АвторТема: Возраст монгольских N1c и их влияние на генофонд России и других стран  (Прочитано 51894 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 1769
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Цитировать
Я не исключаю, что миллионов пар мы дождемся позже, чем хорошей выборки какой-нибудь гаплогруппы с суперразрешением. Скажем, глубиной 5000 лет, тысяча снипов + микросателлиты. Как только деревья станут надежными, появится возможность хоть краем глаза увидеть истинные эволюционные скорости.
Да, это ещё одна перспективная возможность, которую я упустил при обсуждении. Спасибо, Валерий.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1798
  • Рейтинг +144/-2
Тогда Вы с Клёсовым меня осудили за слишком большое доверие к индивидуальным скоростям без калибровки и я, прикинув возможные при этом ошибки, согласился с вами.
Я не осудил, конечно, а выразил сомнение в том, что при малой статистике точность будет лучше, чем по гаплотипу в целом. Но сейчас, Вы абсолютно правы: с ростом статистики ситуация начинает разворачиваться в пользу индивидуальных калибровок для каждого маркера.
Может быть, как-то коллективно получится раскрыть информацию по гаплотипам пар "отец-сын"? 

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Но правильно ли я понял Вашу позицию, что построенное Вами дерево годится для разделения на ветки, но не подходит для вычисления TMRCA?
Совершенно верно.
Первая заповедь в вычислении TMRCA - определение наиболее вероятного гаплотипа предка.

Ели для 371 67-ми маркерных гаплотипов я могу дать голову на отсечение, что от него можно считать, то
для сей выборки пока он не найден.

Отсюда и неверные даты.

Предков же отельных ветвей, выявленных на том дереве, которое я предъявил и их TMRCA, безусловно, можно подсчитать по стандартной методе.
Гаплотип предка с дерева снимается в течении пары минут. В расчет вносится только его потомки.

И всё.
Дата будет вполне реальной. Только не забудте ввести в этом случае поправку Адамова на возвратные мутации.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Если так, то я предлагаю делить на ветки без всякой филогении - путем простой кластеризации по числу мутаций (как я описывал выше). По крайней мере, на SMGF выборке таким образом N1b отлично отделяется от N1c, а последний набор уверенно делится на монгольскую, финскую и балтийскую ветви.
Вот тут Вы пойдёте по самому простому пути - пути Клёсова, для которого не важно, какое, с точки зрения вероятности, количество мутаций каждого конкретного маркера может произойти в данной выборке за, скажем, 100 лет.

Это тоже может пригодиться, но не для нужд генеалогии.
Этот способ, единственно, годен для расчёта возраста гаплогруп.

Тут я не советчик.
Данный вопрос меня не интересует

Мне интересна именно ДНК-генеалогия.
А тут без построения как можно более точных деревьев с корректными весами маркеров не обойтись.


Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Я тоже так делаю.
Работате идеально для гаплогрупп.
Полностью солгасен.
Для гаплогрупп и древних ветвей это наиболее приемлемый метод.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
На практике, однако, я не вижу особой разницы в деревьях, построенных с незначительно (порядка 20-40%) различающимися скоростями мутаций. (Например, я сам вычислил веса для Network по методу ув. wertner, но на основе скоростей Hitchinson et al. 2004, и получил практически то же самое дерево по своей выборке.) Еще один довод: сравните скорости Hitchinson и Chandler. Построенные на совершенно разных выборках, они неплохо коррелируют друг с другом. Поэтому я не понимаю, что даст дополнительная калибровка суммарной скорости мутаций в 34-маркерном гаплотипе.  ???

Я понимаю, что без калибровки по генеалогическим линиям утверждать что-то достаточно достоверное о TMRCA нельзя. Но мы же сейчас говорим не о TMRCA, а о филогении.

Тут опять возникает вопрос: чтона данный ммент Вам интереснее.

Для выделения ветвей по небольшой базе данных-N со всего мира у мормонов любая из указанных Вами методик работает великолепно.

В коммерческой базе данных FTDNA сосредоточен уже на весь мир, а Европа (ну и США).
Тут уже можно не просто выдеять ветви и определять время жизни предка.
Тут уже идёт разговор не о тысячах, а о сотнях лет.
Тут уже конкретные живые люди,которые заплатили конкретные живые деньги, чтобы определить свои родственные связи.

Приходится находить наилучшие способы для того, чтобы дерево отражало географическое расположение гаплотипа.
С переменным успехом, но я делаю это.

А вот в возрастах гаплогрупп - слабоват я.

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16952
  • Страна: az
  • Рейтинг +5800/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
С интересом нашёл эту тему и с интересом начал читать, пока не дошёл то этого места:
Цитировать
А вот дальше снова сюрприз – финн по фамилии Virkamaki с генетическим расстоянием в 6 мутаций от монгольского модального гаплотипа.
Похоже, в гаплогруппе N1c тоже полно невыясненных кладов, которые не опознаются маркёрами. Отсюда и выходит, что финны произошли от монголов буквально позавчера.

)Хорошо, хорошо, прекращаю разговоры о глубоком типировании(

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9575
  • Страна: kz
  • Рейтинг +942/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Монгольские и бурятские N1c1 вообще отличаются ли как нибудь. Или статистики по ним нет?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8415
  • Страна: ar
  • Рейтинг +938/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Монгольские и бурятские N1c1 вообще отличаются ли как нибудь. Или статистики по ним нет?
Бурятские являются маленькой веточной внутри казахско-монгольской ветви.
В Монголии присутствует большое разнообразие и разные ветви N1c1

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9575
  • Страна: kz
  • Рейтинг +942/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
А сколько маркерные бурятские или монгольские N1c1 есть. Есть ли из базы данных ФТДНА?

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Монгольские и бурятские N1c1 вообще отличаются ли как нибудь. Или статистики по ним нет?
Бурятские являются маленькой веточной внутри казахско-монгольской ветви.
В Монголии присутствует большое разнообразие и разные ветви N1c1
Согласен.

Там есть те, кто похож на L550-, и на L550+, то есть явные предки всех нас, северных N1c1.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8415
  • Страна: ar
  • Рейтинг +938/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
А сколько маркерные бурятские или монгольские N1c1 есть. Есть ли из базы данных ФТДНА?
В FTDNA нет.
Из SMGF.
Бурятские - явно недавние выходцы из Монголии - 17-18 век.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
А сколько маркерные бурятские или монгольские N1c1 есть. Есть ли из базы данных ФТДНА?
В из базе пока нет, но, думаю, у уважаемого Yurgan в пробирках найдутся сотни образцов из региона, который Вас интересует, причём, с хорошей привязкой к роду-племени.

Нужно, просто, оплатить их анализ.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9575
  • Страна: kz
  • Рейтинг +942/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
А сколько маркерные бурятские или монгольские N1c1 есть. Есть ли из базы данных ФТДНА?
В из базе пока нет, но, думаю, у уважаемого Yurgan в пробирках найдутся сотни образцов из региона, который Вас интересует, причём, с хорошей привязкой к роду-племени.
Нужно, просто, оплатить их анализ.
Жалко, пока позволить себе их не могу пока не закрыл казахские рода.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8415
  • Страна: ar
  • Рейтинг +938/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
А сколько маркерные бурятские или монгольские N1c1 есть. Есть ли из базы данных ФТДНА?
В из базе пока нет, но, думаю, у уважаемого Yurgan в пробирках найдутся сотни образцов из региона, который Вас интересует, причём, с хорошей привязкой к роду-племени.

Нужно, просто, оплатить их анализ.
Да, есть и монголы и буряты.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.