АвторТема: С-M407  (Прочитано 31517 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 410
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: С-M407
« Ответ #405 : 17 Ноябрь 2021, 06:26:50 »
https://evolbio.ut.ee/chrY/
На сайте Эстонского Био Центра нашел сырые данные Y хромосом наших 9 образцев бурятов с Karmin et al. ;)

Какая процедура загрузки научных образцев на YFull? Все исходники в формате tsv.bz2. Файлы очень увесистые, в районе 10гига.







Вчера James Kane (автор y-dna warehouse) запустил новую версию https://ydna-warehouse.org/tree с деревом как на YFull. И заметил, что у него есть образцы с статьи Кармина, о которых я писал выше, есть те которых нет на YFull.


Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9341
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2663/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: С-M407
« Ответ #406 : 17 Ноябрь 2021, 19:27:30 »
Вчера James Kane (автор y-dna warehouse) запустил новую версию https://ydna-warehouse.org/tree с деревом как на YFull. И заметил, что у него есть образцы с статьи Кармина, о которых я писал выше, есть те которых нет на YFull.
Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 410
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: С-M407
« Ответ #407 : 18 Ноябрь 2021, 06:25:42 »
Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

Они все под M407, даже Z4328. Просто странно, что два моих образца в разных ветвях сидят)

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9341
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2663/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: С-M407
« Ответ #408 : 18 Ноябрь 2021, 10:15:04 »
Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

Они все под M407, даже Z4328. Просто странно, что два моих образца в разных ветвях сидят)
Странное древо. И Ваш, и бурятские образцы идут от F3836, вместе с M407, как одноуровневые.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7438
  • Страна: 00
  • Рейтинг +863/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: С-M407
« Ответ #409 : 18 Ноябрь 2021, 14:56:48 »
Образцы из статьи Кармин сделаны на другой платформе (Комплит Дженомикс, а не Ильюмина). При совмещении данных возможна масса артефактов. Это имеет смысл делать, располагая исходными сиквенсами с YFull, а просто с готовым деревом совместить невозможно. YFull и полное совмещение считает приводящим к чрезмерно большим проблемам и поэтому данными Комплит дженомикс (CG) не пользуется. Обычный инструментарий для работы с бам к данным CG не подходит, CG - это вещь в себе.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7438
  • Страна: 00
  • Рейтинг +863/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: С-M407
« Ответ #410 : 18 Ноябрь 2021, 15:07:37 »
Я пользуюсь данными CG и это вынужденная мера, тк по некоторым регионам (Ц.Азия, субарктика) собственные полные сиквенсы приходится разбавлять другими источниками, слишком дорог доступ даже к единичным образцам оттуда. Но с т.зр. корректности совмещение - это очень уязвимая штука.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7438
  • Страна: 00
  • Рейтинг +863/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: С-M407
« Ответ #411 : 18 Ноябрь 2021, 15:15:57 »
Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

в моем дереве трехлетней давности по собственным данным (80 полных C, частично на наших оригинальных таргетах) + Кармин + Маллик такой образец был один, он не из Кармин, а из Mallick 2016, это LP6005441-DNA_E05, хазара
выше уровня M407 с моем дереве лежали мутации, которые без этого образца были эквивалентами M407:

06792143(F3836) G>T
07682654(F6253/Y13860/Z18172) G>C
08316170(A12848/F6346/Y13862/Z18174) T>A
08870417(F3883) G>C
08870437(F3884) A>C
08870440(F3885) G>T
13558182(F6694/Z12155) G>A
16455146(CTS5718) G>T
18091127(CTS8579) T>C
21527645(Y13858/Z18179) C>A
24445181(F4040) G>T

Все буряты Кармин с номерами GS... у меня попали в M407, притом достаточно глубоко. По ходу автор дерева что-то сильно напутал с коллингом CG.
« Последнее редактирование: 18 Ноябрь 2021, 15:32:37 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7438
  • Страна: 00
  • Рейтинг +863/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: С-M407
« Ответ #412 : 18 Ноябрь 2021, 15:41:05 »
слишком дорог доступ даже к единичным образцам оттуда

Бурятия еще ладно, а какие-нибудь низовье Оби и Камчатка стоят баснословно (прикиньте цену вертолета полетать десятки раз между селами). Потому и спонсируются подобные экспедиции только государством. Ценны даже единичные образцы любого автора на CG, хотя соединение этого добра с ильюминой в общем-то галиматья.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7438
  • Страна: 00
  • Рейтинг +863/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: С-M407
« Ответ #413 : 18 Ноябрь 2021, 15:50:26 »
Все буряты Кармин с номерами GS... у меня попали в M407, притом достаточно глубоко.

