Краткий практический курс работы с Муркой

[Valery]

1. Какова метрика? С INEQ или BINARIZE?
2. Эпсилон 0?

1. INEQ
2 да

Стоп стоп! Уже ничего не понимаю! Так ты использовал INEQ а зачем написал выше про binarize? Еще раз покажи точно батник для вызова prepare и желательно повесь сам RDF ну хоть первые его 10 строк.

[Centurion]

А как получить близкий к Нетворковскому результат?

Какие параметры выбирать для конвертации в рдф и затем какую метрику и тд. может есть уже шаблонный вызов для генерации дерева?

пока еще оч многие параметры для меня не понятны, и большой минус, что мануал на англ. языке 

[Centurion]

Стоп стоп! Уже ничего не понимаю! Так ты использовал INEQ а зачем написал выше про binarize? Еще раз покажи точно батник для вызова prepare и желательно повесь сам RDF ну хоть первые его 10 строк.

Было раньше так (INEQ) потом я переделал с binarize... я оч. быстр 

я и сам уже запутался, кажется нужно продолжение руководства шаг за шагом именно

[Valery]

Для пориближения к Нетворку выбирай BINARIZE.

Я заметил ошибку:

prepare -T "YCH2RDF" -S "Y" -V "VP" -I "1" -F "20.0" -i "data\m102.ych" -o "data\m102.rdf" -s "data/ymx" -p "BINARIZE|CONSEQ|SHORTNAMES" -d 2 -n 2

Нужно -d 1

так как размер бинарных данных строго 1. Теперь ясно почему Мура не ругалась - размеры совпали а содержание бредовое

Короче перегенери с учетом этого исправления RDF и запускай Мурку по второму варианту: "для RDF полученных с опцией BINARIZE" см выше.

Все будет ОК

[Centurion]

Спасибо, друг 

ща проверю

[Valery]

Итак, какие формальные различия при чтении муркой файлов с INEQ и с BINARIZE. Муре для чтения RDF нужны три вещи: размер данных -d (сколько букв в таблице занимает один аллель), размер числовых данных -n (сколько знаков в записях частот, весов) и матрица состояний -r. Рекомендую открыть файлы RDF сгенеренные с INEQ -d 2 -n 2 и c BINARIZE -d 1 -n 2 и одновременно заглянуть в соответствующие матрицы data/metric/states_str0050ineq_2_2 и data/metric/states_7 - и сразу станет ясно как Мурка использует эти параметры -d и -n.

[Centurion]

Сделал рдф, начал генерить картинку, и на level 5 выдал ошибку номер 9474 Internal limit reached 

[Valery]

Вот что. Запусти плиз с опциями -V "VP|VD|VL"

и сбрось сюда лог murka.log из директории где лежит бинарник.

Это арифметическое переполнение при использовании линейного программирования на 32-разрядной машине. Но чтобы оно возникло нужны ооочень большие расстояния между гаплотипами, я сомневаюсь что у тебя такие. Заодно можешь выслать RDF и батник?

Лечится выбрасыванием опции CUTRDA (редукция остаточными стоимостями полученными из релаксации разреза) но я хочу убедиться что ты все сделал правильно.

[Centurion]

Вот что. Запусти плиз с опциями -V "VP|VD|VL"

сделал, но на том же месте та же ошибка

[Valery]

Как нет лога? Опция VL включена и нет лога в директории где бинарник? Странно. Но поверю. Запускай с -V "VD|VP|VL" причем так:

mybatfile.bat > mylog.log

и вываливай плиз лог

[Centurion]

и вываливай плиз лог

[Valery]

Ром, прикрепи плиз здесь файл nwlinktbl.stp из папки nw. Я повожусь с ним.

Файл пустяковый и почему на 32-битной машине переполнилось не знаю. Короче выброси опцию CUTRDA - жаль что она так любит большие числа.

[Valery]

Ой мля! Вспомнил! Простите ради бога дорогие пользователи!

Я уже третий раз подряд выгружаю вариант скомпилированный с константой для 64-битной машины! Ессно Мурка обнаруживает переполнение и отказывается работать!

Завтра испроавлю. Сегодня можно просто выбросить опцию CUTRDA.

Невнимательный я стал. Старый и невнимательный

[Centurion]

nwlinktbl.stp

[Centurion]

Невнимательный я стал. Старый и невнимательный

Суперстар