Новички мито-гаплогруппы H

[mouglley]

Однако, все мы, северные люди, - неандертальцы (в чём-то).
У нас с Вами 74.19%.
Мало.

[Аббат Бузони]

Шарьтесь со мной, у меня тоже поволжские корни.

[Anode]

Шарьтесь со мной, у меня тоже поволжские корни.

как вас найти?
(или найдите меня)

[Аббат Бузони]

Ввидите Shtrunov.

[Polar_Wolf]

Пришли вот данные от Гентиса для моей дальней родственницы - у неё тоже Н.
Н (ну судя по всему, был снип 7028) + 16311С.

Попробовал разобраться - неоднозначный вариант получается.

H2b - 1438 4769 152  8598  16311
H11 -  195 8448  13759  16311
H13a2b -  709 2259 14872 4639  15001  16311

Да, похоже для нас (потомков Елены) нужно только FGS. Хоть для моего случая, хоть для этого.

[Аббат Бузони]

А я пока для фгс не созрел, мне знание того,  что я Н16 ничего не дает.

[Аббат Бузони]

И какой регион?

[Farroukh]

Ответил тут

[Polar_Wolf]

Ответил тут

"HVRы (обе) могут полностью совпадать у совершенно разных митогрупп." - про это ?

1. Если про это, можете привести конкретные примеры, когда есть достаточно далёкие мт-группы - скажем L и H с полностью одинаковыми HVR1+HVR2 ?

2.В данном же случае, поскольку Гентис проверяла именно по мт-снипам, то значит, в данном анализе есть 7028С, отсюда вывод, что группа однозначно опеределена как Н. Другое дело, если я бы делал вывод о принадлежности 16311С к группе Н только на основании HVR1.

3. Вот в моём мт-анализе (только контрольного региона) : 195С 239С 263G 311.СТС 16362С также чётко вырисовывается "пара" из Н6 : 239С + 16362С. Смотрел по mitosearch, по работам Малярчука (Mitochondrial DNA variability in Poles and Russians. Malyarchuk B.A.), по другим - нигде, кроме Н*, Н, Н6, Н6а, не видел таких комбинаций.

[Farroukh]

можете привести конкретные примеры, когда есть достаточно далёкие мт-группы - скажем L и H с полностью одинаковыми HVR1+HVR2 ?

Разумеется. Такой пример - я (моя митогруппа - F). Мои HVR совпадают с HVR носителей митогруппы H. Реальное генетическое расстояние между ними приличное

[Polar_Wolf]

Разумеется. Такой пример - я (моя митогруппа - F). Мои HVR совпадают с HVR носителей митогруппы H. Реальное генетическое расстояние между ними приличное

Я же писал "с полностью одинаковыми HVR1+HVR2".
У Вас же не протестирован HVR2, поэтому сравнивать весьма сложно.
Если брать без HVR2, то даже в таком варианте для Вашего W58E6 совпадений на митосёрче НЕТ.

Если у Вас есть конкретный пример с любой выборки (базы данных, научной работы), пожалуйста, напишите.

Тем более у Вашей ГГ (F) есть характерный маркер 16304C.
У нас (Н) он тоже есть, но встречается в комбинациях с другими маркерами.
Я уже размещал ссылку на большую схему всех ГГ - http://forum.molgen.org/index.php/topic,917.0.html

А если смотреть по дистанциям (для варианта 16093C,16304C, 16327Т) - на рисунке внизу, то вот как минимум на 1 маркер отличие есть (это если без HVR2). Если добавить Ваш последний маркер - 16362С, то тогда совпадений нет ВООБЩЕ.

[Farroukh]

Действительно, так и есть.

Тем не менее, приходилось сталкиваться с ситуациями полного совпадения обеих областей у носителей разных митогрупп. На ДНА-форумс что-то такое проскакивало.

[Polar_Wolf]

Тем не менее, приходилось сталкиваться с ситуациями полного совпадения обеих областей у носителей разных митогрупп. На ДНА-форумс что-то такое проскакивало.

Там скорее всего имели в виду не сами группы (L и H), а подгруппы - Н5, Н6 скажем.

1. Либо как вариант - относительно близкие группы.
Пример : К - всего лишь одна из веток U.

2. Либо внутри HV - может быть у V и H.

[Людмила]

Результаты от Соренcона ввела в базу данных GeneTree. Из 4-х образцов ДНК: 2 -H c субгруппой Н, один - J с субгруппой J, а еще один (из Тверской глуши) - R c субгруппой HVO. Может быть это неточности из-за недостаточного количества протестированных маркеров? 

[Centurion]

Результаты от Соренcона ввела в базу данных GeneTree. Из 4-х образцов ДНК: 2 -H c субгруппой Н, один - J с субгруппой J, а еще один (из Тверской глуши) - R c субгруппой HVO. Может быть это неточности из-за недостаточного количества протестированных маркеров?

Это неточности в предсказание гаплогруппы. Киньте мне данные в ЛС. Пробьем по базе в более чем 200 тыс записей.