Вот деревья о которых я писал с различными укоренениями на модальный гаплотип и модальные гаплотипы различных субкладов.
Вижу одну существенную ошибку.
В ТНТ, укоренение на модал - плохая идея. Не буду вдаваться в подробности, но укоренять лучше на "аутгрупп", те на гаплотип, находящийся в соседней сестринской/братской ветви.
Укоренять на модал какого либо субклада, учавствующего в построении, вообще нельзя. Будет очень сильный перекос дерева.
Как пример, в построении дерева R1a укоренение идет на R1b1*. При построении дерева I1, укоренение будет на I2.
Далее, дерево, построенное из маленькой выборки, гораздо неустойчивей, чем построенное из большой выборки.
Например, дерево которое строится для R1a. Все построения, в дальнейшем подтверждаются снипами. За исключением некоторых "
уникумов", которых, прежде чем отнести в какую либо подветвь, со 100% уверенностью, все же надо проверить на снип.)