АвторТема: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере  (Прочитано 7786 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #15 : 23 Февраль 2012, 21:53:27 »
http://finch2.ftdna.com перестал работать.
У них в четверг случается отдых.
Обновление базы, однако.

Можно передохнуть пол суток.
И он начнёт работать.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #16 : 23 Февраль 2012, 22:04:18 »
Но нужно знать, что у старых точно нет такого снипа.
А с маркерами интересно.
А есть там праймеры для Y-STR?
Да это нужно.
По маркерам.Там, если маркер попадает на участок, то это обозначено. А там уже зная стандарт маркера, можно посчитать повторы в последовательности.
Но не по всем маркерам нашёл стандарт. И попадались перевёрнутые с заменой последовательности, как у Вас в примере.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #17 : 23 Февраль 2012, 22:23:10 »

Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.
 

Странно. В Y-сиквенсе геномного билда hg18(Build36) этот регион (495 bp) выглядит следущим образом

>ChrY:6871472..6871966 atctttgggggattggttccaggacctcttgcggatacccaaatgcatgcacactcaaat cctgcagtgtaccctgcaaaacctggtgataggaaaagtcagcactctgtatctggggtt ttgcatcccaaggatactgtattttccttccgaatttgattgtgaatggagaactgagcc ataaggataccaatggtatttattgaaagaaaagtcatgctgtttgattgctgtttgaac cacaaaaaccaagcaaccaaccaaagcccccaaaactaaagctttaaaaaccaatatctg gagaataaaccaaaaccaactaaagcatgaagatggtctaactcagaatgcccagtagaa ctttctaccatatggaaatattttgtatctgtgtagcctcattgccacagctggctaagg gcacaatgggccaagtcatccttactaggcagtgtcagccacactgggccatgtcagcca caccagaccacactg

И, cоотвественно, реверсивная комплиментарная цепочка (strand -)

>ChrY:6871472..6871966 (reverse complemented) cagtgtggtctggtgtggctgacatggcccagtgtggctgacactgcctagtaaggatga cttggcccattgtgcccttagccagctgtggcaatgaggctacacagatacaaaatattt ccatatggtagaaagttctactgggcattctgagttagaccatcttcatgctttagttgg ttttggtttattctccagatattggtttttaaagctttagttttgggggctttggttggt tgcttggtttttgtggttcaaacagcaatcaaacagcatgacttttctttcaataaatac cattggtatccttatggctcagttctccattcacaatcaaattcggaaggaaaatacagt atccttgggatgcaaaaccccagatacagagtgctgacttttcctatcaccaggttttgc agggtacactgcaggatttgagtgtgcatgcatttgggtatccgcaagaggtcctggaac caatcccccaaagat

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8445
  • Страна: ar
  • Рейтинг +957/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #18 : 23 Февраль 2012, 22:36:00 »

Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.
 

Странно. В Y-сиквенсе геномного билда hg18(Build36) этот регион (495 bp) выглядит следущим образом

>ChrY:6871472..6871966 atctttgggggattggttccaggacctcttgcggatacccaaatgcatgcacactcaaat cctgcagtgtaccctgcaaaacctggtgataggaaaagtcagcactctgtatctggggtt ttgcatcccaaggatactgtattttccttccgaatttgattgtgaatggagaactgagcc ataaggataccaatggtatttattgaaagaaaagtcatgctgtttgattgctgtttgaac cacaaaaaccaagcaaccaaccaaagcccccaaaactaaagctttaaaaaccaatatctg gagaataaaccaaaaccaactaaagcatgaagatggtctaactcagaatgcccagtagaa ctttctaccatatggaaatattttgtatctgtgtagcctcattgccacagctggctaagg gcacaatgggccaagtcatccttactaggcagtgtcagccacactgggccatgtcagcca caccagaccacactg

И, cоотвественно, реверсивная комплиментарная цепочка (strand -)

>ChrY:6871472..6871966 (reverse complemented) cagtgtggtctggtgtggctgacatggcccagtgtggctgacactgcctagtaaggatga cttggcccattgtgcccttagccagctgtggcaatgaggctacacagatacaaaatattt ccatatggtagaaagttctactgggcattctgagttagaccatcttcatgctttagttgg ttttggtttattctccagatattggtttttaaagctttagttttgggggctttggttggt tgcttggtttttgtggttcaaacagcaatcaaacagcatgacttttctttcaataaatac cattggtatccttatggctcagttctccattcacaatcaaattcggaaggaaaatacagt atccttgggatgcaaaaccccagatacagagtgctgacttttcctatcaccaggttttgc agggtacactgcaggatttgagtgtgcatgcatttgggtatccgcaagaggtcctggaac caatcccccaaagat

У Вас лишняя буковка.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #19 : 23 Февраль 2012, 23:16:56 »
Где?

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6776
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #20 : 24 Февраль 2012, 08:38:49 »
Нашел там такой кусок

GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
AGGTCTAATTTAGCTATATG TGTCATTTCT CTCTGCCTCA GATGAAAACT ACAGTCAGAAAAAAAGGAGGAGGGATGGAATTTAAGAACACGTCTTAGTC TAAGCCCCAT CTCCCTTATTTTAAAAAAGG GGGAGTCAGT GAGAATATGA TGGTGATATTAATGCATATTCTCTGCAGAAGTCTCTGGATGGCAAGTTCC CTATATCCTT ATCTCCTAAG AGCTTCTGAG TGCCTATGAAAAACACAAGG AGGTATTAAA TGACTCTGGA AATAGTTTGG AGACCTTGTT CTAAAAGGCT
TCTTCCAGAC ATTTGAGTGC CCCTGGCTGA CTGCACCACT ATCTGTCTCC CCAGTGAACACATCCAGTCC CCAGCACTAT ATCCCAGATG TCTCCAGCCC CTGCCCTCTA GAGCTCCTTACTCATCCCTG CATGGCCTGC ATGACTTGGC CACTTGGAGG TCCAAGCAGC ATCTTAAATGTGGCATGCCTACAGT
Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.

