23andme - анализ родства

[I2a1a]

Уважаемый Игорь (Овод), Вы не напомните мне, где здесь обсуждалась статья AMJHG, с методиков вычисления возраста по снипам?

Вы имеете в виду статью Карафет? Увы, по этой методике посчитать данные 23ия не получится. Там использовалось 30 тыс базовых пар на одной только Y-хромосоме, причем взятых в случайном порядке.
 
 Да и то, набрать хоть какую-то статистику (по нескольку выявленных снипов на ребро дерева) удалось только для самых корневых гаплогрупп. О субкладах даже речи не шло. Даже если всю хромосому отсеквентировать по этому принципу, дело до определения возраста мелких субкладов не дойдёт, я думаю. Но филогению выявить можно. А откуда у Вас "53 тысячи бинарных признаков" взялось? По моему, на игреке у 23ия всего несколько сотен.
 
А вот где была тема, не помню. Попробуйте поискать по "Карафет".

Спасибо, Игорь, за комментарии.

Насчет 53 тысяч снипов, я конечно загнул - но у меня в ро дата написана про 5k Y-хромосомных снипов. Значит, их 5 тысяч?

[Овод]

Да, исходных пар - 5 тысяч. Но снипов из них будет дай бог 500. Пока что у Вас их всего 3+9+254=266 набралось. Остальные пары идентичны у всех. Так что - о каком дереве речь?

[I2a1a]

Да, исходных пар - 5 тысяч. Но снипов из них будет дай бог 500. Пока что у Вас их всего 3+9+254=266 набралось. Остальные пары идентичны у всех. Так что - о каком дереве речь?

Я имеел в виду общий список снипов в формате raw data.
Разумеется бОльшая часть снипов (признаков) будет у однакладников (гаплогруппников, и даже всей мужской популяции) совпадать, но именно при сопоставлении этих данных возможно найти новые снипы, а меня в первую очередь интересует возможность нахождения приватных (в генеалогическом смысле) снипов.

# Below is a text version of your data. Fields are TAB-separated
# Each line corresponds to a single SNP.  For each SNP, we provide its identifier # (an rsid or an internal id), its location on the reference human genome, and the
# genotype call oriented with respect to the plus strand on the human reference
# sequence.     We are using reference human assembly build 36.  Note that it is possible
# that data downloaded at different times may be different due to ongoing improvements
# in our ability to call genotypes. More information about these changes can be found at:
# https://www.23andme.com/you/download/revisions/
#
# More information on reference human assembly build 36:
# http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map_search.cgi?taxid=9606&build=36

[Овод]

Разумеется. Обычно, кое у кого находят один новый снип или даже два. У большинства - ни одного. Остальные снипы либо уже известны либо бесполезны (т.е.-параллельны), их находят около трёхсот. Но 5 тысяч - именно число базовых пар, то есть потенциальных снипов. У каждой пары есть адрес в геноме. Он и приводится в Вашем списке.
 
Снип значит однонуклеотидный полиморфизм . Если нет полиморфизма, нет и снипа. Но у кого-то он может проявиться. Но если - только у него, то согласитесь, толку мало. Нужно, чтобы хотя бы у нескольких человек, которые и образовали бы субклад. Вот тогда действительно будет новый снип.
 
А так - при рождении каждого человека в игрек-хромосоме возникает около 20 мутаций. Конечно, и их можно считать снипами. Но субкладов они не образуют. Разве что - в далёком будущем.

[I2a1a]

Разумеется. Обычно, кое у кого находят один новый снип или даже два. У большинства - ни одного. Остальные снипы уже известны, их находят около трёхсот. Но 5 тысяч - именно число базовых пар, то есть потенциальных снипов. У каждой пары есть адрес в геноме. Он и приводится в Вашем списке.

Разумеется, речь идет именно о потенциальных снипах.

Игорь, Вы наверное меня неправильно поняли, я отлично знаю, что такое снип-мутация и ее значение для кладистики.

