АвторТема: Новички мито-гаплогруппы H  (Прочитано 146078 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн shik

  • Сообщений: 52
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: N1c1*(xa,b,c)
  • мтДНК: H1
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #75 : 17 Август 2009, 08:47:39 »
Вообще как можно доверять тому что 23 сообщает про С-тракты? Вы же сами говорите что они видят основание правильно только если у него постоянный контекст. Метод не намного точнее чем классический ПДРФ: если есть гейн то мы как правило знаем что в данной позиции, но если лосс - мутация может быть на соседнем сайте.

23иЯ использует Illumina HumanHap550+. Для каждого снипа есть две тестовые последовательности (probe) по 50 оснований: они находятся с одной стороны от SNP и отличаются только основанием на конце: последняя база комплиментарна каждому варианту снипа. Если гибридизация прошла, достраивается следующее основание, помеченное флюорисцентным маркером. Таким образом, ситуация принципиально лучше той, что Вы описали - если гибридизация прошла для одного из двух тестов, то определяется снип однозначно. Если мутация на соседнем сайте, ни в одном из тестов гибридизация не пройдёт и это сразу будет замечено и помечено как "no call".
(Это устарелая технолония и сейчас Illimuna пользуется другой.)

23andMe help:
These DNA pieces are then applied to a DNA "chip." The DNA chip is a small glass slide with millions of microscopic beads on its surface. Attached to each bead are "probes"—bits of DNA complementary to sites in your genome where SNPs are located. There is a pair of probes for each SNP, corresponding to the two versions of each SNP. Because two complementary pieces of DNA stick together, your DNA sticks to whichever probes match your versions of a SNP.

 See also Infinium I Design at
http://www.solexa.com/downloads/GTCustomGenotypingDataSheet.pdf

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1423
  • Страна: ca
  • Рейтинг +147/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #76 : 12 Сентябрь 2009, 07:43:43 »
Таки не могу пока понять - почему H, унаследованный по материнской линии - показывает в основном Ашкеназские матчи (в 80-90%). Жили, насколько известно (по-крайней мере - в 19 веке), - во Владимирской области, под Муромом, между Меленок и Касимовым (далеко от центров), считались всегда русскими и фенотипически, и по церковным книгам (были по той линии даже женщины-книжницы так хорошо знавшие Писание - что к ним, по слухам - ходили за советом, как к батюшке).
Заказал HVR2 тест.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1391/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #77 : 12 Сентябрь 2009, 11:30:50 »
ГВС?

Оффлайн kapustin

  • Сообщений: 544
  • Страна: 00
  • Рейтинг +222/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1b2a1a4 (FT13434 - E-FGC62615); жжм (отец бабушки)-J1-L816
  • мтДНК: V7b1
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #78 : 12 Сентябрь 2009, 14:17:21 »
A какую гаплогруппу маркирует следующий тест
HVRI 73G,146C, 263G, 309.1C, 3151C

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1423
  • Страна: ca
  • Рейтинг +147/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #79 : 12 Сентябрь 2009, 19:13:38 »
ГВС?

простите, что сия аббревиатура обозначает?

(мой HVR1: 16114T, 16519C)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +572/-2
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #80 : 12 Сентябрь 2009, 19:24:12 »
Цитировать
простите, что сия аббревиатура обозначает?
ГиперВариабельный Сегмент (аналог HVR).

Оффлайн alfatvcom

  • Сообщений: 130
  • Страна: 00
  • Рейтинг +20/-0
  • Y-ДНК: N1C1a1a1
  • мтДНК: HV0b'c
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #81 : 06 Октябрь 2009, 20:58:03 »
Может кому будет интересно!
http://www.genebase.com/blog/?p=30

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1259
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #82 : 07 Октябрь 2009, 02:24:09 »
В общем-то у меня значения от FTDNA и от 23andMe не совпадают.
А чем сравнивали, не могли бы подсказать?
FTDNA дало значения в явном виде.
А из файла от 23andMe каким-то Экселовским скриптом выдергивал. Уж год тому. Тема по-моему такая в форумах 23andMe есть.
Лучше всего парово3 спросить. Он по 23andMe на этом форуме самый продвинутый.
Ann Turner создала эксель, который преобразует Йорубу в rCRS.
Она же и в курсе всех залетов. Проще всего спросить у нее.