 
Потому что Вы открыли комплементарную цепочку
GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
а надо
GRC012523_WTY_N07_sV84_F_30256_

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8445
  • Страна: ar
  • Рейтинг +957/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #21 : 24 Февраль 2012, 08:58:36 »
Нашел там такой кусок

GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
AGGTCTAATTTAGCTATATG TGTCATTTCT CTCTGCCTCA GATGAAAACT ACAGTCAGAAAAAAAGGAGGAGGGATGGAATTTAAGAACACGTCTTAGTC TAAGCCCCAT CTCCCTTATTTTAAAAAAGG GGGAGTCAGT GAGAATATGA TGGTGATATTAATGCATATTCTCTGCAGAAGTCTCTGGATGGCAAGTTCC CTATATCCTT ATCTCCTAAG AGCTTCTGAG TGCCTATGAAAAACACAAGG AGGTATTAAA TGACTCTGGA AATAGTTTGG AGACCTTGTT CTAAAAGGCT
TCTTCCAGAC ATTTGAGTGC CCCTGGCTGA CTGCACCACT ATCTGTCTCC CCAGTGAACACATCCAGTCC CCAGCACTAT ATCCCAGATG TCTCCAGCCC CTGCCCTCTA GAGCTCCTTACTCATCCCTG CATGGCCTGC ATGACTTGGC CACTTGGAGG TCCAAGCAGC ATCTTAAATGTGGCATGCCTACAGT
Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.

 
Потому что Вы открыли комплементарную цепочку
GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
а надо
GRC012523_WTY_N07_sV84_F_30256_
Спасибо.
Жаль. финч так и не работает.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8445
  • Страна: ar
  • Рейтинг +957/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #22 : 24 Февраль 2012, 09:00:22 »
Нашел там такой кусок

GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
AGGTCTAATTTAGCTATATG TGTCATTTCT CTCTGCCTCA GATGAAAACT ACAGTCAGAAAAAAAGGAGGAGGGATGGAATTTAAGAACACGTCTTAGTC TAAGCCCCAT CTCCCTTATTTTAAAAAAGG GGGAGTCAGT GAGAATATGA TGGTGATATTAATGCATATTCTCTGCAGAAGTCTCTGGATGGCAAGTTCC CTATATCCTT ATCTCCTAAG AGCTTCTGAG TGCCTATGAAAAACACAAGG AGGTATTAAA TGACTCTGGA AATAGTTTGG AGACCTTGTT CTAAAAGGCT
TCTTCCAGAC ATTTGAGTGC CCCTGGCTGA CTGCACCACT ATCTGTCTCC CCAGTGAACACATCCAGTCC CCAGCACTAT ATCCCAGATG TCTCCAGCCC CTGCCCTCTA GAGCTCCTTACTCATCCCTG CATGGCCTGC ATGACTTGGC CACTTGGAGG TCCAAGCAGC ATCTTAAATGTGGCATGCCTACAGT
Проверил - Build36 -   Y   -    6871472   6871966 
6871472 Это позиция снипа  L1032. Но счет идет с конца.
Но мало того, эта последовательность не только перевернута, но все T заменены A, а C - G.
Т.е. это другая часть Y-хромосомы.

 
Потому что Вы открыли комплементарную цепочку
GRC012523_WTY_N07_sV84_R_30256_
а надо
GRC012523_WTY_N07_sV84_F_30256_
Спасибо.
Жаль. финч так и не работает.
Наконец-то заработал.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6776
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #23 : 24 Февраль 2012, 09:00:26 »
Жаль. финч так и не работает.
Это очень часто бывает. Особенно вкладка Chromats- она тормозит абсолютно всегда.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8445
  • Страна: ar
  • Рейтинг +957/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #24 : 24 Февраль 2012, 09:07:24 »
Где?
В конце первой цепочки и в начале второй

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8445
  • Страна: ar
  • Рейтинг +957/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #25 : 24 Февраль 2012, 09:44:22 »
Жаль. финч так и не работает.
Это очень часто бывает. Особенно вкладка Chromats- она тормозит абсолютно всегда.
Все получилось.
Система работает.
L1025 - 73958 Crowther G-  180947 Lithuania C+
Но у Валихана еще ничего не показывает.

Оффлайн Valikhan

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 2193
  • Страна: kz
  • Рейтинг +102/-1
  • Ysearch 63CDM. Mitosearch EEVT3
    • Turkic World
  • Y-ДНК: N1c1d1 - L1034 (L1032, L1033)
  • мтДНК: B5a1a
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #26 : 24 Февраль 2012, 13:05:51 »
Жаль. финч так и не работает.
Это очень часто бывает. Особенно вкладка Chromats- она тормозит абсолютно всегда.
Все получилось.
Система работает.
L1025 - 73958 Crowther G-  180947 Lithuania C+
Но у Валихана еще ничего не показывает.

Все данные, в т.ч. хроматограмма, уже загружены в мой профиль. Админы могут скачать.
У меня инет сейчас медленный, выложить сам не смогу, поэтому если нужно или попросят, то можете опубликовать все данные в открытом доступе.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Просмотр значений снипов в Finch2 браузере
« Ответ #27 : 24 Февраль 2012, 14:27:21 »
Где?
В конце первой цепочки и в начале второй

Нет сиквенс совсем иной

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.