Интерпретация результатов

[wertner]

Необходимо построить дерево из ближайших к Вам гаплотипов (их можно найти в YSearch). Определить на какой ветви этого дерева Вы находитесь и вычислить время жизни предка этой ветви.
Наиболее полезной программой для этого является Мурка.
Еще широко используются Fluxus Network и Мега.

Причина возникновения мутаций пока не выяснена. В качестве рабочей гипотезы принято предположение о том, что мутации (сбои при копировании участков генов) происходят случайно, с определенной вероятностью, не зависящих от каких-либо факторов.

[Farroukh]

Wertner, благодарю за ваши разъяснения!

Но боюсь, что для эта задача может оказаться непосильной для начинающего. Незнание вопроса приведёт к неправильным выводам. Может, вы посодействуете? Любая требуемая информация будет предоставлена.

[wertner]

Посодействую. Лучше всего, сразу научиться пользоваться Муркой. Я использовал Мурку только осенью прошлого года, но думаю, что хоть какой-то расчет мы с Вами сможем сделать, а потом, надеюсь, Valery, Mougley, Vadim Verenich помогут Вам советами какие опции указать.

Шаги:
1. Определиться с решаемой задачей. Предлагаю проанализировать к какому субкладу Вы ближе: E1b1b1a, E1b1b1b или E1b1b1c.
2. Необходимо подготовить входные данные в формате .ych.
Тут я Вам сначала помогу - сделаю небольшой файл с несколькими гаплотипами каждого субклада. Затем Вы, в качестве упражнения, добавите туда свой гаплотип.
3. Скачайте и установите Мурку.
4. Вместе составим файл запуска Мурки. Для начала со Штейнеровской опцией и эпсилон = 0.
5. Проанализировать полученное дерево.

Предлагаю проводить обсуждение выполнения шагов именно на форуме, чтобы в дальнейшем другие читатели форума смогли проделать те же шаги самостоятельно.

[Farroukh]

Wertner, тест на выявление суб-группы начат. результат будет через 6 недель. Допустим, я выяснил, суб-группу. Как подготовить данные в требуемом формате? Повторюсь: я не специалист, поэтому многие, возможно, простые моменты, для меня в диковинку.

[wertner]

Я предлагаю попробовать предсказать Ваш субклад до того, как будут известны результаты тестов. Это даст Вам редкую возможность сделать какие-либо выводы по филогенетическому дереву и получить скорое подтверждение или опровержение.
Соответственно, у Вас выработается свое отношение к построению деревьев, некоторое понимание достоверности таких предсказаний.

Первичный файл .ych я для Вас подготовил. Он в прикреплении.
Теперь добавьте туда свой гаплотип.

Немного о структуре файла:
1 строка: название маркеров
2 строка: веса мутаций каждого маркера (я взял полученные при помощи своих вычислений, можете заменить на пустую строку, тогда будут равные веса)
3 строка: пустая, предназначение неизвестно
далее по три строки на каждый гаплотип:
Первая из них: название
Вторая: количество в выборке (обычно 1)
Третья: сам гаплотип, со значениями маркера через запятую, в том же порядке, что и названия маркеров в первой строке

Текущее содержание файла:
по 10 гаплотипов из гаплогрупп E1b1b1a, E1b1b1b, E1b1b1c
точный состав:
E1b1b1a1   2
E1b1b1a2   3
E1b1b1a3   2
E1b1b1a*   3
E1b1b1b2   10
E1b1b1c1   7
E1b1b1c1a   3
Гаплотипы взяты практически случайным образом из разных проектов FTDNA, прежде всего из E-M35.
В названии гаплотипа есть указание гаплогруппы гаплотипа в качестве префикса, например, a1_12345

Для внесения своего гаплотипа добавьте в конец файла три строчки:
название: допустим, W58E6
количество: 1
гаплотип сам гаплотип, со значениями маркера через запятую, в том же порядке, что и названия маркеров в первой строке.

Когда результат будет готов, то выложите, пожалуйста, я проверю.

Прошу прощения, если будут паузы в нашем общении на форуме (до нескольких дней).

