АвторТема: Модальные гаплотипы и филогенетическое дерево гаплогруппы I  (Прочитано 24826 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн zastrugАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11223
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2802/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
По просьбе ув.Shekhol
Цитировать
Заодно, интересно было бы видеть в каждом разделе Гаплогруппы типичный (медианный) гаплотип.
Здесь модальные гаплотипы всех субкладов I:
http://dgmweb.net/genealogy/DNA/Hg-I-subclades-FTDNA-order.shtml

Оффлайн zastrugАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11223
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2802/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Модальные гаплотипы
« Ответ #1 : 05 Август 2009, 03:17:26 »
Опа, оказывается был невнимателен и продублировал тему Вадима Веренича. Вадим, мои извинения.
Выложу августовское обновление древа I от Кена Нордведта:


Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Модальные гаплотипы
« Ответ #2 : 05 Август 2009, 09:25:43 »
Интересная схема, но возраст странный с учетом специфики старейший Европейской гаплогруппы.

Получается, окончание ледникового периода (10 000 лет назад) встречали представители многочисленных субкладов I2 ( а что и говорить о I1).
Наверное, каждый субклад встречал потепление в своём личном убежище.

Не очень верится.
Вот если прочертить линию 10 000 лет, пораньше на 5 000 - 10 000 лет, больше похоже.

Оффлайн zastrugАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11223
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2802/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Модальные гаплотипы
« Ответ #3 : 05 Август 2009, 12:50:37 »
Так по этому вопросу Вадим Веренич выложил свой перевод статьи К.Нордведта в журнале:
http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/16/12
Она так и называется - "Свыше 20 000 лет истории гаплогруппы I2a"
То есть не только окончание ледникового преиода, но и последний ледниковый максимум клады даже не I, а I2a встретили уже разделенными и по-видиому в разных убежищах - кто-то на Балканах, кто-то где-то в Западном Средиземноморье.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
« Последнее редактирование: 03 Октябрь 2009, 13:56:25 от Vadim Verenich »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Модальные гаплотипы
« Ответ #5 : 30 Август 2009, 22:47:00 »
Таблица модальных гаплотипов гаплогруппы I


Оффлайн Ulysses

  • Сообщений: 104
  • Страна: 00
  • Рейтинг +22/-0
Re: Модальные гаплотипы
« Ответ #6 : 01 Сентябрь 2009, 14:03:03 »
Цитировать
Выложу августовское обновление древа I от Кена Нордведта:

На древе - I2a2a-Dinaric. Получается, если у меня именно Din (а не какая-либо другая I2a2), то можно смело добавлять "a" - I2a2a, и не ошибешься ?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19857
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1809/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Модальные гаплотипы
« Ответ #7 : 01 Сентябрь 2009, 22:00:19 »

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Вот комментарий Нордведта к дереву I Вадима Урасина, которое обсуждалось в параллельной теме.
Слева направо - I2b,I2a,I2*,I1



Цитировать
Then I would argue that the temporal order of those early splittings is probably wrong in your tree. I believe the ordering of the splitting was in time:

1. I1 branch line from I2 branch line
2 I2a branch line from branch line going to I2* and I2b
3. I2* branch line from branch line going to I2b
4. I2b2 branch line from I2b1 branch line

I am claiming that someday we will find an snp derived for both the present I2* and I2b... haplogroups but ancestral for the I2a... haplogroups



The tree you are now presenting says that is impossible. Your tree implies an snp will be found someday derived for all I2a.. and I2b.... haplogroups but ancestral for the I2* haplogroup of today. My tree says that is impossible.

Actually, I like your earliest naming of the main branches of the tree better. The I2a... branch seems clearly the oldest; with the further branchings of I2a1 M26+ line from I2a/I2a2 line from I2a3 Western line being older than any of the branchings in other parts of the I tree.


I2b..._____________________
I2a..._____________________|________
I2*________________________________|___________S31____
I1__________________________________________________|


I2b..._____________________
I2*________________________|_______
I2a..______________________________|____________S31____
I1___________________________________________________|


Here are the two temporal scenarios. They will be differentiated by future snp discoveries.
My research concludes the lower scenario is what unfolded in nature.

