Гаплогруппа G1a

[сармат]

27,3% J2a* в Исфахане.  http://s017.radikal.ru/i437/1410/c4/62bc4e7e46e9.png

[falcon16]

Polymorphism Y-chromosome in kazakh populations from the perspective of "Shezhire" structure - http://www.researchgate.net/researcher/39806603_O_Balanovsky

"Мы изучили генетические вариации Y-хромосомы в трех этно-территориальных единиц 14 кланов и 20 племенных групп казахов в перспективе иерархически организованной племенной структуры. В общей сложности 1407 образцов были проанализированы с помощью 40 SNP и 17 STR маркеров... Было выявлено, что существует девять доминирующих гаплогрупп у казахов: C3 (xC3c) -M217 (xM48), C3c-M48, G1a-P20, J2-M172, N1c1a-M178, O3a3c1-M134, Q-M242, R1a1a * -M198 (xM458) и R1b1a-P297. "Генетические портреты" каждого племени и клана были созданы. Феномен доминирования отдельной гаплогруппы для каждого клана было выявлено. Во многих казахстанских кланов большинство их членов может проследить их происхождение от одного биологического основателя." 
"В нашем исследовании генофонда казахского народа (N=1407) в контексте родоплеменной структуры у представителей 9 из 14 крупных родов было выявлено накопление различных, характерных для каждого рода гаплогрупп Y-хромосомы, сложный этногенез казахского народа."
--------------------------------------------------------
"Население Казахстана делятся на три этно-территориальных объединений племен, называемых "жуз" (Старший, Средний и Младший жузы) и группу аристократических племен (Tore, Kozha, Sunak). Степная аристократия (Tore N=25) и степное духовенство (Kozha N=74)
В Tore, восемь гаплогрупп были определены, среди которых были три основные: C3 * - M217 (xM48), R1a * - M198 (xM458) и R2a - M124. В Kozha, было 14 Y-хромосомные гаплогруппы, только три из которых имели частоту выше 10 процентов: R1a1a-M198, J2-M172, R2A-M124. Сходство спектров основных гаплогрупп может указывать на генеалогические связи между социально привилегированными племенами. Это исследование дает существенную предпосылку для идентификации мужской ДНК и трассировки Гаплотипов для каждого племени."
-------------------------------------------------------
Было проведено исследование казахского племени Аргын. Мы проанализировали 40 SNP и 17 STR Y-хромосомные маркеры. (объем выборки N = 287) В племени Аргын были выявлены двадцать гаплогрупп , среди которых самая крупная - G1a - P20 (71%) и три незначительных гаплогруппы R1a * - M198 (xM458) (6%), C3c - M48 (5%) и C3 * - M217 (xM48) (3%). Другие гаплогруппы составляют менее трех процентов.
Мы рассчитали генетические расстояния, сравнивая генофонды изученных родов с другими племенами Евразийской степи. Племя Аргын занимает на графике изолированную позицию, демонстрируя отсутствие генетических связей с другими племенами Казахстана.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
KZ DNA-project - https://www.familytreedna.com/public/alash/default.aspx?section=yresults
Казахи - http://forum.molgen.org/index.php/topic,403.msg167976.html#msg167976
Казахи из Китая - http://forum.molgen.org/index.php/topic,403.msg165067.html#msg165067
Kazakh Genetics - http://www.khazaria.com/genetics/kazakhs.html
Список 92 узбек-казахских племен - http://www.eurasica.ru/articles/genealogy/spisok_92_uzbek-kazahskih_plemen/
Cписок казахских родов - http://www.zakon.kz/4595527-v-socsetjakh-podschitali-chislennost.html
http://s020.radikal.ru/i704/1410/be/922ad0db95cc.jpg


--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Генофонд степной аристократии и духовенства Казахстана - http://www.researchgate.net/publication/260665529_The_relation_between_the_Y-chromosomal_variation_and_the_clan_structure_the_gene_pool_steppe_aristocracy_and_the_steppe_clergy_Kazakhs    Откройте - FULL TEXT
Вестник Московского Университета. Антропология. 2014 / 1 - http://www.antropos.msu.ru/publication.html



