АвторТема: Возраст монгольских N1c и их влияние на генофонд России и других стран  (Прочитано 51887 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн DimitriАвтор темы

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Y-ДНК: N-Y9022>Y41021 [RU-KO] ЖМ: R1a-M458>FTB20451 [RU-BEL] МЖМ: C-M48>B80 [RU-ZAB]
  • мтДНК: HV9b1* [RU-SAR]
Представляю вниманию общественности мое первое самостоятельное исследование на ниве ДНК-генеалогии. Хорошо бы услышать критические замечания экспертов.

Согласно Katoh 2004, 5% мужчин доминирующего монгольского этноса халха принадлежат гаплогруппе N1c, которая достаточно распространена в России (14%) и сопредельных с ней странах. Учитывая богатую историю Монгольской империи и Золотой Орды, интересно ответить на два вопроса: когда жил последний общий предок этой группы халха-монголов и есть ли среди Российских и зарубежных представителей N1c его потомки? В качестве начального упражнения в ДНК-генеалогии я попытался ответить на эти вопросы, используя ресурсы Молекулярно-генеалогического фонда Соренсена.

База данных Y-DNA гаплотипов SMGF содержит 845 монгольских образцов, поэтому ее можно считать достаточно содержательным источником для анализа монгольского этноса методами ДНК-генеалогии. Российское представительство скромнее (380), но тоже вполне репрезентативно. Из сопредельных с Монголией или Россией стран в SMGF много китайцев (506), шведов (495), поляков (278), норвежцев (273), киргизов (215), финнов (165), украинцев (47), литовцев (37) – вполне достаточно для того, чтобы отследить следы монгольских военных походов (если они сколь-нибудь значимы).

Пользовательский интерфейс базы SMGF достаточно скромен и позволяет находить не более 150 похожих гаплотипов  в пределах 70% соответствия по заданным маркерам. Причем результаты поиска сообщаются в виде бинарной шкалы («угадал-не угадал» для каждого STR-маркера), а географическую фильтрацию результатов можно выполнить только вручную. Информацию о гаплогруппах данная база не содержит. С помощью такого интерфейса извлечь из базы SMGF все 845 монгольских гаплотипов довольно затруднительно, но зато вполне реально расшифровать представительное подмножество, принадлежащее гаплогруппе N1c.

Как извлечь гаплотипы N1c, если в базе данных нет информации о бинарных (SNP) полиморфизмах? Для этого можно воспользоваться модальным гаплотипом N1c и найти в базе SMGF все похожие на него (с учетом ограничений на 70% схожесть и размер выборки – не более 150 похожих гаплотипов). Именно это я и проделал. Модальный гаплотип N1c был вычислен усреднением значений аллелей по всем известным гаплотипам гаплогрупп N1c, N1c1, N1c1a, N1c1b и N1c1c, хранящимся в базе данных ySearch. Найдя несколько монгольских гаплотипов, похожих на N1c, я вычислил модальный уже для этой монгольской подгруппы, после чего нашел все остальные монгольские гаплотипы, предположительно относимые к N1c. Результаты были подвергнуты ДНК-генеалогическому анализу по методу А. Клесова.

Всего мне удалось извлечь 34 полных (43-маркерных в стандарте лаборатории SMGF) гаплотипа, а также 14 частичных (от 39 до 42 маркеров). Кроме того, из базы SMGF были извлечены все похожие гаплотипы других стран. Для начала я установил предположительный предковый гаплотип для группы 34 монгольских гаплотипов путем вычисления среднего значения по каждому маркеру. Вот этот гаплотип, приведенный в стандарте FTDNA (после 67 стандартных для FTDNA маркеров перечисляются дополнительные маркеры, которые тестируются в SMGF - DYS 461, DYS 462, GATA A10, DYS 635, GAAT1B07, DYS 441, DYS 445, DYS 452, DYS 463):

14 23 14 10 11 13 11 12 10 14 14 30
17 10 10 11 12 26 14 19 28 14.3 14.3 14.3 14.3
11 11 18 20 14 0 0 0 0 0 12 10
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0
12 12 12 22 11 18 12 31 21

