АвторТема: Z92 и его снипы  (Прочитано 237610 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн misty69

  • Сообщений: 9
  • Рейтинг +15/-0
  • Y-ДНК: R1a1
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1875 : 12 Октябрь 2019, 21:24:43 »

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 858
  • Страна: il
  • Рейтинг +212/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1876 : 04 Ноябрь 2019, 23:24:08 »
Подскажите плиз: есть результаты (родственника жены) Y-37 R-M198:
13   25   16   10   11-15   12   12   11   13   11   31   15   9-10   11   11   24   14   20   33   12-12-14-15-16-16   11   12   19-23   16   16   18   19   37-44   13   11
Если я не ошибаюсь, то Nevgen дает прогноз 71% R1a  Z282>Z280> Z92>>YP270
На FTDNA по Y-37 у моего подопечного есть два совпаденца: 
Первый с Y-67 и терминальный снип указан Z92 (предок Alexandr Govor, b. 1780) - однофамилец из той же области Белоруси. С админом дерева списались и у нас (почти) нет сомнения в родстве, но у подопечного нет дерева на 300 лет и общего предка определить невозможно.
Второй с Y-37 и гаплогруппа R-M198 (предок Simeon Bojko) тоже из Гродненской области Белоруси.

На основании имеющихся данных, что-то более понятное можно получить за меньшие деньги или, учитывая нынешние скидки FTDNA на апргрейды, проще сразу апгрейд до Big Y заказывать?   

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5561
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3047/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1877 : 07 Ноябрь 2019, 16:53:08 »
Подскажите плиз: есть результаты (родственника жены) Y-37 R-M198:
13   25   16   10   11-15   12   12   11   13   11   31   15   9-10   11   11   24   14   20   33   12-12-14-15-16-16   11   12   19-23   16   16   18   19   37-44   13   11
Если я не ошибаюсь, то Nevgen дает прогноз 71% R1a  Z282>Z280> Z92>>YP270
На FTDNA по Y-37 у моего подопечного есть два совпаденца: 
Первый с Y-67 и терминальный снип указан Z92 (предок Alexandr Govor, b. 1780) - однофамилец из той же области Белоруси. С админом дерева списались и у нас (почти) нет сомнения в родстве, но у подопечного нет дерева на 300 лет и общего предка определить невозможно.
Второй с Y-37 и гаплогруппа R-M198 (предок Simeon Bojko) тоже из Гродненской области Белоруси.

На основании имеющихся данных, что-то более понятное можно получить за меньшие деньги или, учитывая нынешние скидки FTDNA на апргрейды, проще сразу апгрейд до Big Y заказывать?
Ради интереса посчитал вероятность на искусственном наборе данных. Вероятнее всего R-CTS4648. Этот субклад ниже YP270.
Значительно менее вероятно - R-Y38987. Это под Z93->Z2122. Думаю такой вариант получается из-за сильной гомоплазии на 37 маркерах.

Оффлайн Molchun

  • Сообщений: 14
  • Страна: cl
  • Рейтинг +5/-0
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1878 : 09 Ноябрь 2019, 18:24:05 »
Добрый день,

FTDNA предлагает сделать апдейт до биг-Y за 319 зеленых рублей. Почти созрел. Но в форме заказа есть поле "купон", и они обещают еще чуток скинуть в таком случае. А нельзя ли разжиться у уважаемых форумчан (ну или еще где-нибудь) этим "купоном"? А лучше двумя, т.к. хочу сделать сразу два заказа.

Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9194
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2423/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1879 : 09 Ноябрь 2019, 18:53:00 »
Добрый день,

FTDNA предлагает сделать апдейт до биг-Y за 319 зеленых рублей. Почти созрел. Но в форме заказа есть поле "купон", и они обещают еще чуток скинуть в таком случае. А нельзя ли разжиться у уважаемых форумчан (ну или еще где-нибудь) этим "купоном"? А лучше двумя, т.к. хочу сделать сразу два заказа.
Вечер добрый!
По-моему на данных скидках без купонов дополнительных, только цена скидочная.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1880 : 09 Ноябрь 2019, 19:17:58 »
FTDNA предлагает сделать апдейт до биг-Y за 319 зеленых рублей. Почти созрел.
Обратите внимание, что FTDNA теперь берет дополнительный сбор в 100 $ за файл BAM без которого данный тест вряд ли имеет смысл. Рекомендую рассмотреть акционное предложение от Dante Labs, стартующее завтра. За 180 $ можно будет получить более качественный продукт, при этом файл BAM включен в стоимость.

Оффлайн Molchun

  • Сообщений: 14
  • Страна: cl
  • Рейтинг +5/-0
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1881 : 09 Ноябрь 2019, 19:21:02 »
Таки "накопил и купил"... Посмотрим, что из этого всего получится.

Оффлайн Molchun

  • Сообщений: 14
  • Страна: cl
  • Рейтинг +5/-0
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1882 : 09 Ноябрь 2019, 19:23:57 »
FTDNA предлагает сделать апдейт до биг-Y за 319 зеленых рублей. Почти созрел.
Обратите внимание, что FTDNA теперь берет дополнительный сбор в 100 $ за файл BAM без которого данный тест вряд ли имеет смысл. Рекомендую рассмотреть акционное предложение от Dante Labs, стартующее завтра. За 180 $ можно будет получить более качественный продукт, при этом файл BAM включен в стоимость.
В FTDNA уже есть образец, а взять повторно будет весьма проблематично...

