N1c-L1022 NorthEuropean [L708+,L1026+,L1022+]

[Shark]

Заказан Big-Y для 240510

Готов Big-Y для Niemi 212726.
L1022+ Y5003+ Y6599-

[Shark]

По информации от Питера Хоммика, эстонские учёные выложили данные Y-ДНК нескольких десятков человек по адресу http://evolbio.ut.ee/chrY/
Из представителей L1022+ проще всего было «подобраться» к носителю Y6599 (эстонец, сэмпл GS000021495-DID).
Обнаружил у него знакомые по результатам FTDNA мутации, которые считались приватными и пока не зафиксированы как SNP.
18756490 C→T встречалась у 278185, 264050
15752061 G→C: 278185, 263554
21263137 G→C: 278185, 263554
18828337 A→C: 278185

Учитывая, что у финнов 263554 и 278185 есть известная родственная связь, имеет смысл проверить наличие снипов 18756490 и 18828337 у Mäkitalo 263554.
В случае, если это наличие подтвердится, снипы можно будет считать достаточно надежными.
На 15752061 и 21263137, думаю, уже сейчас можно вполне полагаться.

[Shark]

В этой эстонской базе ещё есть саамы Y10756+.
У них присутствуют все 4 снипа, характерных для этой ветви — Y10756, Y10757, Y11597, Y11598, а также в обоих образцах есть novel variants
10020053 (T→С),
13817566 (T→C) и
13817567 (G→A),
которые могут формировать новую подгруппу.

[Shark]

Готов Big-Y для «Mack» 240510 (Финляндия).
L1022+ Y5003+ Y6599-

У него два совпадающих снипа с эстонцами Y5003+ Y6599- Est21, Est23 и Est24 из базы Karmin et al
16585370 G→C
23798615 G→A

Кроме этого, вышеуказанные эстонцы имеют существенное количество достаточно надёжных общих мутаций, не представленных у Маркуса. Вот часть из них:
7612506,T→C
8225182,G→del
9485220,G→A
15238418,G→A
23057655,G→T
9008699,T→G
13475943,T→G
22806346,A→G

[Shark]

Мы с Питером Хоммиком сегодня поразбирались в ветке L1022+ Y5004- (PR3050+)
Нашли довольно много потенциальных снипов, присутствующих у Karlsson 176931 и Kupiainen 337424:

9862753 T→G
18100038 T→C
8898673 G→A
15757032 G→A
18612973 G→A
19240140 G→T, гомоплазия с PR3050
6984915 T→G
14377304 C→A
15061862 T→C
17844055 C→G
18268632 T→C
23834338 C→T
25041404 G→A
24443259 C→T
19537443 C→T
9744710 G→T

[Shark]

3 новых BigY для L1022+

273538 Paltta Y5003+, очередная (уже 8-я) ветвь, судя по всему

и 2 теста из одной ветви:
352447 Palomaa Y10756+, 25054170 C→T (shared with 147207), 7225813 T→C
367599 Uotinen Y10756+, 25054170 C→T (shared with 147207), 7225813 T→C

[Shark]

18756490 C→T: 278185, 264050
15752061 G→C: 278185, 263554
21263137 G→C: 278185, 263554
18828337 A→C: 278185

Учитывая, что у финнов 263554 и 278185 есть известная родственная связь, имеет смысл проверить наличие снипов 18756490 и 18828337 у Mäkitalo 263554.
В случае, если это наличие подтвердится, снипы можно будет считать достаточно надежными.
На 15752061 и 21263137, думаю, уже сейчас можно вполне полагаться.

Снипы, о которых я писал 5 марта, попали на дерево Y-Full
18756490 на уровне Y6599 получил индекс Y15160
остальные образуют общую подветвь: 15752061 — Y15159, 18828337 — Y15161, 21263137 — Y15162.
Однако, Y-Full пока не знает структуру подветви и именует её по нисходящему снипу Y15059 (7168349 G→T)

[Shark]

обновление ветви

[Valery]

а что это за софтина рисовала, никто не в курсе? явно красивее gv. Она надеюсь свободная и портируемая?

[Shark]

а что это за софтина рисовала, никто не в курсе? явно красивее gv. Она надеюсь свободная и портируемая?

Я в проге 'Karbon' рисовал изначально. Векторный КДЕ-шный редактор.

[Shark]

FTDNA значительно обновила дерево под снипом CTS9976
введены новые терминальные снипы:
BY5997: A14409295G
BY5999: C24424581G
BY6000: G25161048A
BY6003=Y22106
BY6005: A7082105G
BY6007: C15913142T
BY6010: A9523288T
BY6019: A16486503G
BY6024: G14026432A

[Lesla]

Кстати, готов Big Y у 444203 Anisimov: BY6007+

[Shark]

Кстати, готов Big Y у 444203 Anisimov: BY6007+

Именно его результат и позволил ввести этот снип. Нас пока двое таких)

[kurganov4]

BY6007

Уважаемые форумчане,
хочу заказать этот снип в Yseq через "wish a SNP".
Подскажите, что им писать в пунктах
"its position (hg19) on ChrY"
"the ancestral/derived mutation bases"

position судя по всему 15913142, а "the ancestral/derived mutation bases"?

[Semargl]

BY6007

Уважаемые форумчане,
хочу заказать этот снип в Yseq через "wish a SNP".
Подскажите, что им писать в пунктах
"its position (hg19) on ChrY"
"the ancestral/derived mutation bases"

position судя по всему 15913142, а "the ancestral/derived mutation bases"?

Я думаю достаточно написать имя снипа - он уже есть у Томаса Крана в его браузере:
http://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=BY6007
http://ybrowse.org/gb2/gbrowse_details/chrY?ref=ChrY;start=15913142;end=15913142;name=BY6007;class=Sequence;feature_id=80444;db_id=chrY%3Adatabase
ниже данные этого снипа:
position hg19: 15913142
anc: C
der: T