АвторТема: Калибровка скоростей мутаций для целей ДНК-генеалогии  (Прочитано 42231 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Михаил, поправьте меня если я ошибаюсь. Я думаю, что процесс, результатом (или вернее одним из результатов) которого является изменение Y-хромосомы от отца к сыну в одном случае из 6-ти рождений мальчиков (в среднем, конечно), вы представляете себе (или представляли до недавнего времени) приблизительно следующим образом. Процесс мейоза – это своего рода ломка или серьезная встряска, которая – если достаточно тряская – может привести к тому, что Y-хромосома отца перейдет к сыну в искаженном виде, т.е. с некоторой(ыми) мутацией(ями).
 
Так, или не так?
« Последнее редактирование: 08 Март 2020, 19:34:20 от Barau_R_Tour »

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 76
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
Возможно опосредственное решение.

Взять группы:
- отец (70-80 лет);
- сыновья (40-50 лет).

Если получим статистически значимый пул тестированных, где гаплотипы сыновей совпадают друг с другом, но отличаются от отцовского, - это будет подтверждением возрастного изменения генотипа.
Если получим статистически значимый пул тестированных, где гаплотипы сыновей отличаются между собой (то есть некоторые из них отличаются от однократно протестированного отцовского) - это будет подтверждением возрастного изменения генотипа сперматозоидов отца. Многодетных исследовать лучше, выше вероятность поймать изменение. Для такого исследования не нужно много времени, если данные уже собраны.

Цитировать
что касается генеалогически значимых регионов, изменения в течении жизни нереальны.
По-моему, реальны. Их было не меньше, чем ветвей на Y-дереве. Но почти нереально, маловероятно, что кто-то из форумчан поймал это изменение у ближайшего родственника в молодом возрасте, репродуктивном. В случае онкологии и у 80-летних чуть более вероятно.
« Последнее редактирование: 07 Март 2020, 21:26:37 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Михаил, поправьте меня если я ошибаюсь. Я думаю, что процесс, результатом (или вернее одним из результатов) которого является изменение Y-хромосомы от отца к сыну в одном случае из 6-ти рождений мальчиков (в среднем, конечно), вы представляете себе (или представляли до недавнего времени) приблизительно следующим образом. Процесс мейоза – это своего рода ломка или серьезная встряска, которая – если достаточно тряская – может привести к тому, что Y-хромосома отца перейдет к сыну в искаженном виде, т.е. с некоторой(ыми) мутацией(ями).
 
Так или не так?

Не так.

Я об этом не думал. Вернее, думал, но не так.

Меня не интересуют сослагательности. Не интересны теоретические вопросы. Когда езжу на машине, не вспоминаю циклы работы четырёхтактного двигателя. Или процессы возгонки и разбивки на фракции.

:)

Мой интерес чисто практический. Как из пункта А - доехать в пункт Б.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Применительно к СТРам.

Интересов два:

1. Разбивка на родственные кластеры. Т.е. гаплогруппы.

2. Оценка ВБОПов. Т.е. степени родства.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Давно подметил, что применительно к генеалогическому интервалу (такому интервалу, когда родство двух людей можно доказать документально), - вусего точнее оценки ФТДНА по СТРам.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Не особо заморачивался с тем, что выбирать обычно надо консервативную оценку. Т.е. доверительный интервал в 90-95%.

Раньше умствовал про средневзвешенный интервал. 75%.
И оптимистический. 50%.

Теперь беру 95%. Да, и дело с концом.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Ваш вопрос заставил думать в другой плоскости.

Можно предположить, что на самом деле частота мутаций несколько ниже.

И именно поэтому, надо брать консервативную оценку.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Обосновываю.

Частоту мутаций (общегаплотипную, или помаркерную, как у ФТДНА, скажем) измеряют по парам отец сын.

Суть моего ПРЕДПОЛОЖЕНИЯ следующая: ВОЗМОЖНО частота мутаций (то есть, иными словами отличие гаплотипов отцов и сыновей) была бы меньше, если бы тестированные родители не превышали по возрасту лет 30-40.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Говоря иначе, ДОПУСКАЮ, что для пары 80-ти летний отец и 30-ти летний сын, - на самом деле никакой мутации нет.

Вернее есть только возрастная мутация у отца.


Как все уже почти согласились - это из области домыслов, гипотез, предположений.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36935
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Ещё раз спасибо Вам за вопрос.

Ну, а что делать, уже и так знаю и сказал: пользоваться консервативным интервалом от ФТДНА.

