АвторТема: 23andme - анализ родства  (Прочитано 235028 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3116
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: 23andme
« Ответ #45 : 18 Июнь 2009, 18:15:20 »
Молодцы в 23andMe! Актуально и нужно!

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7124
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23andme
« Ответ #46 : 18 Июнь 2009, 20:16:48 »
Не забываем, для N есть перчисление всех SNP.
Появляются новые, добавляем в тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #47 : 08 Июль 2009, 12:15:44 »
Уважаемый napobo3,  а ведь наш коллега javax вполне способен написать скрипт для поиска УПСов.
Это будет даже проще его собственного скрипта.
Если нужен будет потом хостинг, то я проплачу - не вопрос.
Сделаем свой сайт для поиска УПСов - эта вещь будет помощнее Фауста Гёте. ©
Не знаю какой траффик у молгена.орг. Но если поместить скрипт (который правда ещё не написан, но отчего не помечтать) на Молгене, то популярность его за считанные дни взлетит до небес.
Попутно и журнал раскрутим.
Да и вообще заявим о себе как о серьезных людях.
Ещё программер - уважаемый Lifanov. Он другой проект толкает, но может и до этого дела руки дойдут.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1252
  • Страна: il
  • Рейтинг +344/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #48 : 08 Июль 2009, 12:28:40 »
Уважаемый napobo3,  а ведь наш коллега javax вполне способен написать скрипт для поиска УПСов.
Это будет даже проще его собственного скрипта.
Если нужен будет потом хостинг, то я проплачу - не вопрос.
Сделаем свой сайт для поиска УПСов - эта вещь будет помощнее Фауста Гёте. ©
Не знаю какой траффик у молгена.орг. Но если поместить скрипт (который правда ещё не написан, но отчего не помечтать) на Молгене, то популярность его за считанные дни взлетит до небес.
Попутно и журнал раскрутим.
Да и вообще заявим о себе как о серьезных людях.
Ещё программер - уважаемый Lifanov. Он другой проект толкает, но может и до этого дела руки дойдут.
Давайте обсудим эти вопросы приватно, а потом вернемся к публичному обсуждению.

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 194
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #49 : 08 Июль 2009, 14:46:11 »
Сделаем свой сайт для поиска УПСов - эта вещь будет помощнее Фауста Гёте. ©
Не знаю какой траффик у молгена.орг. Но если поместить скрипт (который правда ещё не написан, но отчего не помечтать) на Молгене, то популярность его за считанные дни взлетит до небес.

Митч, "исходники" для поиска откуда брать? ;) База своя?
А тестироваться хде? В 32andme? Тех, кто там протестировался, на порядки меньше тех, кто сделал YSTR. Даже чисто игрековых снипов - и то мало...

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #50 : 08 Июль 2009, 21:55:49 »
Сделаем свой сайт для поиска УПСов - эта вещь будет помощнее Фауста Гёте. ©
Не знаю какой траффик у молгена.орг. Но если поместить скрипт (который правда ещё не написан, но отчего не помечтать) на Молгене, то популярность его за считанные дни взлетит до небес.

Митч, "исходники" для поиска откуда брать? ;) База своя?
А тестироваться хде? В 32andme? Тех, кто там протестировался, на порядки меньше тех, кто сделал YSTR. Даже чисто игрековых снипов - и то мало...
Y-STR это немного из другой песни.
Речь идет о скрипте (программе), проверяющей высланные протестированными профильные данные (около полмиллиона строк по снипам) и сравнивающая их на предмет поиска участков совпадения с высланными ранее.
Есть участок совпадения - значит есть общий предок (по достижении определенного размера).

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 194
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #51 : 09 Июль 2009, 09:57:10 »
Митч, "исходники" для поиска откуда брать? ;) База своя?
А тестироваться хде? В 32andme? Тех, кто там протестировался, на порядки меньше тех, кто сделал YSTR. Даже чисто игрековых снипов - и то мало...
Y-STR это немного из другой песни.
Речь идет о скрипте (программе), проверяющей высланные протестированными профильные данные (около полмиллиона строк по снипам) и сравнивающая их на предмет поиска участков совпадения с высланными ранее.
Есть участок совпадения - значит есть общий предок (по достижении определенного размера).

Дык я о том же.
Во-первых, необходимо иметь, с чем сравнивать. Т.е. нужна уже какая-то исходная база.
Во-вторых, необходимо, что было что сравнивать. Т.е., чтобы народ тестировался и высылал данные. Сколько по России прошло через 23andme?

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #52 : 09 Июль 2009, 10:08:14 »
По России (включая российских выходцев за рубежом), думаю, около сотни.
В мире около чуть меньше десятка тысяч (23эндМи, ДекодМи).
Другое дело, что за тестами по мультиснип панелям - будущее.
Да и сама программа не очень сложная.

