Y-Utility: Y-DNA Comparison Utility offline version

[Farroukh]

Дин МакГи создал всем известную годную вещь, позволяющую из унылых быдловыборок создавать флюксовые *.ych-файлы.

В моей сети поменялись настройки, из-за чего я не могу использовать возможности этого он-лайн ресурса. Друзья, может кто подскажет оффлайновый способ получения  *.ych-файлов (не считая той муторной операции, описанной мною тут)?

Сам автор проги, к сожалению, на мыло не отвечает. На сайте оффлайновой версии нет, я не нашёл во всяком случае.

[Farroukh]

Спустя 11 лет. После кувыркательств с бигами, игрек-фуллами, дискавери-тулам и гаплотрями.
Обновлённая утилита Дина МакГи не теряет свою актуальность. Максимальная сходимость (для большинства случаев) с Yfull наблюдалась для Y111 при следующих настройках:



FTDNA order haplotype comparison - отключено
Genetic Distance: Infinite allele mutation model
Probability: 95%
Mutation Rate: McDonald (0.0005..0.01)
Units: Generations

[Yaroslav]

Здесь не может быть никаких предъяв к Yfull или FTDNA. Простейший способ - брать 111-маркёрные деревья со скоростями от МакДональдов, получать в поколениях и не париться

Если сделать 111-маркерное дерево со скоростями от МакДональдов, думаешь, получится более точный возраст карачаевского БОПа в поколениях? При сохранении 95% вероятности.

Да, вполне. Попробовать стоит.

Закинул 111-маркерные гаплотипы:

Код: [Выделить]

26 SI10447 Shidakov ataul Ashamlar, Karachay, North Caucasus Russian Federation I-FT141607 13 23 15 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 25 15 20 31 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 18 20 34-34 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 22-22 16 10 12 12 10 7 10 28 22 13 13 10 13 11 11 12 9 32 14 8 14 11 28 28 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 19 11 25 14 11 14 23 11 22 18 10 15 19 9 12 11

27 280194 Shidakov Shidak (ataul Aqmyiyq), Karachay, North Caucasus Russian Federation I-FT141607 13 23 15 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 25 15 20 31 12-14-14-15 10 10 21-21 16 12 18 20 33-34 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 22-22 16 10 12 12 10 7 10 30 22 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 28 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 19 11 25 14 11 14 23 11 22 18 10 15 19 9 12 11

28 IN75594 Baiyev Baiyev, Karachay Russian Federation I-P37 13 23 16 11 14-15 11 13 12 13 11 32 17 8-10 11 11 25 15 20 32 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 18 19 34-34 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 22-22 16 10 12 12 10 7 10 30 21 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 27 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 23 15 19 11 25 14 11 15 23 11 22 18 10 15 19 9 12 11

29 267765 Batchaev Batcha, ataul Jandar, Karachay Russian Federation I-FT96342 13 23 16 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 24 15 20 33 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 17 19 34-35 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 12 9 12 22-22 15 10 12 12 10 7 10 30 21 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 27 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 19 11 24 14 11 15 23 11 21 18 10 15 19 9 12 11

30 B654126 Basci BATCHA, ataul ÇALKU , Karachay Russian Federation I-FT96342 13 23 16 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 25 15 20 31 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 17 18 34-35 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 22-22 16 10 12 12 10 7 10 30 21 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 27 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 19 11 24 14 11 15 23 11 22 18 10 15 19 9 12 11

31 333648 Urusov (Oruslani) Orus, ataul Kapchik, Karachay, North Caucasus Russian Federation I-FT141607 13 23 16 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 25 15 20 31 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 18 19 34-34 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 22-22 15 10 12 12 10 7 10 30 21 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 28 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 19 11 26 14 11 15 23 11 22 18 10 15 19 9 12 11

32 338816 Urusov Urus, ataul Deykhan, Karachay Russian Federation I-P37 13 23 16 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 25 15 20 31 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 19 19 34-34 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 22-22 15 10 12 12 10 7 10 30 21 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 28 19 12 11 11 13 11 9 12 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 20 11 25 14 11 15 23 11 22 18 10 15 18 9 12 11

33 338818 Urusov Urus, ataul Makhamet, Karachay Russian Federation I-P37 13 23 16 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 25 15 20 31 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 19 19 34-34 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 22-22 15 10 12 12 10 7 10 30 21 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 28 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 19 11 25 14 11 15 23 11 22 18 10 15 19 9 12 11

34 IN25751 Urusov Urus, ataul Issa-Janay-Kaziy, North Caucasus Russian Federation I-P37 13 23 16 11 14-15 11 13 12 13 11 33 17 8-10 11 11 25 15 20 31 12-14-14-15 10 10 21-21 15 12 19 20 34-34 11 10 11 8 15-15 7 12 10 8 11 9 12 21-22 15 10 12 12 10 7 10 30 21 13 13 10 13 11 11 12 9 31 14 8 14 11 27 28 19 12 11 11 13 11 9 13 11 10 11 12 31 11 12 22 15 11 10 22 15 19 11 25 14 11 15 23 11 22 18 10 15 19 9 12 11
Вот чего получилось.

Правда, забыл я уже, как этой игрушкой пользоваться, и как строить деревья на её основе.

