АвторТема: Помогите определить субклад  (Прочитано 41430 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #90 : 24 Май 2012, 13:50:16 »
Вот деревья о которых я писал с различными укоренениями на модальный гаплотип и модальные гаплотипы различных субкладов.

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #91 : 24 Май 2012, 13:53:13 »
Продолжение.

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #92 : 24 Май 2012, 13:54:48 »
Окончание.

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #93 : 24 Май 2012, 14:01:08 »
Как из них видно, при различных укоренениях четко разделяются различные субклады. Однако если подавляющее большинство укоренений помещает меня в V22, то дерево с укоренением на модал V22 (последнее) помещает меня на границу V22 и M84.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 18014
  • Страна: az
  • Рейтинг +6553/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #94 : 24 Май 2012, 14:05:15 »
Цитировать
На гаплозоне есть два человека, которые имеют Z1920+, но при этом отрицательны для L618, V13 и V22.
Кто они? Насколько их гаплотипы далеки от нашего?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4567/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #95 : 24 Май 2012, 14:10:24 »
Вот деревья о которых я писал с различными укоренениями на модальный гаплотип и модальные гаплотипы различных субкладов.
Вижу одну существенную ошибку.
В ТНТ, укоренение на модал - плохая идея. Не буду вдаваться в подробности, но укоренять лучше на "аутгрупп", те на гаплотип, находящийся в соседней сестринской/братской ветви.
Укоренять на модал какого либо субклада, учавствующего в построении, вообще нельзя. Будет очень сильный перекос дерева.

Как пример, в построении дерева R1a укоренение идет на R1b1*. При построении дерева I1, укоренение будет на I2.

Далее, дерево, построенное из маленькой выборки, гораздо неустойчивей, чем построенное из большой выборки.

Например, дерево которое строится для R1a. Все построения, в дальнейшем подтверждаются снипами. За исключением некоторых "уникумов", которых, прежде чем отнести в какую либо подветвь, со 100% уверенностью, все же надо проверить на снип.)

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #96 : 24 Май 2012, 14:53:50 »
Вот деревья о которых я писал с различными укоренениями на модальный гаплотип и модальные гаплотипы различных субкладов.
Вижу одну существенную ошибку.
В ТНТ, укоренение на модал - плохая идея. Не буду вдаваться в подробности, но укоренять лучше на "аутгрупп", те на гаплотип, находящийся в соседней сестринской/братской ветви.
Укоренять на модал какого либо субклада, учавствующего в построении, вообще нельзя. Будет очень сильный перекос дерева.

Как пример, в построении дерева R1a укоренение идет на R1b1*. При построении дерева I1, укоренение будет на I2.

Далее, дерево, построенное из маленькой выборки, гораздо неустойчивей, чем построенное из большой выборки.

Например, дерево которое строится для R1a. Все построения, в дальнейшем подтверждаются снипами. За исключением некоторых "уникумов", которых, прежде чем отнести в какую либо подветвь, со 100% уверенностью, все же надо проверить на снип.)
Спасибо. Очень интересно мнение специалиста.
Но как Вы видите, там есть и укоренение на модал сестринских субкладов (V12, М183 итд.). Я брал только те гаплотайпы, где их субклады подтверждены SNP тестами (исключил все предсказанные).
Вопрос в том, что за исключением укоренения на модал V22 (на который Вы говорите укоренять нельзя), все остальные уверенно помещают меня среди V22, хотя недавно мне выдали отрицательный результат на V22 и V13.
Буду благодарен за советы.
И еще одно. В вашей базе приведен мой гаплотайп, но только 25 маркеров и без снипов, а сейчас у меня уже 37 маркеров и ряд тестированных снипов. Как исправить эту ситуацию?

« Последнее редактирование: 24 Май 2012, 15:15:09 от wbull »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 18014
  • Страна: az
  • Рейтинг +6553/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #97 : 24 Май 2012, 15:23:09 »
Цитировать
укоренять лучше на "аутгрупп", те на гаплотип, находящийся в соседней сестринской/братской ветви.
Да, мы фактически так и делаем. Всё равно получается чёрт знает что.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4567/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #98 : 24 Май 2012, 15:29:17 »
только 25 маркеров и без снипов, а сейчас у меня уже 37 маркеров и ряд тестированных снипов. Как исправить эту ситуацию?
Бросьте мне в личку ваш номер в FTDNA.

