Помогите определить субклад

[Farroukh]

Закажите для начала V13, там посмотрим. Интересный случай вырисовывается.

[wbull]

Закажите для начала V13, там посмотрим. Интересный случай вырисовывается.

Уважаемый Farroukh.
Вы уже давно в теме гаплогруппы E1b1b1 и Ваши советы для меня очень ценны.
Но мне хотелось бы побольше понимать и немного с Вашей помощью самообразовываться. Например, а чем этот случай интересен?
Так же мне очень интересно почему, хотя проедикторы Вадима Урасина и  Jim Cullen определяют меня в  V22, тем не менее проект E-M35 гаплозоны, да уже и проект Латвия, определяют меня как V13 под вопросом?

[Farroukh]

Вы уже давно в теме гаплогруппы E1b1b1 и Ваши советы для меня очень ценны.

Благодарствую.

Например, а чем этот случай интересен?

ВОт именно этим:

проедикторы Вадима Урасина и  Jim Cullen определяют меня в  V22, тем не менее проект E-M35 гаплозоны, да уже и проект Латвия, определяют меня как V13

Я пока впервые встречаю явление гомоплазии между V13 и V22. Между V13 и V12 гомоплазия нередка, равно как между V22 и M34. Было бы интересно узнать, кто определяет точнее - предиктор Урасина или классификация гаплозоны.

[wbull]

Я пока впервые встречаю явление гомоплазии между V13 и V22. Между V13 и V12 гомоплазия нередка, равно как между V22 и M34. Было бы интересно узнать, кто определяет точнее - предиктор Урасина или классификация гаплозоны.

На самом деле предикторы по разному определяют субклад на разной длине гаплотипа.
Например, предиктор Урасина:
По 12 маркерам
N   Haplogroup   Probability
1   E1b1b1a1b-V13   80%
По 25 маркерам
N   Haplogroup   Probability
1   E1b1b1c-M123   91%
По 37 маркерам
N   Haplogroup   Probability
1   E1b1b1a1c-V22   67%
Предиктор Jim Cullen :
По 12 маркерам
Haplogroups and probabilities are as follows:
E3b-V22 =>37%  E3b =>16%  E3b-M78 =>16%  E3b-V13 =>16%  E3b-M34 =>12%  E3b-V12 =>2%
По 25 маркерам
Haplogroups and probabilities are as follows:
E3b =>52%  E3b-V22 =>24%  E3b-M78 =>14%  E3b-M34 =>6%  E3b-V13 =>4%
E3b в настоящее время E1b1b1
По 37 маркерам
Haplogroups and probabilities are as follows:
E3b-V22 =>89%  E3b =>8%  E3b-M78 =>2%
Как определяют на гаплозоне, к сожалению не знаю.

[Farroukh]

Все предикторы и админы гаплозоны определяют субклад по характерным значениям маркёров. Ваши маркёры имеют значения, которые не позволяют достоверно отнести вас к конкретному субкладу.

[wbull]

Все предикторы и админы гаплозоны определяют субклад по характерным значениям маркёров. Ваши маркёры имеют значения, которые не позволяют достоверно отнести вас к конкретному субкладу.

Стал считать по TNT. Взял ближайших с гаплозоны с 13 GD (ближе нет) по 16GD. Нашлось 37 человек и построил древо. Достаточно четко выделились кластеры V13, M78 и V22.  Я ближе всех к V22. Жаль не научился еще переводить в рисуночный формат. Рекомендуемая для этого FigTree входной файл кушает, но опускает в воспроизводимом древе идендификаторы, заменяя их цифрами.

Написал на форум гаплозоны. Тут же получил ответ.

You were probably clustered at Haplozone when you had only 12 markers done, and at that level, your closest matches were V13. 

Now that you have 37 markers, I agree that you're not likely to be V13.  V22 is a good possibility, but I would definitely recommend ordering a SNP test to confirm it.  You can purchase V22 by itself from your Haplotree page.

I've changed your cluster to E-V22-Candidates for now.

Elise

Ну и что Вы об этом думаете?

[Farroukh]

Египтяне в Латвии? На это только наши люди способны, чесслово. Что ж, раз пошла такая пьянка, то тогда закажите V22. Посмотрим, что получится. Вы ведь ещё не заказывали ничего, верно?

Хотя я не исключаю и V13, всё-таки более ожидаемо для Балтии. Хотя и V22 там могли появиться тоже только от немцев. А к немцам - от римских легионеров.
Короче, легион имя им.

[wbull]

Египтяне в Латвии? На это только наши люди способны, чесслово. Что ж, раз пошла такая пьянка, то тогда закажите V22. Посмотрим, что получится. Вы ведь ещё не заказывали ничего, верно?

Хотя я не исключаю и V13, всё-таки более ожидаемо для Балтии. Хотя и V22 там могли появиться тоже только от немцев. А к немцам - от римских легионеров.
Короче, легион имя им.

В принципе, если это подтвердится, то я задачу решил. Мне известно, что предки долго жили в Курляндском герцогстве (ныне часть Латвии) и они были лютеранами. Поэтому вставал только один вопрос, от кого они происходили от латышских народностей (курши,земгалы, латгалы,ливы и тд.) или от немцев. Это наиболее вероятные варианты, хотя возможны и другие (облатышеские русские, белорусы, татары, литовцы и др.). Правда я ожидал, что получу либо N1, либо R1b, поэтому сначало был обескуражен полученным результатом.
Кстати, очень порадовал форум на гаплозоне. Очень быстро получил ответ, и очень приятно, что ответ был от Элиз Фридман, которая руководит группой занимающейся кластированием.
Сегодня получил еще один ответ.

