АвторТема: Модальные гаплотипы и филогенетическое дерево гаплогруппы I  (Прочитано 24827 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Новый субклад в номенклатуре I - альпийский субклад I2a*-Alp, параллельный I2a*-F и I2a3


Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Потратил пару дней на подготовку филогенетического дерева I по Y-STR из коллекций проектов FTDNA I1,I2a, I2b1 и I2b2. Целью эксперимента была проверка насколько того, насколько точно и правильно 67-маркерные гаплотипы могут разделится на субклады.
Так как дерево обещает быть большим, решил пока ограничится I2-M438. I2a-P37.2 разделились довольно таки точно в самой программе, а вот с I2b* пришлось поколдовать, так как  по несовсем ясным причиным TNT разместил I2b2 между I2b1c-P78, I2b1*-Roots и I2b1-Cоntinentаl. Эту досадную ошибку пришлось усправлять вручную, в графическом редакторе


Оффлайн jerkovic

  • Сообщений: 23
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: I2a
Вадим, один вопрос. Ето разделение на ДИН-С и ДИН-Н и определујушчи маркери которои разделајут субклади, сколко ето точно? Ја смотрју I2a Project на ФТДНА и там просто људеи котороих гаплотипи очењ близки разделении на два субклада. Примјерно, посмотри гаплотипе Ерлич и Краљевич. У њих дистанција 7 на 67 маркеров, а один находитсја в ДИН Н, а другои в ДИН С. Ја смотрил и твое дерево и там их ти поместил правилно, одного с другим. Сколко ја знају и фамилије Ерлич и Краљевич из одного региона, Далмација-Херцеговина. Поетому ми страно то определение по маркерам дла ДИН Н и ДИН С.

Надејус што мои рускии с сербсками буквами будет поњатан.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Да, действительно, разделение субклада I2a2-Din на I2a2-Din-S и I2a2-Din-N не является надежным. Когда Ken Nordtvedt предложил разделение субклада I2a2-Din на I2a2-Din-N и I2a2-Din-S, он исходил из того, что у Din-S опеределяется значениями DYS438=19, DYS439=30, а у Din-N -  DYS438=20, DYS439=32.
Тем не менее, с увеличением базы данных стало ясно, что это разделение скорее носит статистический характер, чем  реальное "физическое" разделение ветвей. Иными словами, эти признаки не являются надежными в филогенетическом смысле.

Однако стоит заметить, что  часть гаплотипов I2a2-Din-S образует общую ветвь с предком примерно 1700 лет назад.

Оффлайн jerkovic

  • Сообщений: 23
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: I2a
Ја смотрил толко гаплотипе с 67 маркеров в ДИН-С и ДИН-Н в фтдна I2a Project и просто смотрил дистанцију на 67 маркеров. Ја не знају если етои метод правилан но оказалосја сто ест несколко гаплотипов которои близки са каждим чланом групе. Примјерно гаплотипи Ханке и Фиоре. Они просто стојат на средине.
И ешо одно веш. Ти поместил мои гаплотип на дерево, но там написано Јеркович 1 и Јеркович 2. Сколко ја знају, ја один Јеркович которои тестировалсја. Один раз на 12 и второи раз на 67 маркеров.
Ти сказал што ест предак одне ветве ДИН С 1700 года назад. Ето нет так давно. Но если можно сеичас сказат, тко бил он, Слав, Илир, Влах и где жил.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8

И ешо одно веш. Ти поместил мои гаплотип на дерево, но там написано Јеркович 1 и Јеркович 2. Сколко ја знају, ја один Јеркович которои тестировалсја. Один раз на 12 и второи раз на 67 маркеров.
Ти сказал што ест предак одне ветве ДИН С 1700 года назад. Ето нет так давно. Но если можно сеичас сказат, тко бил он, Слав, Илир, Влах и где жил.

