АвторТема: Калибровка скоростей мутаций для целей ДНК-генеалогии  (Прочитано 42934 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Что до СТРов, то, скажем, по 67 маркерной панели они у меня не изменились с 2007-08-01 (ФТДНА) по 2019-04-15 (Данте Лабз).

Т.е. за почти 12 лет.

Какая-никакая статистика.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 18097
  • Страна: az
  • Рейтинг +6604/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Хотел было уточнить собственные комментарии для большей ясности, но прочитав это:
Цитировать
взять у него хотя бы 10 образцов в течение дня и отправить их в Хьюстон на Y-111-STR тест.
Стало ясно, что человек либо фрик, либо совсем не в теме. :)
На 111 маркёрах совпадают гаплотипы людей с предком от 0 до 9 поколений назад.
Надеюсь, теперь Вы понимаете, что геном одного и того же человека не может меняться в течение суток.


Оффлайн TK

  • Сообщений: 505
  • Страна: ru
  • Рейтинг +385/-0
Коллеги - очевидно, что изменения в ДНК в течении жизни, конечно, возможны (пример: заболевание раком), однако, что касается генеалогически значимых регионов, изменения в течении жизни нереальны. Не может такого быть, чтобы в клетках левой пятки был иной набор Y-SNP, чем у клеток правого уха. Это легко проверить, взяв образцы у 1 человека из разного типа органов. Предположение, что клетки всего тела одновременно синхронизируют свои мутации - это фантастика.
Приходим к выводу - мутации фиксируются в момент зачатия и содержат мутации из конкретных яйцеклетки и сперматозоида.

Небольшое дополнение: конечно, в виде исключения клетки левой пятки и правого уха могут серьезно отличаться - есть такое явление как химеризм - но это редкость и, скорее, исключительный случай.
« Последнее редактирование: 07 Март 2020, 10:52:03 от TK »

Оффлайн ВадимЗ

  • Сообщений: 352
  • Страна: ru
  • Рейтинг +220/-20
  • Y-ДНК: I-Y4882-A10230-Y152087+
  • мтДНК: H5a2
Речь идет о том, что из 700 с чем-то СТР маркеров, один-два могут с возрастом поменяться.
Михаил, прочитайте пожалуйста внимательнее выше приведённый комментарий уважаемого Нимиссин.

Анализ делается по куче клеток из образца. И СТР там вполне могут меняться. В каждой отдельной клетке по разному. Вы видите средний результат по куче клеток. Единичные мутации в каждой отдельной клетке просто не учитывается, их не видно. Поскольку в каждой отдельной клетке они разные.

Можете сравнить с мито. У мужчины все Y-хромосомы в каждой клетке происходят от одной единственной Y-хромосомы сперматозоида. Мт-ДНК человека происходит примерно от 10 митохондрий яйцеклетки. В каждой клетке около 200 тыс. митохондрий. Гаплотипы Мт-ДНК, где есть двойные значения в одной позиции известны. Например семья Николая II. Именно поэтому мутации в Мт-ДНК закрепляются около 6 поколений. 

Я так понимаю, возможно неправ.

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Цитировать
Не совсем понял про Абхазию.   

Нам нужно 10 столетних старцев? И что дадут их тесты, если мы не знаем, какими были их гаплотипы в молодости?
Или же Вы предполагаете, что СТРы по игреку могут иметь отличные значения В ТЕЧЕНИИ ОДНОГО ДНЯ?

Это очень хорошие и важные вопросы, поэтому позвольте остановиться на них подробно.

Нам нужен только один старец. Y-STRы одной и той же хромосомы, конечно, не могут поменяться в течение дня. Мутации происходят в результате неточного копирования, а в течение дня не произойдет даже одного копирования, не говоря уже об ошибочном. Но я ведь не это предлагаю. Я предложил взять 10 различных Y-хромосом у старца в течение дня и сравнить десять 111-маркерных гаплотипов, полученных из этих десяти различных хромосом.
 
А один день нам нужен не потому, что мы уповаем на то, что произойдет ошибочное копирование в течение дня, а для того чтобы оказать уважение нашему старцу и насладиться - за чашкой ароматного турецкого кофе, приготовленного им же - его неспешным и почти правдивым рассказом о том, как отец водил его - тогда еще 10-летнего мальчугана - на охоту в то далекое время, когда еще туры водились во множестве в тех краях.

