Старики-разбойники

[Farroukh]

Один мой гапло-брат из Штатов поведал такую историю. Среди его знакомых есть два родных брата, причём младший из них родился когда отцу было 60 лет, а старший - почти на 40 лет раньше. Они заказали тест Y-67 во ФТДНА.

По всем правилам, они должны были бы быть 67/67  со 100% вероятностью.

Результаты: 65/67! Разница в 2 маркера из 67 у родных братьев!

Это что, возраст отца влияет на число мутаций?

[Centurion]

Один мой гапло-брат из Штатов поведал такую историю. Среди его знакомых есть два родных брата, причём младший из них родился когда отцу было 60 лет, а старший - почти на 40 лет раньше. Они заказали тест Y-67 во ФТДНА.

По всем правилам, они должны были бы быть 67/67  со 100% вероятностью.

Результаты: 65/67! Разница в 2 маркера из 67 у родных братьев!

Это что, возраст отца влияет на число мутаций?

да. и это уже давно доказано исследованиями. с возрастом вероятность мутации половой клетки во время ее деления увеличивается

По всем правилам, они должны были бы быть 67/67  со 100% вероятностью.

это только если они близнецы, тогда 100%, а так не 100%

[Farroukh]

Это важный момент, ибо ФТДНА говорит, что 67/67 - это родство от 1 до 9 поколений назад. То есть занижает скорость мутаций. Тогда как 67 маркёров могут не совпасть даже у родных братьев.

[Mich Glitch]

Это важный момент, ибо ФТДНА говорит, что 67/67 - это родство от 1 до 9 поколений назад. То есть занижает скорость мутаций. Тогда как 67 маркёров могут не совпасть даже у родных братьев.

Естественно могут не совпасть.
И даже не у двух братьев (1 поколение, 2 поколенных перехода), а у отца и сына.
У меня с отцом 1 мутация на 34 маркерах.
Вероятность такого события 0.5%. 1 к 200  -  не так уж и редко.

И конечно же ФТДНА не говорит, что со 100% вероятностью 67/67 это родство не далее 9 поколений.

Потом, занижать скорость мутаций, это значит говорить, что 67/67 это не 9 поколений, а, к примеру, 30.

Раньше Вы жаловались на завышение скорости мутирования у коварных ребят из ФТДНА.  А теперь оказывается, что они по прежнему коварны, но наоборот. Занижают, сволочи. 

Вероятность 65/67 для двух братьев составляет всё те же пол процента.


*** Нельзя судить по одному единичному событию. Раз.
Даже если вероятность один к миллионам, то ведь данные события тоже происходят. Ведь, скажем, каждую неделю люди выигрывают главный приз в лотерее 6/49, где шансы составляют 1 к 13 миллионам с копейками. Два.

Нормальные скорости.
Нормальные расчёты.
Просто не забываем читать текст, прописанный мелкими буковками. 

[Farroukh]

1 мутация на 34 маркерах

Михаил, а в каком именно маркёре эта мутация? В описанном мною случае речь шла о DYS450 и DYS441.

Раньше Вы жаловались на завышение скорости мутирования у коварных ребят из ФТДНА.  А теперь оказывается, что они по прежнему коварны, но наоборот. Занижают, сволочи.

Нет, мне их скорости всегда казались омолаживающими.

[Mich Glitch]

Нет, мне их скорости всегда казались омолаживающими.

Да, но сейчас то они состарить хотят.  Если раньше (по Вашему, конечно) они БОПов придвигали к нашим дням, то теперь задвигают в древность.

[Mich Glitch]

1 мутация на 34 маркерах

Михаил, а в каком именно маркёре эта мутация?

DYS458. У отца 18. У меня 19.

[Mich Glitch]

Вот ещё пример (из темы про Шимона).
ВБОП 4.5 поколений, а имеем 4 разнящихся маркеров. Или пошагово 6 (это я столько насчитал, и ФТДНА столько показывает). А Робот Вертнера вообще даёт 7.

И?

По любому укладывается в вероятностный предикт. Что-то там было 1 к 40.

[Mich Glitch]

Кстати думки по этому поводу меня натолкнули на интересную идею.
Как по простому выбирать между методами бесконечных аллелей и пошаговых мутаций.

Если глубины малые, то, как говаривает известный персонаж, однозначно надо использовать метод бесконечных аллелей.

Многошаговые мутации составляют, что-то там около 8%. В приведённом выше примере - это именно тот случай.
Только обладая недюжинной фантазией, можно допустить, что на 4.5 поколениях из 111 маркеров по одному из них, почитай каждое поколение натикивало одношаговую мутацию.

