Фазирование данных 23иЯ и FTDNA

[Mich Glitch]

Просто подумал, что если по этим 5 результатам как-то вывести геном деда, интересно было бы его сравнить. Может тогда картина какая-то более цельная была, пусть и неполная.

Совершенно неправильно!
Картина не будет более цельной в сравнении с родным списком от ФФ.
Смысл Гедматч (несмотря на все его очевидные и неустранённые косяки) - в кроссплатформенном сравнении. Теперь, когда 23эндМи для генеалогии умерла, вполне можно остановиться только на ФФ. Который и прирастает быстрее.

Самое главное. Синтезированный гаплотип даже по родителю и трём детям не добавляет новых имён в ДНАлэнд. В Гедматче же придётся ждать месяцы на обработку сэмпла.

В вашем же случае (отсутствие обоих родителей, наличие только дяди и только единоутробных братьев-сестёр), результат вообще будет из области допущений.

[Mich Glitch]

Можно сделать фазировку на совсем, уж, спорном инструменте от Феликса Иммануэля (он сменил своё имя Феликс Чандракумар в 2015 году). Он (инструмент) как раз на такой случай и рассчитан - отсутствие обоих родителей.

Parentless Phasing is a tool that allows to do some reasonable phasing when both parents' DNA are not available, which means, each phased parent kits will still be technically unphased (as we don't know the parents), however, instead of being completely unphased, longer segments in each phased parents' kits will be phased. This is extremely helpful for people searching their immediate family since it eliminates unphased longer compound segments matches.

Разнести на материнскую и отцовскую стороны геном Вашего отца, конечно не получится. Но оба синтетических генома вставите в Гедматч и ДНАлэнд. Возможно появится кто-то с крупными сегментами из 23эндМи. Мелочь же просто проигнорируете.   

[Mich Glitch]

Можно сделать фазировку на совсем, уж, спорном инструменте от Феликса Иммануэля

Кстати, сия игрушка годится и для создания модальных гаплотипов. Дело в том, что недостающие значения добираются из статистических реальных данных, помещённых в виде файлов-фрагментов в директорию data. Туда же призывают помещать геномы близких родственников.

Я поступил следующим образом.
1. Сфазировал данные по своему геному (винничина по отцу; рязанщина по матери).
2. Перед фазированием поместил в директорию data около 40 геномов лиц, являющиеся, как минимум, наполовину черемошнянами.
3. Тот синтетический геном, что лучше соотносился с геномом мамы, стал полагать материнским. Рязанским, стало быть.
4. Второй синтетический геном соотношу с отцом. Также этно-плот отношу ко всему Черемошному. Средняя температура по больнице выглядит вот так.


Понятное дело, что обычный модал справится с задачей лучше. Да и утилита не будет весить 300 МБ. Но отчего бы не позабивать гвозди микроскопом, при отсутствии нормального молотка? 

[dars]

Хотел попросить совета.

Ситуация такая:
Я стараюсь выделить аутосомные ДНК по разным своим линиям, т.е. чисто предковые ДНК. Бабушек-дедушек в живых уже нет, но у одной бабушки и у одного дедушки взял ДНК у их полнокровных сестер.
И вот 2 вопроса:
1. Насколько имеет смысл взять анализ еще у оставшихся в живых братьев и сестер этих же бабушки и дедушки? (у других бабушки и дедушки не осталось живых братьев-сестер).
2. Есть двоюродная сестра другой бабушки и уже очень старая ее мать (жена младшего брата прадеда). Возникла идея если взять ДНК у них обеих, то путем фазирования можно выделить ДНК полнокровного брата прабабушки, т.е. по сути ДНК от моих прямых предков.
3. В случае если получить такой фазированный образец то при сравнении с ним надо будет условно на 2 умножать сегменты?

[Dr-Shaman]

Объясните про фазирование. Я видимо что-то сильно не догнал.
У меня есть 2 FF от мамы и бабушки. (см описание в теме)

Сделал фазирование в gedmatch и получил 2 набора. Половинчатый мамин отцовский и мамин материнский. Сделал тест на совпаденцев по бабушке и новому маминому-отцовскому. Ну вроде как сравнил бабушку и дедушку и получил около 20 совпаденцев, хотя насколько я понял их должно бьть сильно меньше.
Если провести такой же анализ для мамы и бабшки без фазирования - то список совпаденцев около 2-300. При этом еще есть примерно по 200 совпаденцев для каждого отдельного кита. Как совпаденец бабушки может не быть совпаденцем мамы, если они мать и дочь?

[rLin]

Dr-Shaman, это обычная ситуация. Кусок ДНК бабушки, по которому у неё найден совпаденец, предположим, 10 сМ. У её дочери он может остаться 10 сМ, может уменьшиться (например до 5 сМ и перестанет определяться как значимый для совпадений), а может увеличиться (что менее вероятно, но возможно). Результат зависит от ДНК дедушки и методов расчёта длины общих сегментов при поиске совпаденцев.
Если бы все совпаденцы родителей были бы и у детей, то мы, по-видимому, все были бы совпаденцами.

[Srkz]

У её дочери он может остаться 10 сМ, может уменьшиться (например до 5 сМ и перестанет определяться как значимый для совпадений), а может увеличиться (что менее вероятно, но возможно). Результат зависит от ДНК дедушки и методов расчёта длины общих сегментов при поиске совпаденцев.

