АвторТема: Калибровка скоростей мутаций для целей ДНК-генеалогии  (Прочитано 42230 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Самое главное.

Возможно я не так выразился. Или Вы не так поняли.


Моё основное увлечение - это генеалогия.

Причём не генеалогия вообще, а собственная генеалогия.

Основной вектор поисков - предки. Всех деятелей прошлого и современников ранжирую по родственной дистанции. По наличию общих предков. Чем ближе, тем интереснее.

В виду обилия материала, поиск сейчас веду только по своим известным дворянским линиям. На которых приходится 7 с копейками процентов моего родословия (6.25% со стороны мамы и 0.78125% со стороны отца).
Вот именно сейчас, последних три дня, - заканчиваю ввод из книги Дариуша Домбровского по родословию Мстиславовичей.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Частота мутаций меня интересует только в русле оценки ВБОПов.

Понимаю, что оценка это носит вероятностный характер. С широкими временными интервалами.

Руководствуясь принципом абстрагирования (говоря иначе, чёрного ящика - устройства, в котором интересуют только входные сигналы и отклики на них), просто взял из разных методов и оценок выбрал тот, который точнее соответствует моим документально подтверждённым линиям. И использую его.

Повторю.

На коротких интервалах (не далее 24 поколений) - это ФТДНА. Со 111 маркерными гаплотипами. С доверительным интервалом 90-95%.

А на всём, что дальше - это ИгрекФулл. Причём смотря на предикт, понимаю, что ориентироваться надо на вилку. Перед глазами стоит колокол Гауссового распределения.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Резюмирую.

1. Ваш вопрос мне показался любопытным.

2. Ваш вопрос заставил меня переосмыслить прежние воззрения. Зародил сомнение.

3. Считаю, что надо накапливать статистику по вопросу. Специалистам. Имеющим ресурсы и возможность.

4. Дальнейшее обсуждение полагаю бессмысленным. Носящее схоластический характер. Ничем не подтверждённый обмен мнениями. Мне оно не интересно.

Спасибо Вам и позвольте в данной теме откланяться.

:)

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Вот как был сформулирован вопрос для наших западных коллег:

Let’s say we run Y-DNA test twice on the same male during his lifetime and get 111-marker haplotype each time – first shortly after the baby is born, and then close to the end of his life. Could the two observed haplotypes possibly differ?
 
Stated differently, do the STR mutations in the Y-chromosome take place exclusively at the moment of egg fertilization, i.e. during the few minutes of baby conception; or, rather, the mutations take place predominantly during the lifetime after the baby is born?
« Последнее редактирование: 09 Март 2020, 21:24:17 от Barau_R_Tour »

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Вот как ответил на этот вопрос профессор Университета Аризоны Bruce Walsh:

If you are looking at STR markers, the mutations rates are relatively high ~ 1/200-1/500, so that a Y chromosome could easily mutate after birth. The resulting daughter cells from that mutation would show the new event, leading to a chimera, a mix of genomes within a single individual.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 505
  • Страна: ru
  • Рейтинг +385/-0
А вот как на этот вопрос ответил бы "медвежатник", отсидевший полжизни: "Если нынче я даже не забуду надеть перчатки, они сейчас по частицам кожи меня найдут и топтать мне зону до конца дней моих..."
Здесь речь также идёт об STR маркерах (см. CODIS).

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
А вот как на этот вопрос ответил бы "медвежатник", отсидевший полжизни: "Если нынче я даже не забуду надеть перчатки, они сейчас по частицам кожи меня найдут и топтать мне зону до конца дней моих..."
Здесь речь также идёт об STR маркерах (см. CODIS).