Один 12-маркерный гаплотп, другой 67-маркерный.
Насчет предка I2a2-DinN, я не могу сказать точно кем он был, но скорее всего славянином (?) из карпатско-полесского региона.

Оффлайн Jauhien

  • Сообщений: 216
  • Рейтинг +23/-0
  • Y-ДНК: I2a2 Din-N
  • мтДНК: HV
Да, действительно, разделение субклада I2a2-Din на I2a2-Din-S и I2a2-Din-N не является надежным. Когда Ken Nordtvedt предложил разделение субклада I2a2-Din на I2a2-Din-N и I2a2-Din-S, он исходил из того, что у Din-S опеределяется значениями DYS438=19, DYS439=30, а у Din-N -  DYS438=20, DYS439=32.
Вадим, а разве не DYS 448 = 19, 20 и DYS 449 = 30 и 32 ???

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Да, действительно, разделение субклада I2a2-Din на I2a2-Din-S и I2a2-Din-N не является надежным. Когда Ken Nordtvedt предложил разделение субклада I2a2-Din на I2a2-Din-N и I2a2-Din-S, он исходил из того, что у Din-S опеределяется значениями DYS438=19, DYS439=30, а у Din-N -  DYS438=20, DYS439=32.
Вадим, а разве не DYS 448 = 19, 20 и DYS 449 = 30 и 32 ???

Да, точно. Я ошибся.
DYS 448 = 19, 20 и DYS 449 = 30 и 32

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Кстати, ув.zastrug, что Вы думаете о структуре ветви I2b2?  У меня есть осторожное предположение о том, что она свидетельствует о жестком бутылочном горлышке популяции.

Оффлайн zastrugАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11223
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2802/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Вадим, остерегаюсь уже делать выводы в привязке к конкретным датам. Надеюсь в ближайшее время приблизимся к пониманию как же нужно считать.
Исходя из древа действительно похоже. Если исходить из этих цифр, то это появление носителей культур либо шнуровой керамики, либо шаровидных амфор. Я все же склонен связывать шнуровиков с R1a1, но по данным из Лихтенштейнской пещеры  там были R1b, посему тоже очень осторожно можно это горлышко увязать с приходом шаровидных амфор, а саму культуру в свою очередь с R1b

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Представляю на суд  венец моего творения - общее дерево гаплогруппы I
Это дерево субгаплогрупп, клад,субклад, и даже отдельных крупных кластеров I c датировкой и соответствующей снип разметкой.

Топология (вид и число ветвей) дерева I полностью реконструирована в программе TNT на базе 67-маркерных гаплотипов (общим числом около 1000). Я лишь удалил с полученного дерева таксоны, добавил название ветвей и раскрасил дерево.





« Последнее редактирование: 11 Июнь 2010, 23:55:54 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Теперь исправленный вариант общего дерева I.

Поскольку ро-статистика не дала ожидаемой оценки возраста для базовых ветвей и древних узлов разделения между I2a и I2b1, I2 и I1, I1 и J, я воспользовался методом оценки возраста по кросс-дисперсии, т.е. оценки интеркладового возраста промежуточных ветвей между древними MRCA. Для этих древних элементов дерева, возраст был рассчитан заново по методу Нордтведта


Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Критические замечания Кен Нордтведта по дереву:

I am having a difficult time reading your tree, so absence of
contradiction may be the case. But I thought I saw you separating the
I2b... branch line from I2 BEFORE (closer to the I root)
you then separated
the I2a branch line from the I2 line?  If that were the time ordering then
someday we will find an snp which unites I2 and I2a and leaves out I2b....
Such an snp will be located on the I2 ancestral line after the I2b.. branch
line leaves but before the I2a branch line leaves.

Either the I2a line leaves the I2 line first, or the I2b.. line leaves the
I2 line first; or there is a third possibility in which a single branch line
leaves the I2 line, then that line has a node, and after that node a P37
happens on one descending branch while a P217 happens on the other.  In this
last scenario a snp will be found someday which unites I2a and I2b...
leaving I2* excluded.