Не будем забывать про основную причину, что от родителя к ребенку просто не передаются случайным образом выбранные 50% ДНК.

[Елена Александровна]

Кстати, аналогичный случай:
 у невестки общий сегмент с моим сыном - её мужем (небольшой) и с моим отцом побольше и в другом месте ( через мою голову - т.е. не со мною)
У мамы её отец мой не показан. У отца её - тоже.
Хорошо теперь можно в Гедматче всех загруженных на одну страницу сверять.
Собрала невестка и от отца и от мамы участки почти в одном месте сходные с моим отцом и он в показания Гедматча вырос, до величины, которая прошла выборку.
Но для внучки моей - это вероятно вовсе не плохо, что все дедушки и бабушки далеки.

[AlexanderK]

То ли я туплю то ли что-то не то. Когда-то делал фазирование себя по папе (маминого теста не бы\ло) - и мне вспоминается что по окончании результаты просто появлялись в списке загруженых тестов. А сейчас вот запустил себя-папу-маму - вроде программа что-то считает, потом заканчивает считать - но результаты в списке не появляются. Никто не помнит - долго идет обработка?  И по окончании ей появляется ли какое-то сообщение типа PxxxxP1 и  PxxxxM1.созданы?   А то я запускаю, жду, но что-то ничег не происходит ...
А то настораживает что это версия фазировщика  Ver: Sep 9 2016 21:31:11 - может в ней какой-то баг проявился?

[Панк]

У меня наоборот раньше фазирование не получалось
А теперь сделали мгновенно. В конце написали что фазирование закончено
И стандартная приписка

Kits marked with ** have been tokenized, but have not completed batch processing. They are available for one-to-one comparisons, but not one-to-many comparisons.

В списке Your DNA Resources появились результаты типа  PFxxxxxxP1  с двумя звездочками, которые обещают снять за пару дней
Проверил на  'One-to-one' compare  - работает   
Проверил на  Admixture (heritage)  - тоже, дедушка типа беларус с предковой фамилией Калантай из района Конотопа, Путивля, Глухова

Single Population Sharing:

#   Population (source)   Distance
1   Belarusian-East ( )   5.16
2   Belarusian_West ( )   5.2
3   Russian_South ( )   5.26

[AlexanderK]

Блин - нифига не проходит. Уж как только не пробовал - и себя и дочку, и по одному из родителей и по двум. Не то что не появляется результат фазирования - так даже сообщения о то что обсчет закончен нет!!!

Никто не знает - куда лучше писать в Гедматч? А то у них на сате контактов саппорта не нашел вообще

[Елена Александровна]

Делала фазирование, чтоб узнать что от отца.
Использовала свой (23andMe) и мамин (FF) в 2013 году.
Файл до сих пор на моей странице.

После всё-таки сделала и FF отцу и не жалею.
Файлами из фазирования не пользуюсь, т.к. 50 % отсутствия у меня его сегментов много народу убирает.
Но как вариант, когда невозможно, конечно делайте.

[Елена Александровна]

Блин - нифига не проходит. Уж как только не пробовал - и себя и дочку, и по одному из родителей и по двум. Не то что не появляется результат фазирования - так даже сообщения о то что обсчет закончен нет!!!

Никто не знает - куда лучше писать в Гедматч? А то у них на сате контактов саппорта не нашел вообще

Кстати было аналогично.
Весь процесс по загрузке к ним файлов - часто из-за перебоев в инете сбиваются.
И у меня по памяти не с первого раза и фазирование прошло.

[AlexanderK]

Делала фазирование, чтоб узнать что от отца.
Использовала свой (23andMe) и мамин (FF) в 2013 году.
Файл до сих пор на моей странице.

Я в начале лета делал фазирование себе по папе и дочке по мне (тестов мамы и жены тогда не было). Все создалось нормально. Поигрался - удалил так как отослал тесты мамы и жены. Сейчас они готовы, залил на GedMatch  - и фазирование не делается. Ни мне не дочки. Даже по одному из родителей которые в базе уже давно и раньше делались нормально ...

Кстати - 23&Me похоже исследует больше аутосомальных снипов чем FTDNA и Ancestry! 

23&Me
----------
Largest segment = 55.5 cM
Total of segments > 5 cM = 333.8 cM
10 matching segments
502829 SNPs used for this comparison.

FTDNA
-----------
Largest segment = 55.6 cM
Total of segments > 5 cM = 329.4 cM
9 matching segments
297448 SNPs used for this comparison.

Anchestry
--------------
Largest segment = 55.6 cM
Total of segments > 5 cM = 328.8 cM
9 matching segments
289571 SNPs used for this comparison.

[gecube_ru]

1. Насчет 23ndMe - действительно допускаю такое. На прикидки цвета глаза gedmatch так и сказал, что примерно из 65 используемых в модели SNP, в файле FTDNA есть всего 20. Т.е. предполагается, что откуда-то (из какого-то сервиса) можно стянуть более полные данные.
2. По фазингу. Как я понимаю, при наличии возможности протестировать родственника, этот процесс бессмысленен ?
3. А если мне нужно сделать ДНК прапрапрадеда, но я его потомок от одного его сына (дочери), и есть еще ДНК от потомка другого его сына (дочери)?
4. При фазингу ведь появляются куски, которые не взять из предлагаемых образцов ДНК? Их предлагается заполнять значениями SNP из образцовый популяций ? А где их брать, если протестированы родственников полтора человека ?