Уважаемый Глиммед,
Ваш интерес к генетической генеалогии можно только приветствовать.
В своё время автор этих строк совместно с Натальей Зыряновой
подготовил серию чайникоориентированных мануалов, ссылка на которые у меня в подписи.
Для корифейникоориентированных выпускался журнал. Однако вследствие довольно быстрого прогресса в применении широкого секвенса и практически еженедельном обновлении филогенетического древа острая необходимость отпала. В настоящее время научная деятельность авторов журнала сконцентрирована в форме компании Yfull.com, куда я Вам настоятельно рекомендую направить Ваш bam-файл.
Не исключено, что какой-нибудь выдающийся и нетривиальный случай будет удостоен новой статьи.