23andme - анализ родства

[napobo3]

Похожий вопрос:
релфиндер мне говорит, что у меня есть Distant Cousin     
Maternal Haplogroup H1*
   0.11%    1shared segment

А когда на Genome-Wide Comparison смотрю - так не одной голубой черточки не вижу и пишут, что Half-identical (0 Gb)

Как такое может быть и что это значит?

Family Inheritance пока не показывает такие мини-упсы, его скоро заменят, наверное, будет показывать.

[napobo3]

4-юродные нашли друг друга благодаря РелФайндеру (из dna-forums.org)

''I had a fascinating discovery today--heard from a 3rd cousin
identified by the Relative Finder and we were able to prove that his
mother's and my father's grandmothers were sisters! We're proven 3rd
cousins just like the Relative Finder said we probably were. We match
almost identically (entire blue strip) on chromosome X and share quite
a large strip on chromosome 2 also. It's not surprising that the X
chromosome matches so closely because our connection is through his
mother and my dad. Since he only got one X and it was from his
mother--that is why we match so closely there. Our total genetic match
is 1.03%. So that gives you some idea of how 3rd cousins would match
up.''

[I2a1a]

Михаил, спасибо Вам за Ваш списочек М и Ж! Существенно пополнила свои контакты, но пока наибольшее совпадение у меня с Вадимом...
Вадим, мои предки по тем линиям, которые мне известны, живут с конца 18 века - начала 19 века на Северном Кавказе, территория нынешнего Ставропольского края...
А прибыли туда кто из Воронежской, кто из Курской, а кто - неизвестно откуда... По одной линии - персы...
А Ваши прародители?

Мои предки из Западной Беларуси - Пинщина и Гроденщина

hartmut zaender 74.61%German Gulevic 74.55%Damien Marsic 74.45%Jimmie Johansson 74.41%Fred Kinley 74.39%William Andrus 74.38%Roger Stankovic 74.36%Andrew Ostoyic 74.34%David Wesolowski 74.32%michael medved 74.32%Steven Williamson 74.30%K P 74.30%d'Avil?s 74.28%Johanna Lehtonen 74.27%Lennart Svensson 74.22%Chinese Person 71.22%Japanese Person 71.14%

[Mich Glitch]

napobo3 уже ответил, почему в Family Inheritance не обозначаются все УПСы, найденные Relative Finderом:
разные пороговые значения для размеров УПСов.
У Relative Finderа они меньше. Суммарное же значение даётся только по отображаемым (т.е. выше некого минимального значения) УПСам.
Говоря иначе, информация, отображаемая Relative Finderом точнее чем диаграмма в Family Inheritance.

[Mich Glitch]

Trish, napobo3, Vadim Verenich и все, кто скоро получит доступ к релфайндеру, я сам написал и вас призываю написать в феед-бэк (ссылка внизу окна релфайдера) предложение ввести возможность на отправку шаринг приглашения тотчас же.
Пусть там будет специальный сгенерированный текст с указанием имени приглашающего, предполагаемой степени его родства и размеров УПСов.
А то у меня в листе 62 человека и только один хайлайтед, да и то потому, что ранее был со мною зашарен.

*** Надо бы как-то заменить всю это тарабарщину на русский. Вместо хайлайтед отлично подходит выделен. А вот шаренных чем заменить? Чтобы одним словом? 

[Mich Glitch]

Trish, Vadim Verenich, посмотрите (зашарьтесь) Baltazar Kowalski, Alex Kompel, Roman Tatusov - они ближе всего к вам на этно-диаграмме.

Не забывайте, что при превышении 200 человек в шаринг листе, две опции начнут работать лимитированно.

[Mich Glitch]

nmash, в пользу адыгейского следа говорит появление рядом с Ларой на этно-диаграмме Zeynep Kutay.
Возможно у этой турецкой девушки есть черкесские корни от мухаджиров.

[napobo3]

Разъяснение про РелФайндер и ФамИн от Брайена@23andme:

- Family Inheritance uses an older algorithm than Relative Finder, so the size of identical chunk found by relative finder can be smaller than family inheritance. I believe the two methods will be unified.

- As has been pointed out, the algorithm finds small, usually single, (essentially) 100% identical chunks. This is very different from Compare Genes, which is a general similarity measure. The two do not necessarily correlate. Relative Finder is the more sophisticated, relevant measure, I think.

