АвторТема: L618*  (Прочитано 20629 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #30 : 31 Июль 2012, 14:56:13 »
Пока ещё нет единого мнения по скоростям мутаций, поэтому сами методы в процессе становления
Нет, конечно, это тоже интересно, но гораздо интереснее как развивался сам метод, как стали использовать SNP и STR маркеры, какие возникали при этом проблемы. Почему были выбраны вполне определенные локусы.  Там же есть участки подверженные рекомбинации. Почему здесь используется не один метод, а по существу два (мутации SNP и STR).
Когда знаешь историю становления метода, то лучше понимаешь его особенности.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 17207
  • Страна: az
  • Рейтинг +5971/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: L618*
« Ответ #31 : 31 Июль 2012, 15:36:05 »

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6778
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: L618*
« Ответ #32 : 31 Июль 2012, 16:04:26 »
Скорость накопления мутаций в Y хромосоме в сотни раз выше чем в митохондриях. В этом и весь ответ, что параллель не совсем удачная.
Причем здесь это?
Сайкс утверждает, что для того чтобы этот инструмент можно было использовать для целей генетической генеалогии, а вернее все же генетической антропологии (поскольку для генеалогии характерное время 35 лет, т.н. генеалогический счет,а антропология имеет дело с десятками тысяч лет), мутации в исследуемой части хромосомы должны быть редки.
Вы просто неправильно понимаете фразу "в сотни раз выше". Да в Y-хромосоме SNP мутации происходят в сотни раз чаще, но это не значит что они происходят очень часто. Они происходят редко и для генеалогических целей идеально подходят - т.е. примерно по 1-2 мутации в каждом поколении, но чтобы найти все эти мутации надо делать полный сиквенс Y-хромосомы, что в данный момент веьсма затратно и не применяется в массовом порядке. В WTY секвенируют примерно 0.8% - т.е. естественно не у всех удается найти даже ветвеобразующие снипы.
А мутации в митохондриях происходят настолько редко, что даже для генеалогических целей полные сиквенсы подходят с трудом, но идеальны для применения в этнопопуляционных и прочих популяционных моделях.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #33 : 03 Август 2012, 15:55:26 »
The Journey of Man: A Genetic Odyssey
Спасибо, брат.Прочитал. К сожалению, там откравается только первые 28 страниц, да и то с пропусками. Заканчивается как раз, когда п\автор переходит к исследованим ДНК. :(
Но удивило другое. Там есть поиск по книге, и когда вводишь STR или SNP, прявляется надпись в книге не найдено.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #34 : 03 Август 2012, 17:37:29 »
Скорость накопления мутаций в Y хромосоме в сотни раз выше чем в митохондриях. В этом и весь ответ, что параллель не совсем удачная.
Причем здесь это?
Сайкс утверждает, что для того чтобы этот инструмент можно было использовать для целей генетической генеалогии, а вернее все же генетической антропологии (поскольку для генеалогии характерное время 35 лет, т.н. генеалогический счет,а антропология имеет дело с десятками тысяч лет), мутации в исследуемой части хромосомы должны быть редки.
Вы просто неправильно понимаете фразу "в сотни раз выше". Да в Y-хромосоме SNP мутации происходят в сотни раз чаще, но это не значит что они происходят очень часто. Они происходят редко и для генеалогических целей идеально подходят - т.е. примерно по 1-2 мутации в каждом поколении, но чтобы найти все эти мутации надо делать полный сиквенс Y-хромосомы, что в данный момент веьсма затратно и не применяется в массовом порядке. В WTY секвенируют примерно 0.8% - т.е. естественно не у всех удается найти даже ветвеобразующие снипы.
А мутации в митохондриях происходят настолько редко, что даже для генеалогических целей полные сиквенсы подходят с трудом, но идеальны для применения в этнопопуляционных и прочих популяционных моделях.
Ну так тогда мы полностью совпадаем :). Я и утверждал, что используемые для гено - антропологических иследований мутации SNP должны происходить достаточно редко. Почему, это другой вопрос. Хотя это достаточно очевидно. Митохондриальная ДНК содержит около 16000 оснований, 23 парные хромосомы в ядре содержат около 3000000000 оснований. Поэтому естественно, что в них мутации встречаются гораздо чаще. Любая хромосома содержит более миллиона оснований, поэтому чтобы частота мутаций была сравнима с частотой митохондриальной ДНК, исследуемый участок должен быть небольшим.
Поэтому, если мы говорим о филогенетическом древе Y хромосомы, то это древо построеннное для определенного исторически выбранного участка этой хромосомы. Если взять другой участок, то получится другое древо на других снипах, однако скорей всего оно должно быть подобно ныне существующему. Однако скорей всего выбор исследуемого участка был не случаен, так как он должен лежать на неработающем участке хромосомы (для митохондриальнлй ДНК это HVR1 и  HVR2), где возможно накопление мутаций. Для работающего участка мутации ведут часто к отклонениям в развитии организма и элиминируются, благодаря тому что вызывают нежизнеспрсобность потомства.
В любом случае,  уважаемый Farroukh, конечно прав, что члены субклада L618* не являются предками людей из субклада V13+. ;D
Это такие же современные люди, имеющие столько же поколений от общего предка, сколько и представители V13+.
Просто он пытался сказать это тем, что они, наверное, относятся к еще неоткрытым субкладам нисходящим от L618. Сейчас от него известен только один субклад V13+ (за то какой обширный) ;D
Я же возражал, что возможно в рамках существующего филогенетического древа они просто не имеют нисходящих мутаций по отношению к L618. Из за малочисленности L618* и расбросанности их гаплотипов, такое вполне возможно, согласно той же бритве Окаямы. Наиболее вероятное объяснение, как известно самое простое. :) Что вовсе не говорит, что они не имели каких то других SNP мутаций.