[wertner]

Сорри, лучше возьмите вот этот файл - в прошлой версии напутал, взял E1b1b1c и E1b1b1c1, вместо E1b1b1c1 и E1b1b1c1a

[Farroukh]

wertner, увы, я кажусь умнее, чем я есть на самом деле. Боюсь, это окажется непосильной задачей для профана. Может, вы сами попробуете это сделать7 Я там наломаю дров, и результат будет бессмысленным...

Если что, то мои маркеры - здесь:

[mouglley]

Господа, а зачем рассматривать звёзды сквозь микроскоп?

Мурка пренкрасна при выявлении запутанных родственных связей внутри гаплогруппы.
А вот для предсказания гаплогрупп ещё никто ничего лучше Нетворка не придумал.
Мурка в этом плане пока падслеповата.

К тому же, ежели Мурку постепено осваивают несколько человек на форуме, то на вопросы по Нетворку ответит любой.

Главное - создать первый ych, а всё остальное Нетворк разберёт по-гаплогрупно.

А вот дальше начинается работа с Муркой.

[wertner]

Farroukh, ок. Коли не лежит душа к построению деревьев - так тому и быть
Со временем сделаю. Надеюсь, что до результата Вашего Deep Clade теста

mouglley, взаимоотношения E1b1b1a и E1b1b1c на уровне STR-галотипов  довольно запутаны и Network их не всегда правильно разделяет. Думаю, Мурка лучше справится. Да и для дальнейших изысканий - поиска ДНК-подтверждения персидского происхождения Farroukh'а она была бы лучше.

[Farroukh]

wertner, благодарю за понимание. Я бы год строил это дерево. Что же до персидского происхождения, то насколько можно выудить из МакДональда, гаплогруппа Е (2%) встречается в районе Исфахана

[Sergey Lutak]

Добрый день!

Уважаемый Фаррух, Haplozone::The E-M35 Phylogeny Project поместил Вас (144638) в категорию E1b1b1-Unclustered (even after 67 markers testing) http://www.haplozone.net/e3b/project/cluster/5 .
Вероятно, классифицировать ваш гаплотип без СНиПов им  - "не по зубам" .

Ещё раз заглянул в Ysearch. Из "ближайших" к Вам (у кого указана гаплогруппа):
E1b1b1a2 (39/66), E1b1b1 (39/66), E1b1b1 (39/66),
E1b1b1c (40/66), E1b1b* (40/66), E1b1b1c1 (40/66).

Ситуация трудная, и всё же я ставлю на E1b1b1c.

[Farroukh]

надеюсь, это временно. Планирую заказать там Personal report и опубликовать его.

[mouglley]

mouglley, взаимоотношения E1b1b1a и E1b1b1c на уровне STR-галотипов  довольно запутаны и Network их не всегда правильно разделяет. Думаю, Мурка лучше справится. Да и для дальнейших изысканий - поиска ДНК-подтверждения персидского происхождения Farroukh'а она была бы лучше.

Отработал на Мурке по N и O:
И как телескоп (по разделу гаплогрупп),
И как микроскоп (по веткам одной гаплогруппы)
У Мурки конкурентов нет!

[Centurion]

У Мурки конкурентов нет!

ув Маугли, долго ли осваивали программу? И какие ей нужны техн. требования от компа?

[mouglley]

Требований - минимальные. Наверное, и на 286-ом работать мажет (если кто такое помнит).

Главное:
в файл prepare.bat из стандартной поставки записать своё название ych-файла
взять код уважаемого Valery (он где-то недавно привёл его), сохранить этот код, как bat-файл,
потом занести в этот бат-файл своё название rdf-файла.
запустить его
В результате получить несколько деревьев, немного различающихся друг от друго.
посмотреть их в Graphwizard
выбрать лучшее.
Если на каком-то этапе что-то не получилось - сразу задавать вопросы.

Осваивал Мурку долго, несколько недель, но, в результате, уже от неё не отступлюсь.
Но я - непоседа.
А при Вашей настойчивости Вы освоете намого быстрее, чем я.