N1c1(L708+;Y9022+)

[mouglley]

Запишу пока татарин.

[Dimitri]

Построил дерево нашего субклада (пока не имеющего снипов кроме L708).
Строил в TNT, весов не использовал, зато трактовал мультиаллельные маркеры как одиночные (задав матрицы перехода из состояния; например число мутаций между 15-15-15-15 и 16-16-16-16 в DYS 464, равно как и между 15-17 и 17-17 в DYF 395S1 принимается за единицу).
Для укоренения использовался гаплотип Borgoyakov_203299 (L708-).
Получилось три не слишком отличающихся дерева минимальной длины, привожу ниже самое сбалансированное (с точки зрения равности длин разных ветвей).
Длина каждой горизонтальной черточки пропорциональна числу мутаций.

Как уже неоднократно отмечалось, наш субклад делится на две ветви, каждая из которых восходит к своему предку, жившему 2-2,5 тыс. лет назад. А обе ветви сходятся к БОП возрастом 3-3,5 тыс. лет.

В связи с этим верю, что как минимум один из снипов, найденных у уважаемого Nimissin (L1355 и L1356), окажется общим для обоих наших близких ветвей.
Если это не так, мне остается один путь - заказать собственный WTY

Всех с наступающим!

[mouglley]

Таки, мой вариант:

Код: [Выделить]

┌── 203299-N1c1-M178(xL708)
│     ┌── 224999-N1c1-M178(xL708)
│     │  ┌── 242388-N1c1-M178(xL708)
└─────┤  │     ┌── 199032-N1c1-L708(xL1026)
      └──┤  ┌──┴── 176781-N1c1-L708(xL1026)
         │  │  ┌── N59644-N1c1-L708(xL1026)
         └──┤  │     ┌── 199035-N1c1-L708(xL1026)
            └──┤  ┌──┴── 151523-N1c1-L708(xL1026)
               └──┤  ┌── 152820-N1c1-L708(xL1026)
                  └──┤  ┌── 184206-N1c1-L708(xL1026)
                     └──┤  ┌── 96047-N1c1-L708(xL1026)
                        └──┤  ┌── N56160-N1c1-L708(xL1026)
                           └──┤  ┌── 119747-N1c1-L708(xL1026)
                              └──┤  ┌── 203300-N1c1-L708(xL1026)
                                 └──┤  ┌── M6651-N1c1-L708(xL1026)
                                    └──┴── 225440-N1c1-L708(xL1026)


[Dimitri]

Таки, мой вариант:

Это точный расчет (ienum)?

[mouglley]

Таки, мой вариант:

Это точный расчет (ienum)?

Это участок неопубликованного дерева, рассчитанного 2 дня назад, с учётом всех 67-111 маркерных гаплотипов и всех снипов, выданных FTDNA на тот день.

Данные уважаемых Соломина и alfatvcom позволили чрезвычайно точно и безальтернативно разделить L1026 на ветви Z1936 и VL29.
Чёткого разделения прежде не достигалось.

[Dimitri]

Я выше привел точный расчет (полный перебор) по 16 гаплотипам. Знаю по собственному опыту, что TNT неплохо считает эвристическими алгоритмами большое количество гаплотипов и разделяет ветви, но все же не верится, что при расчете всех 1000+ N-гаплотипов данные 16 выстроятся самым оптимальным образом.

Вы не пробовали отдельно считать разные ветки, используя те же самые настройки, что и при расчете полного дерева? Если число гаплотипов меньше 20, то эвристические расчеты можно проверить полным перебором (команда ienum в TNT).

[Dimitri]

Кстати, а 224999 из какого проекта? Не могу найти его на Semargl.me.

[Yurgan]

...

Сыркашев - скорее всего L026+

[Nimissin]

Как уже неоднократно отмечалось, наш субклад делится на две ветви, каждая из которых восходит к своему предку, жившему 2-2,5 тыс. лет назад. А обе ветви сходятся к БОП возрастом 3-3,5 тыс. лет.

Уважаемый Dimitri, 3-3.5 тыс.лет - это возраст БОП предков двух ветвей, живших 2-2.5 тыс.лет назад, или возраст до нашего времени?

[Dimitri]

Сыркашев - скорее всего L026+

У меня он тоже обособленно на дереве сидел, не попадая ни в ананьинскую, ни в азиаткую ветку. Но когда я добавил гаплотип Ишназарова, общий предок двух веток немного сместился и Сыркашев попал к азиатам. Давайте закажем ему L1026 - только сначала предлагаю дождаться моих результатов по L1355 и L1356.

[Dimitri]

Уважаемый Dimitri, 3-3.5 тыс.лет - это возраст БОП предков двух ветвей, живших 2-2.5 тыс.лет назад, или возраст до нашего времени?

Я имел в виду возраст от нашего времени и, еще немного посчитав, корректирую его до 3,5-4 тыс. лет.

[Yurgan]

Сыркашев - скорее всего L026+

У меня он тоже обособленно на дереве сидел, не попадая ни в ананьинскую, ни в азиаткую ветку. Но когда я добавил гаплотип Ишназарова, общий предок двух веток немного сместился и Сыркашев попал к азиатам. Давайте закажем ему L1026 - только сначала предлагаю дождаться моих результатов по L1355 и L1356.

Да, было бы неплохо.
Если L1026 окажется положительным, то заказать VL29 и Z1936. Возможно последние будут отрицательны, но было бы намного интересней, если один оказался положительным.

[mouglley]

Вы не пробовали отдельно считать разные ветки, используя те же самые настройки, что и при расчете полного дерева? Если число гаплотипов меньше 20, то эвристические расчеты можно проверить полным перебором (команда ienum в TNT).

Нет, со мной такого никогда не случится.
Мне нужен корень нашей общей ветви. Без учёта соседних ветвей это будет недостижимо.

[mouglley]

Кстати, а 224999 из какого проекта? Не могу найти его на Semargl.me.

Из проекта http://www.worldfamilies.net/surnames/ho/results
Время от времени мне приходится проходить проекты своим методом, параллельным методом уважаемого Вадима.

[Dimitri]

Нет, со мной такого никогда не случится.
Мне нужен корень нашей общей ветви. Без учёта соседних ветвей это будет недостижимо.

А вас никогда не интересовал какой-нибудь конкретный субклад внутри N? Можно ведь взять гаплотипы этого субклада плюс один из соседнего - для укоренения. Я верю, что в таком случае больше шансов найти парсимонию внутри субклада, рассматривая различные варианты деревьев (что невозможно в рамках общего дерева, так как там число вариантов необозримо).