У всех обладателей гаплогруппы L и, к примеру, J, один и тот же общий предок, который жил (это аксиома) раньше как первого обладателя L, так и первого J. Поэтому не может быть внутри J более близкого к Вам родственника - до всех цепочка поколений одинаковая по числу веков и немного различающаяся по числу поколений (в одной ветке были приняты для мужчин ранние браки, а в другой более поздние). Но разница по числу поколений не очень велика, не настолько, чтоб цепочка поколений от Вас до человека из группы J оказалась короче, чем до человека из L. Вы правильно сказали - причина в случайном распределении количества и направления мутаций.
По мере сокращения числа рассматриваемых мутаций "накладка" в виде кажущегося родства нарастает очень круто, поэтому в Вашем случае я бы рассматривал 16 маркеров (иначе Вы потеряете из поля зрения бОльшую часть базы данных), а вот 12 маркеров - это уже чаще самообман, чем здравое зерно. 12 маркеров смотрите только при условии что у него надежно известные SNP.