АвторТема: Вопрос начинающего  (Прочитано 92102 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Safonov

  • Сообщений: 53
  • Рейтинг +8/-0
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #225 : 17 Апрель 2016, 21:20:53 »

Цитировать
STR-мутации идут параллельно SNP-мутациям, одно с другим не связано.
И вот это выражение не совсем понял. Почему параллельно? Изменение количества в последовательности нуклеотидов в зоне любого маркера - это и есть SNP мутация.
...в STR мутациях нуклеотиды не меняются, там вставляются или удаляются триплеты одного типа... а в SNP мутациях меняются именно нуклеотиды...

Разве это нельзя считать снипом (выделил красным)?
https://drive.google.com/open?id=0B8bsVoTFlKBabnB4MGlnQTRfNFk
Одновременно поменялся один нуклеотид и изменилось количество повторов в маркере.

Оффлайн Safonov

  • Сообщений: 53
  • Рейтинг +8/-0
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #226 : 17 Апрель 2016, 21:47:34 »
Единственно теперь мне не понятно, как можно найти SNP мутацию в огромной ДНК-молекуле, которая настолько огромна. Или в Y-хромосоме имеются не так много участков, пригодных для поиска снипов.

Если вы заказываете BigY тест, то вам секвенируют (т.е. определят последовательность ДНК) около 14 миллионов пар нуклеотидов. В любом из них может возникнуть точечная мутацию - SNP. Причем будут определены как известные мутации, так и ваши новые, которые позволят построить новую ветвь дерева. Кроме того в этих 14 млн. п.н. будут прочитаны и 450 STR маркеров.

14 миллионов пар и 450 маркеров - это уже серьезно, хотя все таки не предел. Я определился, однозначно буду делать BigY. Я понимаю, что все тесты интересны, но какие еще тесты наиболее полезно сделать в целях генеалогии. Мне нужно будет заново заказывать пробирки или моего материала будет достаточно. Я отправлял 2 пробирки на Y67.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #227 : 17 Апрель 2016, 21:50:21 »

Цитировать
STR-мутации идут параллельно SNP-мутациям, одно с другим не связано.
И вот это выражение не совсем понял. Почему параллельно? Изменение количества в последовательности нуклеотидов в зоне любого маркера - это и есть SNP мутация.
...в STR мутациях нуклеотиды не меняются, там вставляются или удаляются триплеты одного типа... а в SNP мутациях меняются именно нуклеотиды...

Разве это нельзя считать снипом (выделил красным)?
https://drive.google.com/open?id=0B8bsVoTFlKBabnB4MGlnQTRfNFk
Одновременно поменялся один нуклеотид и изменилось количество повторов в маркере.
слева снип: замена A на Т
справа явно не снип, а просто увеличилось количество повторов "CTA".

вот если бы "CTG" поменялось бы не на "CTA" а например на "CTС", тогда можно было бы сказать что произошла SNP-замена A на С. Но обычно такие замены в областях STR-повторов считаются хламом(не используются при построении деревьев), т.к. уже в следующем поколении в этом STR может произойти изменение количества повторов и такому "снипу" каюк.

Цитировать
Я определился, однозначно буду делать BigY.
Это правильное решение  8)

Цитировать
какие еще тесты наиболее полезно сделать в целях генеалогии
FamilyFinder(аутосомы) ищет родственников  по всем линиям на глубину до 6 колен

Цитировать
Мне нужно будет заново заказывать пробирки или моего материала будет достаточно
обычно достаточно
« Последнее редактирование: 17 Апрель 2016, 21:56:40 от Sylvester »

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1042
  • Страна: by
  • Рейтинг +409/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #228 : 18 Апрель 2016, 07:32:44 »
Разве это нельзя считать снипом (выделил красным)?
https://drive.google.com/open?id=0B8bsVoTFlKBabnB4MGlnQTRfNFk
Одновременно поменялся один нуклеотид и изменилось количество повторов в маркере.

Нет, т.к. последовательности идущие после микросателлита не выровнены. После выравнивания вы увидите вставку на нижних последовательностях или делецию (выпадение) не верхней.

