АвторТема: The newly found SNPs of O  (Прочитано 8765 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн sahaliyanАвтор темы

  • Сообщений: 430
  • Страна: 00
  • Рейтинг +93/-0
The newly found SNPs of O
« : 01 Ноябрь 2011, 07:48:28 »
SNPs under Investigation - Additional testing is needed to confirm adequate positive samples and/or correct placement on the tree.

L246, L247 and L466 have been found in O1-MSY2.2. Listed 26 Oct 2011.
L387.1 has been found in O3a2-P201, Listed 26 Oct 2011.
L681 has been found in O2b1b-L682. Listed 26 Oct 2011.
Page109 has been found under O1a-M119, parallel to M50. Listed 26 Oct 2011.
Page115 has been found downstream of O1a2-M50. Listed 26 Oct 2011.
Page59 has been found under O2-M268, parallel to PK4. Listed 26 Oct 2011.
Page103 has been found downstream of O2a1-M95. Listed 26 Oct 2011.
Page90 has been found downstream of O2b-SRY465. Listed 26 Oct 2011.
Page69 has been found downstream of O3a1c-IMS-JST002611. Listed 26 Oct 2011.
Page127 has been found in O3, parallel to O3a1c-IMS-JST002611. Listed 26 Oct 2011.
Page124 has been found in O3, downstream of Page 127. Listed 26 Oct 2011.
Page130 has been found in O3, downstream of Page 124. Listed 26 Oct 2011.
Page 125 has been found in O3, downstream of M134, Parallel to M117. Listed 26 Oct 2011.
Page 101 has been found in O3, downstream of Page 125. Listed 26 Oct 2011.

 

Оффлайн sahaliyanАвтор темы

  • Сообщений: 430
  • Страна: 00
  • Рейтинг +93/-0
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #1 : 01 Ноябрь 2011, 07:49:27 »
Hi,dear Gareth,do you know the situation of the newly found Snps Page125 and Page101?How many M134+,M117- samples of 1000 genomes belong to Page125 and Page101?
Best regards
sahaliyan




Hi Sahaliyan

there are 10 samples with positive results for Page125 plus another 3 which have no-calls but can be deduced to be positive because they are positive for other SNPs which appear to be downstream of Page125. They are from all three of the sampled populations (Beijing Chinese, Southern Chinese, Japanese). Page125 is an important SNP for O3.
None of these samples has a result for Page101. I think it might be private or restricted in its geographical distribution.

I hope this answers your query - if you need any further details please let me know.

Best wishes

Gareth

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9361
  • Страна: kz
  • Рейтинг +923/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #2 : 01 Ноябрь 2011, 07:51:14 »
Very interesting

Оффлайн sahaliyanАвтор темы

  • Сообщений: 430
  • Страна: 00
  • Рейтинг +93/-0
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #3 : 01 Ноябрь 2011, 08:51:27 »
As far as I know,there will be a new paper of haplogroup O will be published soon,the tree of O will be changed from the upper part
O1 and O2 will be united by one branch,O3 will be another branch
O2a and O2b will be one branch,O2*(XO2a,O2b) will be another branch
M134+,M117- will become one branch,united by one SNP

Оффлайн sahaliyanАвтор темы

  • Сообщений: 430
  • Страна: 00
  • Рейтинг +93/-0
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #4 : 03 Ноябрь 2011, 10:02:29 »
http://dna-forums.org/index.php?/topic/16699-snps-under-investigation/
Not enough information is available yet to place these SNPs precisely on the tree, however positive results have been found for the following in the 1000 genomes data:

Page59 - in 4 out of 26 O2 samples (plus one which is uncertain - all others are PK4+ or SRY465+)
Page69 - in 10 out of 14 O-JST002611 samples
Page127 - in 6 out of 20 O-L465 samples (all those which are JST002611-)
Page124 - in 5 of the 6 Page127+ samples
Page125 - in 13 out of 25 O-M134 samples (the other 12 are all M117+)
None of these SNPs are available yet from FTDNA but if you are an FTDNA customer and would be interested in being tested please post here and/or write to FTDNA so that there is evidence of demand for these to be added to the catalogue.

Gareth




That means all M134+,M117- are Page125+,include me and the naimans


Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9361
  • Страна: kz
  • Рейтинг +923/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #5 : 03 Ноябрь 2011, 10:22:27 »
That means all M134+,M117- are Page125+,include me and the naimans
Very interesting. Thank you for your post.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #6 : 19 Октябрь 2012, 12:53:07 »
Вижу гаплогруппой O никто не занимается. Сделал пилотный заход на поиск новых снипов в образцах "1000 геномов" для M95-M111 и M134-M117.

O2a1 M95
___O2a1*
______O2a1a M88, M111, NEWSNP (HG00844)
_________NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP (HG01846, HG00701, HG02521, HG02512)
____________NEWSNP, NEWSNP (found in HG02521 only)


HG00844 - CDX (Chinese Dai in Xishuangbanna)
HG00701 - CHS (Han Chinese South)
HG01846 - KHV (Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam)
HG02521 - KHV (Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam)
HG02512 - KHV (Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam)

O3a2c1 M134, NEWSNP
___O3a2c1*
___O3a2c1a M117, M133, Page23, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP
______O3a2c1a*
______O3a2c1a1 M162_1, M162_2
______NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP (found in HG00619 only)
___O3a2c1b P101
___NEWSNP (HG00589+ HG00583+ HG00512- HG00556-)
« Последнее редактирование: 19 Октябрь 2012, 13:25:51 от Centurion »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2371
  • Рейтинг +740/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #7 : 19 Октябрь 2012, 14:12:43 »

O3a2c1 M134, NEWSNP
___O3a2c1*
___O3a2c1a M117, M133, Page23, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP
______O3a2c1a*
______O3a2c1a1 M162_1, M162_2
______NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP, NEWSNP (found in HG00619 only)
___O3a2c1b P101
___NEWSNP (HG00589+ HG00583+ HG00512- HG00556-)
Кто донор образцов?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #8 : 19 Октябрь 2012, 15:07:51 »
Кто донор образцов?
не очень понял вопроса  :) в смысле откуда образцы? из проекта 1000 геномов - там в скобках они и представлены


Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2371
  • Рейтинг +740/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #9 : 19 Октябрь 2012, 15:41:53 »
Уточню вопрос. Для O2a1 приведены сведения о донорах:
HG00844 - CDX (Chinese Dai in Xishuangbanna)
HG00701 - CHS (Han Chinese South)
HG01846 - KHV (Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam)
HG02521 - KHV (Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam)
HG02512 - KHV (Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam)

А для O3a2c1 таких сведений почему-то нет. У кого обнаружены новые снипы?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #10 : 19 Октябрь 2012, 15:43:05 »
А для O3a2c1 таких сведений почему-то нет. У кого обнаружены новые снипы?
а, да, точно ;)

все семплы - CHS (Han Chinese South)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #11 : 19 Октябрь 2012, 15:45:06 »
это пробный поиск, если есть необходимость можно тотально искать :)

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9361
  • Страна: kz
  • Рейтинг +923/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #12 : 19 Октябрь 2012, 15:46:29 »
Казахский найман О3-М134 заказал и оплатил себе WTY

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #13 : 19 Октябрь 2012, 15:50:56 »
Казахский найман О3-М134 заказал и оплатил себе WTY
он xM117,P101?

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9361
  • Страна: kz
  • Рейтинг +923/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: The newly found SNPs of O
« Ответ #14 : 19 Октябрь 2012, 17:07:51 »
M117-, M134+, M162-, P101-

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.