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #99 : 24 Май 2012, 16:03:53 »
А вот я добавил всех чистых Z1920 и L618. И хотя укоренял на сестринский субклад (V12 mod), но от добавления всего 4 гаплотайпов оказался на одной ветке с М84 (160991), хотя и среди V22. ???
Чудны дела твои Филогения. :)

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4567/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #100 : 24 Май 2012, 16:38:12 »
Скорее всего причина нестабильности дерева в малом количестве выборки и большом количестве сильно удаленных, по генетической дистанции, гаплотипов.

Получается головоломка с огромным количеством противоречащих друг другу решений.

То есть ТНТ хорошо кластеризует похожие гаплотипы, но если мы возьмем набор совершенно разных семплов, то для ТНТ не будет никакой разницы как их расположить.
Она идет путем наибольшей парсимонии.
Что скорее всего будет неверно в этом конкретном случае.

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #101 : 24 Май 2012, 16:50:28 »
Скорее всего причина нестабильности дерева в малом количестве выборки и большом количестве сильно удаленных, по генетической дистанции, гаплотипов.

Получается головоломка с огромным количеством противоречащих друг другу решений.

То есть ТНТ хорошо кластеризует похожие гаплотипы, но если мы возьмем набор совершенно разных семплов, то для ТНТ не будет никакой разницы как их расположить.
Она идет путем наибольшей парсимонии.
Что скорее всего будет неверно в этом конкретном случае.
А что в таком случае делать? Я собственно все это строю, что бы поточнее угадать свой субклад.
Кстати, предиктор Вадима Уразина так же отнес меня к V22.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 18014
  • Страна: az
  • Рейтинг +6553/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #102 : 25 Май 2012, 07:41:20 »
Цитировать
А что в таком случае делать?
Увы, но уже ничего не поделаешь. Я не шучу. С увеличением количества новых гаплотипов я всё больше убеждаюсь, что гомоплазия - обычное дело среди E1b1b1. Я могу только повториться, что у меня есть три 12/12 совпаденца. И все трое из разных субкладов и ни один из них не мой!  ;D

Похоже, я зря ругал дип-тест. Иногда он нужен.

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #103 : 28 Май 2012, 11:40:08 »
Цитировать
А что в таком случае делать?
Увы, но уже ничего не поделаешь. Я не шучу. С увеличением количества новых гаплотипов я всё больше убеждаюсь, что гомоплазия - обычное дело среди E1b1b1. Я могу только повториться, что у меня есть три 12/12 совпаденца. И все трое из разных субкладов и ни один из них не мой!  ;D

Похоже, я зря ругал дип-тест. Иногда он нужен.
А может попробовать взять с гаплозоны гаплотипы всех у кого подтвержден субклад и просчитать дерево. Выборка получится огромная...
Непонятно только как же просматривать такое дерево...

Оффлайн wbullАвтор темы

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Помогите определить субклад
« Ответ #104 : 28 Май 2012, 22:28:14 »
Попробовал. :)
 Построил древо E1b1b1. Взял с гаплозоны все гаплотипы с подтвержденными снипами субкладыми. Их оказалось 661 + мой+гаплотип постороннего, т е всего 663 таксона (боялся, что получится 666) ;D. Укоренение сделал не гаплотип постороннего из E1a. Получилось большое древо. Однако вместо деления на большие первичные ветви M78, L19, M123 итд, получилось, что все расходится от V22 (дочернего от M78). Хотя все субклады в основном кластеризуются. Однако некоторые таксоны V12 (дочерней M78) попадают на ветви субкладов, идущих от L19 и M123.
К сожалению, не знаю как такое большое древо показать.
Однако, я все равно крепко сижу посреди V22, хотя теперь то уж выборка большая. ;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.