- The reason that the size of the chunk can be greater for more distant cousins is that the size of the chunk is not as important as the "genetic distance". Basically, the important factor is the typical number of recombinations in this location. As I think has been pointed out, regions near the centromere often pop up as "blue" in family inheritance -- because the number of recombinations is low in this region.

- We are still working on the best way to do sharing etc. I don't know much about this, but it is still beta!

- The false positive rate should be very low for this method. The reason is that the chunks we detect are (essentially) 100% identical. However, the concept of cousin is a tricky one. A single chunk can pass down through many lineages unaltered just by chance, which can make it look like your tenth cousin (or even twentieth cousin if you are unlucky) is your sixth cousin. The resolution is limited because after you go out past fourth or fifth cousin, you usually share just one chunk. This is why we always include a range. This limitation can be overcome using data from parents, grandparents, etc.

- We are very excited that the genetic genealogy community has picked up on the power of this tool so fast. I think we'll see a lot of useful information coming out of it.

Regards,

Brian

[I2a1a]

                   Приношу свои извинения Леону и JaG. Просто при своей любви к порядку и системе я подумал, что этому сообщению лучше в теме "Полезные ссылки"                                
                

[avramenko]

вери юзфул летер!

[Alesh]

Можно ли судить о  дистанциях к общему предку по результатам 23andMe и как правильно это делать.
Должен пояснить, у меня есть полный match  в FTDNA по mtDNA HVR1 & HVR2. Прошли 23andMe нет никакого совпадения, кроме гапплогруппы. Следует ли это понимать, что общий предок жил очень далеко?

[I2a1a]

Можно ли судить о  дистанциях к общему предку по результатам 23andMe и как правильно это делать.
Должен пояснить, у меня есть полный match  в FTDNA по mtDNA HVR1 & HVR2. Прошли 23andMe нет никакого совпадения, кроме гапплогруппы. Следует ли это понимать, что общий предок жил очень далеко?

Нет.Даже после конвертирования снипов мито из формата Йоруба в CRS, и извлечения полноценных "локусов" HVR1 и HVR2 их будет незначительно мало для построения сколько нибудь надежной филогении. Другое дело предлагаемый FTDNA HVR1 & HVR2. Там можно построить достаточно надежную филогению (при условии, что выборка репрезентативная).

[Mich Glitch]

Можно ли судить о  дистанциях к общему предку по результатам 23andMe и как правильно это делать.
Должен пояснить, у меня есть полный match  в FTDNA по mtDNA HVR1 & HVR2. Прошли 23andMe нет никакого совпадения, кроме гапплогруппы. Следует ли это понимать, что общий предок жил очень далеко?

Нет.Даже после конвертирования снипов мито из формата Йоруба в CRS, и извлечения полноценных "локусов" HVR1 и HVR2 их будет незначительно мало для построения сколько нибудь надежной филогении. Другое дело предлагаемый FTDNA HVR1 & HVR2. Там можно построить достаточно надежную филогению (при условии, что выборка репрезентативная).

Не совсем так.
Вернее совсем не так.
Конечно же по мито данным от 23эндМи можно выстроить надежную филогению.
Более надёжную, чем просто по HVR1 и HVR2.
Судите сами HVR1 и HVR2 это снипы с 1 по 576 и с 16024 по 16569. Т.е. всего 1122 снипа.
23эндМи же на мито рассматривает 3000 снипов. Т.е. в 2.67 раза больше чем ФТДНА!
Причём регион HVR1 и HVR2 покрыт достаточно плотно. Так что ссылку на то, что в кодирующем регионе скорость мутаций на порядок меньше чем в HVR1 и HVR2 - отметаем.


Другое дело, что по HVR1 и HVR2 уже существует огромная база, а по 23эндМи неполный десяток тысяч, да и то надо это всё выдёргивать. Но ведь трудности доступа к базе - это другая проблема. Не имеющая никакого отношения к филогении.

[Mich Glitch]

И потом, о какой конвертации говорит Вадим?
Результаты сразу даны в двух форматах: Йоруба и Кембридж (в скобочках).

[napobo3]

Аналогичный вопрос :

Подскажите, пожалуйста, что означает совпадение по HRV1+HRV2, и неполное совпадение по coding region SNPs:
у меня: 750G, 1438G, 4769G, 8285I, 11440A and 15326G
у совпаденца: 711G, 750G, 1438G, 4769G, 8285I(?), 9077C and 15326G?
Насколько мы далеки друг от друга?

Ответ Dr.Ann Turner :
We don't really know enough about the mutation rate to say much, but two differences would generally take you out of the genealogical time frame.