АвторТема: Z92 и его снипы  (Прочитано 326171 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1395 : 19 Декабрь 2017, 00:42:47 »
B84535 Sypaila из Литвы: YP569* [Y11268- YP682-]
А теперь пишут Y11268+
Где пишут? А то он возможно ещё и YP6504.
В проекте R1a этот снип у него зеленый.
Но в таблице он ещё не в Y11268
Смотря где Вы смотрите. В проекте R1a по прогнозу он уже даже в YP6504.


Оффлайн Лекомцев Сана

  • Сообщений: 256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +80/-2
  • 95% European 5% East Asian T326591
  • Y-ДНК: R1a z92 cts9551 cts214 cts5149 Y37888 BY30791
  • мтДНК: H1b1
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1396 : 19 Декабрь 2017, 06:08:38 »
Если очень коротко и упрощенно, то гомология = похожесть. В данном контексте под гомологией понимается похожесть последовательностей нуклеотидов. Общепринято считать критерием качества что у участка со снипом на Y хромосоме не будет найдено копий на Y хромосоме или на других хромосомах, которые будут похоже более чем на 95%. Участок для поиска похожести принято брать длиной 1000 нуклеотидов (500 влево и 500 вправо от снипа).
Для примера, две следующих последовательности в 60 нуклеотидов полностью идентичны, то есть похожесть 100%:
TTTCTTTGAGGTCTTGTTAAGTAGGACCTTAGCAGCCTCGGCCTAGATCTAATCTTCCAC
TTTCTTTGAGGTCTTGTTAAGTAGGACCTTAGCAGCCTCGGCCTAGATCTAATCTTCCAC

В примере ниже похожесть равна 98.33%, не совпадает 1 символ из 60.
ATTGAGCTATGTTCTAAGATGCAGTTAAATTATCTGGAAAGATTTTGGTTCTTTGAGGGT
ATTGAGCTATGTTCTAAGATGTAGTTAAATTATCTGGAAAGATTTTGGTTCTTTGAGGGT

Чем опасна гомология? К примеру в тестах NGS (Big Y и тп). Во время выравнивания последовательностей программа может по некоторым причинам поместить одну похожую последовательность на место другой. Чем короче последовательность тем вероятнее такой вариант. В результате мы получим несуществующий в реальности SNP. Посмотрите на мой второй пример. Если поместить вторую последовательность на место первой, то получим SNP с мутацией C->T, но на самом деле этого SNP не существует, это всего лишь ошибка программы выравнивания из-за несовершенства технологий.

Это не значит что все снипы на гомологичных участках плохие - просто к ним надо относиться с осторожностью. В YFull показаны приватные снипы, которые имеют высокую степень гомологии - они отмечены красной литерой "H". Такой приватный снип скорее всего не будет принят в YSEQ, да и при включении его в SNP pack в FTDNA будет давать неправильные результаты - примеров множество. В дерево обычно такие SNP не включаются, но есть и некоторые исключения. Как я говорил выше, BY29708 неплохо определяется в bam'e, хотя и имеет высокую гомологию. Мы его включили в следующую версию дерева, но если с ним будут проблемы, то в дальнейшем он будет удален.

позиция 11321478       C     A  Высокая ещё написано у обоих      снип BY-26184 . он и у меня и у Корзенникова есть . но он упоминается у нас у обоих в приватных . он может быть ложным ?
позиции других общих снипов с Корзенниковым которые имеют абвиатуру BY к сожалению не указаны .
« Последнее редактирование: 19 Декабрь 2017, 06:17:49 от Лекомцев Сана »

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 6008
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4217/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1397 : 19 Декабрь 2017, 07:01:58 »
позиция 11321478       C     A  Высокая ещё написано у обоих      снип BY-26184 . он и у меня и у Корзенникова есть . но он упоминается у нас у обоих в приватных . он может быть ложным ?
Да, вероятность есть. В этой позиции читаются все возможные значения - A, C, G, T. Гомологии здесь нет, но "снип" находится в регионе Yq11.21, который расположен близко к центромере и сложен для выравнивания.
Параметров для фильтрации много. Если выводить все отличия от референса, давать им имя и пытаться повесить их на дерево, то ничего хорошего из этого не выйдет.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1907
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1398 : 19 Декабрь 2017, 11:27:57 »
Смотря где Вы смотрите. В проекте R1a по прогнозу он уже даже в YP6504.


