С-M407

[Lesla]

Всем привет!) Пока есть интернет, поделюсь с инфо.

Спасибо за новости!
Эх, не хватает нам образцов под Z4328(
пусть бы даже и научных.

[Saken]

Спасибо за новости!
Эх, не хватает нам образцов под Z4328(
пусть бы даже и научных.

Согласен, научные образцы с статьи Кармин были бы очень кстати, но увы, формат данных для YFull не подходит.
Развитие дерева Z4328 пока остановилось на рубеже 13века.

P.S. Только в РФ бурятов в районе 450тыс. чел. (мужчин ровно половина, - 225тыс.), а доля C3d-M407 примерно 30% от общей популяций. Это значит, что в районе Байкала проживает почти 70тыс. кандидатов в Z4328. А мы имеем всего 4 образца на YFull. Печально(

[Nimissin]

Эх, не хватает нам образцов под Z4328(
пусть бы даже и научных.

Научный образец HGDP00958, якут.
Z4328+, F21220+, FT123516+, F20989+
B100-
B97-, Z33003-
Z33001-, B99-

[Semargl]

Эх, не хватает нам образцов под Z4328(
пусть бы даже и научных.

Научный образец HGDP00958, якут.
Z4328+, F21220+, FT123516+, F20989+
B100-
B97-, Z33003-
Z33001-, B99-

Постараемся добавить всех якутов HGDP в ближайшее время.

[Nimissin]

Эх, не хватает нам образцов под Z4328(
пусть бы даже и научных.

Научный образец HGDP00958, якут.
Z4328+, F21220+, FT123516+, F20989+
B100-
B97-, Z33003-
Z33001-, B99-

Постараемся добавить всех якутов HGDP в ближайшее время.

Отлично!

[Lesla]

Эх, не хватает нам образцов под Z4328(
пусть бы даже и научных.

Научный образец HGDP00958, якут.
Z4328+, F21220+, FT123516+, F20989+
B100-
B97-, Z33003-
Z33001-, B99-

Постараемся добавить всех якутов HGDP в ближайшее время.

Отлично!

Шикарно! Спасибо!!!

[Saken]

Выражаю свою благодарность Владимиру и команде YFull за новый образец! 


У нас теперь есть кандидат на новую подветвь. Китайские генетики поместили его в SK1028, параллельно нашим ветвям.

[Nimissin]

Спасибо команде YFull!

В ветви F3850 появился также якутский образец HGDP00962. Он относится к редкой ветви С-М407. В Якутии еще более редок, нежели ветвь SK1028 (HGDP00958).

[Saken]

Новые образцы появились недавно, и соответственно образовались новые субклады в Live версии дерева.

[Saken]

Часть образцев с научной базы, есть также коммерческие образцы.

[Saken]

В прошлую пятницу анализ образца с Якутии в Z4328 был завершен. Пытался добавить его в группу, не получилось. Позже вышло сообщение о технических работах на сервере.

Сейчас уведомление пропало, заново попытался добавить в группу, и снова ошибка. Владимир, пожалуста посмотрите как будет у Вас время. Спасибо!
P.S. Покрытие образца HGDP00958 составляет 23.6Mb. Средняя глубина 22x. Отлично отсеквенирован.

[Saken]

Написал в саппорт, быстро решили вопрос с добавлением образца в группу C-M407.

Качество покрытия данного научного образца меня приятно удивило. Там 99.90% покрытия по Hg.38, и длина покр. для возраста 8474216 bp!

Насчитал в combBED 5 приватных снипов и 1 известный, в итоговой сумме 6 шт. Это соответствует 926ybp, что почти как в моем (932ybp) и B100 (927ybp) случаях. В новом релизе дерева можно ожидать сужения доверительного интервала для Z4328 (и вышестоящим снипам).

По STR маркерам кият-борджигинец с Монголии оказался чуть ближе чем мы)  Понятно что сравниваемые наборы STR неидентичные, но все равно интересно смотрится. Также по завершению ручной проверки STR, картина может слегка поменятся.

[Semargl]

В прошлую пятницу анализ образца с Якутии в Z4328 был завершен. Пытался добавить его в группу, не получилось. Позже вышло сообщение о технических работах на сервере.

Сейчас уведомление пропало, заново попытался добавить в группу, и снова ошибка. Владимир, пожалуста посмотрите как будет у Вас время. Спасибо!
P.S. Покрытие образца HGDP00958 составляет 23.6Mb. Средняя глубина 22x. Отлично отсеквенирован.

Вижу что проблему решили. Это хорошо. А то переход на новый сервер и связанные с ним заботы отвлекают. Плюс ковид подкосил.

[Valery]

Плюс ковид подкосил.

выздоравливай ))

[Saken]

В научной статье от турецких учёных есть один образец C-M407. Название статьи:  "A genomic snapshot of demographic and cultural dynamism in Upper Mesopotamia during the Neolithic Transition"

Предполагаю, что армянские C-M407 будут близки к нему.