BGA калькулятор профессора Макдональда

[napobo3]

BGA (BioGeographical Ancestry) калькулятор на данный момент является одним из самых точных этно-популяционных обработчиков SNP данных.
Принимает данные от 23andme, Decodeme, PGP.
Выдает текстовый файл с комментариями профессора и диаграммы (примеры).
Недоступен для публики, единственный способ получить результаты - послать письмо профессору с просьбой.
Результаты собираются здесь:
http://spreadsheets.google.com/ccc?key=rraoyYa5YAZVfiDAcyF6QsQ

[Mich Glitch]

Вот это новость, так новость!
Спасибо огромное, дорогой парово3.
Хорошо бы если протестированные поделились своими выкладками в этой теме.

[Trish]

Очень интересно!
Но, к сожалению, не владею настолько и языком и темой, чтобы написать профессору. Буду признательна за посредничество!

[napobo3]

Просьба всем, кого оттестировал профессор, добавить результаты в эту таблицу.

[Mich Glitch]

Просьба всем, кого оттестировал профессор, добавить результаты в эту таблицу.

Добавил.

[napobo3]

Просьба всем, кого оттестировал профессор, добавить результаты в эту таблицу.

Добавил.

Карма++

[Valery]

Михаил, простите за любопытство зачем Вы включили "Finno-Ugrian"? Это документировано?

[Mich Glitch]

Михаил, простите за любопытство зачем Вы включили "Finno-Ugrian"? Это документировано?

Судите сами. На мою ремарку моей маме о том, что наш митосубклад присущ "мордве" и о преобладании финно-угорских мотивов в анализе по STR аутосомам у моей сестры, она сказала: "Ничего удивительного, бабку Агафью (моя прабабушка по материнской линии) в селе за глаза звали мордвой".
Поэтому не вдаваясь в детали (эрзя, мокша), просто обозначил присутствие угро-финской компоненты.
 

[napobo3]

Очень интересно!
Но, к сожалению, не владею настолько и языком и темой, чтобы написать профессору. Буду признательна за посредничество!

Послал Вам письмо для профессора.

[Valery]

ОК. Простите что заподозрил Вас в наивности - типа раз Рязань

[Аббат Бузони]

А в чем наивность, если топонимика и данные днк говорят об одном и том же.)))

[Trish]

Очень интересно!
Но, к сожалению, не владею настолько и языком и темой, чтобы написать профессору. Буду признательна за посредничество!

Послал Вам письмо для профессора.

Премного Вам благодарна!!!

[Mich Glitch]

Кстати, по финнам интересно - у меня с ними порядок распределения величин в первой табличке (которая по сути является самой точной) совпадает.

[Trish]

Уже получила ответ от профессора!

"I'm happy to send you the
results. I add that I do not share the files with anyone else
other than who sends it to me.

We do two tests. One is exactly the same as 23andme's
"Advanced Global Similarity" except we do more dimensions. You
fit in both Europe and and World views right of the edge of
Russia (which is a comparison group) in the direction of the
heart of Europe. Perhaps this means you are from far western Russia.

We also do quantitative tests, with and without the Mideast and
Pakistan as comparison. Here are the results. Note that the random error
is 1 to 2%.

The things below are the three different runs.

Europe    93.4%
Oceania    0.6%
America    2.6%
Africa     0.8%
E. Asia    2.7%


Europe    85.7%
S. Asia   11.2%
Oceania    0.1%
America    2.2%
Africa     0.3%
E. Asia    0.8%

Europe    83.3%
Mideast    3.4%
S. Asia   10.5%
Oceania    0.0%
America    2.2%
Africa     0.0%
E. Asia    0.8%

These are typical for Russians. They are different from western
Europeans who test, on the middle one, 8% S. Asian, just because
of ancient mixing between those regions (e.g. Alexander teh great's army,
plus through Persia. On the bottom one western Europeans test 4.4% Midest
and 9% S. Asian. The small apparently American part is also typical,
and is even more pronounced in Finns. We have no good explanation for it."

[napobo3]

Еще одна группа разработчиков занялась использованием Рrincipal Сomponents Аnalysis для анализа данных 23андме.
Просят присылать данные для отладки.

From: Raphael PETIT [mailto:raphaelpetit@wanadoo.fr]
Sent: Friday, October 09, 2009 9:50 AM
Subject: Fw: Structure program using 23andme data

> Hi,
>
> I think you could be interested by the following analysis we are doing
> with some members of DnaFroums that have tested with 23andme. We run our
> 23andme data through the STRUCTURE program that allow us to know the
> different component of our ancestry. This is based on 3516 SNP that are
> especially selected for European and Middle-Eastern ancestry.
>
> http://dna-forums.org/index.php?showtopic=8204&st=320
>
> So if you want to participate it would be great