У самой Кармин ближайший аутгруп вне M407 - дунганец, см дерево в ее же сапплементе. Было бы очень странно, что Кармин ошиблась со своими же данными (владея инструментарием работы с CG, в Тарту специальный курс был), и что сверхаккуратный и проницательный YFull при обилии бурятских образцов не поймал базальных вариантов, будь таковые. А некий гений прямо с первого раза опроверг мэтров на давно известных данных.
« Последнее редактирование: 18 Ноябрь 2021, 16:39:18 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7438
  • Страна: 00
  • Рейтинг +863/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: С-M407
« Ответ #414 : 18 Ноябрь 2021, 16:45:02 »
YFull - сильнейшая в мире команда, это общепризнано и уже де факто в литературе, с ними соревноваться - зряшное дело, я вот единственный раз нашел (по осторожности) не записанную ими мутацию. Хотя я мальчик из института (коллеги подсказывают: по возрасту ты старенький дядя из института   :(  ) Что-то новое обнаружить можно только на новых данных.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 410
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: С-M407
« Ответ #415 : 19 Ноябрь 2021, 05:11:38 »
https://www.23mofang.com/gene-club/detail/1768930ac9e

У китайских монголов с M407 ветвь F8536 мажорная.


Оффлайн Saken

  • Сообщений: 410
  • Страна: kz
  • Рейтинг +230/-0
  • YFull: YF79031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b
Re: С-M407
« Ответ #416 : 15 Декабрь 2021, 08:48:52 »
В недавно вышедшей статье "Genomic Insights Into the Genetic Structure and Natural Selection of Mongolians" есть 2 образца с M407.

Если номенклатура корректная, то у одного монгола (outer) и другого (inner) субклад B97! Сергей, что думаете? Это ошибка, или там реально B97?

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2021.735786/full?fbclid=IwAR3YsNGLRp01MxKXpXY08YdOsAJkF8Rrb7fad-cliZZPPenHpXL7lHtcne8



Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5630
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3512/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: С-M407
« Ответ #417 : 15 Декабрь 2021, 10:55:10 »
Я так понимаю эти бурятские образцы под F3836 не из N407?

в моем дереве трехлетней давности по собственным данным (80 полных C, частично на наших оригинальных таргетах) + Кармин + Маллик такой образец был один, он не из Кармин, а из Mallick 2016, это LP6005441-DNA_E05, хазара
выше уровня M407 с моем дереве лежали мутации, которые без этого образца были эквивалентами M407:

06792143(F3836) G>T
07682654(F6253/Y13860/Z18172) G>C
08316170(A12848/F6346/Y13862/Z18174) T>A
08870417(F3883) G>C
08870437(F3884) A>C
08870440(F3885) G>T
13558182(F6694/Z12155) G>A
16455146(CTS5718) G>T
18091127(CTS8579) T>C
21527645(Y13858/Z18179) C>A
24445181(F4040) G>T

Все буряты Кармин с номерами GS... у меня попали в M407, притом достаточно глубоко. По ходу автор дерева что-то сильно напутал с коллингом CG.
Валер,
LP6005441-DNA_E05 - это HGDP00125.
https://www.yfull.com/tree/C-CTS8579/
Образцы от Кармин очень интересные, но использовать их каким-то образом для автоматического построения дерева весьма проблематично. Формат их TCV похож на стандартный GVCF. Я даже как-то смог восстановить полные BAM файлы для них, но к сожалению результат получился весьма стремный...)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7438
  • Страна: 00
  • Рейтинг +863/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: С-M407
« Ответ #418 : 15 Декабрь 2021, 12:02:48 »
Валер,
LP6005441-DNA_E05 - это HGDP00125.

ха)) класс

не знал. я не собирал полные хгдп

Оффлайн varang

  • Сообщений: 5416
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1815/-8
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777
  • мтДНК: H2a1
Re: С-M407
« Ответ #419 : 15 Декабрь 2021, 12:23:33 »
В недавно вышедшей статье "Genomic Insights Into the Genetic Structure and Natural Selection of Mongolians" есть 2 образца с M407.

Если номенклатура корректная, то у одного монгола (outer) и другого (inner) субклад B97! Сергей, что думаете? Это ошибка, или там реально B97?

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2021.735786/full?fbclid=IwAR3YsNGLRp01MxKXpXY08YdOsAJkF8Rrb7fad-cliZZPPenHpXL7lHtcne8




Интересно, Сакен! Эх, знать бы их родовой бэкграунд!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.