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 858
  • Страна: il
  • Рейтинг +212/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1883 : 09 Ноябрь 2019, 23:07:52 »
Вижу сообщение уважаемого Semargl http://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg470154/topicseen.html#msg470154
и хотел узнать мнение знатоков: не лучше ли WGS (Whole Genome Sequencing) 30X на Illumina NovaSeq 6000 за $180, чем апгрейд c Y-37 до Big Y за $319 на FTDNA? 
Всё равно ведь задача загрузить на YFULL или что-то существенное упускаю из вида?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 457
  • Рейтинг +328/-2
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1884 : 10 Ноябрь 2019, 01:23:13 »
Вижу сообщение уважаемого Semargl http://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg470154/topicseen.html#msg470154
и хотел узнать мнение знатоков: не лучше ли WGS (Whole Genome Sequencing) 30X на Illumina NovaSeq 6000 за $180, чем апгрейд c Y-37 до Big Y за $319 на FTDNA? 
Всё равно ведь задача загрузить на YFULL или что-то существенное упускаю из вида?

Процитирую Semargl тоже, сообщение http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.msg467200.html#msg467200:
Цитировать
Что касается сравнения WGS с Big Y700, то при равных характеристиках чтения, любой WGS лучше. Не помню какая сейчас длина чтения у Данте, но если 100 как раньше, то Y700 от FTDNA будет лучше с их длиной больше 150bp.

А длина рида и Данте теперь 150 bp. Я не знаю по последним тестам, но даже с 100 bp покрытие игрека примерно 99,8% с глубиной примерно 20Х. У BigY покрытие примерно 80% с глубиной примерно 40Х. Данте возможно означает больше снипов, но с несколько меньшей уверенностью в чтении. Моя стратегия - делать WGS в ДантеЛабс, если родственники согласны и интересуются (генеалогией, здоровьем или вообще). Малозаинтересованных и сложноуговариваемых тестирую на BigY по мере возможности.

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1885 : 10 Ноябрь 2019, 08:14:54 »
А длина рида и Данте теперь 150 bp. Я не знаю по последним тестам, но даже с 100 bp покрытие игрека примерно 99,8% с глубиной примерно 20Х. У BigY покрытие примерно 80% с глубиной примерно 40Х.
80% - это вроде для BigY 500?
Просто по статистике здесь - https://ydna-warehouse.org/statistics.html - там почти одинаковые числа, у Big Y 700 процентов на 5 меньше (16.3 млн у 500 и 22.5 млн у 700 против 23.5 млн у Дантелабс30).


Оффлайн LeslaАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9194
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2423/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1886 : 10 Ноябрь 2019, 11:12:23 »
не лучше ли WGS (Whole Genome Sequencing) 30X на Illumina NovaSeq 6000 за $180, чем апгрейд c Y-37 до Big Y за $319 на FTDNA? 
Всё равно ведь задача загрузить на YFULL или что-то существенное упускаю из вида?
Если задача только снипы сделать и нет проблем со вторичным взятием образцов, то можно WGS рассмотреть этот вариант.
Если планируется и маркеры задействовать (к снипам), а затем их сравнить с большим количеством других протестированных, то все равно ФТДНА.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 858
  • Страна: il
  • Рейтинг +212/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1887 : 10 Ноябрь 2019, 20:25:37 »
Если задача только снипы сделать и нет проблем со вторичным взятием образцов, то можно WGS рассмотреть этот вариант.
Если планируется и маркеры задействовать (к снипам), а затем их сравнить с большим количеством других протестированных, то все равно ФТДНА.
Спасибо за ответ. Вторично образец взять могу. Если цель найти совпаденцев, то, если правильно понимаю, всё же FTDNA предпочтительнее из-за большей базы протестированных.

Возможно Вам будет интересно обсуждение на http://forum.molgen.org/index.php/topic,10204.525.html хотя бы последние 5 страниц.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5561
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3047/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1888 : 29 Ноябрь 2019, 10:58:22 »
В субклад R-Z92 добавлен новый субклад R-Y62303 с SNPs BY100539, Y61822, Y62303, Y64044, Y66168, Y66612, Y68434, Y69475, Y69526, Y71131, Y71390, Y73959, Y74389, Y74784, Y76003, Y77012.

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 1492
  • Страна: ru
  • Рейтинг +426/-0
  • Потомок помещичьих крестьян Бессоновых(Безсоновых)
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569>>Y11268>>>>Y86309/FT74365)
  • мтДНК: мтДНК в ожидании
Re: Z92 и его снипы
« Ответ #1889 : 29 Ноябрь 2019, 12:46:45 »
В субклад R-Z92 добавлен новый субклад R-Y62303 с SNPs BY100539, Y61822, Y62303, Y64044, Y66168, Y66612, Y68434, Y69475, Y69526, Y71131, Y71390, Y73959, Y74389, Y74784, Y76003, Y77012.
Это id:YF67567 и id:YF07740?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100