Новички мито-гаплогруппы H

[shik]

Вообще как можно доверять тому что 23 сообщает про С-тракты? Вы же сами говорите что они видят основание правильно только если у него постоянный контекст. Метод не намного точнее чем классический ПДРФ: если есть гейн то мы как правило знаем что в данной позиции, но если лосс - мутация может быть на соседнем сайте.

23иЯ использует Illumina HumanHap550+. Для каждого снипа есть две тестовые последовательности (probe) по 50 оснований: они находятся с одной стороны от SNP и отличаются только основанием на конце: последняя база комплиментарна каждому варианту снипа. Если гибридизация прошла, достраивается следующее основание, помеченное флюорисцентным маркером. Таким образом, ситуация принципиально лучше той, что Вы описали - если гибридизация прошла для одного из двух тестов, то определяется снип однозначно. Если мутация на соседнем сайте, ни в одном из тестов гибридизация не пройдёт и это сразу будет замечено и помечено как "no call".
(Это устарелая технолония и сейчас Illimuna пользуется другой.)

23andMe help:
These DNA pieces are then applied to a DNA "chip." The DNA chip is a small glass slide with millions of microscopic beads on its surface. Attached to each bead are "probes"—bits of DNA complementary to sites in your genome where SNPs are located. There is a pair of probes for each SNP, corresponding to the two versions of each SNP. Because two complementary pieces of DNA stick together, your DNA sticks to whichever probes match your versions of a SNP.

 See also Infinium I Design at
http://www.solexa.com/downloads/GTCustomGenotypingDataSheet.pdf

[Anode]

Таки не могу пока понять - почему H, унаследованный по материнской линии - показывает в основном Ашкеназские матчи (в 80-90%). Жили, насколько известно (по-крайней мере - в 19 веке), - во Владимирской области, под Муромом, между Меленок и Касимовым (далеко от центров), считались всегда русскими и фенотипически, и по церковным книгам (были по той линии даже женщины-книжницы так хорошо знавшие Писание - что к ним, по слухам - ходили за советом, как к батюшке).
Заказал HVR2 тест.

[Valery]

ГВС?

[kapustin]

A какую гаплогруппу маркирует следующий тест
HVRI 73G,146C, 263G, 309.1C, 3151C

[Anode]

ГВС?

простите, что сия аббревиатура обозначает?

(мой HVR1: 16114T, 16519C)

[Centurion]

простите, что сия аббревиатура обозначает?

ГиперВариабельный Сегмент (аналог HVR).

[alfatvcom]

Может кому будет интересно!
http://www.genebase.com/blog/?p=30

[napobo3]

В общем-то у меня значения от FTDNA и от 23andMe не совпадают.

А чем сравнивали, не могли бы подсказать?

FTDNA дало значения в явном виде.
А из файла от 23andMe каким-то Экселовским скриптом выдергивал. Уж год тому. Тема по-моему такая в форумах 23andMe есть.
Лучше всего парово3 спросить. Он по 23andMe на этом форуме самый продвинутый.

Ann Turner создала эксель, который преобразует Йорубу в rCRS.
Она же и в курсе всех залетов. Проще всего спросить у нее.

[Alesh]

A какую гаплогруппу маркирует следующий тест
HVRI 73G,146C, 263G, 309.1C, 3151C

это HVR2

[kapustin]

А он соответствует какойто гаплогруппе?

[Valery]

А он соответствует какойто гаплогруппе?

если диапазоном считать 1-576 т.е. весь ГВС2, тогда подходит большинству линий L2 и L3, кроме M, N1, X, A, HV, U4 и нескольких других гаплогрупп со специфическими вариантами ГВС2. Если верхняя граница еще ниже, то может быть и M и U4 у которых специфика дальше 400й позиции.

[Sergey Lutak]

Уточните, пожалуйста, что такое "Йоруба"?
Это какой-то иной, отличный от CRS, стандарт?
Если судить по названию, "Йоруба" как-то связана с митогруппой L?

[Trish]

Подскажите, пожалуйста, что означает совпадение по HRV1+HRV2, и неполное совпадение по coding region SNPs:
у меня: 750G, 1438G, 4769G, 8285I, 11440A and 15326G
у совпаденца: 711G, 750G, 1438G, 4769G, 8285I(?), 9077C and 15326G?
Насколько мы далеки друг от друга?

[Anode]

(мой HVR1: 16114T, 16519C)

сделал HVR2. Полных совпаденцев в митосёрче нет.
236G, 309.1C, 315.1C
(полный сиквенс, наверное, ничего нового не даст?)

[Sergey Lutak]

Интересная получается картина!
Я уже давно получил результаты своих HVR1+HVR2, сейчас жду FGS.
FTDNA определила меня как H, а уважаемый Valery предположил H1b, т.е. типично восточно-европейское происхождение. Это соответствует и происхождению моей прямой женской линии (Московская губерния).

Однако, сегодня обратил внимание, что в разделе mtDNA Recent Ancestral Origins в личной ФТДНА-странице мои полные совпаденцы по HVR1+HVR2 почему-то преобладают среди сефардов Марокко (9,1% протестированных), сефардов Турции (5,8%) и греков (5,4% протестированных в ФТДНА из Греции).

А из россиян, протестированных в ФТДНА со мной совпадает лишь 1,1%, хотя моя женская линия из Московской губернии.

Как же это понимать?
Или у сефардов распространена митогаплогруппа H1b
или моя митогруппа не H1b, а какой-то иной субклад H