Haplogroup G1 Tree - https://sites.google.com/site/compositeytree/g1
YFull Experimental YTree v5.03 - http://yfull.com/tree/G/
Phylogenetic Relations Various G sub-haplogroups in Azeris.. - http://www.lifesciencesite.com/lsj/life1006s/080_17666life1006s_517_521.pdf



Иран (952 чел. 2011) - http://dienekes.blogspot.ru/2012/07/huge-study-on-y-chromosome-variation-in.html

[Fire]

Генофонд степной аристократии и духовенства Казахстана - http://www.researchgate.net/publication/260665529_The_relation_between_the_Y-chromosomal_variation_and_the_clan_structure_the_gene_pool_of_the_steppe_aristocracy_and_the_steppe_clergy_of_the_Kazakhs    Откройте - FULL TEXT
Вестник Московского Университета. Антропология. 2014 / 1 - http://www.antropos.msu.ru/publication.html

http://s011.radikal.ru/i316/1411/1f/2f8dd458fac0.png

Гаплотипы этой работы когда будут опубликованы?

[asan-kaygy]

В других статьях.

[asan-kaygy]

Появились первые биг У казахских аргынов

[asan-kaygy]

Наконец, опубликована статья по гаплогруппе G1, включая ценные данные по казахам-аргынам.

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0122968

Deep Phylogenetic Analysis of Haplogroup G1 Provides Estimates of SNP and STR Mutation Rates on the Human Y-Chromosome and Reveals Migrations of Iranic Speakers

Abstract

Y-chromosomal haplogroup G1 is a minor component of the overall gene pool of South-West and Central Asia but reaches up to 80% frequency in some populations scattered within this area. We have genotyped the G1-defining marker M285 in 27 Eurasian populations (n= 5,346), analyzed 367 M285-positive samples using 17 Y-STRs, and sequenced ~11 Mb of the Y-chromosome in 20 of these samples to an average coverage of 67X. This allowed detailed phylogenetic reconstruction. We identified five branches, all with high geographical specificity: G1-L1323 in Kazakhs, the closely related G1-GG1 in Mongols, G1-GG265 in Armenians and its distant brother clade G1-GG162 in Bashkirs, and G1-GG362 in West Indians. The haplotype diversity, which decreased from West Iran to Central Asia, allows us to hypothesize that this rare haplogroup could have been carried by the expansion of Iranic speakers northwards to the Eurasian steppe and via founder effects became a predominant genetic component of some populations, including the Argyn tribe of the Kazakhs. The remarkable agreement between genetic and genealogical trees of Argyns allowed us to calibrate the molecular clock using a historical date (1405 AD) of the most recent common genealogical ancestor. The mutation rate for Y-chromosomal sequence data obtained was 0.78×10-9 per bp per year, falling within the range of published rates. The mutation rate for Y-chromosomal STRs was 0.0022 per locus per generation, very close to the so-called genealogical rate. The “clan-based” approach to estimating the mutation rate provides a third, middle way between direct farther-to-son comparisons and using archeologically known migrations, whose dates are subject to revision and of uncertain relationship to genetic events.

Статья написана на самом современном уровне. Поздравления всем авторам с отличной работой!

