Просмотр значений снипов в Finch2 браузере

[mouglley]

http://finch2.ftdna.com перестал работать.

У них в четверг случается отдых.
Обновление базы, однако.

Можно передохнуть пол суток.
И он начнёт работать.

[VVR]

Но нужно знать, что у старых точно нет такого снипа.
А с маркерами интересно.
А есть там праймеры для Y-STR?

Да это нужно.
По маркерам.Там, если маркер попадает на участок, то это обозначено. А там уже зная стандарт маркера, можно посчитать повторы в последовательности.
Но не по всем маркерам нашёл стандарт. И попадались перевёрнутые с заменой последовательности, как у Вас в примере.

[I2a1a]

Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.
 

Странно. В Y-сиквенсе геномного билда hg18(Build36) этот регион (495 bp) выглядит следущим образом

>ChrY:6871472..6871966 atctttgggggattggttccaggacctcttgcggatacccaaatgcatgcacactcaaat cctgcagtgtaccctgcaaaacctggtgataggaaaagtcagcactctgtatctggggtt ttgcatcccaaggatactgtattttccttccgaatttgattgtgaatggagaactgagcc ataaggataccaatggtatttattgaaagaaaagtcatgctgtttgattgctgtttgaac cacaaaaaccaagcaaccaaccaaagcccccaaaactaaagctttaaaaaccaatatctg gagaataaaccaaaaccaactaaagcatgaagatggtctaactcagaatgcccagtagaa ctttctaccatatggaaatattttgtatctgtgtagcctcattgccacagctggctaagg gcacaatgggccaagtcatccttactaggcagtgtcagccacactgggccatgtcagcca caccagaccacactg

И, cоотвественно, реверсивная комплиментарная цепочка (strand -)

>ChrY:6871472..6871966 (reverse complemented) cagtgtggtctggtgtggctgacatggcccagtgtggctgacactgcctagtaaggatga cttggcccattgtgcccttagccagctgtggcaatgaggctacacagatacaaaatattt ccatatggtagaaagttctactgggcattctgagttagaccatcttcatgctttagttgg ttttggtttattctccagatattggtttttaaagctttagttttgggggctttggttggt tgcttggtttttgtggttcaaacagcaatcaaacagcatgacttttctttcaataaatac cattggtatccttatggctcagttctccattcacaatcaaattcggaaggaaaatacagt atccttgggatgcaaaaccccagatacagagtgctgacttttcctatcaccaggttttgc agggtacactgcaggatttgagtgtgcatgcatttgggtatccgcaagaggtcctggaac caatcccccaaagat

[Yurgan]

Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.
 

Странно. В Y-сиквенсе геномного билда hg18(Build36) этот регион (495 bp) выглядит следущим образом

>ChrY:6871472..6871966 atctttgggggattggttccaggacctcttgcggatacccaaatgcatgcacactcaaat cctgcagtgtaccctgcaaaacctggtgataggaaaagtcagcactctgtatctggggtt ttgcatcccaaggatactgtattttccttccgaatttgattgtgaatggagaactgagcc ataaggataccaatggtatttattgaaagaaaagtcatgctgtttgattgctgtttgaac cacaaaaaccaagcaaccaaccaaagcccccaaaactaaagctttaaaaaccaatatctg gagaataaaccaaaaccaactaaagcatgaagatggtctaactcagaatgcccagtagaa ctttctaccatatggaaatattttgtatctgtgtagcctcattgccacagctggctaagg gcacaatgggccaagtcatccttactaggcagtgtcagccacactgggccatgtcagcca caccagaccacactg

И, cоотвественно, реверсивная комплиментарная цепочка (strand -)

>ChrY:6871472..6871966 (reverse complemented) cagtgtggtctggtgtggctgacatggcccagtgtggctgacactgcctagtaaggatga cttggcccattgtgcccttagccagctgtggcaatgaggctacacagatacaaaatattt ccatatggtagaaagttctactgggcattctgagttagaccatcttcatgctttagttgg ttttggtttattctccagatattggtttttaaagctttagttttgggggctttggttggt tgcttggtttttgtggttcaaacagcaatcaaacagcatgacttttctttcaataaatac cattggtatccttatggctcagttctccattcacaatcaaattcggaaggaaaatacagt atccttgggatgcaaaaccccagatacagagtgctgacttttcctatcaccaggttttgc agggtacactgcaggatttgagtgtgcatgcatttgggtatccgcaagaggtcctggaac caatcccccaaagat

У Вас лишняя буковка.

[I2a1a]

Где?