Блин, темка немного сложнее оказывается для бодрого ответа за 2 минуты (только что вернулся домой после 12 часовой смены; уже третий день подряд; 4 часа ночи, если что).

Короче.

Оцениваем количество несовпадающих маркеров по отношению к длине гаплотипа. При малых величинах используем только бесконечные аллели.
На средних пропорциях принимаем в расчёт оба метода (проще всего сделать две независимые оценки и взять какое-то среднее).
На больших разницах пользуемся только пошаговыми мутациями.

Такое вот ночное откровение.   


*** Жаль, что в базе Семаргла нет возможности сортировки списков гаплотипов. Неплохо было бы их оценивать по разным методам гендистанций.

[МашкИн]

Сравнил промежуточные результаты по процентам родственности, рассчитанным ФТДНА относительно ближайшего совпаденца на 24 поколения назад

Для 37 маркеров 90%.
67 маркеров 50%.
111 маркеров 0,30%.

Чего бы это значило?

[Mich Glitch]

Сравнил промежуточные результаты по процентам родственности, рассчитанным ФТДНА относительно ближайшего совпаденца на 24 поколения назад

Для 37 маркеров 90%.
67 маркеров 50%.
111 маркеров 0,30%.

Чего бы это значило?

Немного непонятно что Вы имеете в виду.
Особенно то, что Вы имеете под словом промежуточные? Какие могут быть промежуточные, если Вы сравниваете по 111 маркерам?
Что такое проценты родственности?
Не могли бы Вы выложить исходные результаты?

[МашкИн]

Сравнил промежуточные результаты по процентам родственности, рассчитанным ФТДНА относительно ближайшего совпаденца на 24 поколения назад

Для 37 маркеров 90%.
67 маркеров 50%.
111 маркеров 0,30%.

Чего бы это значило?

Немного непонятно что Вы имеете в виду.
Особенно то, что Вы имеете под словом промежуточные? Какие могут быть промежуточные, если Вы сравниваете по 111 маркерам?
Что такое проценты родственности?
Не могли бы Вы выложить исходные результаты?

При сравнении моего набора 219850 с Mr. Zagid Azizov
на 12 маркерах в ФТДНА было
COMPARISON CHART
Generations   Percentage
4   33,57%
8   55,88%
12   70,69%
16   80,53%
20   87,07%
24   91,41%

На 67 маркерах
.....
.....

24              50,30%

на 111 маркерах
.....
.....

24               0,31%

[Mich Glitch]

Понятно.

Понимать это надо следующим образом.

На 12 маркерах с кумулятивной (суммарной) вероятностью в 91.41% определили, что БОП жил не далее 24 поколений тому назад (24 поколения и ближе).

В ходе последующей проверки, наметились значительные различия. Поэтому по 67 маркерам вероятность того, что БОП жил не дальше 24 поколений составила всего 50.30%.

Тест же по 111 маркерам поставил окончательную точку. Родство очень далёкое. Вероятность того, что оно не превышает 24 поколения - составляет всего лишь 0.31%.  Или 1 к 323.

[МашкИн]

Понятно.

Понимать это надо следующим образом.

На 12 маркерах с кумулятивной (суммарной) вероятностью в 91.41% определили, что БОП жил не далее 24 поколений тому назад (24 поколения и ближе).

В ходе последующей проверки, наметились значительные различия. Поэтому по 67 маркерам вероятность того, что БОП жил не дальше 24 поколений составила всего 50.30%.

Тест же по 111 маркерам поставил окончательную точку. Родство очень далёкое. Вероятность того, что оно не превышает 24 поколения - составляет всего лишь 0.31%.  Или 1 к 323.

Отсюда следует, что более адекватный расчёт может быть произведен с учётом, что количество мутаций изначально определяют по относительной части мутаций известных маркеров.

Например, если имеем одну известную мутацию на 12 маркерах, то общее количество мутаций на 111 маркерах будет уже около десяти, с учетом отклонения частоты мутаций по каждому из маркеров. Тогда зависимость от количества маркеров при расчёте не будет такой сильной.

[Mich Glitch]

Отсюда ничего не следует.

Обожаю подобный стиль рассуждений.
Сначала что-то говорят, говорят, а потом выдают "значит". Ничего не значит. 

Чего Вы наболтали? (Извините, но я так и не смог привыкнуть к водянистому стилю Ваших сообщений.)

Всё просто:
Проверили гаплотипы по нескольким выборочным значениям (маркерам) - получили один результат.
Рассмотрели больше маркеров - уточнённый результат оказался иным.
Взяли максимально возможное количество маркеров (из широкодоступного коммерческого набора) - выводы оказались значительно отличными от начальных.

Больше - значит лучше. ©