Time runs from right to left

In both scenarios we seem to agree that I1 branch line split off even further to the right.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 1769
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Я не понял, Вадим - на схеме "в венике" видно пять "веток". Поименовано же только четыре. Какие две соседних считать за одну?
 
Темы очередности ветвления сестринских кладов - всегда сложный вопрос. Особенно, когда оно вблизи корня. Кросс-TMRCA здесь часто противоречит филогении. Кен делает упор на первую. Урасин - на вторую.
 
Хорошо уже, что они согласились по поводу первого ветвления.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Прошу прощения, вот правильный порядок в дереве, который использовал Вадим У. для предсказания гаплогруппы

I2b2, I2b1, I2*, I2a, I1

Всего 5 ветвей.

Вот сообщение Вадима в оригинале

Цитировать
Вот статистика по тому набору гаплотипов:
Взял выборку 25-маркерных гаплотипов, проснипованных FTDNA. Там 396
уникальных(различных) гаплотипов различных субкладов I. По 375
гаплотипам (94,7%) предиктор дал уверенный правильный ответ. По
остальным 21 гаплотипам ответ был не столь уверенный, но только один
неправильный и 3 менее конкретных, чем снипирование FTDNA.


Теперь я взял около 2-3 тысяч 67-маркерных гаплотипов I из баз FTDNA и YSearch (точное число сложно определить, т.к. записи в разных проектах дублируют друг друга, 9239 записей). Предсказал им субклад I1, I2, I2a, I2b1, I2b2.
Для части гаплотипов предсказание было неуверенным. Оказалось это I2*.
Все I2* легли на одну ветвь. Думаю, это какой-то будущий I2c.
Еще один гаплотип, грек RF57E из YSearch, не отнесся никакой ветви. Возможно, это I* или I2* (предков I и I2 разделяет всего две мутации и правильно расположить на дереве одиночных I* и I2* трудно).

Для построения изначального дерева я брал по 10 случайных гаплотипов I1, I2a, I2b1, I2b2, проснипированных в FTDNA. Но тут его доработал: если предсказание 67-маркерного гаплотипа было правильным, но неуверенным (вероятность менее 98%), то я добавлял этот гаплотип на дерево и удалял один других гаплотипов этого субклада (наименее информативного = наименее отличающиеся от какого-либо гаплотипа). Таким образом, у меня на ветвях теперь по 10 гаплотипов, достаточно хорошо описывающих STR-разнообразие субклада. Это позволило повысить точность предсказаний.

Выслал  mouglley выборку с предсказанным субкладом для построений деревьев отдельных субкладов.

Получившееся у меня коротенькое дерево, использованное для предсказания (слева направо I2b2, I2b1, I2*, I2a, I1):

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Мне кажется более реален первый сценарий, тот же, который и у Вадима Урасина.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Мне кажется более реален первый сценарий, тот же, который и у Вадима Урасина.

Этот вариант вроде бы логичен, но он не объясняет двух фактов
1) несостыковки в расчетах интеркладового возраста (TMRCA-Interclade age)
2) странную типологическую близость гаплотипов I2b к гаплотипам I2* (ее вроде бы заметил zastrug).

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
На приведенном дереве с 5 ветвями порядок такой: I2b2, I2b1, I2*, I2a, I1 (как правильно позже поправился Vadim Verenich)
http://forum.molgen.org/index.php/topic,345.msg21622.html#msg21622

Соответственно, с Кеном у меня расхождений нет, я тоже придерживаюсь второго варианта: может быть найден снип, объединяющий I2b и известные I2*, но которого не будет у I2a. Жаль, что Кен меня неправильно понял.

Оффлайн I2a1a

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Последняя версия дерева кладов I
Появилось 2 новые клады
1)в гаплогруппе I2a  -клада I2a3-Western
2)в гаплогруппе I2a1 - клада I2a1b

В гаплогруппе I1 указаны новые снипы, надежно отделяющие I1 от I1d.
« Последнее редактирование: 07 Февраль 2010, 22:13:44 от Vadim Verenich »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.