Имеем текстовый файл с полмиллионом снипов и их значениями.
В базе, скажем полторы тысячи человек.
Каждого нового человека сравнивают с уже хранящимися данными и выдают ему лист ближайшей родни.

Как происходит сравнение?

Можно использовать утилиты для сравнения двух текстов.

Выбираются только те снипы, что присутствуют у обоих.
Далее просчитываются совпадающие участки. Эти участки должны быть выше некоторого порогового значения. Если есть несколько единичных несовпадений - они отбрасываются. Инструментальные ошибки пока не редкость.
Вывод производится в текстовом режиме, но хорошо бы иметь и инструменты визуализации (т.е. на хромосомах указываются в масштабе УПСы).

Такая вот гроссо модо задачка.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1252
  • Страна: il
  • Рейтинг +344/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #53 : 09 Июль 2009, 10:46:13 »
Ув. Lifanov, исходники для первой пробы пера доступны тут:

Раз Два Три Четыре

Спасибо за помощь. Будут вопросы - задавайте.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3116
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #54 : 09 Июль 2009, 16:11:22 »
Очень интересный проект обсуждается. Очень...
Для старта и раскуртки - хостинга МолГена (по объему Мб, по услугам и опциям) думаю хватит... Но, думаю, что потом МолГен придется переводить на более дорогостоящий тариф (чтобы стабильнее работал).

Оффлайн Lifanov

  • Сообщений: 194
  • Рейтинг +60/-0
  • Парадигма-то другая...
    • База YDNA
  • Y-ДНК: R1a1
  • мтДНК: L2a
Re: 23andMe - анализ родства
« Ответ #55 : 09 Июль 2009, 16:18:13 »
Ув. Lifanov, исходники для первой пробы пера доступны тут:

Раз Два Три Четыре

Спасибо за помощь. Будут вопросы - задавайте.
Давайте, я сначала с одним расквитаюсь (ydna.ru)... %)

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19756
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1756/-58
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: 23andme
« Ответ #56 : 23 Июль 2009, 19:42:13 »
Dear Aleksandr,

In the months since you opened a free demo account with 23andMe, we've added a wealth of new information to our Health and Traits feature, including updated entries for Crohn's disease, celiac disease, psoriasis, ulcerative colitis, lung cancer and colorectal cancer. And we've added completely new articles on thyroid cancer, bipolar disorder, essential tremor and a number of other conditions, bringing the total number of articles in Health and Traits to 116.
 
Now you can try a limited set of the core features of 23andMe for a quarter of our regular price, and support research at the same time. This summer we've launched a program called the Research Revolution, which gives you the opportunity to purchase a special $99 Research Edition of 23andMe.

The special edition contains personalized genetic information about more than 90% of the reports in the Health and Traits section of the Personal Genome Service. Research Edition customers can upgrade to the Full Edition for an additional $299.

Visit the Research Revolution page to find out how to order. You'll also get a chance to help direct 23andMe research toward the diseases you care about the most.

Best wishes,
The 23andMe Team

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1252
  • Страна: il
  • Рейтинг +344/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andme
« Ответ #57 : 23 Июль 2009, 20:31:41 »
Dear Aleksandr,
...
Облегченная версия 23ия анализа - только на предмет болячек. Настоящему генеалогу это не нужно, так как его болячки не интересуют, он жив снипами и микросателлитами.
Теперь серьезно: настало время действовать.
B качестве ответа на эту акцию предлагаю всем послать в 23andme письма с предложением сделать версию анализа только для генеалогии - никакой информации о болезнях, только гаплогруппы, данные по Y и мито плюс сравнение Family Inheritance с другими пользователями.
Такая идея витает в воздухе 23andme, надо добавить пожелания от потенциальных клиентов. Это может помочь. Если протолкнем, то получим недорогую рассниповку, которая многим может прояснить картину.
А чем больше клиентов с облегченной версией - тем больше возможности получить апгрейд за меньше бабок. Надеюсь, что объяснил.
Просьба поучаствовать.Заранее благодарю.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme
« Ответ #58 : 23 Июль 2009, 21:11:35 »
Они на письма не отвечают и, увы, никак не реагируют.  :-\

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1252
  • Страна: il
  • Рейтинг +344/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andme
« Ответ #59 : 23 Июль 2009, 22:03:29 »
Не принимается. Заходите в 23andme и посылаете личную мессагу Чие. Когда надо, я их достаю. В твиттере есть юзер 23andme, он принимает сообщения и на них отвечает. Есть фейсбук. Все средства хороши. Сейчас пpавильный момент, можно протолкнуть этот вариант. У Pathway есть три варианта тестов: Ancestry, Health и оба вместе.
У 23andme Ancestry отсутствует, если поймут, что публика хочет, то добавят.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.