I believe the interclade variances between the I2* clades and the I2a clades
and the I2b  clades, and the interclade variances between those latter two,
are collectively best compatible with the scenario in which I2a line first
leaves I2* line and later the I2b line leaves the I2* line.


This is not a theoretical issue; what can happen in the future as new snps
are found are different under the different node orderings.

Your tree should be one of these three scenarios unless you had a node with
three lines coming downstream from it --- one to I2, one to I2a, and one to
I2b
?



The three options below in I tree early structure are all compatible with
today's KNOWN snps.
But variance and GD distances between haplotype
populations of today's haplogroups are in my view clearly more compatible
with the first shown tree.  Future snp discoveries in key branch segments of
the I tree will confirm one of these three structures and rule out the
alternatives.

Time runs from right to left.

My preferred structure based on the interclade distance matrix
 I2b_____________________________
 I2______________________________|______
 I2a___________________________________|___
 I1_______________________________________|_______

Two alternative structures also compatible with presently known snps.
 I2a_____________________________
 I2______________________________|______
 I2b___________________________________|___
 I1_______________________________________|_______


I2b______________________________
I2a______________________________|____
I2___________________________________|____
I1_______________________________________|_______

"

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Vadim Verenich, скажите, пожалуйста:
1. В Вашей выборке каждый из кластеров I1 (EE, ASP2, Bothn, uN14, T2, AS2, AS3, AS-H, AS-H2) был представлен несколькими гаплотипами?
Были ли гаплотипы из AS1, AS5, AS6, AS7, AS9 и т.д.?
2. Вы пользовались более новым разбиением на кластеры, чем http://knordtvedt.home.bresnan.net/FounderHaps.xls? Не могли бы дать ссылку?
3. У меня между корнями I1d и I1-AS-generic мутации:
DYS 390 23 22
DYS 385a 14 13
DYS 576 17 16
DYS 570 20 19
DYS 511 10 9
DYS 413a 23 22

У Кена в таблице нет маркеров DYS 576 и DYS 570. Но остальные мутации тоже прослеживаются. У Вас также? Может быть еще какие-нибудь мутации между этими ветвями?

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Vadim Verenich, скажите, пожалуйста:
1. В Вашей выборке каждый из кластеров I1 (EE, ASP2, Bothn, uN14, T2, AS2, AS3, AS-H, AS-H2) был представлен несколькими гаплотипами?

На самом деле в выборке было около 30-40 гаплотипов каждого субклада из проекта I1 на FTDNA
Цитировать
Были ли гаплотипы из AS1, AS5, AS6, AS7, AS9 и т.д.?
Нет, к сожалению. Поскольку общее количество гаплотипов в выборке не  должно было превышать 1000 штук.
Цитировать
2. Вы пользовались более новым разбиением на кластеры, чем http://knordtvedt.home.bresnan.net/FounderHaps.xls? Не могли бы дать ссылку?
Нет, я сам лично не производил разделение на кластеры -разбиение на кластеры произвела программа TNT с точки зрения MP.

Цитировать
3. У меня между корнями I1d и I1-AS-generic мутации:
DYS 390 23 22
DYS 385a 14 13
DYS 576 17 16
DYS 570 20 19
DYS 511 10 9
DYS 413a 23 22

У Кена в таблице нет маркеров DYS 576 и DYS 570. Но остальные мутации тоже прослеживаются. У Вас также? Может быть еще какие-нибудь мутации между этими ветвями?

К сожалению, характеристики мутаций и какие именно мутации произошли в каких локусах в корневых гаплотипах I1d и I1-AS, я сказать не могу. Однако я вижу, по топологии дерева , что реконструированные гаплотипы предка (точнее MRCA большинства гаплотипов) I1d и I1-AS разделяют 5-6 мутационных "событий", каждое из которых отмечено в топологии дерева "порогом" в виде ступеньки лестницы.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.