Генетические расстояния

[Clavis]

14   23   14   11   11   13   11   12   10   13   14   30   18   10   10   11   12   25   14   19   32   14   14   15   15               11   11   18   22   14   15   16   17   36   38   13   10   11   8   15   17   8   8   10   8   11   10   12   21   22   14   10   12   12   16   7   13   20   21   15   12   11   10   11   11   12   11   


14   23   14   10   12   13   11   12   10   13   14   29   17   10   10   11   12   24   14   19   28   15   15   15   15               11   11   18   20   14   15   15   19   35   35   14   10   13   8   15   17   8   8   10   8   11   11   12   21   22   14   10   12   12   17   7   13   20   21   14   12   11   10   11   11   12   11

Так, как обсчитываю 67-маркерные я (есть нюансы), меж вами 26 наблюдаемых одношаговых мутаций, или 26/67=0,388 мутаций на маркер.
При скорости 0,002 мутации на маркер за 25 лет ваш общий предок жил ровно 3000 лет назад (между вами 6000 лет, делим пополам).

Видно  разница большая ,но все же есть ли вероятность что общий предок может входить в дистанцию фамилии(или какая может быть минимально вероятная дистанция) ?

Если даже Ваша фамилия появилась 360 лет назад, то это 12% расстояния от предка.

[xaron]

 mouglley спасибо..Виктор вы имеете виду 5500лет до общего предка с однофамильцем или с ближайшими (гаплотипоми,который вы нашли в проекте)...А 3000 тысячи лет которые высчитал  Clavis?А можно посмотреть на дерево(оно делается в мурке)?

Clavis спасибо..Что бы появилось желание проверить ,конкретно Клесова мне нужно еще перелопатить кучу информации,я то читал 1 его статью и кучу упоминание о нем на форуме больше скептических:)Примерно столько же у меня информации по мак-Дональдсов знаю что делалась по ним выборка(поскольку было хорошо отслеженное  древо).Здесь желание прореветь конкретно свою ветвь...0,002-это усредненное значение для всех маркеров 67 или  для ,тех которые отличаются у меня?И можно  формулу..А если данные по всем скоростям маркерам (на форуме я некоторые видел,но не более 10-15)..Это не для того,что бы пересчитывать,на моем примере все понятно,на будущее.

[Yurgan]

mouglley спасибо..Виктор вы имеете виду 5500лет до общего предка с однофамильцем или с ближайшими (гаплотипоми,который вы нашли в проекте)...А 3000 тысячи лет которые высчитал  Clavis?А можно посмотреть на дерево(оно делается в мурке)?

Clavis спасибо..Что бы появилось желание проверить ,конкретно Клесова мне нужно еще перелопатить кучу информации,я то читал 1 его статью и кучу упоминание о нем на форуме больше скептических:)Примерно столько же у меня информации по мак-Дональдсов знаю что делалась по ним выборка(поскольку было хорошо отслеженное  древо).Здесь желание прореветь конкретно свою ветвь...0,002-это усредненное значение для всех маркеров 67 или  для ,тех которые отличаются у меня?И можно  формулу..А если данные по всем скоростям маркерам (на форуме я некоторые видел,но не более 10-15)..Это не для того,что бы пересчитывать,на моем примере все понятно,на будущее.

вопрос к Вам, откуда родом предки и какую носили фамилию?,

[Clavis]

0,002-это усредненное значение для всех маркеров 67 или  для ,тех которые отличаются у меня?

Дело в том, что Клесов для 67-маркерных выбрал скорость мутации 0,0022.
Но эта скорость не очень хорошо согласовалась со скоростью 0,00184 для 12- и 25-маркерных того же Клесова. Я рассудил,  что 12- и 25 маркерные намного лучше изучены Клесовым (статистика больше), чем 67-маркерные. Поэтому взял ОГРОМНУЮ базу для сравнения и пересчитал. Получается, по Клесову же, скорость 0,002 для 67-маркерных  - точнее. И лучше совпадает с другими источниками (датировка Шука-Каа, например).

[I2a1a]

mouglley спасибо..Виктор вы имеете виду 5500лет до общего предка с однофамильцем или с ближайшими (гаплотипоми,который вы нашли в проекте)...А 3000 тысячи лет которые высчитал  Clavis?А можно посмотреть на дерево(оно делается в мурке)?

