АвторТема: Модальные гаплотипы и филогенетическое дерево гаплогруппы I  (Прочитано 24828 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Интересно, надо будет внимательней посмотреть. Меня волнует момент с I1-Ботния и L22+, куда бы я лег не имея L22, но являясь I1-Ботния.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
I1d1 отходит от I1d и это очень хороший признак.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Интересно, надо будет внимательней посмотреть. Меня волнует момент с I1-Ботния и L22+, куда бы я лег не имея L22, но являясь I1-Ботния.

I1-Bothnia, как положено, ответвляются от I1, причем скорее всего от общего с I1-Norse кластера (последний, скорее всего был предковым для ботнического кластера). Кстати, ботнический кластер очень молодой, всего лишь 2 000 лет. Причем внутри него выделяется еще более молодой подкластер возрастом около 500 лет, где исключительно финны с запада Финляндии.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Смотрю нет нескольких кластеров, хорошо бы проверить близость I1-ASP и I1-AS7E.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Интересно, надо будет внимательней посмотреть. Меня волнует момент с I1-Ботния и L22+, куда бы я лег не имея L22, но являясь I1-Ботния.

I1-Bothnia, как положено, ответвляются от I1, причем скорее всего от общего с I1-Norse кластера (последний, скорее всего был предковым для ботнического кластера). Кстати, ботнический кластер очень молодой, всего лишь 2 000 лет. Причем внутри него выделяется еще более молодой подкластер возрастом около 500 лет, где исключительно финны с запада Финляндии.

Да, но в реальности есть схожий с I1-Bothnia по структуре СТР кластер, но не имеющий L22+, наверно это все-таки I1-ASgen

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Это неудивительно, I1-As-generic скорее всего и был предковым как для I1-Norse/ultraNorse, так и для I1-Bothnia.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
К сожалению, характеристики мутаций и какие именно мутации произошли в каких локусах в корневых гаплотипах I1d и I1-AS, я сказать не могу. Однако я вижу, по топологии дерева , что реконструированные гаплотипы предка (точнее MRCA большинства гаплотипов) I1d и I1-AS разделяют 5-6 мутационных "событий", каждое из которых отмечено в топологии дерева "порогом" в виде ступеньки лестницы.
Жаль. А есть ли возможность в TNT хоть как-то узнать конкретные мутации на дереве?
Хочу ее использовать в качестве "советчика" по построению дерева.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
К сожалению, характеристики мутаций и какие именно мутации произошли в каких локусах в корневых гаплотипах I1d и I1-AS, я сказать не могу. Однако я вижу, по топологии дерева , что реконструированные гаплотипы предка (точнее MRCA большинства гаплотипов) I1d и I1-AS разделяют 5-6 мутационных "событий", каждое из которых отмечено в топологии дерева "порогом" в виде ступеньки лестницы.
Жаль. А есть ли возможность в TNT хоть как-то узнать конкретные мутации на дереве?
Хочу ее использовать в качестве "советчика" по построению дерева.

Теоретически можно, так как она показывает те признаки, в которых имеются синапоморфии, т.е мутации.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Vadim Verenich, скажите, пожалуйста:
2. Вы пользовались более новым разбиением на кластеры, чем http://knordtvedt.home.bresnan.net/FounderHaps.xls? Не могли бы дать ссылку
Нет, я сам лично не производил разделение на кластеры -разбиение на кластеры произвела программа TNT с точки зрения MP.
А что за кластеры I1-AS-H и I1-AS-H2 (самые нижние ветви I1 у Вас на дереве)?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 1769
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
К сожалению, характеристики мутаций и какие именно мутации произошли в каких локусах в корневых гаплотипах I1d и I1-AS, я сказать не могу. Однако я вижу, по топологии дерева , что реконструированные гаплотипы предка (точнее MRCA большинства гаплотипов) I1d и I1-AS разделяют 5-6 мутационных "событий", каждое из которых отмечено в топологии дерева "порогом" в виде ступеньки лестницы.
Жаль. А есть ли возможность в TNT хоть как-то узнать конкретные мутации на дереве?
Хочу ее использовать в качестве "советчика" по построению дерева.

Теоретически можно, так как она показывает те признаки, в которых имеются синапоморфии, т.е мутации.

Можно и практически. Поскольку синапоморфии дают только наименования мутировавших маркеров (без указания какое значение аллели в какое мутировало) то лучше просто щёлкнуть правой кнопкой мышки на том узле выходного дерева, мутации в котором вас интересуют. В этом случае высвечивается как начальное, так и конечное значение каждого, мутировавшего в этом узле маркера.
 
Но такое возможно только в диалоговом режиме. Для того, чтобы вывести мутации одновременно во всех узлах (как в Мурке) необходимо написать простенький скрипт.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Вадим, а почему у тебя три кластера под названием I1-AS-Generic и I1d-L22-Bothnia и два I1d-L22-uN14

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Вадим, а почему у тебя три кластера под названием I1-AS-Generic и I1d-L22-Bothnia и два I1d-L22-uN14

Это не три/два отдельных кластера, это три группы  или три устойчивых ветви внутри общего кластера-разновидности I1.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
К вопросу о I2a2-Dinaric и снипе P41.2 (M359.2)
« Ответ #44 : 16 Июнь 2010, 19:32:51 »
Вопрос касается правильного поименования субклада I2a2-Dinaric, к которому принадлежит большинство наших форумчан I2a.

Комментарий Берни Куллена, администратора проекта I2a в FTDNA.

"
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpI.html
• • • I2a2 L178, M423
• • • • I2a2* -
• • • • I2a2a L69.2(=T)/S163.2 [This is Dinaric--Bernie]
• • • • • I2a2a1 P41.2/M359.2
• • • • I2a2b L161 [This is Isles--Bernie]

Поскольку названия гаплогрупп часто меняются, наш проект предпочитает использовать термин динарик когда это возможно.

Первоначально  была путаница, поскольку один из первых SNPs, обнаруженных у динариков был P41.2.Поэтому сначало было решено, что  группа "Динарик" определяется как I2a2a P41.2. Затем ФТДНА обнаружила снип L161, у представителя "островной" (британской) группы этого субклада, так что эта группа была обозначена как I2a2b.

Спустя некоторое время стало известно, что мутация P41.2 произошла только у очень небольшой части группы "динариков" (возможно, приватная мутция?). Из 26 представителей группы "динариков" в нашем проекте на ФТДНА все протестированы на P41.2, и у всех "негативные результаты" (P41.2-).

По этому после обнаружения у островной группы надежного филогенетического снипа L161 , за этой "островной" группой был закреплен приоритет, который отразился в названии субклада: I2a2a L161-"Острова".

Ситуация изменилась после того, как была выявлена мутация L69.2, причем 100% протестированных в данный момент "динариков" имеют "положительный результат" по этому полиморфизму.

Так что, номенклатура в дереве ISOGG изменилась с декабря 2009:
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpI09.html

• • • • I2a2a L161
• • • • I2a2b L69.2 (= T) / S163.2 (см. примечания)
• • • • • I2a2b1 P41.2/M359.2


В какой-то момент в ISOGG кто-то решил, что группа "динариков" имеет "филогенетический приоритет", и поэтому название группы поменяли на I2a2a, а  дерево было изменено в его нынешний вид (см. начало этого сообщения).

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.