Hi Victor,

All Bayesian type predictors (including the Urasov predictor) work on the principle of predicting the haplogroup based on the frequency of your alleles within each subclade (V13, V22, etc.).  The more loci compared, the better and more reliable the result.  However, this is like a statistical test of any kind.  89% means that 89% of the time, a person with your haplotype is V22.  Think about this, however:  11% of the time, the predictor is wrong with your 37 locus haplotype.  The more loci available for comparison, the more reliable the Bayesian predictors become.

A SNP test is 100% reliable because it looks at the type of mutation that is used to create the Y tree in the first place, a single nucleotide polymorphism.  If your goal is to find relatives, the 67 locus test with a prediction on the haplotype might be your best choice for the money.  On the other hand, if you would like to know your haplogroup for sure, then go with the SNP test first.

Welcome to our project!
Steve Bird

Да я пока ничего не заказывал. Но теперь решился и прямо сейчас закажу V-22.
И Вы, и Элиз Фридман это мне советуете, это же предсказывают предикторы, да и с филогентическими деревьями, которые я строил это так же совпадает.

[Farroukh]

прямо сейчас закажу V-22

Вот и славно. Если результат будет положительным, то мы можем сказать, что достигли цели при минимуме расходов. Если, конечно, вы сами не изъявите тестировать нисходящие от V22. Впрочем, не будем торопиться и подождём пару недель ваших результатов.

[wbull]

Стал считать по TNT. Взял ближайших с гаплозоны с 13 GD (ближе нет) по 16GD. Нашлось 37 человек и построил древо. Достаточно четко выделились кластеры V13, M78 и V22.  Я ближе всех к V22. Жаль не научился еще переводить в рисуночный формат. Рекомендуемая для этого FigTree входной файл кушает, но опускает в воспроизводимом древе идендификаторы, заменяя их цифрами.

Наконец более менее разобрался.
Вот это дерево.
Программа хорошо сгруппировала субклады.
Но к моему полному недоумению расположила рядом со мной M84.

[Farroukh]

расположила рядом со мной M84

Среди M34 и V22 наиболее часто встречаются гомоплазические совпадения.

Посмотрел ваш профиль на гаплозоне. Фамилия Rickman не имеет те самые корни?

[wbull]

Посмотрел ваш профиль на гаплозоне. Фамилия Rickman не имеет те самые корни?

Нет. не имеет. Как пели КВНщики: "Ты еврей, а я не смог."
А если серьезно, то фамилия Рикман, редкая в России, достаточно широко распространена в гезманоязычной и англоязычной среде. Филологи говорят, что она расшифровывается как человек Ричарда. Rick это уменьшительное от Ричард.
Распространена она и в прибалтике. Любопытно, что последним русским послом в Миттаве был барон Рикман (род происходит из Саксонии), после чего Курляндия была благополучно присоединена к России. В лифляндские матрикулы (Лифляндия то же сейчас часть Латвии) вписан род фон Рикман. В Балтийском гербовнике, написано, что этот род имеет происхождение от английского дворянского рода, члены которого  попали в Лифляндию через Швецию. Любопатно, что в Англии действительно есть дворянский род с такой фамилией.
Кстати, в одном из рассказов Конан Дойля говорится о морском чудовище, которое выходит из моря в Rickmancourt. Дословно это двор Рикманов.
Разумеется эта фамилия встречается и у евреев (ашкенази). Поскольку, проживая в Германии, они часто получали немецкие фамилии.
Кстати, генеалоги шутят, что наша высшая знать часто имела вполне местечковые фамилии. Например, последние Романовы на самом деле Гольштейн Готторпские.
Вот такая вот гомоплазия.

[Farroukh]

Возможно, что от "рик" (власть) + "ман" (человек) - властитель. Немцы были привилегированным сообществом в Балтии, Немецкая Прибалтика, все дела.

[wbull]

Возможно, что от "рик" (власть) + "ман" (человек) - властитель. Немцы были привилегированным сообществом в Балтии, Немецкая Прибалтика, все дела.

Насчет немецкой прибалтики, то мне встречалась старинная немецкая книга с названием Liebliche Ostseen Provinzen (в транскрипции могу ошибаться, немецкий хорошо забыл).
О точной расшифровке фамилии не берусь судить. Упомянутую мной версию мне сообщила в 70-х годах старший научный сотрудник Института латышского языка. Она ссылалась на немецкий филологический словарь позапрошлого века. Правда, упоминала так же  латышское раритетное слово рик, которое звучало в одной старинной латышской песне, но его значение сейчас непонятно.
Но, то что эта фамилия на западе не редкая Убедился сам. Когда я был в командировке на одной американской фирме, по привычке заглянул в телефонный справочник на данную фамилию. Сколько  нашел там однофамильцев...
Когда как то раз возвращался из ФРГ, то на погранконтроле немецкий пограничник даже спросил меня, а знаю ли я, что моя фамилия немецкая.
Так что за границей с такой фамилией очень удобно.
Попытался посмотреть нисходящие ветви от V22, те V22+M149 и V22+V19, на гаплозоне никого. Повидимому, это какие то очень private субклады. 

[Farroukh]

Генетические дистанции на 37 маркёрах:

13: Commisso (E-V22*-Misc, Unknown),  Hunt (E-V22*-B, England), Straub (E-V13, Germany),
14: Richards (E-V13, Unknown)

Как видим, V13 тоже недалеко, да и косвенная близость - германцы, Ричардс.