Считает не только во много раз быстрее.
Считает в тысячи раз надёжнее.
Если продолжать пользоваться той программой, которой Вы пользуетесь сейчас, то можно докатиться до вывода, что гаплогруппа предка всех людей, живущих ныне была, как Вы понимаете, таки, E1.
А, с помощью настоящих филогенических программ можно выстроить более-менее правдоподобное дерево распространения гаплотипов по Земле.