Филогенетические древа I2a

[I2a1a]

Уже теплее. Интересно, какая стоимость была в приложенном древе Мурки? Стоимость древа равна сумме стоимости линков (C)?

Такой у меня есть.

Для подсчета стоимости нужен файл Нексус где есть и гаплотипы и дерево.

Но вопрос - поймет ли его Мега Нексус Нексусу рознь


Еще попытка. Невзвешенный, стоимость 565, у предыдущего невзвешенного была 569

[Valery]

Именно так. Посмотрите в Ваш файл nwlinktbl_mp_<номер дерева> там внизу есть строчка с именем "Cost total"

[I2a1a]

Вы были правы, уважаемый Валерий. TNT (я использовал различные фичи в разделе Traditional search) выдала рекордную для данной выборки парсимоническую стоимость - 528, т.е стоимость дерева данной выборки в TNT - самая низкая. И что интересно, гаплогруппное разбиение по кластерам и ветвям еще ближе к реально прогнозируемому истинному дереву по сведениям о "географии" и "генеалогии" гаплотипов.
Очень хорошо.Думаю, что субоптимальные деревья в TNT можно использовать для кластеризации.

PS. Так и не разобрался, как сохранять под виндой деревья в emf. формат. Файл пустой. Огорчает отсутствие возможности печати. Сделал скриншот.

[Centurion]

Вадим, я что то явно упустил... как ты получил NEX из ych?

[Centurion]

Благодаря конвертеру Саши Лифанова -PhyloConv (за что еще раз огромное спасибо автору). Он где-то ссылку давал на сайте, сейчас не вспомню где.

Да... я помню где это. Конвертировать нужно из ych, или из другого формата?

[Valery]

Надеюсь скоро процесс перехода нексус-рдф будет поддерживать моя prepare

[wertner]

Ну, до TNT похоже и моя программа не добралась (по части уменьшения количества мутаций).
У меня их 540 с общим весом 26070 (с учетом RecLOH их 534).

[Centurion]

Вадим, картинка почти мегабайт весит. Хорошо бы уменьшить.

Как ты вытащил-то?

upd. я уменьшил

[Valery]

У меня их 540

О! Вот это супер! А если тебе использовать ТНТ дерево для затравки?

[wertner]

О! Вот это супер! А если тебе использовать ТНТ дерево для затравки?

Да, хорошая мысль. Попробую. Планировал взять в качестве основы еще одно дерево Мурки (из того же пула результатов, что и первое дерево) и сравнить результаты между собой. Но лучше попробую TNT.

[Valery]

О! Вот это супер! А если тебе использовать ТНТ дерево для затравки?

Да, хорошая мысль. Попробую. Планировал взять в качестве основы еще одно дерево Мурки (из того же пула результатов, что и первое дерево) и сравнить результаты между собой. Но лучше попробую TNT.

Лучше ТНТ так как я не могу даже предполагать когда WPHEUR улучшится хотя бы чтобы сделать 540. По большому счету там только простое перевзвешивание + Штейнер. А ТНТ сидит на ГА + Симьюлейтид Аннилинг + элементы Ратчета.

[I2a1a]

То есть результаты построений wertnera по стоимости дерева находятся посередине между Муркой и TNT.
Интересно сравнить по-гаплотипно, какое древо ближе к истине по географическим и историческим привязкам.

[I2a1a]

Ув. Вадим, где (у кого) именно произошел RecLOh.

Ну, до TNT похоже и моя программа не добралась (по части уменьшения количества мутаций).
У меня их 540 с общим весом 26070 (с учетом RecLOH их 534).

[wertner]

№89 Vidmar. RecLOH в DYS 464 и DYS 459. Там у непосредственного предка DYS 459 = 8,10 и DYS 464 12, 14, 15, 15. А у Vidmar'a 10, 10 и 15, 15, 15, 15.

№136 Ogrisseg. RecLOH в DYS 464. У непосредственного предка DYS 464 12, 14, 15, 15, а у Ogrisseg'a 14, 14, 15, 15

Непосредственный предок №16 Zvab и №140 Susnik. RecLOH в DYS 464. У его непосредственного предка (т.е. предка предка) DYS 464 12, 14, 15, 16, а у непосредственного предка Zvab'a и Susnik'a 14, 14, 15, 16.

(на картинке должно быть)

[I2a1a]

Спасибо.

№89 Vidmar. RecLOH в DYS 464 и DYS 459. Там у непосредственного предка DYS 459 = 8,10 и DYS 464 12, 14, 15, 15. А у Vidmar'a 10, 10 и 15, 15, 15, 15.

№136 Ogrisseg. RecLOH в DYS 464. У непосредственного предка DYS 464 12, 14, 15, 15, а у Ogrisseg'a 14, 14, 15, 15

Непосредственный предок №16 Zvab и №140 Susnik. RecLOH в DYS 464. У его непосредственного предка (т.е. предка предка) DYS 464 12, 14, 15, 16, а у непосредственного предка Zvab'a и Susnik'a 14, 14, 15, 16.

(на картинке должно быть)