни общего предка (по генеалогии).
Получаем, к примеру, в Мурке возраст 1500 лет
А по генеалогии должно быть 1200 лет.
Следовательно, при следующем построении дерева закладываем скорость мутаций: 0,0216*1500/1200 = 0,027.
Мурка не умеет учитывать скорость возвратных мутаций, но, по мере наращивания массива гаплотипов, получаемые в Мурке возраста будут стремиться к возрастам, рассчитываемых с возвратными мутациями, так как по самому алгоритмы, Мурка вводит в расчёты сами возвратные мутации, если они необходимы.
Золотые слова. Все сказанное, в полной мере, относится и к TNT.
Для R1a применяю Rho, расчитанное Оводом, равное 149.25. Если и буду пересчитывать, то в сторону увеличения.
До новой калибровки никак не дойдут руки.
TNT, как и Мурка, учитывает обратные мутации, поэтому, как правильно сказал Mouglley:
Цитировать
по мере наращивания массива гаплотипов, получаемые в Мурке возраста будут стремиться к возрастам, рассчитываемых с возвратными мутациями

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100