 

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #35 : 04 Август 2012, 12:20:20 »
[
Цитировать
Конечно хорошо бы всех L618* прогнать через программу WTY, что окончательно прояснило бы этот вопрос, но это, как я понимаю,  сделать очень непросто.
Это просто дорого. Но это разом бы пролило свет.
Сейчас появилась информация о новом генографическом проекте Спенсера Велса Geno 2.0.
"Geno 2.0 will run a comprehensive analysis to identify more than 3,000 genetic markers on your mitochondrial DNA, which is passed down each generation from mother to child, to reveal your direct maternal deep ancestry. In the case of men, we will also examine more than 10,000 markers on the Y chromosome, which is passed down from father to son, to reveal your direct paternal deep ancestry. In addition, for all participants, we will analyze a collection of more than 130,000 other markers from across your entire genome to reveal the regional affiliations of your ancestry, offering insights into your ancestors who are not on a direct maternal or paternal line for both males and females."
Поскольку там секвенсируется 10000 снипов на Y хромосоме, а цена теста 199.95$, то на форуме FTDNA предположили, что он может быть дешевой альтернативой WTY ( 750$). ;D
Вернее он находится между Deep Clade и WTY, все же WTY дает в среднем 180 Кб.
К сожалению, непонятна цена доставки. России как всегда нет (совсем не уважают) :(, а в страны EU 20$.
« Последнее редактирование: 04 Август 2012, 12:51:48 от wbull »

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #36 : 05 Август 2012, 12:48:21 »
Цитировать
Поэтому, если мы говорим о филогенетическом древе Y хромосомы, то это древо построеннное для определенного исторически выбранного участка этой хромосомы. Если взять другой участок, то получится другое древо на других снипах, однако скорей всего оно должно быть подобно ныне существующему.
И это уже случилось. Если существующее дерево прстроено на 862 снипах, то сейчас есть сообщение о его расширении до более 6000 снипов. http://forum.molgen.org/index.php/topic,4536.0.html
« Последнее редактирование: 05 Август 2012, 14:26:18 от wbull »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 17207
  • Страна: az
  • Рейтинг +5971/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: L618*
« Ответ #37 : 06 Август 2012, 14:29:16 »
Ну вот, теперь всё стало ясным!

L618* - это такие же потомки от L618, как и V13. Просто не факт, что все они относятся к одному субкладу (за исключением семьи Паулсенов - они носители, разумееется, одного субклада, причём вплоть до частных).

Есть много пока ещё неоткрытых снипов. Со временем, когда секвенирование станет дешевле, проще будет выявить все снипы конкретного человека, нчиная от Адама и заканчивая его собственным снипом. Учитывая, что скорость возникновения таких снипов примерно 1 на поколение, то число сходных снипов из общего числа и позволит вфяснить ВБОП вплоть до поколения безо всяких счётоводств по Y-STR.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #38 : 06 Август 2012, 16:29:31 »
Ну вот, теперь всё стало ясным!

L618* - это такие же потомки от L618, как и V13. Просто не факт, что все они относятся к одному субкладу (за исключением семьи Паулсенов - они носители, разумееется, одного субклада, причём вплоть до частных).

Есть много пока ещё неоткрытых снипов. Со временем, когда секвенирование станет дешевле, проще будет выявить все снипы конкретного человека, нчиная от Адама и заканчивая его собственным снипом. Учитывая, что скорость возникновения таких снипов примерно 1 на поколение, то число сходных снипов из общего числа и позволит вфяснить ВБОП вплоть до поколения безо всяких счётоводств по Y-STR.