Длинные перегоны в тысячи лет - мне менее интересны. Там речь идёт вообще об эстрополяциях и проекциях.


:)

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Не так.

Я об этом не думал. Вернее, думал, но не так.

Меня не интересуют сослагательности. Не интересны теоретические вопросы. Когда езжу на машине, не вспоминаю циклы работы четырёхтактного двигателя. Или процессы возгонки и разбивки на фракции.

:)

Мой интерес чисто практический. Как из пункта А - доехать в пункт Б.

Спасибо за пояснение своей позиции. У меня несколько другой подход. У вас автомобиль - это средство передвижения, для меня - это инженерная конструкция, где всё - включая спидометр - должно работать правильно и исправно. Но я не могу создать прибор - тот же спидометр, например, который будет показывать правильную скорость, - не вникая в детали механизма, который будет положен в основу работы этого прибора. Это не вопрос философствования или пустого теоретизирования - это тот же практический вопрос.

Скажу больше. Если вы серьезно размышляли над вопросом, как правильно измерять скорость Y-STR мутаций, вы не могли не выработать - сознательно или безсознательно - тех или иных теоретических представлений о реальном физическом механизме, лежащем в основе появления мутаций. Не обязательно сводить их к четким постулатам (как это делает Каржавин, например), но эти представления у вас есть, хотите вы признать это или нет.

Меня интересует вопрос, правильны эти представления или нет. Если вы не хотите обсуждать, в чем именно состоят ваши представления о механизме работы мутаций, я могу выразить только сожаление об этом.

 

« Последнее редактирование: 08 Март 2020, 07:02:05 от Barau_R_Tour »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 9186
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5209/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Ещё раз его формулирую: возможны ли возрастные изменения  Y-СТР гаплотипа?
Возможны возрастные изменения, которые передадутся позднему ребёнку и выявятся у него. У самого родителя мы их не увидим. Т.е. с практической точки зрения: 1) гаплотип родителя можно считать более близким к предковому (исключая обратные мутации). 2) у поздних детей вероятность мутаций гаплотипа выше, чем у ранних.

Цитировать
*** Коль скоро речь зашла про уши. Вы разве не замечали, как они меняются в течении жизни:?   :o
Значит меняются клетки.
Значит меняется геном.
Это несомненно.
Если упрощённо и не углубляясь в детали вроде метилирования, в геноме записано: "Ушам расти в течение всей жизни". Вот они и растут, изменяясь при неизменном геноме. "Костям расти в длину, пока не подскочит уровень половых гормонов.". У ребёнка кости растут, у взрослого рост в длину останавливается. В свою очередь, уровень гормонов тоже подскочил по команде генома, завязанной на какое-то третье условие, и так далее по длинной цепочке если->то, если->то, если->то... 

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Ладно, ОК. На формулы смотрите в статье Каржавин С.П. (2011) Моменты вероятностного распределения изменения аллелей в STR локусах Y-хромосомы в результате мутаций, меняющих аллель на большое количество повторов. The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия). 2, №1: 1-7.
http://ru.rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/80

Дмитрий, этот линк не работает. Вы не могли бы подсказать, откуда можно скачать эту статью Каржавина. Потом, я хотел бы задать несколько вопросов Сергею, чтобы узнать точнее о его представлениях о механизме мутации, но похоже он уже не активен на этом форуме. Надеюсь он жив, здоров и не потерял еще интереса к ДНК генеалогии.
« Последнее редактирование: 08 Март 2020, 16:25:01 от Barau_R_Tour »

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Нам нужен только один старец. Y-STRы одной и той же хромосомы, конечно, не могут поменяться в течение дня. Мутации происходят в результате неточного копирования, а в течение дня не произойдет даже одного копирования, не говоря уже об ошибочном. Но я ведь не это предлагаю. Я предложил взять 10 различных Y-хромосом у старца в течение дня и сравнить десять 111-маркерных гаплотипов, полученных из этих десяти различных хромосом.
 
А один день нам нужен не потому, что мы уповаем на то, что произойдет ошибочное копирование в течение дня, а для того чтобы оказать уважение нашему старцу и насладиться - за чашкой ароматного турецкого кофе, приготовленного им же - его неспешным и почти правдивым рассказом о том, как отец водил его - тогда еще 10-летнего мальчугана - на охоту в то далекое время, когда еще туры водились во множестве в тех краях.

Тут, кроме того, что идею нахожу абсурдной, не понимаю, что наличие отдельных НЕЗАКРЕПЛЯЕМЫХ мутаций может дать для генеалогии? Для оценки ВБОПов?


