АвторТема: Веса для Мурки  (Прочитано 2350 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Веса для Мурки
« : 06 Май 2012, 08:40:29 »
После этого вставьте над первым гаплотипом три строки. В первой – обозначения маркёров, во второй – их веса, третья строка остаётся пустой. Первую и вторую строку можно взять прям отсюда:
393,390,D19,391,385a,385b,426,388,439,3891,392,3892,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395a,395b,590,537,641,472,406,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565
10,6,7,9,6,4,99,14,5,7,21,4,3,19,13,51,30,4,18,10,2,6,5,5,5,6,7,13,9,4,6,2,2,2,2,5,19,23,58,27,19,83,10,29,99,7,9,11,5,6,4,21,71,45,3,50,4,3,6,4,13,17,10,11,30,28,18

Фаррух в своем известно мануале приводит веса, используьемые уважаемым Маугли для гаплогруппы N.
Есть ли другие наборы весов, ориентированные на другие гаплогруппы? Мне кажется, что веса для R будут более подходящи для Q...

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5536
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3011/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Веса для Мурки
« Ответ #1 : 06 Май 2012, 09:02:52 »
После этого вставьте над первым гаплотипом три строки. В первой – обозначения маркёров, во второй – их веса, третья строка остаётся пустой. Первую и вторую строку можно взять прям отсюда:
393,390,D19,391,385a,385b,426,388,439,3891,392,3892,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395a,395b,590,537,641,472,406,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565
10,6,7,9,6,4,99,14,5,7,21,4,3,19,13,51,30,4,18,10,2,6,5,5,5,6,7,13,9,4,6,2,2,2,2,5,19,23,58,27,19,83,10,29,99,7,9,11,5,6,4,21,71,45,3,50,4,3,6,4,13,17,10,11,30,28,18

Фаррух в своем известно мануале приводит веса, используьемые уважаемым Маугли для гаплогруппы N.
Есть ли другие наборы весов, ориентированные на другие гаплогруппы? Мне кажется, что веса для R будут более подходящи для Q...
Вот последние веса от Вадима (для всех гг):
http://forum.molgen.org/index.php/topic,744.msg92203&#msg92203
Приведены для последовательности FTDNA.
Проверьте, может они совпадают с весами, применяемые Mouglley.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Веса для Мурки
« Ответ #2 : 06 Май 2012, 12:10:26 »
После этого вставьте над первым гаплотипом три строки. В первой – обозначения маркёров, во второй – их веса, третья строка остаётся пустой. Первую и вторую строку можно взять прям отсюда:
393,390,D19,391,385a,385b,426,388,439,3891,392,3892,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395a,395b,590,537,641,472,406,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565
10,6,7,9,6,4,99,14,5,7,21,4,3,19,13,51,30,4,18,10,2,6,5,5,5,6,7,13,9,4,6,2,2,2,2,5,19,23,58,27,19,83,10,29,99,7,9,11,5,6,4,21,71,45,3,50,4,3,6,4,13,17,10,11,30,28,18

Фаррух в своем известно мануале приводит веса, используьемые уважаемым Маугли для гаплогруппы N.
Есть ли другие наборы весов, ориентированные на другие гаплогруппы? Мне кажется, что веса для R будут более подходящи для Q...
Вот последние веса от Вадима (для всех гг):
http://forum.molgen.org/index.php/topic,744.msg92203&#msg92203
Приведены для последовательности FTDNA.
Проверьте, может они совпадают с весами, применяемые Mouglley.

Не совпадают.
А можно какой-то комментарий от уважаемого Вертнера?
И если у кого есть - перечень весов, разделенный запятыми. А то уж больно форматированые по вышеприведенной ссылки замысловатое:)