Clavis спасибо..Что бы появилось желание проверить ,конкретно Клесова мне нужно еще перелопатить кучу информации,я то читал 1 его статью и кучу упоминание о нем на форуме больше скептических:)Примерно столько же у меня информации по мак-Дональдсов знаю что делалась по ним выборка(поскольку было хорошо отслеженное  древо).Здесь желание прореветь конкретно свою ветвь...0,002-это усредненное значение для всех маркеров 67 или  для ,тех которые отличаются у меня?И можно  формулу..А если данные по всем скоростям маркерам (на форуме я некоторые видел,но не более 10-15)..Это не для того,что бы пересчитывать,на моем примере все понятно,на будущее.

Хaron,

Рекомендую Вам ссылку на статью Адамова о расчете времени жизни общего предка. Там все вопросы объяснены простым и доступным для новичков языком. В том числе разъясняется скорость разных наборов маркеров,  а также приведена формула расчетов

http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/39/50

[mouglley]

mouglley спасибо..Виктор вы имеете виду 5500лет до общего предка с однофамильцем или с ближайшими (гаплотипоми,который вы нашли в проекте)...А 3000 тысячи лет которые высчитал  Clavis?А можно посмотреть на дерево(оно делается в мурке)?

Я имею введу общего предка для всех ныне аттестированных N1c1 с  67-ю маркерами.
Дерево пока не заготовлено из-за того, что Ваши ближайшие родичи, ну уж очень далеко.
Но в следующем древе гаплотип будет нанесён.

[korvettenkapitan]

Прошу прощения, у меня вопрос:

В базе данных Y-search у меня нашлось несколько "совпаденцев"
девять человек с генетическим расстоянием в 4 ,четверо - 3, один в 2. Скажите, пожалуйста, много это или мало и когда в каждом из случаев жил наш общий предок?

воспроизвожу дословно:

N24X8
L-Indian Subcontinent
35/8GD2, India
Unknown
Family Tree DNA
Markers Compared - 8
Genetic distance - 2

[Centurion]

Прошу прощения, у меня вопрос:

В базе данных Y-search у меня нашлось несколько "совпаденцев"
девять человек с генетическим расстоянием в 4 ,четверо - 3, один в 2. Скажите, пожалуйста, много это или мало и когда в каждом из случаев жил наш общий предок?

воспроизвожу дословно:

N24X8
L-Indian Subcontinent
35/8GD2, India
Unknown
Family Tree DNA
Markers Compared - 8
Genetic distance - 2

Смотря какие совпадения. В данном случае можно считать их "географическим фоном". 635 маркера у них нет, значит по сути совпадения 14/16. Если б это был татарин, тогда можно было бы рассматривать перспективы общего предка. Будет у Гентиса 32 маркера - дозакажите, будет большее разрешение, хотя гаплогруппа всеравно очень редкая.

[korvettenkapitan]

Спасибо, но я не совсем понял, что означает "географический фон".

Можно ли составив пропорцию, очень грубо прикинуть, что 14/16 это около того же, что 32/37, что по классификации Ysearch означает Only Possibly Related (5).

То есть на основании имеющихся данных невозможно приблизительно сказать даже порядок величин? Сотни, тысячи лет? Вы, наверное, поняли, к чему я клоню - ко времени выделения "моей" L1 от остального массива, сконцентрированного в Индии, чтобы лучше понять, как она попала в среду татар.

[Clavis]

Прошу прощения, у меня вопрос:

В базе данных Y-search у меня нашлось несколько "совпаденцев"
девять человек с генетическим расстоянием в 4 ,четверо - 3, один в 2. Скажите, пожалуйста, много это или мало и когда в каждом из случаев жил наш общий предок?