Оффлайн Alesh

  • Сообщений: 903
  • Рейтинг +80/-1
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #83 : 07 Октябрь 2009, 03:48:59 »
A какую гаплогруппу маркирует следующий тест
HVRI 73G,146C, 263G, 309.1C, 3151C

это HVR2

Оффлайн kapustin

  • Сообщений: 544
  • Страна: 00
  • Рейтинг +222/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1b2a1a4 (FT13434 - E-FGC62615); жжм (отец бабушки)-J1-L816
  • мтДНК: V7b1
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #84 : 07 Октябрь 2009, 17:18:44 »
А он соответствует какойто гаплогруппе?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1391/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #85 : 07 Октябрь 2009, 17:29:27 »
А он соответствует какойто гаплогруппе?

если диапазоном считать 1-576 т.е. весь ГВС2, тогда подходит большинству линий L2 и L3, кроме M, N1, X, A, HV, U4 и нескольких других гаплогрупп со специфическими вариантами ГВС2. Если верхняя граница еще ниже, то может быть и M и U4 у которых специфика дальше 400й позиции.

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1210
  • Страна: 00
  • Рейтинг +143/-0
  • Carpatho-Rusyn E-FTA26699 - Venetic H1b* or H41b*
    • YFull: YF97503 / TheYtree: AU74989 / FTDNA: 93512
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10b*~ (FGC11451+, FTA26699+)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C) or H41b* (G15617A, G12192A)
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #86 : 07 Октябрь 2009, 18:03:29 »
Уточните, пожалуйста, что такое "Йоруба"?
Это какой-то иной, отличный от CRS, стандарт?
Если судить по названию, "Йоруба" как-то связана с митогруппой L?

Оффлайн Trish

  • Сообщений: 62
  • Рейтинг +8/-0
  • Y-ДНК: 1:R1a1a*, 2:R1a1, 4:G2a, 6:G2a
  • мтДНК: Н - и у мамы и у папы
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #87 : 17 Октябрь 2009, 22:55:47 »
Подскажите, пожалуйста, что означает совпадение по HRV1+HRV2, и неполное совпадение по coding region SNPs:
у меня: 750G, 1438G, 4769G, 8285I, 11440A and 15326G
у совпаденца: 711G, 750G, 1438G, 4769G, 8285I(?), 9077C and 15326G?
Насколько мы далеки друг от друга?

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1423
  • Страна: ca
  • Рейтинг +147/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #88 : 29 Октябрь 2009, 08:14:13 »
(мой HVR1: 16114T, 16519C)

сделал HVR2. Полных совпаденцев в митосёрче нет.
236G, 309.1C, 315.1C
(полный сиквенс, наверное, ничего нового не даст?)

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1210
  • Страна: 00
  • Рейтинг +143/-0
  • Carpatho-Rusyn E-FTA26699 - Venetic H1b* or H41b*
    • YFull: YF97503 / TheYtree: AU74989 / FTDNA: 93512
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10b*~ (FGC11451+, FTA26699+)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C) or H41b* (G15617A, G12192A)
Re: Новички мито-гаплогруппы H
« Ответ #89 : 29 Октябрь 2009, 17:26:05 »
Интересная получается картина!
Я уже давно получил результаты своих HVR1+HVR2, сейчас жду FGS.
FTDNA определила меня как H, а уважаемый Valery предположил H1b, т.е. типично восточно-европейское происхождение. Это соответствует и происхождению моей прямой женской линии (Московская губерния).

Однако, сегодня обратил внимание, что в разделе mtDNA Recent Ancestral Origins в личной ФТДНА-странице мои полные совпаденцы по HVR1+HVR2 почему-то преобладают среди сефардов Марокко (9,1% протестированных), сефардов Турции (5,8%) и греков (5,4% протестированных в ФТДНА из Греции). :o

А из россиян, протестированных в ФТДНА со мной совпадает лишь 1,1%, хотя моя женская линия из Московской губернии.

Как же это понимать? ::)
Или у сефардов распространена митогаплогруппа H1b ???
или моя митогруппа не H1b, а какой-то иной субклад H  :-\

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.