АвторТема: Z92 и его снипы  (Прочитано 288238 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 876
  • Страна: il
  • Рейтинг +218/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1830 : 09 Ноябрь 2019, 23:07:52 »
Вижу сообщение уважаемого Semargl http://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg470154/topicseen.html#msg470154
и хотел узнать мнение знатоков: не лучше ли WGS (Whole Genome Sequencing) 30X на Illumina NovaSeq 6000 за $180, чем апгрейд c Y-37 до Big Y за $319 на FTDNA? 
Всё равно ведь задача загрузить на YFULL или что-то существенное упускаю из вида?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 914
  • Страна: 00
  • Рейтинг +730/-2
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1831 : 10 Ноябрь 2019, 01:23:13 »
Вижу сообщение уважаемого Semargl http://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg470154/topicseen.html#msg470154
и хотел узнать мнение знатоков: не лучше ли WGS (Whole Genome Sequencing) 30X на Illumina NovaSeq 6000 за $180, чем апгрейд c Y-37 до Big Y за $319 на FTDNA? 
Всё равно ведь задача загрузить на YFULL или что-то существенное упускаю из вида?

Процитирую Semargl тоже, сообщение http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg467200.html#msg467200:
Цитировать
Что касается сравнения WGS с Big Y700, то при равных характеристиках чтения, любой WGS лучше. Не помню какая сейчас длина чтения у Данте, но если 100 как раньше, то Y700 от FTDNA будет лучше с их длиной больше 150bp.

А длина рида и Данте теперь 150 bp. Я не знаю по последним тестам, но даже с 100 bp покрытие игрека примерно 99,8% с глубиной примерно 20Х. У BigY покрытие примерно 80% с глубиной примерно 40Х. Данте возможно означает больше снипов, но с несколько меньшей уверенностью в чтении. Моя стратегия - делать WGS в ДантеЛабс, если родственники согласны и интересуются (генеалогией, здоровьем или вообще). Малозаинтересованных и сложноуговариваемых тестирую на BigY по мере возможности.

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1832 : 10 Ноябрь 2019, 08:14:54 »
А длина рида и Данте теперь 150 bp. Я не знаю по последним тестам, но даже с 100 bp покрытие игрека примерно 99,8% с глубиной примерно 20Х. У BigY покрытие примерно 80% с глубиной примерно 40Х.
80% - это вроде для BigY 500?
Просто по статистике здесь - https://ydna-warehouse.org/statistics.html - там почти одинаковые числа, у Big Y 700 процентов на 5 меньше (16.3 млн у 500 и 22.5 млн у 700 против 23.5 млн у Дантелабс30).


Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9416
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2701/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1833 : 10 Ноябрь 2019, 11:12:23 »
не лучше ли WGS (Whole Genome Sequencing) 30X на Illumina NovaSeq 6000 за $180, чем апгрейд c Y-37 до Big Y за $319 на FTDNA? 
Всё равно ведь задача загрузить на YFULL или что-то существенное упускаю из вида?
Если задача только снипы сделать и нет проблем со вторичным взятием образцов, то можно WGS рассмотреть этот вариант.
Если планируется и маркеры задействовать (к снипам), а затем их сравнить с большим количеством других протестированных, то все равно ФТДНА.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 876
  • Страна: il
  • Рейтинг +218/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1834 : 10 Ноябрь 2019, 20:25:37 »
Если задача только снипы сделать и нет проблем со вторичным взятием образцов, то можно WGS рассмотреть этот вариант.
Если планируется и маркеры задействовать (к снипам), а затем их сравнить с большим количеством других протестированных, то все равно ФТДНА.
Спасибо за ответ. Вторично образец взять могу. Если цель найти совпаденцев, то, если правильно понимаю, всё же FTDNA предпочтительнее из-за большей базы протестированных.