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Веса для Мурки
« Ответ #3 : 06 Май 2012, 12:40:55 »
Вот последние веса от Вадима (для всех гг):Приведены для последовательности FTDNA.
Проверьте, может они совпадают с весами, применяемые Mouglley.
Да, от Вертнера это вроде бы последние его веса. Но это ссылка ещё 2009 года (http://forum.molgen.org/index.php/topic,104.msg21732.html#msg21732).
Веса пассчитаны для 67-маркерного гаплотипа по тогда ещё старой частоте от Клёсова - 0.145 за поколение (25 лет). С тех пор, изменилась и частота Клёсова (для 67 маркеров стала 0,00179 (см. статьи Rozhanskii I. and Klyosov A. (2011) Mutation Rate Constants in DNA Genealogy (Y Chromosome). Advances in Anthropology, 1, No.2: 26-34. (reprint 2011, Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии. т.4, № 12: 2202-2226). И, возможно, изменилось видение проблемы Вертнером (нужно бы попросить его прокомментировать).
Тем более, что есть ещё более старые веса (и соответственно, частоты) от Вертнера - см. Вестник, 2008, т.1, №2, с. 349-386. И рассчитаны они по-другому - как среднеарифметическое от расчёта мутаций на рёбрах сетей по 10 гаплогруппам.
Если встаёт такой вопрос о весах, то нужно или самому вникнуть в проблему и обосновать веса, или не связываться с ними. Рекомендации мэтров - применять веса с большой осторожностью. Я бы советовал тем, кто не совсем в курсе работать с равновесными маркерами даже при больших выборках. А при малых (<200 шт.) - без вариантов равновесно.

Что до разделения запятыми последовательности чисел, то для Мурки нужно это проделывать чрезвычайно внимательно. Во всяком случае у меня никакие примочки с расстановкой запятых автоматом не помогли. Только нудная расстановка вручную (и то не с первого раза) прошла успешно. Там ещё нужно следить за пробелами и чёрт его знает ещё за чем. Добившись удачной "рыбы", впоследствии я просто вставлял её копи-пастом в шапку исходного файла Мурки.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Веса для Мурки
« Ответ #4 : 06 Май 2012, 12:44:03 »
Вот последние веса от Вадима (для всех гг):Приведены для последовательности FTDNA.
Проверьте, может они совпадают с весами, применяемые Mouglley.
Да, от Вертнера это вроде бы последние его веса. Но это ссылка ещё 2009 года (http://forum.molgen.org/index.php/topic,104.msg21732.html#msg21732).
Веса пассчитаны для 67-маркерного гаплотипа по тогда ещё старой частоте от Клёсова - 0.145 за поколение (25 лет). С тех пор, изменилась и частота Клёсова (для 67 маркеров стала 0,00179 (см. статьи Rozhanskii I. and Klyosov A. (2011) Mutation Rate Constants in DNA Genealogy (Y Chromosome). Advances in Anthropology, 1, No.2: 26-34. (reprint 2011, Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии. т.4, № 12: 2202-2226). И, возможно, изменилось видение проблемы Вертнером (нужно бы попросить его прокомментировать).
Тем более, что есть ещё более старые веса (и соответственно, частоты) от Вертнера - см. Вестник, 2008, т.1, №2, с. 349-386. И рассчитаны они по-другому - как среднеарифметическое от расчёта мутаций на рёбрах сетей по 10 гаплогруппам.
Если встаёт такой вопрос о весах, то нужно или самому вникнуть в проблему и обосновать веса, или не связываться с ними. Рекомендации мэтров - применять веса с большой осторожностью. Я бы советовал тем, кто не совсем в курсе работать с равновесными маркерами даже при больших выборках. А при малых (<200 шт.) - без вариантов равновесно.

Уважаемый Valery также советовал применять равновесные веса (10) по всем локусам (ака маркерам), а для снипов - поставить 99. А ещё лучше перейти на четырехщначные веса и поставить для снипов 1000.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Веса для Мурки
« Ответ #5 : 06 Май 2012, 12:50:53 »
Уважаемый Valery также советовал применять равновесные веса (10) по всем локусам (ака маркерам), а для снипов - поставить 99. А ещё лучше перейти на четырехщначные веса и поставить для снипов 1000.
Если ничего не ставить, оставлять пустую строку, то веса будут =1, и это будет хорошо и гораздо проще. Для снипов ставьте, хоть 100, хоть 1000 - всё равно, главное, чтобы они перевешивали веса маркеров (не помню, сколько макс. в Мурке)...

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Веса для Мурки
« Ответ #6 : 06 Май 2012, 16:04:25 »
Если встаёт такой вопрос о весах, то нужно или самому вникнуть в проблему и обосновать веса, или не связываться с ними.
Всё же элементарно.