[Semargl]

Когда-то давно писал свою программку на основе TNT для построения дерева на основании максимальной парсимонии. С расчетом возраста по дереву проходом от ветвей к корню и обратно. Учитываются SNP для фиксирования главной структуры, вокруг которой уже строятся непроснипованные гаплотипы. Разработка несколько угасла из-за недостатка времени. Картинка корявая, только как вывод нужной инфы, не для красоты. В названии узла две цифры - 1-я технический номер, 2-я возраст. Возраст оутгруппа (I2) можно не смотреть - он дан только для укоренения дерева. Далекие дистанции не учитывают поправку на обратные мутации. Разный цвет листьев - дополнительный результат кластеризации нейросетями. Один цвет - один кластер. Таким образом IN75594 может быть ближе к 267765 и B654126, на что намекает и одинаковый возраст узлов 13 и 14. Учитываются разные веса для разных STR, на основании старой статистики YFull. Скорость мутации брал 0.0026 и 31.5 лет на поколение.

[Farroukh]

Закинул 111-маркерные гаплотипы:

Аналогично. Результат: ВБОП=46 поколений



Настройки:



Если сравнить с Yfull (I-Y32090), то там ВБОП выражен как 425 лет (175...900 лет)
Полученные расчётом 46 поколений равны 1150...1472 годам (t=25...32 лет), что превышает оценку от Yfull и по сути равны не TMRCA (ВБОП то бишь), а FP (formation period, период возникновения), 1300 лет (750...1900 лет)

[G-Man]

А вот дерево FTDNA

https://discover.familytreedna.com/groups/k-balkar-dna/tree?subgroups=61916

Интервал очень широкий:  527 - 1428 CE


BigY не смог отделить Урусова от Шидаковых

[Yaroslav]

По-моему у уважаемого Semargl получилось ближе к данным YFull. Плюс удалось отделить Шидаковых от Урусовых.

Здесь ещё аномалия какая-то со снипами.

Если посмотреть на предковый для карачаевцев субклад I2-A5875, то после расхождения 1300-2200 лет назад у карачаевцев получается от 4 до 6 снипов:

YF080449   4,00

YF064590   4,00

YF086577   5,00

YF065929   6,00

А у остальных из субклада A5875 - от 9 до 17 снипов после расхождения.

Может, из-за этого колбасит возрасты.

[G-Man]

По-моему у уважаемого Semargl получилось ближе к данным YFull.

Ближе к FTDNA, если Mean брать:

FTDNA — 970 ybp

TNT 111 маркеров — 750 ybp

YFull — 425 ybp

[Val_Metov]

Пару лет назад, до того как STR Match finder появился, именно этим инструментом я в основном сравнивал маркеры. Скорости мутаций у Макдональда сильно отличаются от других
https://drive.google.com/file/d/0B1oWf7A5py4AbFdQZ1BFX0lSMDQ/view?resourcekey=0-2Cg80iLMkpnwFWihqeUF4w

[Farharaji]

А там свой гаплотип и гаплотип сравниваемый вбивать? А как, просто числа свои а потом другого гаплотипа вбиваешь подподряд с пробелом?

[Valery]

Когда-то давно писал свою программку на основе TNT для построения дерева на основании максимальной парсимонии. С расчетом возраста по дереву проходом от ветвей к корню и обратно.

а как ты обрабатываешь сложные локусы, всякие там 14-15-11-11 ?

[Semargl]

Когда-то давно писал свою программку на основе TNT для построения дерева на основании максимальной парсимонии. С расчетом возраста по дереву проходом от ветвей к корню и обратно.

а как ты обрабатываешь сложные локусы, всякие там 14-15-11-11 ?

Никак. О влиянии палиндромных маркеров на структуру дерева я писал давно. Поэтому просто исключаю их.

[Farharaji]

У меня с одним из Whitson 60 поколений, а с другим -57.  То есть если по годам 1800 и 1710 лет. Ну если считать за поколение не 30 лет, а 31 год, то выходит 1860 и 1767 лет. Ну и чтож ФТДНА дает снипу BY20662 аж 2462 в среднем? Я ж и писал что эти TMRCA от ФТДНА с их новой Discover  просто ерунда. Не смешите мои тапочки, ФТДНА. И снова таки выходим к Великому Переселению народов, к его времени, как бы  не противились этому мнению админы группы ФТДНА U106, все время посылающие меня овер 2тыщ а то и овер 2.5 тыщ лет!!!

[Сары]

По-моему у уважаемого Semargl получилось ближе к данным YFull.

Ближе к FTDNA, если Mean брать:

FTDNA — 970 ybp

TNT 111 маркеров — 750 ybp

YFull — 425 ybp

Как на рынке - можно выбрать это, а можно за полцены то  Мне больше нравится "YFull — 425 ybp", ибо можно прицепить легенду о Карче (Адурхае), кто в теме тот поймет, которая хоть как-то объясняет происхождение моего первопредка 
П.С.

По преданиям Будиян, наряду с Адурхаем, Наурузом, и Трамом был одним из отцов-основателей карачаевского народа, являлся сподвижником легендарного Карчи, от имени которого около 500 лет назад произошел этнонимом карачай.

[Kambic]

Да пока можете себе позволить как на базаре рынке поторговаться разными условно-расчётными величинами, но у науки есть ещё и более надёжные инструменты в виде радиоуглеродных датировок и палеоднк(как те же чешские id:POH44 CZE id:POH41CZE).
И необязательно чтобы на ископаемых косточках было выбито граффити-" це був холопи козарина Мойши ездовий Андруха Рыжий з Корочею". Если откопают безымянные костяки со снипом >I- Y32090 где нибудь в Тытчихе или в крипте Большой Мангупской базилики, то все талмуды с рыночными расценками можно сразу  закрывать).