воспроизвожу дословно:

N24X8
L-Indian Subcontinent
35/8GD2, India
Unknown
Family Tree DNA
Markers Compared - 8
Genetic distance - 2

Если у вас 17 общих маркеров, и генетическая дистанция 1, то можно условно предположить (с огромным плюс-минус), что общий предок жил 15 поколений назад,
дистанция 2 - 30 поколений назад,
дистанция 3 - 45 поколений назад,
дистанция 4 - 60 поколений назад.
В приведенном примере N24X8 видимо, расчетный (модальный) гаплотип, с ним нельзя искать общего предка, потому что это условная "золотая середина", которая к каждому реальному человеку находится ближе, чем другой его современник. Обычно модальный гаплотип соответствует гаплотипу общего предка, поэтому он находится ближе к любому потомку, чем два потомка (имеющих этого общего предка) между собой. Возможно, человек с таким гаплотипом жил еще раньше, чем Ваш прямой предок покинул пределы Индостанского субконтинента.
Отмечу еще один подводный камень. Когда мы выбираем самые близкие к нам гаплотипы, то это не обязательно гаплотипы людей, имеющих с нами самого близкого предка. Среди них попадаются (и могут составить большинство) гаплотипы, оказавшиеся близко к Вам волей случая: между Вами и совпаденцем произошло мало мутаций или имели место одинаковые мутации.
Вообще, чтобы оценить время, когда произошла миграция из Пакистана (Афганистана, Средней Азии) в Татарстан, надо иметь на каждом конце маршрута хотя бы по три 67-маркерных или по дюжине 17-маркерных гаплотипов. Пока я такого не вижу.
Я пока не нашел, под каким ID Вы зарегились в Ysearch.org, поэтому мне сложно судить о расстоянии. Если с индийским модалом у Вас всего 8 одинаковых маркеров и 2 отличных, то это две мутации на 10 общих маркеров.

[korvettenkapitan]

Clavis, большое спасибо за подробное объяснение.
Честно говоря, пока на Ysearch я незарегистрирован, но планирую это сделать.

[VVR]

Clavis, большое спасибо за подробное объяснение.
Честно говоря, пока на Ysearch я незарегистрирован, но планирую это сделать.

Обязательно регистрируйтесь. Так проще будет вести поиск. И не забудьте из значения GATA_H4 вычесть 1 для перехода из формата Y-filer в формат ФТДНА.

[korvettenkapitan]

Добрый день ещё раз, я зарегистрировался на Ysearch (WYKTJ), но вопрос такой - почему у меня получается генетическое расстояние до некоторых представителей других гаплогрупп меньшей, чем до тех, у кого аналогичная моей (согласно предикторру)

[Clavis]

Добрый день ещё раз, я зарегистрировался на Ysearch (WYKTJ), но вопрос такой - почему у меня получается генетическое расстояние до некоторых представителей других гаплогрупп меньшей, чем до тех, у кого аналогичная моей (согласно предикторру)

Дело в том, что изменение гаплотипа в результате мутаций можно сравнить с броуновским движением частички. Может ли после такого движения частичка оказаться на более близком расстоянии от частички, с которой рассталась раньше, чем от частички, с которой рассталась позже? Конечно же может! Здесь только среднестатистически чем раньше расстались, тем больше расстояние, а для каждого конкретного случая - самые разные вариации.
Но я посмотрел сам - всё-таки лидируют либо L, либо неизвестные группы которые вероятно тоже L.
Я прилагаю картинку:

[Mukovnikov]

Если не лень отключиться от сети (если комп в локальной сети, то от нее, а если комп напрямую в инете, то от инета), то можно смотреть и на расстоянии больше 6:
открываете страничку поиска "Enter Search Parameters"
заполняете все необходимые поля, в т.ч. слова с картинки, ставите макс. дистанцию 6
отключаетесь от сети
нажимаете кнопку Search
(Вам выдается сообщение о невозможности найти страницу)
меняете в адресной строке браузера 6 на 50 (или любое другое число)
поключаетесь к сети
нажимаете Enter в адресной строке
наслаждаетесь тысячей (это максимум) результатов

я обычно задаю расстояние 50 при общих протестированных 64 маркерах (Show users that tested at least 64 f the markers that I did; a maximum genetic distance of 50)

Да, я делал тоже самое не отключаясь от сети. Просто задавал маленькую разницу и пока осуществлялся поиск менял адресную строку.
Кроме того для избежания тайм-оффов увеличивал время выполнения скриптов.

Сейчас этот фокус уже не проходит.