33 из исследуемых гаплотипов симметрично расположены вокруг данного на расстоянии в 1-9 мутаций каждый (полного совпадения с базовым нет ни у одного исследуемого гаплотипа). Наибольшее среднее квадратичное отклонение зафиксировано в маркерах DYS 385b (29.9), DYS 458 (17.5), DYS 447 (15.5), наименьшее (нулевое) для DYS 390, DYS 19/394, DYS 426, DYS 388, DYS 392, DYS 455, DYS 437, DYS 448, DYS 464c/d, DYS 460, YCA IIb, DYS 446, GATA A10, DYS 445, DYS 452, DYS 463 – значения аллелей в данных 17 маркерах одинаковы во всех 33 гаплотипах.

Один исследуемый монгольский гаплотип стоит особняком – на генетическом расстоянии в 20 мутаций от предполагаемого базового гаплотипа. Вряд ли он имеет какое-то отношение к остальным 33, поэтому в дальнейших расчетах не учитывается.

На 33 оставшихся гаплотипа приходятся суммарно 154 мутации. По таблице А. Клесова получаем 54 поколения до общего предка без учета возвратных мутаций или 58 поколений с их учетом. Последнее соответствует примерно 1450 лет до общего предка, который, выходит, жил в середине VI в. – в период образования Тюркского каганата (простиравшегося от Северного Кавказа на западе до Манчжурии на востоке и включавшего в себя территорию современной Монголии). Из какого древнего этноса происходил этот человек – отдельный вопрос, который я перед собой (пока) не ставил.
« Последнее редактирование: 09 Июль 2009, 19:50:01 от Dimitri »

Оффлайн DimitriАвтор темы

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Y-ДНК: N-Y9022>Y41021 [RU-KO] ЖМ: R1a-M458>FTB20451 [RU-BEL] МЖМ: C-M48>B80 [RU-ZAB]
  • мтДНК: HV9b1* [RU-SAR]
Нарисовал филогенетическое древо 33 монголов N1c в Network. Использовал метод Reduced Median и равные веса всех маркеров:

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
А. Клёсов пользуется ущербными методами генохронолгии. Это показано здесь:

Реконструкция элементов ДНК-генетики евреев

http://new.chronologia.org/volume8/turin_dnk.php

Генохронологические игры
http://new.chronologia.org/volume8/turin_genoxp.php

На вашем примере.

/////Как извлечь гаплотипы N1c, если в базе данных нет информации о бинарных (SNP) полиморфизмах? Для этого можно воспользоваться модальным гаплотипом N1c и найти в базе SMGF все похожие на него (с учетом ограничений на 60% схожесть и размер выборки – не более 150 похожих гаплотипов). Именно это я и проделал.////

Задав другие параметры (допустим 50% и «не более 100 похожих гаплотипов») Вы получите другой возраст общего предка.

Возраст общего предка можно считать ТОЛЬКО для уверенно выявленного модального гаплотипа и уверенно ограниченного кластера связанных с ним гаплотипов-мутантов. Например, как это сделано для кластера «Чингисхан».

Оффлайн DimitriАвтор темы

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Y-ДНК: N-Y9022>Y41021 [RU-KO] ЖМ: R1a-M458>FTB20451 [RU-BEL] МЖМ: C-M48>B80 [RU-ZAB]
  • мтДНК: HV9b1* [RU-SAR]
Итак, ответ на первый вопрос получен, и он вполне подтверждает обоснованность второго вопроса, ведь потомки этого монгола скорее всего проживали на территории Монголии в XII-XIII вв. – в период формирования современного монгольского этноса. А коль скоро они там проживали в это время, то наверняка участвовали в военных походах Чингисхана, его сыновей и внуков (например, Батыя, завоевавшего русские княжества). Оставили ли они свои генетические следы в России?

Прежде всего, стоит поискать похожие гаплотипы в той же базе SMGF. Гаплотип человека по фамилии Schwartz украинского происхождения отличается от модального монгольского N1c всего на две мутации в 43 маркерах! Причем мутации эти произошли в маркерах DYS 458 и DYS 635 – точно такие же мутации (правда, не обе одновременно) мы наблюдаем в 13 из 33 монгольских гаплотипов. Веский повод отнести украинского Шварца к потомкам монгольских завоевателей – уж очень органично его гаплотип вписывается в дерево монгольских потомков!