Цитировать
Если резюмировать.

1. Предполагаю, что могут быть возрастные изменения по игрек СТРам.
2. Считаю, что данные изменения носят устойчивый характер.

Мне хочется верить, что это именно так.

Цитировать
Но можно было бы посмотреть, как изменились результаты моих аутосомных тестов.

Для этого взять мои результаты 23эндМи 2010 года и сравнить их с результатами от Данте Лабз прошлого года.

Михаил, не спешите с этим. Давайте вместе подумаем, как нам лучше потратить ваши деньги  :)

Цитировать
Стало ясно, что человек либо фрик, либо совсем не в теме.  :)

Я – не фрик, я – физик. Поэтому полагаю, когда вежливый по природе Farroukh копировал мысль из своей мягкой головы на твердый носитель, произошла редкая и досадная мутация слова. И на Фарруха бывает прорруха.  :)

Цитировать
На 111 маркёрах совпадают гаплотипы людей с предком от 0 до 9 поколений назад.
Надеюсь, теперь Вы понимаете, что геном одного и того же человека не может меняться в течение суток.

https://www.youtube.com/watch?v=-LUwkKE0tWg

Цитировать
Не может такого быть, чтобы в клетках левой пятки был иной набор Y-SNP, чем у клеток правого уха. Это легко проверить, взяв образцы у 1 человека из разного типа органов. Предположение, что клетки всего тела одновременно синхронизируют свои мутации - это фантастика.

Конечно фантастика, но кто говорит о синхронизации? Давайте сделаем так: я приведу цепочку рассуждений, а вы укажите, где я ошибаюсь.

Когда наш 100-летний старик был зачат, он получил определенную Y-хромосому от своего отца. Все клетки (за исключением, конечно, ничтожного количества, которым вообще не положено содержать Y-хромосому) не рожденного еще ребенка содержали абсолютно идентичные Y-хромосомы. Но зародыш растет, количество клеток все время увеличивается, происходит постоянное и частое копирование всего и вся, включая Y-хромосомы. Количество этих Y-хромосом наверно исчисляется миллиардами даже в теле не родившегося еще ребенка. Поэтому когда ребенок появился на свет, где-то у него в теле – в левом или правом ухе, если хотите – уже почти наверняка имеются десятки, сотни, а то и тысячи Y-хромосом, которые уже претерпели мутации в одной и более STR локусах.

Однако если мы возьмем какую-то клетку наугад из левого уха (или откуда угодно, за исключением нервных клеток головного мозга, пожалуй) извлечем Y-хромосому из нее, и посмотрим на ее 111-маркерный гаплотип, он почти наверняка совпадет с тем, который мальчик получил от своего отца.

Почему так? Попробую пояснить на пальцах… в буквальном смысле. Если вы укажете пальцем в небо, как только начало вечереть, вы почти наверняка не попадете на светящуюся в небе звезду. Но если вы укажете пальцем в то же самое небо глубокой и ясной ночью где-то в горах, есть хорошая вероятность, что вы попадете в созвездие или даже звезду, особенно если будете указывать всеми десятью пальцами одновременно.

Наш только-что родившийся старец и есть вечернее небо, а через сто лет он будет соответствовать, по нашей аллегории, звездному небу в глубокую ясную ночь. То есть, взяв всего 10 Y-хромосом от нашего старца, в теле которого накопилось огромное количество Y-хромосом почти во всех тканях за эти 100 лет, мы имеем хороший шанс наткнуться на Y-хромосому с мутацией.

Цитировать
Небольшое дополнение: конечно, в виде исключения клетки левой пятки и правого уха могут серьезно отличаться - есть такое явление как химеризм - но это редкость и, скорее, исключительный случай.

Да, но речь у нас идет не о целой клетке, а лишь о малой ее части, а именно, о Y-хромосоме. Я подозреваю, что нет экспериментально подтвержденных оснований утверждать, что "химеризм" Y-хромосомы - исключительно редкое явление.
 
STR мутации в Y-хромосоме, насколько мне известно, вообще никак не проявляются - ни во внешнем облике, ни в поведении, ни в состоянии здоровья, и ни в чем другом. Поэтому возможно даже, что никому в голову просто не пришла "идиотская" мысль провести соответствующие эксперименты с осознанной целью выяснить, насколько распространен химеризм Y-хромосомы.