Ваш пример простой, но реальные случаи могут быть гораздо сложнее. Многие участки, обогащенные повторами, пока исключаются из сравнения и поиска снипов, т.к. там сложно получить правильное выравнивание.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #229 : 20 Апрель 2016, 01:36:36 »
Sylvester, у него 0 на 12 (если я правильно понял).
К тому же интересовал :
1) документальный период
2) метод с минимальными затратами
Хотел бы рассказать, какие задачи у меня в целом стоят перед ДНК-тестированием. Изложу вкратце свою историю. Давно занимаюсь генеалогическими поисками и очень плотно работал в архивах, но пробел за период 1860-1917 не могу ничем восполнить из-за отсутствия документов. По отцовской линии нашел 4 семьи, претендующие на родню. Состыковать современных родственников и предков живших в середине 19 века надеялся через ДНК-тесты. В планах найти и протестировать современных потомков тех семей, живших в середине 19 века. Одного я уже нашел. У нас разные фамилии и нас разделяет не менее 8 поколений до возможного общего предка. Скорее всего, финансовая нагрузка по тестированию предполагаемых предков ляжет на мои плечи. В связи с эти, подскажите, как мне с минимальными затратами можно осуществить задуманное?
BiG Y нельзя отнести к таковым (даже при оптимистичном, как на вашей ветке раскладом c количеством протестированных).
Хотя может у вопрошающего появилась возможность оплатить всем 5-рым BIG  )
Для близких дистанций конечно лучше FF, но 8 колен наверно не пробьет.
BigY покажет место на дереве, определится терминальный снип и приватные снипы. Терминальный и приватные можно потом в Yseq заказывать для предполагаемых родственников по прямой мужской линии, выйдет дешевле чем 5 BIG )) , хотя тут наверное еще стоимость будет зависеть от того сколько у него будет приватных снипов.
Если место на древе человечества и сородичи глубже 19 века не интересуют, то можно отделаться просто 67 str, подтвердить родство исходя из близкой дистанции и на том успокоиться  :)

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #230 : 20 Апрель 2016, 09:13:20 »
Если место на древе человечества и сородичи глубже 19 века не интересуют, то можно отделаться просто 67 str, подтвердить родство исходя из близкой дистанции и на том успокоиться  :)

Поудалял на фиг два своих предыдущих сообщения :)

Привык действовать на крупных расстояниях, а тут потолок 1860 год, после которого всего-то в лучшем случае 2 снипа появятся, да и то, если их ещё ухватит Big Y. Тогда и правда 67 STR будет достаточно, чтобы определить, есть ли близкое родство или нет.

Можно ещё и до 111 добавить, чтобы увидеть, кто ближе, кто дальше.

Можно и первоначальный "фильтрационный лагерь" из 25 STR для найденных "подозреваемых" сделать через проект Russia DNA, чтобы отсеивать тех, кто принадлежит другой гаплогруппе. Т.е. вначале тестировать на 25, и те, кто окажутся из других гаплогрупп или из той же, но на большой дистанции - отбрасывать, а совпаденцев апгрейдить до 67 или сразу до 111. Не все же обнаруженные уважаемым Сафоновым людей окажутся его согаплогруппниками. Но тут ещё подбить финансово нужно, что дороже обойдётся.
« Последнее редактирование: 20 Апрель 2016, 09:23:31 от Yaroslav »

Оффлайн Safonov

  • Сообщений: 53
  • Рейтинг +8/-0
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #231 : 20 Апрель 2016, 21:26:19 »
Sylvester, у него 0 на 12 (если я правильно понял).
12 Marker
Country   Match Total   Country Total   Percentage
Germany   1   18840   < 0.1 %   
Switzerland   1   2690   < 0.1 %   
25 Marker
No Matches Found
37 Marker
No Matches Found
67 Marker
No Matches Found

12 MARKERS - 1 MATCH
Genetic Distance               
1   
Y-DNA111   
Most Distant Ancestor
Karl Gottlieb Franz Pötzsch, 1841-1923   
Y-DNA Haplogroup
R-L23   
Terminal SNP
L23   
Match Date
3/14/2016

Оффлайн Safonov

  • Сообщений: 53
  • Рейтинг +8/-0
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #232 : 20 Апрель 2016, 21:45:10 »
Уважаемые форумчане, поделитесь своими секретами мотивации близких и дальних родственников на прохождение ДНК-тестирования. Как их подтолкнуть на это. На меня и так косятся  родственники из-за что я сижу в архивах, копаюсь в истории давно минувших лет, плачу деньги за исследования. Далеко не все разделяют моих стремлений, возможно даже считают ненормальным  ;D. А если я их еще и в ДНК-тестирование начну втягивать, то скажут, что совсем свихнулся  ;D.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #233 : 21 Апрель 2016, 08:27:56 »
Цитировать
На меня и так косятся  родственники из-за что я сижу в архивах, копаюсь в истории давно минувших лет, плачу деньги за исследования. Далеко не все разделяют моих стремлений, возможно даже считают ненормальным
Уууу, всё, поздравляю!  ;D
В своё время мы тут гутарили за это
« Последнее редактирование: 21 Апрель 2016, 10:36:11 от Farroukh »

