23andme - анализ родства

[Mich Glitch]

Полное совпадение по HVR1 и HVR2 в общем случае означает общего предка около 550 лет тому назад.
Т.е., как и доктор Эн Тёрнер говорит, даже небольшие отличия на HVR1 и HVR2 выбрасывают нас далеко за границы генеалогического интервала.

[napobo3]

...Другое дело, что по HVR1 и HVR2 уже существует огромная база, а по 23эндМи неполный десяток тысяч, да и то надо это всё выдёргивать. Но ведь трудности доступа к базе - это другая проблема. Не имеющая никакого отношения к филогении.

Позавчера они раскололись и поведали, что у них протестировано 30 тысяч.

[Аббат Бузони]

Вот это да. Увидить бы это на плоте.

[napobo3]

Вот это да. Увидить бы это на плоте.

Мечты, мечты...
Кстати о плоте... кто у нас тут специалист по деревьям, графам, плотам, в общем - визуализации массивов данных? Нужно посоветоваться.

[Аббат Бузони]

Клавис создает плоты.

[Овод]

Кстати о плоте... кто у нас тут специалист по деревьям, графам, плотам, в общем - визуализации массивов данных? Нужно посоветоваться.

Валерий у нас был единственным на форуме профи в этой области. Если имеются в виду деревья. Тоже относится и к мито.
 
Но может, любители помогут - Вертнер, Маугли, Веренич?

[napobo3]

Кстати о плоте... кто у нас тут специалист по деревьям, графам, плотам, в общем - визуализации массивов данных? Нужно посоветоваться.

Валерий у нас был единственным на форуме профи в этой области. Если имеются в виду деревья. Тоже относится и к мито.
 
Но может, любители помогут - Вертнер, Маугли, Веренич?

Что значит - "был"

[Овод]

Что значит - "был"

Был на форуме. Теперь - его здесь нет. 
 
Не знаю, с руки ли Вам сходить за ним на Славантро.

[napobo3]

Что значит - "был"

Был на форуме. Теперь - его здесь нет. 
 
Не знаю, с руки ли Вам сходить за ним на Славантро.

Валерий мне написал в июне "Я обещаю подумать над этой задачей и поискать в математической литературе варианты ее решения, подозреваю что они есть.", но с тех пор ничего не сдвинулось. А теперь - оказывается и молген покинул.
Вся надежда на "любителей".

[Овод]

Вся надежда на "любителей".

Если подойдёт визуализация необязательно в филогенетическом плане (деревья), а таксономическом (кластер-анализ), то на форуме есть также профи-статистик С.П.Каржавин. Для него явно не составит труда прогнать данные, скажем, по Методу Главных Компонент (МГК) и получить соответствующую двумерную визуализацию данных в виде плота.
 
Не знаю, правда, как он отнесётся к данным по мито. Вроде бы, раньше интереса к сей дамской части генома он не проявлял.

[napobo3]

Вся надежда на "любителей".

Если подойдёт визуализация необязательно в филогенетическом плане (деревья), а таксономическом (кластер-анализ), то на форуме есть также профи-статистик С.П.Каржавин. Для него явно не составит труда прогнать данные, скажем, по Методу Главных Компонент (МГК) и получить соответствующую двумерную визуализацию данных в виде плота.
 
Не знаю, правда, как он отнесётся к данным по мито. Вроде бы, раньше интереса к сей дамской части генома он не проявлял.

А я совсем и не про мито.
Спасибо за наводки.

[Trish]

Аналогичный вопрос :

Подскажите, пожалуйста, что означает совпадение по HRV1+HRV2, и неполное совпадение по coding region SNPs:
у меня: 750G, 1438G, 4769G, 8285I, 11440A and 15326G
у совпаденца: 711G, 750G, 1438G, 4769G, 8285I(?), 9077C and 15326G?
Насколько мы далеки друг от друга?

Ответ Dr.Ann Turner :
We don't really know enough about the mutation rate to say much, but two differences would generally take you out of the genealogical time frame.

Полное совпадение по HVR1 и HVR2 в общем случае означает общего предка около 550 лет тому назад.
Т.е., как и доктор Эн Тёрнер говорит, даже небольшие отличия на HVR1 и HVR2 выбрасывают нас далеко за границы генеалогического интервала.

Не совсем поняла...
На митосёч:
Comparative mtDNA Results
User ID   HVR1 Mutations   HVR2 Mutations
BYESX   189C                   263G, 310C
8BB7W   189C                   263G, 310C

Далее, Сoding region SNPs:
у меня: 750G, 1438G, 4769G, 8285I, 11440A and 15326G
у совпаденца: 711G, 750G, 1438G, 4769G, 8285I(?), 9077C and 15326G

23andMe в Genome-Wide Comparison выдаёт 74.23%, но голубым цветом ничего не выделяет... В Relative Finder тоже не значится...

То есть, всё-таки на генеалогической дистанции (300-400) лет совпадения нет?..

[napobo3]

...
Не совсем поняла...
На митосёч:
Comparative mtDNA Results
User ID   HVR1 Mutations   HVR2 Mutations
BYESX   189C                   263G, 310C
8BB7W   189C                   263G, 310C

Далее, Сoding region SNPs:
у меня: 750G, 1438G, 4769G, 8285I, 11440A and 15326G
у совпаденца: 711G, 750G, 1438G, 4769G, 8285I(?), 9077C and 15326G

23andMe в Genome-Wide Comparison выдаёт 74.23%, но голубым цветом ничего не выделяет... В Relative Finder тоже не значится...

То есть, всё-таки на генеалогической дистанции (300-400) лет совпадения нет?..

23andMe Family Inheritance и RelFinder не принимают во внимание Y и мито-ДНК.
Влияние мито на Genome-Wide Comparison или очень мало или нулевое.
Совпадение с кем-то из 30 тысяч участников может быть, но чтобы его найти, надо сравнивать все маркеры мито-ДНК. Такого сайта пока не существует.
Проще всего было бы добавить в митосеч Сoding region SNPs.

[Alesh]

выдаёт 74.23%

Посмотрите внимательно, по какому снипу этот процент, откройте общее сравнение и скорее всего, увидите пустоту или немного серого сектора.
У меня полное совпадение на FTDNA и совпадение по фамилии предка в 18 веке (проверяем  архивно), а на 23andME таже картина, даже в 10ых кузенах не значится.
 

[Овод]

У меня полное совпадение на FTDNA и совпадение по фамилии предка в 18 веке (проверяем  архивно), а на 23andME таже картина, даже в 10ых кузенах не значится.
 

Ничего удивительного. Генеалогическое родство не обязано совпадать с геномным. Более того - совпадение весьма маловероятно.
 
То есть, родственник был, возможно, и ближний, но его хромосомы почти полностью заместились другими линиями. Осталась пара снипов - и всё.
 
У мееня, например, полное портретное сходство с прадедом по материнской линии. А с дедом по отцу - ничего общего. Бывает.