Скажу больше, если кто-то в какой-то лаборатории случайно обнаружит, что один и тот же человек показал при повторном тесте отличный от прежнего 111-маркерный гаплотип, это скорее отнесут к ошибке, якобы допущенной при проведении одного или другого теста. Проведут третий тест, и обнаружат, который из двух есть "истинный", в то время как оба они были истинными - один химерный, другой нехимерный.

Наверно не следует пугаться слова "химерный", когда речь идет о Y-хромосоме.

Цитировать
Анализ делается по куче клеток из образца. И СТР там вполне могут меняться. В каждой отдельной клетке по разному. Вы видите средний результат по куче клеток. Единичные мутации в каждой отдельной клетке просто не учитывается, их не видно. Поскольку в каждой отдельной клетке они разные.

Вы действительно знаете, что Y-STR тест основан на такой статистической обработке, или просто предполагаете? Не могли бы вы дать соответствующую ссылку?

« Последнее редактирование: 09 Март 2020, 02:06:04 от Barau_R_Tour »

Оффлайн ВадимЗ

  • Сообщений: 352
  • Страна: ru
  • Рейтинг +220/-20
  • Y-ДНК: I-Y4882-A10230-Y152087+
  • мтДНК: H5a2

Цитировать
Анализ делается по куче клеток из образца. И СТР там вполне могут меняться. В каждой отдельной клетке по разному. Вы видите средний результат по куче клеток. Единичные мутации в каждой отдельной клетке просто не учитывается, их не видно. Поскольку в каждой отдельной клетке они разные.

Вы действительно знаете, что Y-STR тест основан на такой статистической обработке, или просто предполагаете? Не могли бы вы дать соответствующую ссылку?
Ссылку дать не могу, но анализ действительно делается по куче клеток. Во первых - сам образец это куча клеток. Во вторых, перед анализом их размножают. А уже потом исследуют. Скажу так, это просто дополнительная информация, которую я случайно усвоил. Во многих работах приводится методика, по которой они проводятся. Вот хотя бы:
https://ru.wikipedia.org/wiki/Полимеразная_цепная_реакция
Остальное погуглите при желании

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 76
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
точного ответа нет. Никто не измерял. Если брать образец из раковой опухоли, где все клетки мутированы, то какой будет результат? Такие исследования мне неизвестны.
Рак ротоглотки был выявлен у значительного числа сдавших образцы Y-111 до или вскоре после отправки образца в ФТДНА. Думаю на этой выборке есть смысл проводить исследование. Или на WGS c качественно прочитанным игреком и наличием раковых клеток эпителия в ротовой полости (либо лимфолейкозами, если WGS на образцах крови).
« Последнее редактирование: 07 Март 2020, 19:03:00 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Не может такого быть, чтобы в клетках левой пятки был иной набор Y-SNP, чем у клеток правого уха.

И опять передёргивание.
Приписать слова. А потом с жаром их опровергать.

Разве кто-то сказал, что в левой пятке могут быть отличные от правого уха СТР маркеры?

Если Вам так поблазнилось, то Вы абсолютно не поняли вопроса.

Ещё раз его формулирую: возможны ли возрастные изменения  Y-СТР гаплотипа?

*** Коль скоро речь зашла про уши. Вы разве не замечали, как они меняются в течении жизни:?   :o
Значит меняются клетки.
Значит меняется геном.
Это несомненно.

Вопрос (в десятый раз повторю) о том меняются ли СТРы. Если да, то как часто.

Ответа пока нет.    :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Речь идет о том, что из 700 с чем-то СТР маркеров, один-два могут с возрастом поменяться.
Михаил, прочитайте пожалуйста внимательнее выше приведённый комментарий уважаемого Нимиссин.

Анализ делается по куче клеток из образца. И СТР там вполне могут меняться. В каждой отдельной клетке по разному. Вы видите средний результат по куче клеток. Единичные мутации в каждой отдельной клетке просто не учитывается, их не видно. Поскольку в каждой отдельной клетке они разные.

Можете сравнить с мито. У мужчины все Y-хромосомы в каждой клетке происходят от одной единственной Y-хромосомы сперматозоида. Мт-ДНК человека происходит примерно от 10 митохондрий яйцеклетки. В каждой клетке около 200 тыс. митохондрий. Гаплотипы Мт-ДНК, где есть двойные значения в одной позиции известны. Например семья Николая II. Именно поэтому мутации в Мт-ДНК закрепляются около 6 поколений. 

