С-M407

[Lesla]

Вчера James Kane (автор y-dna warehouse) запустил новую версию https://ydna-warehouse.org/tree с деревом как на YFull. И заметил, что у него есть образцы с статьи Кармина, о которых я писал выше, есть те которых нет на YFull.

Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

[Saken]

Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

Они все под M407, даже Z4328. Просто странно, что два моих образца в разных ветвях сидят)

[Lesla]

Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

Они все под M407, даже Z4328. Просто странно, что два моих образца в разных ветвях сидят)

Странное древо. И Ваш, и бурятские образцы идут от F3836, вместе с M407, как одноуровневые.

[Valery]

Образцы из статьи Кармин сделаны на другой платформе (Комплит Дженомикс, а не Ильюмина). При совмещении данных возможна масса артефактов. Это имеет смысл делать, располагая исходными сиквенсами с YFull, а просто с готовым деревом совместить невозможно. YFull и полное совмещение считает приводящим к чрезмерно большим проблемам и поэтому данными Комплит дженомикс (CG) не пользуется. Обычный инструментарий для работы с бам к данным CG не подходит, CG - это вещь в себе.

[Valery]

Я пользуюсь данными CG и это вынужденная мера, тк по некоторым регионам (Ц.Азия, субарктика) собственные полные сиквенсы приходится разбавлять другими источниками, слишком дорог доступ даже к единичным образцам оттуда. Но с т.зр. корректности совмещение - это очень уязвимая штука.

[Valery]

Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

в моем дереве трехлетней давности по собственным данным (80 полных C, частично на наших оригинальных таргетах) + Кармин + Маллик такой образец был один, он не из Кармин, а из Mallick 2016, это LP6005441-DNA_E05, хазара
выше уровня M407 с моем дереве лежали мутации, которые без этого образца были эквивалентами M407:

06792143(F3836) G>T
07682654(F6253/Y13860/Z18172) G>C
08316170(A12848/F6346/Y13862/Z18174) T>A
08870417(F3883) G>C
08870437(F3884) A>C
08870440(F3885) G>T
13558182(F6694/Z12155) G>A
16455146(CTS5718) G>T
18091127(CTS8579) T>C
21527645(Y13858/Z18179) C>A
24445181(F4040) G>T

Все буряты Кармин с номерами GS... у меня попали в M407, притом достаточно глубоко. По ходу автор дерева что-то сильно напутал с коллингом CG.

[Valery]

слишком дорог доступ даже к единичным образцам оттуда

Бурятия еще ладно, а какие-нибудь низовье Оби и Камчатка стоят баснословно (прикиньте цену вертолета полетать десятки раз между селами). Потому и спонсируются подобные экспедиции только государством. Ценны даже единичные образцы любого автора на CG, хотя соединение этого добра с ильюминой в общем-то галиматья.

[Valery]

Все буряты Кармин с номерами GS... у меня попали в M407, притом достаточно глубоко.

У самой Кармин ближайший аутгруп вне M407 - дунганец, см дерево в ее же сапплементе. Было бы очень странно, что Кармин ошиблась со своими же данными (владея инструментарием работы с CG, в Тарту специальный курс был), и что сверхаккуратный и проницательный YFull при обилии бурятских образцов не поймал базальных вариантов, будь таковые. А некий гений прямо с первого раза опроверг мэтров на давно известных данных.

[Valery]

YFull - сильнейшая в мире команда, это общепризнано и уже де факто в литературе, с ними соревноваться - зряшное дело, я вот единственный раз нашел (по осторожности) не записанную ими мутацию. Хотя я мальчик из института (коллеги подсказывают: по возрасту ты старенький дядя из института     ) Что-то новое обнаружить можно только на новых данных.

[Saken]

https://www.23mofang.com/gene-club/detail/1768930ac9e

У китайских монголов с M407 ветвь F8536 мажорная.

[Saken]

В недавно вышедшей статье "Genomic Insights Into the Genetic Structure and Natural Selection of Mongolians" есть 2 образца с M407.

Если номенклатура корректная, то у одного монгола (outer) и другого (inner) субклад B97! Сергей, что думаете? Это ошибка, или там реально B97?

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2021.735786/full?fbclid=IwAR3YsNGLRp01MxKXpXY08YdOsAJkF8Rrb7fad-cliZZPPenHpXL7lHtcne8

[Semargl]

Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

в моем дереве трехлетней давности по собственным данным (80 полных C, частично на наших оригинальных таргетах) + Кармин + Маллик такой образец был один, он не из Кармин, а из Mallick 2016, это LP6005441-DNA_E05, хазара
выше уровня M407 с моем дереве лежали мутации, которые без этого образца были эквивалентами M407:

06792143(F3836) G>T
07682654(F6253/Y13860/Z18172) G>C
08316170(A12848/F6346/Y13862/Z18174) T>A
08870417(F3883) G>C
08870437(F3884) A>C
08870440(F3885) G>T
13558182(F6694/Z12155) G>A
16455146(CTS5718) G>T
18091127(CTS8579) T>C
21527645(Y13858/Z18179) C>A
24445181(F4040) G>T

Все буряты Кармин с номерами GS... у меня попали в M407, притом достаточно глубоко. По ходу автор дерева что-то сильно напутал с коллингом CG.

Валер,
LP6005441-DNA_E05 - это HGDP00125.
https://www.yfull.com/tree/C-CTS8579/
Образцы от Кармин очень интересные, но использовать их каким-то образом для автоматического построения дерева весьма проблематично. Формат их TCV похож на стандартный GVCF. Я даже как-то смог восстановить полные BAM файлы для них, но к сожалению результат получился весьма стремный...)

[Valery]

Валер,
LP6005441-DNA_E05 - это HGDP00125.

ха)) класс

не знал. я не собирал полные хгдп

[varang]

В недавно вышедшей статье "Genomic Insights Into the Genetic Structure and Natural Selection of Mongolians" есть 2 образца с M407.

Если номенклатура корректная, то у одного монгола (outer) и другого (inner) субклад B97! Сергей, что думаете? Это ошибка, или там реально B97?

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2021.735786/full?fbclid=IwAR3YsNGLRp01MxKXpXY08YdOsAJkF8Rrb7fad-cliZZPPenHpXL7lHtcne8

Интересно, Сакен! Эх, знать бы их родовой бэкграунд!

[Saken]

Всем привет!) Пока есть интернет, поделюсь с инфо.

По новой ветке, C-F9733, на YFull есть предварительная оценка возраста. Верхняя граница интервала оценена в 900 лет. Ветка довольна молодая.



Формула расчета возраста C-F9733.



Халха монгол с WGS от Nebula засветился у меня в str матчах. YFull оценила родство как близкое.



У Доржиева аналогичная картина, только чуть больше str маркеров сравнивается.