TK, не говорите CODIS-ами, пожалуйста, а прямо скажите: Ваш уважаемый медвежатник с солидным стажем подтверждает мнение профессора из Аризоны, или же опровергает его?
« Последнее редактирование: 10 Март 2020, 11:29:43 от Barau_R_Tour »

Оффлайн TK

  • Сообщений: 505
  • Страна: ru
  • Рейтинг +385/-0
А вот как на этот вопрос ответил бы "медвежатник", отсидевший полжизни: "Если нынче я даже не забуду надеть перчатки, они сейчас по частицам кожи меня найдут и топтать мне зону до конца дней моих..."
Здесь речь также идёт об STR маркерах (см. CODIS).

TK, не говорите CODIS-ами, пожалуйста, а прямо скажите: Ваш уважаемый медвежатник с солидным стажем подтверждает мнение профессора из Аризоны, или же опровергает его?

О чём говорил профессор, знает только он (ну или не знает, что не знает), а "межвежатника" "интересуют не шашечки, а ехать".
Если говорить просто, то STR маркеры не меняются в процессе жизни человека. Это можно подтвердить и статистически.
Подтверждается это и тем, что по STR-маркерам (пусть и не генеалогически значимым) успешно находят преступников и через 20 лет после преступления.

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
О чём говорил профессор, знает только он (ну или не знает, что не знает), а "межвежатника" "интересуют не шашечки, а ехать".

Мнение "межвежатника" – это, конечно, круто. Особенно если учесть, что ваш "межвежатник" получал в основном «шашечки» в местах не столь отдаленных, то бишь, похоже он далеко не уехал.

Если говорить просто, то STR маркеры не меняются в процессе жизни человека. Это можно подтвердить и статистически.

«Можно подтвердить», говорите? Ну, подтвердите. Дайте ссылочки, пожалуйста. Были хоть какие-то попытки подтвердить, не говоря уже о том, что что-то было подтверждено или не подтверждено?

Подтверждается это и тем, что по STR-маркерам (пусть и не генеалогически значимым) успешно находят преступников и через 20 лет после преступления.

Раз вы уж заговорили об использовании Y-ДНК в криминалистике, давайте послушаем мнение специалиста в этой области, автора недавней статьи Forensic use of Y‑chromosome DNA: a general overview, которую можно скачать здесь
 
https://www.researchgate.net/publication/315346271_Forensic_use_of_Y-chromosome_DNA_a_general_overview

Вот как этот уважаемый профессор ответил на мой вопрос:

Цитировать
There are no observations of somatic mutations of STRs / Y-STRs in normal tissue samples as far as I know. Somatic mutations of STRs (also Y-STRs I believe) are known from cell cultures that have undergone many passages and therefore samples derived from cell lines are typically avoided in studies investigating natural mutation rates. They may exist in cancer tissues, but this is not my field. There also are trinucleotide STR expansions in genes that depend on lifetime and can cause late onset diseases, but those are not known for Y-chromosome trinucleotides as far as I know, and trinucleotide Y-STRs are rare anyways.
 
So yes, the dogma and all observations (I know of) is that Y-STR mutations (at least in normal tissues) are germline mutations. Thus analyzing normal tissue samples at different lifetimes shall give you the same Y-STR profile no matter how many markers you use.
 
If you already found the opposite I am happy to discuss further.

Как видно, он вовсе не уверен, что он знает, где, когда и как именно происходят мутации в Y-STR локусах, и как именно они передаются от отца к сыну. Короче говоря, он не знает механизма образования и передачи таких мутаций. Он, как и все остальные, знает лишь догму. Но он, в отличие от многих, сохраняет здоровый скептицизм и держит свой ум открытым, что делает ему честь.

Кстати, этот самый Kayser уже лет 20 как занимается проблемой определения констант мутаций по парам отец-сын. Чтобы не быть голословным, вот статья 2000 года, где он является одним из авторов:

https://www.cell.com/action/showPdf?pii=S0002-9297%2807%2962988-7
« Последнее редактирование: 11 Март 2020, 10:16:09 от Barau_R_Tour »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 9186
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5209/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Вот как этот уважаемый профессор ответил на мой вопрос:
Иностранцы вам написали то же самое, что и в этой теме писалось разными людьми на последних страницах. Даже не знаю, что тут ещё обсуждать-то. PS Нет, мнение "медвежатника" их ответы никак не опровергают.