[falcon16]

G1 Полное секвенирование отдельной гаплогруппы измеряет мутации и выявляет миграции - http://xn--c1acc6aafa1c.xn--p1ai/?page_id=2536

Deep Phylogenetic Analysis of Haplogroup G1 Provides Estimates of SNP and STR Mutation Rates on the Human Y-Chromosome and Reveals Migrations of Iranic Speakers (2015) - http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0122968

S4 Table. The filtered dataset on Y-chromosomal SNPs.. - http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0122968#pone.0122968.s009
Fig 2. Frequency distribution map of haplogroup G1. - http://i.imgur.com/Q6mMdoP.jpg     http://s019.radikal.ru/i632/1504/4f/a536b3be5dfb.png     
Fig 4. Map of haplotype diversity of haplogroup G1. - http://i.imgur.com/jMoXk8D.jpg     http://s020.radikal.ru/i711/1504/e9/f4dee0ac3160.png     

Table 1. Frequencies of the haplogroup G1-M285 in Eurasian populations.  http://s52.radikal.ru/i135/1504/70/5042729aeae9.png


S4 Fig. Network of Y-STRs-haplotypes and genealogy of the Argyn tribe.  http://s017.radikal.ru/i412/1504/8c/f7ed82b2ca2c.jpg


Fig 5. Y-chromosome haplogroup G1 phylogeny.  http://s009.radikal.ru/i309/1504/4f/d8361778220f.png


S3 Fig. Phylogenetic tree of haplogroup G1 obtained by the Bayesian approach.  http://s017.radikal.ru/i419/1504/3f/94012d4d674a.jpg

[Fire]

19 G1 и один G2 глубоко протестированы в этой последней работе интересно G2 к какому субкладу принадлежит?

[asan-kaygy]

Видимо он будет опубликован в какой-нибудь другой работе.

[VVR]

Рэй Бэнкс ведёт очень много проектов. Он явно налажал с деревом G1 на ISOGG. Кому интересно можно почитать обсуждение этого вопроса на страничке Ж.Сабитова (asan-kaygy) в Фейсбуке. Там где статья по G1.

[пенелопа]

Оффтоп перенесен в Беседку: http://forum.molgen.org/index.php/topic,8468.540.html

[asan-kaygy]

3 Токал Аргына
G-L1324GG149/Y12272 * Y12270 * GG121/Y12251+66 SNPsformed 14600 ybp, TMRCA 4600 ybpinfo
G-L1324*
G-L1323GG047/Y12246 * GG053/Y12257 * GG094/Y12274+24 SNPsformed 4600 ybp, TMRCA 500 ybpinfo
G-L1323*
id:YF02935
G-Y12252GG095/Y12252 * GG096/Y12253formed 500 ybp, TMRCA 450 ybpinfo
id:YF02990
id:YF02842
http://www.yfull.com/tree/G/

[Nimissin]

3 Токал Аргына
G-L1324GG149/Y12272 * Y12270 * GG121/Y12251+66 SNPsformed 14600 ybp, TMRCA 4600 ybpinfo
G-L1324*
G-L1323GG047/Y12246 * GG053/Y12257 * GG094/Y12274+24 SNPsformed 4600 ybp, TMRCA 500 ybpinfo
G-L1323*
id:YF02935
G-Y12252GG095/Y12252 * GG096/Y12253formed 500 ybp, TMRCA 450 ybpinfo
id:YF02990
id:YF02842
http://www.yfull.com/tree/G/

Наши результаты расчетов по СТРам, указывающие на молодость генеалогии аргынов G1 (около 730 лет), похоже, подтверждаются по снипам.

[asan-kaygy]

Было бы интересно увидеть Биг У аргынов внутри подродов

[asan-kaygy]

Жабагин М.К., Сабитов Ж.М., Агджоян А.А., Юсупов Ю.М., Богунов Ю.В., Лавряшина М.Б., Тажигулова И.М., Акильжанова А.Р., Жумадилов Ж.Ш., Балановский О.П., Балановская Е.В. Генезис крупнейшей родоплеменной группы казахов – аргынов – в контексте популяционной ге-нетики // Вестник Московского университета. Серия  XXIII. Антропология, 2016. № 4 С. 59–68.

https://www.academia.edu/30485424/Генезис_крупнейшей_родоплеменной_группы_казахов_аргынов_в_контексте_популяционной_ге-нетики_Вестник_Московского_университета._Серия_XXIII._Антропология_2016._4_С._59_68