Когда писал, он вроде бы был еще под YP569*

Оффлайн Лекомцев Сана

  • Сообщений: 256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +80/-2
  • 95% European 5% East Asian T326591
  • Y-ДНК: R1a z92 cts9551 cts214 cts5149 Y37888 BY30791
  • мтДНК: H1b1
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1399 : 19 Декабрь 2017, 16:55:58 »
позиция 11321478       C     A  Высокая ещё написано у обоих      снип BY-26184 . он и у меня и у Корзенникова есть . но он упоминается у нас у обоих в приватных . он может быть ложным ?
Да, вероятность есть. В этой позиции читаются все возможные значения - A, C, G, T. Гомологии здесь нет, но "снип" находится в регионе Yq11.21, который расположен близко к центромере и сложен для выравнивания.
Параметров для фильтрации много. Если выводить все отличия от референса, давать им имя и пытаться повесить их на дерево, то ничего хорошего из этого не выйдет.

Я сам попросил дать ему имя . меня просто заинтриговал момент что он у обоих в привате

BY30795 - это Y38009
BY30794 - это Y37889
BY30793 - это Y37886
BY30792 - это Y37888
BY30791 - это нет аналога
BY30790 - это Y38008
BY3070 - это Y21520
BY29979 - это YFC281661
BY28820 - это нет аналога
BY28819 - это нет аналога
« Последнее редактирование: 19 Декабрь 2017, 22:20:51 от Лекомцев Сана »

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1400 : 20 Декабрь 2017, 11:01:33 »
620818 Prigun: Y11268+
В связи с этим перенёс в базе и поляка Gajewski (151867) в эту ветвь. По многим признакам они явно ближайшие. Вероятность гомоплазии практически нулевая.
А вот следующий за ним в матчах на semargl Lakhmotko и на 37м гомоплазный, а на 67 и 111 - самый гомоплазный гт среди YP569. Просто уникум. До него ничего подобного не было. Так что, если у кого будет в матчах, можно не обращать внимания.
620818 заказан Big Y. Желаю успеха!

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1907
  • Страна: ru
  • Рейтинг +608/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1401 : 20 Декабрь 2017, 20:40:45 »
620818 заказан Big Y. Желаю успеха!
Отличная новость! С нетерпением ждём!

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1402 : 22 Декабрь 2017, 10:52:28 »
679112 Chichigin: YP682+ (YP612-, YP1696-, YP1260-)
Мои поздравления!

Оффлайн AnryChan

  • Сообщений: 17
  • Рейтинг +13/-0
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1403 : 22 Декабрь 2017, 14:28:11 »
Да спасибо,
Ваш прогноз подтвердился.
Что я могу сделать дальше?
Есть еще возможность проверить отдельные снипы или остается только Big-Y?

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1404 : 22 Декабрь 2017, 17:59:02 »
Да спасибо,
Ваш прогноз подтвердился.
Что я могу сделать дальше?
Есть еще возможность проверить отдельные снипы или остается только Big-Y?
Если нет желания поискать новые снипы (Big Y), а только проверять уже известные снипы, в том числе новые, то тогда остается вариант с YSEQ. Там снипы и дешевле в два раза, и новые снипы более оперативн, нежели в ФТДНА, можно проверить.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,6323.0.html
Только придется еще раз образцы выслать, т.к. компания другая.
« Последнее редактирование: 22 Декабрь 2017, 18:22:43 от Lesla »

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1405 : 24 Декабрь 2017, 16:58:29 »
Заказан Big Y 586644 Ursaev

V. д. ТАНАЙ – ТУРАЕВО:
1. яс. кр.Степан Урсаев (~1651 – 1728) - R1a1-Z92;

Пожелаем успеха Олегу в его исследованиях!

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1406 : 31 Декабрь 2017, 19:40:07 »
666441 готов Big Y! YP6504+
Мои поздравления протестированному и всей ветке YP6504 с новым членом!

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1407 : 10 Январь 2018, 01:40:45 »
Стало известно о еще одном "венеде" заказавшем Big Y: 627697 Keybol.
http://forum.molgen.org/index.php?topic=207.msg406065#msg406065
Желаю ему успеха!

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1408 : 10 Январь 2018, 01:48:51 »
Готов Big Y 629365: YP682+ и может даже какой-то новый BY32094, но пока непонятно надежно ФТДНА его определили или нет. Надеюсь будет новая ветвь под YP682!

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9629
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2925/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1409 : 13 Январь 2018, 01:49:31 »
280027 Федоров (A8998+): A8993-, A8986-, A8987-

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.