Адамов, Каржавин, Киреев о расчете TMRCA европейских цыган методом ВП

[Каржавин]

Во-вторых, если Вы провели проверку сходимости выборки по методу Рожанского и установили соответствие, то может проще было оценить TMRCA логарифмическим методом.
Выборка относительно молодая. Филогения подтверждает, что явных выделяющихся ветвей нет. Результат получается хороший. Я посчитал по Вашим данным. Если добавить 2-3 поколения, как поправку на возвратные мутации, то у меня получилось 910-940 лет.

Даже если приближенным методом легче оценивать, и на определенных данных результат будет близким, я этого делать не стал бы. При этом нужно каждый раз ломать голову: а можно ли работать приближенным методом?

Выскажу предположение, подсказываемое логикой, но не проверенное. Может стоило попробовать разбить выборку на две ветви, которые дадут этим методом наибольшую оценку TMRCA. Естественно, вручную это не сделаешь, но программно думаю возможно.

Именно этот вопрос (кроме других вопросов, конечно) рассмотрен в нашей следующей статье, которую мы сегодня передадим уважаемой Пенелопе.

[Каржавин]

А Вы что хотели добиться таким разбиением выборки? Выделения более правильных ветвей?

Думаю, что если произвольно перемешать, то как раз интерклад даст однозначно меньший TMRCA(получится классический ASD смеси), чем приправильном разбиении. А вот верно ли обратное. Не знаю. Скорее нет, но исследовать было бы интересно. Хотя понимаю, что такая задача перед авторами не стояла.

Частично ответ на вопрос Вы получите в нашей следующей статье, которую мы сейчас передаем Пенелопе.

[VVR]

Сергей, спасибо за ответы. С п.1.4 и далее согласен полностью. По 1.1-1.3 не могу сказать, что категорически против, но и полностью согласиться не могу.
Жду Ваших новых работ. Успехов Вашему творческому коллективу.

[Каржавин]

Сергей, спасибо за ответы. С п.1.4 и далее согласен полностью. По 1.1-1.3 не могу сказать, что категорически против, но и полностью согласиться не могу.
Жду Ваших новых работ. Успехов Вашему творческому коллективу.

Как Вы реализуете интеркладовый метод для трех ветвей, вырастающих из общего предка? А если филогения Вам вообще указывает кучу ветвей?
А как посчитать предковый гаплотип интеркладовым методом, если у Вас куча ветвей, вырастающих из начального предка?

[Овод]

А какая проблема с "кучей ветвей" при интеркладе? Считаете попарно первую со второй и далее, затем вторую с третей и далее и т.д. до предпоследней. То есть берёте все пары, проходящие через общего предка всех ветвей и результат делите на количество таких пар.
 
То есть считаете только пары, проходящие через общего предка.
 
Элементарно, Ватсон, Каржавин.

[Каржавин]

А какая проблема с "кучей ветвей" при интеркладе? Считаете попарно первую со второй и далее, затем вторую с третей и далее и т.д. до предпоследней. То есть берёте все пары, проходящие через общего предка всех ветвей и результат делите на количество таких пар.
 
То есть считаете только пары, проходящие через общего предка.

[Элементарно, Ватсон, Каржавин.

Я не буду объяснять, где здесь не совсем правильное рассуждение, уважаемый Овод. Для Вас и так все элементарно.
Правда, допускаю мысль, что Вы поспешно написали элементарную процедуру, а думали несколько иное.
Заодно объясните как предковый гаплотип считать интеркладовым методом, и где Вы это видели.
И еще замечу, что для Вас кое-что стало "элементарно" после того, как уважаемый VVR потратил время на выяснение частичной эквивалентности наших процедур и интеркладового метода Нордведта.
Только Вас (к нашему общему огорчению) в этом обсуждении в активном виде не было, а Вы только постфактум с этим ознакомились, а теперь Вам все это элементарно.

[Овод]

Предковый гаплотип (как и любой узловой) автоматически расчитывается в любой филогенетической программе.
 
При том что для расчёта возраста предка по интеркладу знать его вовсе не обязательно - достаточно знания терминальных гаплотипов.

[Каржавин]

Предковый гаплотип (как и любой узловой) автоматически расчитывается в любой филогенетической программе.
 
При том что для расчёта возраста предка по интеркладу знать его вовсе не обязательно - достаточно знания терминальных гаплотипов.

