Гаплогруппа H

[Mich Glitch]

Выложите свои результаты в ветке.
Укажите в каком формате (Кембридж, Йоруба).

Посмотрю, что да как.  (Сейчас с женой в ресторане.)

[pashka_1604]

Выложите свои результаты в ветке.
Укажите в каком формате (Кембридж, Йоруба).

Посмотрю, что да как.  (Сейчас с женой в ресторане.)

У меня файл в формате *vcf, во всяком случае Генотек в таком виде предоставляет исходные данные. Знакомы Вы с таким форматом?
Кстати, не нашел как тут вложения прикреплять.

[Mich Glitch]

Нужны Ваши результаты такого вида (указание референса, позиции, значения):

[Mich Glitch]

Или по Кембриджу:

[Mich Glitch]

[Mich Glitch]

Тема моя по материнским корням (включая прямую линию) живёт вот тут.     

[Semargl]

Жаль, что Вы не делали тест в ФТДНА.



Возможно мы с Вами родственники по прямым женским линиям.
И да. У меня тоже крестьяне Рязанщины.

Мои из деревни Колесня юго-западнее Рязани.

Так вот от меня уже звучал вопрос: стоит ли исходные данные (формат *vcf) конвертировать в формат дляFamilyTreeDNA Family Finder за денежку и что это даст?

Вопрос в размере "денежки".
Формат данных для FF позволит вам загрузить их на сторонние сервисы, такие как GedMatch и FTDNA и поискать своих там совпаденцев по аутосомам.
Что касается мито гаплогруппы, то можете открыть свой vcf в текстовом редакторе. Найдите в нем строки касающиеся мито (в столбце Chromosome обозначены как chrM или MT).
Их немного. Скопируйте и опубликуйте здесь или отправьте мне в личку.

[Srkz]

А что за тест, "Полная расшифровка генома"? Или для "Генетический паспорт" тоже по умолчанию выдаётся VCF?

[pashka_1604]

Отправил запрос в Генотек и информативно пообщался со специалистом (очень оперативно ответили!). Подтвердили, что у меня Н6a1a мутация T11254C.
*Почитал об этом субкладе. Его носители появились в В. Европе не раньше Бронзового века во времена миграций индоевропейцев с территории Средней Азии в понто-каспийские степи, так же эта гаплогруппа рапространилась с носителями культуры Шнуровой керамики.

[Semargl]

Отправил запрос в Генотек и информативно пообщался со специалистом (очень оперативно ответили!). Подтвердили, что у меня Н6a1a мутация T11254C.
*Почитал об этом субкладе. Его носители появились в В. Европе не раньше Бронзового века во времена миграций индоевропейцев с территории Средней Азии в понто-каспийские степи, так же эта гаплогруппа рапространилась с носителями культуры Шнуровой керамики.

Все верно. Гаплогруппа Н6a1a. Использовали референс Yoruba, поэтому некоторые позиции отличаются от общепринятых.
Правила конвертации

Код: [Выделить]

< 315 leave position
>= 315 and < 3107: decrease 2
>= 3107 and <16193: decrease 1
>= 16193 decrease 2


[pashka_1604]

Все верно. Гаплогруппа Н6a1a. Использовали референс Yoruba, поэтому некоторые позиции отличаются от общепринятых.

Хорошо, но почему-то нигде на просторах интернет не мелькает  информация о мутации T11254C в отличие от мутации T11253C. Сказали вроде как параллельная близкая мутация.

[FELIX]

Все верно. Гаплогруппа Н6a1a. Использовали референс Yoruba, поэтому некоторые позиции отличаются от общепринятых.

Хорошо, но почему-то нигде на просторах интернет не мелькает  информация о мутации T11254C в отличие от мутации T11253C. Сказали вроде как параллельная близкая мутация.

Это одна и таже мутация. Просто есть альтернативные классификации, в которых номера позиций не совпадают. О чем Вам выше и ответили.

An alternative African (Yoruba) reference sequence has also been used sometimes instead of the Cambridge.

[Semargl]

Все верно. Гаплогруппа Н6a1a. Использовали референс Yoruba, поэтому некоторые позиции отличаются от общепринятых.

Хорошо, но почему-то нигде на просторах интернет не мелькает  информация о мутации T11254C в отличие от мутации T11253C. Сказали вроде как параллельная близкая мутация.

Я перечислил правила конвертации координат йоруба в общепринятый везде rCRS.
Смотрите. Позиция 11254 попадает под правило >= 3107 and <16193 следовательно к ней применяется действие decrease 1
11254-1=11253

[pashka_1604]

Коллеги, благодарю за помощь! Без вас бы точно не справился. Тогда следующим шагом буду конвертировать в форматы для 23andme, Ancestry DNA и FamilyTreeDNA Family Finder. Посмотрим, что из этого выйдет.

[Mich Glitch]

Что у Вас в полученном файле vcf в параграфе chrM по позиции 10937?

По Кембриджу это 10937 - 1 = 10936.

Если вместо референтного значения С для этой позиции у Вас Т (обозначают чаще всего сей факт вот так C10936T), то это значит, что у Вас гаплогруппа H6a1a5.