Дальнейший поиск в SMGF позволяет обнаружить несколько китайских и российских гаплотипов, чрезвычайно похожих на монгольские. Но тут ничего удивительного нет – судя по именам, речь идет об этнических монголах, проживающих на приграничных территориях соседних с Монголией стран. А вот дальше снова сюрприз – финн по фамилии Virkamaki с генетическим расстоянием в 6 мутаций от монгольского модального гаплотипа. И опять все мутации наблюдаются в тех же маркерах, которые мутируют и у монголов. Т.е. если этого финна добавить к монгольской выборке, то он совершенно органично впишется в число потомков монгола, жившего во времена Тюркского каганата. Правда, в паре маркеров у Virkamaki набежало чуть больше мутаций, чем у монголов: DYS 458 у него 15 (у монголов колеблется от 16 до 19), а DYS 442 – 14 (у монголов бывает только 12 или 13).

А вот находящийся на таком же расстоянии от монгольского модального анонимный гаплотип из Кыргызстана записать в потомки монголов сложнее – у него наблюдается мутация в маркере DYS 390, который у всех монголов совершенно стабилен (конечно, теоретически такая мутация могла появиться уже в Киргизии, но оснований так полагать все-таки недостаточно – для этого надо иметь еще несколько похожих киргизских гаплотипов, а их в базе SMGF нет – несмотря на представительное число киргизов там).

Следом в базе SMGF идет россиянин Sharapov. У него 6 мутаций от монгольского модального гаплотипа с совершенно стандартными для монголов значениями аллелей за исключением DYS 458 – как и у финна Virkamaki у Шарапова тут 15 повторов. Гаплотипы Шарапова и Виркамаки отстоят друг от друга достаточно далеко (9 мутаций), но от монгольского модального оба отстоят всего на 6 мутаций.

Еще пара людей финского происхождения (Maylett и Traksman) имеют гаплотипы, похожие на монгольские – с 7 мутациями от модального. Их главное отличие – мутации в стабильном для монголов маркере DYS 446 (у Maylett здесь 16, у Traksman – 14, а у всех вышеперечисленных лиц – 15). Конечно, нужно знать возраст этих мутаций у финнов, и здесь специалисты по филогенетике гаплогруппы  N1c могут подсказать правильный ответ.

(to be continued)

Оффлайн DimitriАвтор темы

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Y-ДНК: N-Y9022>Y41021 [RU-KO] ЖМ: R1a-M458>FTB20451 [RU-BEL] МЖМ: C-M48>B80 [RU-ZAB]
  • мтДНК: HV9b1* [RU-SAR]
Возраст общего предка можно считать ТОЛЬКО для уверенно выявленного модального гаплотипа и уверенно ограниченного кластера связанных с ним гаплотипов-мутантов. Например, как это сделано для кластера «Чингисхан».
Согласен - это слабое место проведенного исследования. В свое оправдание могу сказать, что для каждого найденного монгольского гаплотипа я просматривал все соседние с ним (в пределах 150 гаплотипов/70% схожести; кстати, эти параметры в SMGF невозможно изменить), и тем самым действительно извлек связный кластер. Другое дело, насколько этот кластер представителен - но здесь я ничего сказать не могу, т.к. SMGF не афиширует свои методы сбора ДНК.

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
Возраст общего предка можно считать ТОЛЬКО для уверенно выявленного модального гаплотипа и уверенно ограниченного кластера связанных с ним гаплотипов-мутантов. Например, как это сделано для кластера «Чингисхан».
Согласен - это слабое место проведенного исследования. В свое оправдание могу сказать, что для каждого найденного монгольского гаплотипа я просматривал все соседние с ним (в пределах 150 гаплотипов/70% схожести; кстати, эти параметры в SMGF невозможно изменить), и тем самым действительно извлек связный кластер. Другое дело, насколько этот кластер представителен - но здесь я ничего сказать не могу, т.к. SMGF не афиширует свои методы сбора ДНК.

Надо посмотреть зависимость числа гаплотипов от числа мутаций. "Модальный гаплотип", "число гаплотитов отличающихсяот него на 1 шаг", "на 2 шага".