Я имел ввиду нечто подобное тому, чем занимается Adriano Squecco. Тот самый, который коллекционирует данные генома в форматах deCODEme и 23andme. Благодаря его таблицам Эксель в 2008 году Кен Нордведт и прочие энтузиасты лобировали добавление 5 новых субкладов I2b.

Его экселовские файлы можно скачать здесь http://www.webalice.it/asquecco/Y_DNA-Forums.zip

[Овод]

Я Вас понял, Вадим. Просто мне показалось, что Вы утверждали, что в  Ваших данных 23ия содержится описание 5тыс реальных снипов на игрек-хромосоме. Вот поэтому я и так пространно и изложил свою точку зрения.
 
А то, что любой нуклеотид представляет из себя потенциальный снип - это понятно и Вам и мне. Главное - чтобы нам повезло таковой обнаружить.
 
Буду теперь ждать своих данных.

[I2a1a]

Я Вас понял, Вадим. Просто мне показалось, что Вы утверждали, что в  Ваших данных 23ия содержится описание 5тыс реальных снипов на игрек-хромосоме.

Нет, я имел в виду совсем другое.

[Mich Glitch]

Вадим, поздравляю!
Вы от меня не очень далеко в польском квадратике.
А вот Trish совсем рядышком с Вами.
Не подскажите, какой у нас с Вами процент похожести? (Моя опция показывает только 200 первых человек - Вы с Вашим ником не влезли ).

[Mich Glitch]

Не подскажите, какой у нас с Вами процент похожести? (Моя опция показывает только 200 первых человек - Вы с Вашим ником не влезли ).

Ошибочка.
Опция (пусть и очень медленно) работает по всему списку.
У меня с Вадимом 74.5% совпадения. А у Вадима с Trish 74.56%.
Мой самый высокий найденный на сегодня совпаденец имеет 74.75%.
Из участников форума на этно-пуле мы образуем довольно тесный треугольник.

[Аббат Бузони]

От 70-ти это видимо этно близость, те кто с 80-ти видимо уже родня.

[avramenko]

Объясните, пожалуйста, кто может. рел файндер указывает, что у меня с человеком 4 упса на 0,38%. а сравнивая геномы, вижу только один упс и 0 гб. Картинки прилагаю.

Спасибо за помощь.

а

[napobo3]

Объясните, пожалуйста, кто может. рел файндер указывает, что у меня с человеком 4 упса на 0,38%. а сравнивая геномы, вижу только один упс и 0 гб. Картинки прилагаю.

Спасибо за помощь.

а

Разные алгоритмы. Такая ситуация продлится недолго - обещают ФамИн перевести на алгоритм РелФайндера.
Наш упсомер использует алгоритм, похожий на ФамИн.

[kaaskop]

Похожий вопрос:
релфиндер мне говорит, что у меня есть Distant Cousin     
Maternal Haplogroup H1*
   0.11%    1shared segment

А когда на Genome-Wide Comparison смотрю - так не одной голубой черточки не вижу и пишут, что Half-identical (0 Gb)

Как такое может быть и что это значит?

[I2a1a]

Ошибочка.
Опция (пусть и очень медленно) работает по всему списку.
У меня с Вадимом 74.5% совпадения. А у Вадима с Trish 74.56%.
Мой самый высокий найденный на сегодня совпаденец имеет 74.75%.
Из участников форума на этно-пуле мы образуем довольно тесный треугольник.

Спасибо, Михаил.Trish, а Ваши предки откуда родом

[Trish]

Михаил, спасибо Вам за Ваш списочек М и Ж! Существенно пополнила свои контакты, но пока наибольшее совпадение у меня с Вадимом...
Вадим, мои предки по тем линиям, которые мне известны, живут с конца 18 века - начала 19 века на Северном Кавказе, территория нынешнего Ставропольского края...
А прибыли туда кто из Воронежской, кто из Курской, а кто - неизвестно откуда... По одной линии - персы...
А Ваши прародители?