АвторТема: L1280  (Прочитано 80055 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #450 : 21 Август 2023, 09:49:48 »
В ancient matches от ФТДНА появился первый в истории aDNA L1280, заявлен как человек, живший в эпоху Пястов (Средневековая Польша, Ленгов,). Из работы 2023 года по геномам Польши.

Он L1280>FGC11283, результат очень предсказуемый для тех мест :)




Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #451 : 03 Февраль 2024, 16:28:10 »
Всем привет!

Хотелось бы узнать о возможности добавления на древо YFull некоторых образцов L1280 и

PCA0302 и PCA0167,  заявлены как: https://www.yfull.com/tree/R-YP1448/
PCA0233 - в FTDNA заявлен просто как L1280 (скорее всего, учитывая географию, оттуда же).

Насколько понимаю - из этой работы: https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-03013-9

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #452 : 06 Февраль 2024, 17:43:24 »
Продублирую сюда ответ ув. Semargl по поводу этих сэмплов:

Глянул PCA0302 - размер 115.3 MB, что очень и очень мало для размещения на дереве. Там будет прочитано несколько снипов там и сям, но полной картины не будет. Это как взять документ, где текст исчез на 95% и делать какие-то смелые выводы. :(
PCA0167 - 823.5 MB что уже лучше, но мало.
PCA0233 - этот 2.4 GB - уже можно попробовать добавить, а дальше смотреть по качеству, так как может быть деградация ДНК и даже при неплохом размере, снипов может быть прочитано очень мало. Сравнивая с документами - книга, залитая чернилами)

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #453 : 19 Февраль 2024, 19:41:41 »

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9656
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2962/-10
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: L1280
« Ответ #454 : 19 Февраль 2024, 23:01:25 »

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #455 : 14 Март 2024, 19:20:37 »
Интересно: в L1280 появился новый сэмпл (который не связан ни с одним из известных даунстримов) - YF127657, владелица пишет, что предки - эрзя из Башкирии. Там же - француз и некогда был болгарин с Небулы:



Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #456 : 27 Март 2024, 10:46:11 »
Сэмпл PCA233, который FTDNA  заявили как L1280 (в ancient connections) оказался женщиной))
 ::)
Комментарий ув. Semargl:
ну скажем так, я не смог при всем желании определить ему гаплогруппу, не говоря про субклад. И вообще похож на женский образец. А что, FTDNA его повестила на Y дерево?)))

похоже авторы статьи что-то намутили с бамом. попробую пересобрать его сам, из фастку

ну теперь мне стало интересно, из какого пальза фтдна высосали ему субклад

в баме мито просто нет, а в статье указан субклад)

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: L1280
« Ответ #457 : 27 Март 2024, 11:09:39 »
ну скажем так, я не смог при всем желании определить ему гаплогруппу, не говоря про субклад. И вообще похож на женский образец. А что, FTDNA его повестила на Y дерево?)))

похоже авторы статьи что-то намутили с бамом. попробую пересобрать его сам, из фастку

ну теперь мне стало интересно, из какого пальза фтдна высосали ему субклад

Ну по самой статье так:
A1b:Z11900:6788449:T->C; BT:M9117:14839376:T->C; CT:CTS9555:18961511:G->C; R1a1a1b1a2b3a3a1a:L1280:18405605:A->G;

Я так понимаю, это значит, что они как-то обнаружили, или "обнаружили" три снипа самых верхних уровней, и L1280, на основании чего вывод и сделали. Версия, что промежуточные снипы просто не указали, не катит, поскольку рядом в таблице есть образцы с гораздо более длинными списками )) "Пол по антропологии" стоит прочерк.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 6043
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4281/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: L1280
« Ответ #458 : 27 Март 2024, 14:31:11 »
Ну по самой статье так:
A1b:Z11900:6788449:T->C; BT:M9117:14839376:T->C; CT:CTS9555:18961511:G->C; R1a1a1b1a2b3a3a1a:L1280:18405605:A->G;

Я так понимаю, это значит, что они как-то обнаружили, или "обнаружили" три снипа самых верхних уровней, и L1280, на основании чего вывод и сделали. Версия, что промежуточные снипы просто не указали, не катит, поскольку рядом в таблице есть образцы с гораздо более длинными списками )) "Пол по антропологии" стоит прочерк.
Меня больше интересовало каким образом в FTDNA нарисовали ему гаплогруппу R-L1280.
Грешил на кривой BAM от авторов статьи, там реально нет мито. Как кстати не покрыт и снип L1280. Подумал что FTDNA собрали свой BAM файл из FASTQ. Потратил несколько часов на эксперименты, пересобрал BAM из исходников разными способами. Но результат примерно одинаков: в R1a всего 4 несвязанных положительных SNP с глубиной прочтения в 1 рид. L1280 среди них нет. Выходит что в FTDNA другие исходники или не тот семпл или они не проверяли его, а разместили на дереве по данным авторов статьи)))

Кстати, мито получилось достать после сборки из исходников.
Я думаю что это женский образец.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #459 : 27 Март 2024, 14:32:44 »
Ндээ, тяжёлый случай

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: L1280
« Ответ #460 : 27 Март 2024, 14:39:10 »
Меня больше интересовало каким образом в FTDNA нарисовали ему гаплогруппу R-L1280.
Выходит что в FTDNA другие исходники или не тот семпл или они не проверяли его, а разместили на дереве по данным авторов статьи)))
Тоже такая мысль возникла, да ))

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 6043
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4281/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: L1280
« Ответ #461 : 27 Март 2024, 15:11:42 »
Аналогично для PCA0302 покрытие не позволяет со 100% уверенностью утверждать что он R1a.
С PCA0167 уже лучше. Он точно R-FGC19283 и возможно R-YP1448 или R-BY133561.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #462 : 25 Май 2024, 22:04:15 »
Пример тестирования представителей одного рода (с общим предком, родившимся в 1700 г. - Криштоф Курята, Гродно).

TMRCA всех образцов - 400 лет

https://www.yfull.com/tree/R-FTA14813/

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9656
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2962/-10
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: L1280
« Ответ #463 : 25 Май 2024, 23:06:28 »
Пример тестирования представителей одного рода (с общим предком, родившимся в 1700 г. - Криштоф Курята, Гродно).

TMRCA всех образцов - 400 лет

https://www.yfull.com/tree/R-FTA14813/
Есть подозрение, что если бы он загрузил ВАМ и выровнял их по T2T, удалось бы разбить и этот терминальный уровень.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6521
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1837/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belarussian borderline cluster (minor line of Krivichi/Radimichi?)
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A, RU-UA-IRL (Celts/proto-Celts with Balto-Slavic drift(?))
Re: L1280
« Ответ #464 : 25 Май 2024, 23:43:28 »
Кстати, а есть ли смысл, например, мне апгрейдить до Т2Т, изменится ли что-либо, скажем, для линии: https://www.yfull.com/tree/R-Y220521/

Может, при удачном раскладе выудят один новый снип?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.