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Иностранцы вам написали то же самое, что и в этой теме писалось разными людьми на последних страницах. Даже не знаю, что тут ещё обсуждать-то. PS Нет, мнение "медвежатника" их ответы никак не опровергают.

Похоже, вы не заметили, что иностранец Bruce Walsh говорит прямо противоположное тому, что говорит иностранец Manfred Kayser.

А мы даже не покончили еще со всеми иностранцами. Держись, брат, за свое кресло и оставайся с нами.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 9186
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5209/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Похоже, вы не заметили, что иностранец Bruce Walsh говорит прямо противоположное тому, что говорит иностранец Manfred Kayser.
Если тезисно, 1) их ответы дополняют друг друга, а не противоречат 2) вторая часть вопроса была задана некорректно 3) ответ Кайзера прокомментирован неверно
« Последнее редактирование: 11 Март 2020, 11:23:55 от Srkz »

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Похоже, вы не заметили, что иностранец Bruce Walsh говорит прямо противоположное тому, что говорит иностранец Manfred Kayser.
Если тезисно, 1) их ответы дополняют друг друга, а не противоречат 2) вторая часть вопроса была задана некорректно 3) ответ Кайзера прокомментирован неверно

Ну что-ж, давайте разбираться. Kayser пишет:

Цитировать
Thus analyzing normal tissue samples at different lifetimes shall give you the same Y-STR profile no matter how many markers you use.

Т.е. он исключает возможность появления мутации хотя бы в одной Y–хромосоме (из тех триллионов Y–хромосом, которые сидят в теле человека) в STR локусах после рождения ребенка. Разве не так?

А Walsh пишет:

Цитировать
If you are looking at STR markers, the mutations rates are relatively high ~ 1/200-1/500, so that a Y chromosome could easily mutate after birth. The resulting daughter cells from that mutation would show the new event, leading to a chimera, a mix of genomes within a single individual.

T.e. он не исключает возможность появления STR мутаций в Y-хромосоме (не во всех триллионах Y-хромосом, а в какой-то части из них!). Более того, он говорит, что эти мутации, раз появившись в некоторых клетках (десятках? сотнях? миллионах? миллиардах? Bruce не знает, и никто не знает, но я хотел бы знать), вовсе не исчезают, а передаются при делении этих клеток, что совершенно естественно.

Один говорит это невозможно, другой говорит, что это не только возможно, но даже весьма вероятно. Как же они дополняют друг друга? По-моему, они противоречат друг другу.

Далее, я  прокомментировал ответ Кайзера следующим образом:

Цитировать
Как видно, он вовсе не уверен, что он знает, где, когда и как именно происходят мутации в Y-STR локусах, и как именно они передаются от отца к сыну. Короче говоря, он не знает механизма образования и передачи таких мутаций. Он, как и все остальные, знает лишь догму. Но он, в отличие от многих, сохраняет здоровый скептицизм и держит свой ум открытым, что делает ему честь.

Что неверного вы видите в этом комментарии?

Вы говорите "вторая часть вопроса была задана некорректно". Мне трудно комментировать это утверждение. Поясните, в чем именно состоит эта некорректность.


« Последнее редактирование: 11 Март 2020, 12:56:36 от Barau_R_Tour »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 9186
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5209/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Когда проводится ДНК-анализ, что именно служит "сырьём" для теста? Единичная клетка?

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Когда проводится ДНК-анализ, что именно служит "сырьём" для теста? Единичная клетка?

Хороший и очень важный вопрос. Я не знаю ответа на этот вопрос. Если кто-нибудь знает, поделитесь, пожалуйста; желательно, со ссылками.

Пожалуй, следует уточнить: меня  интересует исключительно Y-STR анализ, а не ДНК-анализ вообще.
« Последнее редактирование: 11 Март 2020, 13:41:40 от Barau_R_Tour »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.