То есть. Вы предполагаете, что в результате каких-то внешних факторов и внутренних сбоев геном двух клеток букального эпителия, например, может отличаться. Разово.
Допустим.

По мне же вопрос состоит в закрепившейся мутации. Т.е. не единичное, прошедшее незамеченным, событие. А то, что передастся по наследству.

Дорогой Михаил, вы соображаете молниеносно, но действуете еще быстрее. Я же соображаю медленно, а действую еще медленнее.
Цитировать
Гупсыси псалъэ – зыплъыхьи тIыс!
– так говорят адыги. Кто знает, эволюционная стратегия, соответствующая моему modus operandi, может оказаться – как это ни странно – стабильнее вашей :)

Кстати, об адыгах. Жаль, что вы так опрометчиво забраковали мою идею абхазского эксперимента, иначе я мог бы пригласить вас в аул Хату Анзорова, что в Кабардино-Балкарии, чтобы посетить вдвоем моего отца – кабардинца абадзехского происхождения, которому в мае этого года, даст Бог, исполнится 95 лет. Ну и провести там абадзехский эксперимент вместо абхазского.

На обратном пути в Канаду, мы могли бы заскочить в Хьюстон (где я, кстати, прожил без малого 20 лет) и оставить там образцы для тестирования.
 
Ну как идея? Подумайте еще раз не спеша, и дайте мне знать, каков будет ваш положительный ответ :)
« Последнее редактирование: 09 Март 2020, 01:12:52 от Barau_R_Tour »

Оффлайн Barau_R_Tour

  • Desert River
  • Сообщений: 36
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: G2a – P15
Михаил Темош не ответил  мгновенно на мой вопрос/предложение, как он обычно делает. Мне хотелось бы думать, что это связано с тем, что теперь он дает себе время хорошо подумать, прежде чем отвечать. Если так, то это – прогресс. Если не так, то прошу не сердиться на меня за то, что я прямо озвучил свое понимание причины задержки с ответом.

Теперь по делу. Михаил был первым, кто мгновенно схватил суть моего вопроса. Но теперь у меня есть веские основания полагать, что Михаил на самом деле не понял суть вопроса до конца. Об этом свидетельствует его признание, что он не понял смысл абхазского эксперимента и считает его абсурдным. Теперь, если я начну объяснять ему суть этого эксперимента, меня, скорее всего, постигнет неудача. Поэтому я поступлю иначе. Я задам ему вопрос в расширенном его варианте, в надежде на то, что – размышляя над этим вопросом – он сам поймет суть этого эксперимента.

Итак, вот новый вариант вопроса. Только что родился мальчик. Мы тут же проводим тест, и получаем его 111-маркерный гаплотип, который обозначим через G1. Мы повторили тест, когда мальчику исполнилось 100 лет, и получили гаплотип G2. Первоначально вопрос стоял так: Возможно ли неравенство p(G2 ≠ G1 | I) > 0, т.е. существует ли отличная от нуля вероятность, что G2 не совпадет с G1 (буква I, которая стоит за вертикальной чертой |, означает совокупность всех ваших знаний на данный момент).

Вопрос заставил многих задуматься серьезно, а некоторые даже ответили – да, в принципе это возможно.

Теперь мы идем дальше. Когда мальчику исполнилось 100 лет и один день, мы проводим тест еще раз и получаем гаплотип G3. Теперь я спрашиваю:

Возможно ли неравенство p(G3 = G1 | G2 ≠ G1, I) > 0?

Если словами, вопрос звучит так: Если мы обнаружили, что гаплотип мальчика изменился к концу жизни, то может ли случиться так, что тест, проведенный буквально на следующий день, покажет, что  его гаплотип вернулся обратно к тому значению, который мы обнаружили у него сразу после рождения?

Мой ответ таков:

Вероятность p(G3 = G1 | G2 ≠ G1, I) заведомо выше нуля; более того, она гораздо ближе к единице, чем к нулю.

Этот ответ, пожалуй, озадачит кого-то, вызовет раздражение или веселый хохот (в зависимости от темперамента) у других, а третьи могут просто объявить, что они имеют дело с полусумасшедшим. Тем не менее, мое представление о том механизме, который время от времени ведет к изменению профиля Y-хромосомы с рождением сына, дает именно такую оценку для p(G3 = G1 | G2 ≠ G1, I).   

« Последнее редактирование: 09 Март 2020, 16:28:21 от Barau_R_Tour »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.