Возможно Вам будет интересно обсуждение на http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.525.html хотя бы последние 5 страниц.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5721
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3653/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1835 : 29 Ноябрь 2019, 10:58:22 »
В субклад R-Z92 добавлен новый субклад R-Y62303 с SNPs BY100539, Y61822, Y62303, Y64044, Y66168, Y66612, Y68434, Y69475, Y69526, Y71131, Y71390, Y73959, Y74389, Y74784, Y76003, Y77012.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1908
  • Страна: ru
  • Рейтинг +607/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1836 : 29 Ноябрь 2019, 12:46:45 »
В субклад R-Z92 добавлен новый субклад R-Y62303 с SNPs BY100539, Y61822, Y62303, Y64044, Y66168, Y66612, Y68434, Y69475, Y69526, Y71131, Y71390, Y73959, Y74389, Y74784, Y76003, Y77012.
Это id:YF67567 и id:YF07740?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5721
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3653/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1837 : 29 Ноябрь 2019, 12:50:04 »
В субклад R-Z92 добавлен новый субклад R-Y62303 с SNPs BY100539, Y61822, Y62303, Y64044, Y66168, Y66612, Y68434, Y69475, Y69526, Y71131, Y71390, Y73959, Y74389, Y74784, Y76003, Y77012.
Это id:YF67567 и id:YF07740?
Да. Это получается третья ветвь под Z92 :)

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9416
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2701/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1838 : 29 Ноябрь 2019, 19:36:53 »
В субклад R-Z92 добавлен новый субклад R-Y62303 с SNPs BY100539, Y61822, Y62303, Y64044, Y66168, Y66612, Y68434, Y69475, Y69526, Y71131, Y71390, Y73959, Y74389, Y74784, Y76003, Y77012.
Это id:YF67567 и id:YF07740?
Да. Это получается третья ветвь под Z92 :)
О!!!

Оффлайн varang

  • Сообщений: 5416
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1818/-8
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777
  • мтДНК: H2a1
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1839 : 03 Декабрь 2019, 10:02:20 »
Род Толкиенов из Восточной Пруссии - Z92:

We are happy to announce that Tolkien family and a famous novelist J.R.R Tolkien (known especially for Lord of the Rings trilogy) belongs to an R1a-Z280>Z92>Z685>YP270 branch according to Y-STR results of tested cousin. This is in line with origins of the family from Eastern Prussia and suggests distant Old Prussian ancestry. Please take a look at the blog of our researcher Ryszard Galadhorn Derdziński who spent years for it to happen: https://tolkniety.blogspot.com/2019/12/baltic-ancestry-of-prof-tolkien.html?m=1

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1908
  • Страна: ru
  • Рейтинг +607/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1840 : 03 Декабрь 2019, 10:59:02 »
Класс, можно всем говорить, что Толкиен родственник  ;D ;D и пофиг, что предок жил 4400 лет назад.

Оффлайн pashka_1604

  • берегите лес, негде будет партизанить
  • Сообщений: 409
  • Страна: ru
  • Рейтинг +244/-0
  • FTDNA: B486274 GEDmatch: HD652233 YFull: YF67527
  • Y-ДНК: R-Z92 (YP-569*> R-BY84206 / R-Y85137)
  • мтДНК: H6a1a (H6a1a21)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1841 : 03 Декабрь 2019, 11:24:21 »
Цитировать
Класс, можно всем говорить, что Толкиен родственник  ;D ;D и пофиг, что предок жил 4400 лет назад.
В пору создавать тему "Выдающиеся представители"  ;D

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 876
  • Страна: il
  • Рейтинг +218/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1842 : 03 Декабрь 2019, 14:24:02 »
не лучше ли WGS (Whole Genome Sequencing) 30X на Illumina NovaSeq 6000 за $180, чем апгрейд c Y-37 до Big Y за $319 на FTDNA? 
Всё равно ведь задача загрузить на YFULL или что-то существенное упускаю из вида?
Если задача только снипы сделать и нет проблем со вторичным взятием образцов, то можно WGS рассмотреть этот вариант.
Если планируется и маркеры задействовать (к снипам), а затем их сравнить с большим количеством других протестированных, то все равно ФТДНА.
Заказал ugrade Y-37 до Big Y - Batch 1031. FTDNA планирует завершить 9 марта, надеюсь к концу марта будет готов.

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9416
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2701/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1843 : 03 Декабрь 2019, 14:32:14 »
Заказал ugrade Y-37 до Big Y - Batch 1031. FTDNA планирует завершить 9 марта, надеюсь к концу марта будет готов.
А для какого кита?

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 876
  • Страна: il
  • Рейтинг +218/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1844 : 03 Декабрь 2019, 15:10:47 »
Заказал ugrade Y-37 до Big Y - Batch 1031. FTDNA планирует завершить 9 марта, надеюсь к концу марта будет готов.
А для какого кита?
Кит № IN69490. Кстати у него по Y-37 нашелся подтвержденный родственник Genady Govor с R-Z92 и общим предком лет 300 назад. Номер его кита в таблице быстро не смог найти.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.