Уважаемый Farroukh,
Так уже с введеним Geno 2.0 все радикально меняется. http://forum.molgen.org/index.php/topic,4536.0.html
Вся наша кропотливая работа по определению субклада становится абсолютно ненужной. Этот тест за 200 долларов сам сразу определяет Вашу точную гаплогруппу и по YDNA и по mtDNA. Тестируя сразу 12000 снипов на Y хромосоме он кардинально меняет древо и позволяет снипами дойти до генеалогически значимых времен примерно вплоть до  500 лет назад.STR маркеры и наше любимое развлечение построение филогенетических древ тихо отдыхают.
"Just based on this test run alone of 900 Y chromosome kits, the haplotree expanded from 862 SNPs to a total of 6153.  If you’ve just said something akin to “Holy Cow,” you’re on the right track.  Imagine what it will do with another 1000 or 10,000 or 100,000 tests.  Right now, we’re making discoveries so fast we can hardly deal with them.

What Does This Mean?

In reality, what this means is that we will very soon use SNPs to determine heritage down to a genealogical meaningful timeframe, meaning 500 to maybe 1000 years.  The standard STR (Short Tandem Repeat) markers we know and love will become the leaves on the branches of the tree and these will likely be used when there are no more SNPs to determine family groupings and line marker mutations within families. "

Короче недолго я побыл в субкладе L618* ;D Впрочем как и все остальные в своих субкладах :D
Похоже надо копить на Geno 2.0 :-\

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 17207
  • Страна: az
  • Рейтинг +5971/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: L618*
« Ответ #39 : 08 Август 2012, 14:05:24 »
Цитировать
тест за 200 долларов сам сразу определяет Вашу точную гаплогруппу и по YDNA и по mtDNA. Тестируя сразу 12000 снипов на Y хромосоме он кардинально меняет древо и позволяет снипами дойти до генеалогически значимых времен примерно вплоть до  500 лет назад.STR маркеры и наше любимое развлечение построение филогенетических древ тихо отдыхают.
Что ж, дай-то бог. Постараюсь при наличии возможности заказать себе эту штуку.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #40 : 09 Август 2012, 12:18:45 »
Что ж, дай-то бог. Постараюсь при наличии возможности заказать себе эту штуку.
Я вчера себе уже заказал брат. :)
На самом деле это все пока предварительный заказ, сами сэмплы будут высылать только с 30 октября.
Вот здесь есть ссылка как заказать за 169$ (какая то ограниченнная по времени акция) и там же я объясняю как заказать в "другие" страны (Россия, Азербайджан и тд). Там все очень запутано.
http://forum.molgen.org/index.php?topic=4536.new;topicseen#new
Стоимость доставки для нас 40$, за то без налога.
После заказа у меня с карточки сняли один $. Остальное, как я понял, 30 октября, так что есть время подкопить.  :)

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #41 : 17 Декабрь 2012, 20:41:17 »
Апгрейдил до 67 маркеров и ради любопытства прогнал через предиктор Уразина. :)
Результат:
N   Haplogroup   Probability
1   E1b1b1a1-M78   100%
А что, вообщем, если не знать про относительно новые L-618 и Z1920, то все верно.
Во всяком случае уже нет V13,V22.
Оказывается апгрейдить имеет смысл. ;D 
« Последнее редактирование: 18 Декабрь 2012, 14:34:40 от wbull »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 17207
  • Страна: az
  • Рейтинг +5971/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: L618*
« Ответ #42 : 19 Декабрь 2012, 14:04:59 »
Это ценная новость, приму к сведению. Значит, предикция по гаплотипу у нас может считаться достоверной лишь на длине 67 маркёров. То есть даже 37-маркёрный гаплотип может напустить туману.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #43 : 19 Декабрь 2012, 14:23:57 »
Это ценная новость, приму к сведению. Значит, предикция по гаплотипу у нас может считаться достоверной лишь на длине 67 маркёров. То есть даже 37-маркёрный гаплотип может напустить туману.

Да, получается так коллега :). Вот сейчас для сравнения ввел в ту же версию предиктора (v1.5.0) 37 маркеров, результат следующий:

N   Haplogroup   Probability
1   E1b1b1a1c-V22   67%

Сейчас жду результаты по Geno 2.0. Сообщили, что уже успешно выделили гены из сэмпла и приступили к их анализу.
Как Вы знаете из гаплозоны, те кто сдавал из V13 и V22 получили новые финальные снипы. Думаю, что я то же их получу, но пока не опубликуют новое древо, непонятно, что с ними делать.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: L618*
« Ответ #44 : 06 Февраль 2013, 18:28:48 »
Сегодня получил результаты Geno 2.0.
Они определили меня как E-CTS10912 . ;D
 

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.