1. Возьмите свою базу по той гаплогруппе, которой на данный момент занимаетесь.
Прогоните выборку с каждым из наборов весов или без них. Без снипов.

2. Сделайте то же самое, но со снипами, присвоив для них максимально возможные веса.
Я применяю, к примеру, для них веса 3000.

3. Сравните, какой вариант из пункта 1 наиболее похож на результат из пункта 2.

Этот вариант набора весов оставляете, об остальных вариантах забываете, как о страшном сне.

4. Можете дальше развлекаться, уменьшая и увеличивая веса для каждого конкретного маркера.

Уверяю всех, никакого более продвинутого набора весов, чем из первой статьи Вадима не найдёте.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Веса для Мурки
« Ответ #7 : 10 Май 2012, 20:01:17 »

Уверяю всех, никакого более продвинутого набора весов, чем из первой статьи Вадима не найдёте.
Раньше было мало времени, чтобы изложить своё видение по этому вопросу, теперь времени совсем нет. Да и не всё пока могу писать, там без подробных аргументов будет непонятно.
Поэтому кратко. С Виктором(mouglley) согласен не полностью.Условно говоря, те веса о которых говорит Маугли можно назвать популяционными. Логарифмические веса из второй статьи Вертнера - строго обоснованы математически и являются генеалогическими. Для генеалогической глубины и небольшого количества гт лучше использовать их. Чем больше увеличивается возраст и чем больше гт в выборке, тем сильнее надо растягивать логарифмические "веса". Причём, не пропорциально, а экспоненциально,чем быстрее маркер, тем сильнее уменьшать его вес, т.е. веса медленных маркеров почти не меняются, а быстрых уменьшаются до минимума. В результате на больших возрастах(5т.л. и более) и при большом кол-ве гт  получается что-то похожее на веса из первой статьи.
И, возможно, изменилось видение проблемы Вертнером (нужно бы попросить его прокомментировать).
Веса Вертнера конечно не идеальны. Мы с ним обсуждали этот вопрос в личке и даже хотели совместно обсудить этот вопрос публично, но времени так и не нашлось. Я думаю, сейчас он бы решил этот вопрос точнее с учётом новых знаний. но в целом весами Вадима можно пользоваться. С учётом тех пояснений, которые я дал выше.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Веса для Мурки
« Ответ #8 : 10 Май 2012, 20:52:26 »
Главное же, на мой взгляд, - сравнить результаты с идеалом - вычислениями со снипами.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Веса для Мурки
« Ответ #9 : 10 Май 2012, 22:59:29 »
Логарифмические веса из второй статьи Вертнера - строго обоснованы математически и являются генеалогическими. Для генеалогической глубины и небольшого количества гт лучше использовать их. Чем больше увеличивается возраст и чем больше гт в выборке, тем сильнее надо растягивать логарифмические "веса". Причём, не пропорциально, а экспоненциально,чем быстрее маркер, тем сильнее уменьшать его вес, т.е. веса медленных маркеров почти не меняются, а быстрых уменьшаются до минимума. В результате на больших возрастах(5т.л. и более) и при большом кол-ве гт  получается что-то похожее на веса из первой статьи.

Если по разным оценкам возраст снипа Q1b-L275 не превышает 5000 лет, то правильнее использовать логарифмические веса?

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Веса для Мурки
« Ответ #10 : 10 Май 2012, 23:06:17 »
Нет. Логарифмические лет до 500. Дальше постепенно "растягивать". Но степень растягивания не скажу. Для "венедской" ветви R1a1a1 (2,5 т.л.) делал на глаз. Можно там посмотреть. Но это достаточно приблизительно.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Веса для Мурки
« Ответ #11 : 12 Май 2012, 23:56:10 »
Логарифмические веса из второй статьи Вертнера - строго обоснованы математически и являются генеалогическими.
Разве вторая статья была опубликована? Я брал из с форума (2009), как текст от Вертнера. И ещё - эти веса для 67 маркеров и частоты 0,145/гаплотип 25 лет. Сейчас частота 0,120 - отразится ли изменение на весах?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100