[Eugene]

Нашел там такой кусок

GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
AGGTCTAATTTAGCTATATG TGTCATTTCT CTCTGCCTCA GATGAAAACT ACAGTCAGAAAAAAAGGAGGAGGGATGGAATTTAAGAACACGTCTTAGTC TAAGCCCCAT CTCCCTTATTTTAAAAAAGG GGGAGTCAGT GAGAATATGA TGGTGATATTAATGCATATTCTCTGCAGAAGTCTCTGGATGGCAAGTTCC CTATATCCTT ATCTCCTAAG AGCTTCTGAG TGCCTATGAAAAACACAAGG AGGTATTAAA TGACTCTGGA AATAGTTTGG AGACCTTGTT CTAAAAGGCT
TCTTCCAGAC ATTTGAGTGC CCCTGGCTGA CTGCACCACT ATCTGTCTCC CCAGTGAACACATCCAGTCC CCAGCACTAT ATCCCAGATG TCTCCAGCCC CTGCCCTCTA GAGCTCCTTACTCATCCCTG CATGGCCTGC ATGACTTGGC CACTTGGAGG TCCAAGCAGC ATCTTAAATGTGGCATGCCTACAGT
Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.

 

Потому что Вы открыли комплементарную цепочку
GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
а надо
GRC012523_WTY_N07_sV84_F_30256_

[Yurgan]

Нашел там такой кусок

GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
AGGTCTAATTTAGCTATATG TGTCATTTCT CTCTGCCTCA GATGAAAACT ACAGTCAGAAAAAAAGGAGGAGGGATGGAATTTAAGAACACGTCTTAGTC TAAGCCCCAT CTCCCTTATTTTAAAAAAGG GGGAGTCAGT GAGAATATGA TGGTGATATTAATGCATATTCTCTGCAGAAGTCTCTGGATGGCAAGTTCC CTATATCCTT ATCTCCTAAG AGCTTCTGAG TGCCTATGAAAAACACAAGG AGGTATTAAA TGACTCTGGA AATAGTTTGG AGACCTTGTT CTAAAAGGCT
TCTTCCAGAC ATTTGAGTGC CCCTGGCTGA CTGCACCACT ATCTGTCTCC CCAGTGAACACATCCAGTCC CCAGCACTAT ATCCCAGATG TCTCCAGCCC CTGCCCTCTA GAGCTCCTTACTCATCCCTG CATGGCCTGC ATGACTTGGC CACTTGGAGG TCCAAGCAGC ATCTTAAATGTGGCATGCCTACAGT
Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.

 

Потому что Вы открыли комплементарную цепочку
GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
а надо
GRC012523_WTY_N07_sV84_F_30256_

Спасибо.
Жаль. финч так и не работает.

[Yurgan]

Нашел там такой кусок

GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
AGGTCTAATTTAGCTATATG TGTCATTTCT CTCTGCCTCA GATGAAAACT ACAGTCAGAAAAAAAGGAGGAGGGATGGAATTTAAGAACACGTCTTAGTC TAAGCCCCAT CTCCCTTATTTTAAAAAAGG GGGAGTCAGT GAGAATATGA TGGTGATATTAATGCATATTCTCTGCAGAAGTCTCTGGATGGCAAGTTCC CTATATCCTT ATCTCCTAAG AGCTTCTGAG TGCCTATGAAAAACACAAGG AGGTATTAAA TGACTCTGGA AATAGTTTGG AGACCTTGTT CTAAAAGGCT
TCTTCCAGAC ATTTGAGTGC CCCTGGCTGA CTGCACCACT ATCTGTCTCC CCAGTGAACACATCCAGTCC CCAGCACTAT ATCCCAGATG TCTCCAGCCC CTGCCCTCTA GAGCTCCTTACTCATCCCTG CATGGCCTGC ATGACTTGGC CACTTGGAGG TCCAAGCAGC ATCTTAAATGTGGCATGCCTACAGT
Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.

 

Потому что Вы открыли комплементарную цепочку
GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
а надо
GRC012523_WTY_N07_sV84_F_30256_

Спасибо.
Жаль. финч так и не работает.

Наконец-то заработал.

[Eugene]

Жаль. финч так и не работает.

Это очень часто бывает. Особенно вкладка Chromats- она тормозит абсолютно всегда.

[Yurgan]

Где?

В конце первой цепочки и в начале второй

[Yurgan]

Жаль. финч так и не работает.

Это очень часто бывает. Особенно вкладка Chromats- она тормозит абсолютно всегда.

Все получилось.
Система работает.
L1025 - 73958 Crowther G-  180947 Lithuania C+
Но у Валихана еще ничего не показывает.

[Valikhan]

Жаль. финч так и не работает.

Это очень часто бывает. Особенно вкладка Chromats- она тормозит абсолютно всегда.

Все получилось.
Система работает.
L1025 - 73958 Crowther G-  180947 Lithuania C+
Но у Валихана еще ничего не показывает.

Все данные, в т.ч. хроматограмма, уже загружены в мой профиль. Админы могут скачать.
У меня инет сейчас медленный, выложить сам не смогу, поэтому если нужно или попросят, то можете опубликовать все данные в открытом доступе.

[I2a1a]

Где?

В конце первой цепочки и в начале второй

Нет сиквенс совсем иной