Оффлайн DimitriАвтор темы

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Y-ДНК: N-Y9022>Y41021 [RU-KO] ЖМ: R1a-M458>FTB20451 [RU-BEL] МЖМ: C-M48>B80 [RU-ZAB]
  • мтДНК: HV9b1* [RU-SAR]
Вот эти данные по 33 монгольским гаплотипам N1c:
  • 0 совпадений с модальным
  • 1 гаплотип с одной мутацией
  • 2 с двумя
  • 6 с тремя
  • 6 с четырьмя
  • 9 с пятью
  • 4 с шестью
  • 3 с семью
  • 1 с восемью
  • 1 с девятью
Изучаю указанные Вами ссылки в надежде найти ответ, как вычислять TMRCA по этим данным.

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 535
  • Рейтинг +50/-131
Изучаю указанные Вами ссылки в надежде найти ответ, как вычислять TMRCA по этим данным.

По этим данным Вы не можете вычислить время жизни общего предка. В выборке нет носителей модального гаплотипа. Вернее, Вы приняли "фантомный" модальный гаплотип. Принцип кластера связанных между собой гаплотипов прост. Каждый из них должен иметь связь с другими гаплотипами кластера через модальный гаплотип.

Кроме того, Вы получили "нонсенс". Сначало Вы предположили, что у монголов ЕСТЬ модальный гаплотип конкретной гаплогруппы. Затем Вы нашли сурогатный модальный гаплотип, который приняли за первое приближение к монгольскому модальному гаплотипу. Затем определили ширину "окна поиска". Но, то, что в него попало, не имеет модального гаплотипа. Это значит, что Ваше допущение "у монголов ЕСТЬ модальный гаплотип крнкретной гаплогруппы" не соответствует действительности.

Из этого следует постой вывод. Модальные гаплотипы интересующей Вас гаплогруппы находятся за пределами популяции монголов. К ним попали "хвосты" нескольких модальных гаплотипов. Сам по себе это очень важный вывод.


 

 

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Очень интересная работа!

Как дополнение можно предложить:
1. Занести все выявленные Вами в SMGF гаплотипы по всем, используемым Вами странам (можно добавить Прибалтику - там липки, потомки татар) в Нетворк. Он позволит отсечь все не-N1c.
2. Применять веса, выявленные уважаемым wertner, так как нельзя приравнивать скорости мутаций чрезвычайно медленных и очень быстрых маркеров.
3. Далее пользоваться только оставшимися после отсечения данными.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3098
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Dimitri - зачёт! Очень интересно!

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Ув. Dimitri, не могли бы Вы прикрепить также и исходные данные, как монголов так и нескольких европейцев с которыми их сравнивали?

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1798
  • Рейтинг +144/-2
Ув. Dimitri, не могли бы Вы прикрепить также и исходные данные, как монголов так и нескольких европейцев с которыми их сравнивали?
Присоединяюсь. Очень бы хотелось "пощупать" эти гаплотипы.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Я считаю, автор сначала сам обработает свою методу на гаплотипах, а потом уже выложит эти гаплотипы, если сочтёт нужным.

Оффлайн DimitriАвтор темы

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Y-ДНК: N-Y9022>Y41021 [RU-KO] ЖМ: R1a-M458>FTB20451 [RU-BEL] МЖМ: C-M48>B80 [RU-ZAB]
  • мтДНК: HV9b1* [RU-SAR]
Конечно я выложу тут все найденные в SMGF гаплотипы (не вижу смысла их утаивать от экспертов). Мог бы сделать это прямо сейчас, но после справедливых замечаний АнТюр (о нерепрезентативном кластере) и mouglley (о том, что не стоит вводить географические ограничения) мне захотелось дополнить уже найденные мной гаплотипы другими похожими. Думаю, еще два-три дня уйдет на "рыбалку" гаплотипов в SMGF (там ограничивают ежедневный "улов") и их анализ (как ручной, так и с помощью Network), после чего прикреплю сюда Excel-таблицу.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Ув. Дмитрий,

Есть такой вопрос - каким образом Вы получаете значения несовпадающих маркеров. Насколько я понимаю, в базе данных Соренсона при поиске совпаденцев, эти значения маркеров определить невозможно?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.