Оффлайн Safonov

  • Сообщений: 53
  • Рейтинг +8/-0
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #234 : 21 Апрель 2016, 09:55:28 »
Цитировать
На меня и так косятся  родственники из-за что я сижу в архивах, копаюсь в истории давно минувших лет, плачу деньги за исследования. Далеко не все разделяют моих стремлений, возможно даже считают ненормальным
Уууу, всё, поздравляю!  ;D
В своё время мы тут гутарили за это

Так где вы там гутарили? Ссылка не открывается.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #235 : 21 Апрель 2016, 10:36:28 »

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #236 : 21 Апрель 2016, 10:45:12 »
Уважаемые форумчане, поделитесь своими секретами мотивации близких и дальних родственников на прохождение ДНК-тестирования. Как их подтолкнуть на это. На меня и так косятся  родственники из-за что я сижу в архивах, копаюсь в истории давно минувших лет, плачу деньги за исследования. Далеко не все разделяют моих стремлений, возможно даже считают ненормальным  ;D. А если я их еще и в ДНК-тестирование начну втягивать, то скажут, что совсем свихнулся  ;D.

Во-первых лучше личное общение с жертвой, переписка чаще всего даст отрицательный ответ.
Во-вторых нужна презентация этого дела, на словах плохо доходит. Самый лучший пример это протестированные известные личности или их потомки. У многих играет ЧСВ, а вдруг я потомок или родственник...
В-третьих делайте за свой счет, если скажите, что давай скинемся, то не прокатит.
В-четвертых не говорите сразу про ДНК, используйте слова "исследование", "тест", когда клиент будет тепленьким доставайте набор и успокойте, что никакой крови, только слюна.

P.S. Осторожнее с последними представителями фамилии, если такие будут, обычно это самые сложные ребята, но если вошли с таким в контакт, то не отпускайте без теста.))
« Последнее редактирование: 21 Апрель 2016, 18:01:03 от Аббат Бузони »

Оффлайн Safonov

  • Сообщений: 53
  • Рейтинг +8/-0
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #237 : 22 Апрель 2016, 00:47:53 »
Во-первых лучше личное общение с жертвой, переписка чаще всего даст отрицательный ответ.
Во-вторых нужна презентация этого дела, на словах плохо доходит. Самый лучший пример это протестированные известные личности или их потомки. У многих играет ЧСВ, а вдруг я потомок или родственник...
В-третьих делайте за свой счет, если скажите, что давай скинемся, то не прокатит.
В-четвертых не говорите сразу про ДНК, используйте слова "исследование", "тест", когда клиент будет тепленьким доставайте набор и успокойте, что никакой крови, только слюна.

P.S. Осторожнее с последними представителями фамилии, если такие будут, обычно это самые сложные ребята, но если вошли с таким в контакт, то не отпускайте без теста.))

Спасибо за интересный ответ, посмеялся.
Нужно будет поработать над составлением презентации. Может даже включить туда фантазии о будущем генетики, например воссоздании облика и антропометрических данных своих предков из слюны )

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #238 : 22 Апрель 2016, 08:03:51 »
Лучше палку не перегибать, а то многие допускают возможность, что вы с их ДНК на самом деле проводите какие-то опыты. Таких процентов пять, их спугнуть легче, чем ящерецу, греющуюся на солнышке. Так что взвешивайте риски))

Оффлайн Елена Александровна

  • Сообщений: 2838
  • Страна: by
  • Рейтинг +800/-2
  • U5a1d2a1 Гедматч - M125805
  • Y-ДНК: R1a1a: отец 248308, сын 260304, дед по маме 249367
  • мтДНК: U5a1d2a1 - я; МЖМЖ U5
Re: Вопрос начинающего
« Ответ #239 : 22 Апрель 2016, 14:45:30 »
Я двоюродного дядю убедила, просто мне помочь разобраться кто из кузенов найденных днк имеет с ним общие корни.
Уговорила.
Аналогично и других так.
Но к каждому свой ключик...
Самым болезненным был отказ тех, кто был якобы не против по телефону.
А отказ прозвучал, когда я до них доехала за 200км...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.