Я так понимаю, возможно неправ.

Прочитал.

И нахожу его неубедительным. Нон перитнан. Не по теме.


Данный вопрос не проверялся. Ответа нет.

Меня не интересуют воззвания к здравому смыслу.
Скажем у меня один здравый смысл. А у какого-нибудь томми - другой (использую его и себя, как экстремумы, оконечности).

Не интересуют и моделизационные методы.

Прямой же эксперимент (как трижды отписал выше) требует времени.

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 76
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
У меня с отцом одна мутация на 41 маркер.
По аутосомам случайно не было ли у него известных патогенных мутаций в генах репарации (ну или диагностированного онкозаболевания)? Секвенировать аутосомы отца не удалось, верно ли понимаю?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Нам нужен только один старец. Y-STRы одной и той же хромосомы, конечно, не могут поменяться в течение дня. Мутации происходят в результате неточного копирования, а в течение дня не произойдет даже одного копирования, не говоря уже об ошибочном. Но я ведь не это предлагаю. Я предложил взять 10 различных Y-хромосом у старца в течение дня и сравнить десять 111-маркерных гаплотипов, полученных из этих десяти различных хромосом.
 
А один день нам нужен не потому, что мы уповаем на то, что произойдет ошибочное копирование в течение дня, а для того чтобы оказать уважение нашему старцу и насладиться - за чашкой ароматного турецкого кофе, приготовленного им же - его неспешным и почти правдивым рассказом о том, как отец водил его - тогда еще 10-летнего мальчугана - на охоту в то далекое время, когда еще туры водились во множестве в тех краях.

Тут, кроме того, что идею нахожу абсурдной, не понимаю, что наличие отдельных НЕЗАКРЕПЛЯЕМЫХ мутаций может дать для генеалогии? Для оценки ВБОПов?


То есть. Вы предполагаете, что в результате каких-то внешних факторов и внутренних сбоев геном двух клеток букального эпителия, например, может отличаться. Разово.
Допустим.

По мне же вопрос состоит в закрепившейся мутации. Т.е. не единичное, прошедшее незамеченным, событие. А то, что передастся по наследству.

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 76
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
меняются клетки.
Значит меняется геном.
Это несомненно.
Эпигеном меняется. Геном может оставаться неизменным.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
У меня с отцом одна мутация на 41 маркер.
По аутосомам случайно не было ли у него известных патогенных мутаций в генах репарации (ну или диагностированного онкозаболевания)? Секвенировать аутосомы отца не удалось, верно ли понимаю?

Размывание смыслов.
И ещё дрянь вопрос про болячки. С какой-то, мать её, издёвкой.

Понимаете Вы неверно. Точнее не понимаете ничего.

У меня протестировано больше 50 человек. Начиная от родителей и до дальних кузенов.

Вопрос же про одного человека. Как меняется его геном с возрастом.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
меняются клетки.
Значит меняется геном.
Это несомненно.
Эпигеном меняется. Геном может оставаться неизменным.

Вы вообще кто?

Писатель писем к учёному соседу?

Хотите мне рассказать, что лошади кушают сено, а Волга впадает в Каспийское море?


По Вашей логике (господи, прости, что называю это логикой), люди живут вечно в неизменном виде?

А если и меняются, то безо всяких изменений генома?

До свидания!

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 76
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Размывание смыслов.
И ещё дрянь вопрос про болячки. С какой-то, мать её, издёвкой.
Простите, если издевку почувствовали, не закладывал в вопрос ничего такого. Мне как раз близка Ваша позиция в обсуждении. Геном меняется, нерепарированных мутаций (однонуклеотидных большинство, не СТР) закрепляется примерно одна в год, с увеличением частоты к старости.
Цитировать
Понимаете Вы неверно.
Вопрос был о технологии, с помощью которой определили отличие в одном из 41 СТРов - чтобы исключить ошибку, ведь проще всего списать на несовершенство технологии. Если это сиксенс Y, то сколько прочтений из скольки говорят в пользу наличия мутации. Если образец ДНК отца хранится, то можно его прочитать по другой технологии.
« Последнее редактирование: 07 Март 2020, 20:22:20 от R1a1a1b1a2a1 »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.