В том то и дело, уважаемый Овод, что филогенетические программы дают предковый гаплотип заведомо ошибочный, причем, ошибка эта в сторону "омоложения" по сравнению с истинным предковым. А мы предложили процедуру, которая дает оценку предкового гаплотипа НЕСМЕЩЕННУЮ. Вы же прекрасно понимаете разницу,поскольку в статистике не одну собаку съели 
С возрастом предка по гаплотипам тоже не все так просто. Вроде бы, процедуры похожие, но нормировки там сильно разные. Например, можно результаты по парам ветвей просто усреднить, а строгий вывод приводит к тому, что усреднять надо с весами, пропорциональными количеству пар гаплотипов, которые получаются всевозможными сочетаниями между ветвями в каждой паре. В первом случае дисперсия оценки должна получиться больше. Возможно, и смещение появится? .
К тому же удаляется ненужный промежуточный этап вычисления внутрикладовых ASD (которые логически вообще ниоткуда не следуют), а используются "напрямую" пары гаплотипов. Действительно, если просмотреть внимательно вычислительные формулы, то в них как некий промежуток можно "вытащить" внутрикладовые ASD, но вопрос: а зачем? 
Резюмируя, могу сказать, что выбор метода - дело вкуса, но если Вы используете интеркладовый метод для нескольких ветвей, то весовые коэффициенты и соответствующую нормировку делать надо.

[Овод]

Ох и глупые же эти люди - создатели филогенетических алгоритмов. Тома написали по поводу реконструкции предковых гаплотипов по дереву заданной топологии: И ACCTRAN и DELTRAN, и трёхточечные и четырёхточечные и многопроходные и по ММП и т.д.
 
А вот такой простой методы как у Вас - просто усреднить за один постордерный проход дерева каждую пару гаплотипов, чтобы найти предковый, обрезав затем его - не додумались. 
 
Вам для начала следует почитать что либо из классики - типа книги Фельзенштейна "Inferring Phylogenies" по этому вопросу . А потом уже изобретать нечто кустарно- доморощенное.

[Valery]

Я давно предлагал перевести для ув.Каржавина монографию Семпла и Стила "Филогенетика". Он бы неплохо развил ее главу "Марковские процессы на деревьях" 

[Nimissin]

Ох и глупые же эти люди - создатели филогенетических алгоритмов. Тома написали по поводу реконструкции предковых гаплотипов по дереву заданной топологии: И ACCTRAN и DELTRAN, и трёхточечные и четырёхточечные и многопроходные и по ММП и т.д.
 
А вот такой простой методы как у Вас - просто усреднить за один постордерный проход дерева каждую пару гаплотипов, чтобы найти предковый, обрезав затем его - не додумались. 
 
Вам для начала следует почитать что либо из классики - типа книги Фельзенштейна "Inferring Phylogenies" по этому вопросу . А потом уже изобретать нечто кустарно- доморощенное.

Зачем так горячиться, уважаемый Овод? Все мы пытаемся как-то улучшить качество расчетов TMRCA, разрабатываем собственные методы. В свободное от работы время. Излагаем свои мысли. И Вас просили неоднократно. А с профессионалами-математиками, заложившими когда-то теоретические основы, мы себя не можем сравнивать. Можно ведь  и так сказать: "Зачем вы твердите о теории вероятностей? Ведь Пуассон об этом давным-давно сказал!".
Вот мы пытаемся бороться с тяжеловесностью изложения разрабатываемых нами методов, как-то изложить попроще, чтобы все могли пользоваться. Спорим, поправляем текст. Надо быть поближе к практике. К сожалению, пока ощутимых успехов в стилистике не добились.  А Вы предлагаете сразу - Фельзенштейна, да еще на английском языке.

[Овод]

Я давно предлагал перевести для ув.Каржавина монографию Семпла и Стила
"Филогенетика". Он бы неплохо развил ее главу "Марковские процессы на деревьях" 

А там есть о методах восстановления предков? Меня особо интересует вопрос о преодолении многознчностей при его реконструкции, которые остаются после  АККТРАНА с ДЕЛЬТРАНОМ без употребления "постороннего".
 
Валерий, если у Вас есть в электронном виде - не поделитесь ли? Перевод не нужен.

[Овод]

Димитрий, меня расстрогало следующее утверждения оппонента:
 

В том то и дело, уважаемый Овод, что филогенетические программы дают предковый гаплотип заведомо ошибочный

Неужели уважаемых Каржавин имеет доступ к истинно-предковым гаплотипам? И ещё - для того, чтобы что-то "улучшить" не мешало бы для начала ознакомиться с тем что уже стало классикой. А не начинать с каменного топора.

[Valery]

Запросто.

http://lib.org.by/info/B_Biology/BN_Genetics/Semple%20Ch.,%20Steel%20M.%20Phylogenetics%20%28Oxford,%202003%29%28T%29%28247s%29_BN_.djvu

или

http://depositfiles.com/files/h98whxyon


Про выбор предка явно нет но есть немало косвенных полезных соображений. При этом модели на STR - непаханное поле, про них практически никакой серьезной теории. Но все-таки монографическая выжимка всего что было к 2003 году тоже немало. Пусть там даже большинство приложений относится к снипам.

Затронуты все классические темы:

Графы. Количество деревьев, функции на деревьях
Совместимость признаков
Канонические разложения метрик (типа как в SplitsTree)
Парсимония, втч статистика парсимонии
Марковские процессы, МП

[Овод]

Спасибо, Валерий.
 
STR в кладистике действительно, Золушка. Гомоплазия, черт её ...