23andme: Exome 80x

[Naeel]

Пришли данные
почти 4 Гига
может, кто хоть по Y посмотрит, может, снипы какие неизведанные есть

[Naeel]

Ответили по Y
Что скажете ?

Thanks very much Nail. I'm focusing on phylogenetic variants, so I can't comment on the health aspects.
I've tried to filter down to the highest quality variants which are highlighted in green and blue in the attached. The most interesting are:
28689055 (rs111678445): Based on 1000 Genomes Project data, it looks like this may be between approx. M417 (R1a1a1) and approx. R1a on the phylogenetic tree. Depending on the interests of the R1a researchers, they may find this useful.
15026658: I couldn't find any calls at this site in other samples I have looked at, so this may be the first observed instance of this variant. However, it is somewhat speculative due to the low depth of coverage and the repetitive T sequence in this region. It seems to be covered by at least one of the L117 primers at Family Tree DNA, so in principle, you could check this result by ordering a $29 test for L117 at FTDNA and asking them to analyze the results at this site, but I'm somewhat concerned that the results could be inconclusive due to the repetitive T sequence. This is another one you might consult with the R1a researchers about.
The other variants are consistent with your R1a classification, but don't seem to be particularly interesting, as they are already-known, named SNPs.
Was it Lawrence Mayka or one of the other R1a Project admins who recommended sending results to me? If so, you may wish to forward this analysis to them to see what they think.
Greg

I just tried to review your WTY on finch, and they seemed to use a "v3" L117 primer set that did not seem to cover this site, as far as I can tell.

[Шад]

Вадим Веренич проанализировал возможности анализа экзома от 23andMe.
Оригинальный текст (с картинками) можно посмотреть на Facebook на его странице.

Начал работать над анализом результатов экзомного генотипирования, любезно представленные одним из немногих россиян, участвовавших в пилотном проекте экзомного генотипирования в компании 23andme.
Поскольку слово "экзом" является совсем свежым заимствованием из английского языка. Наиболее простое определеие: экзом состоит из совокупности экзонов, а экзон - это участок гена (ДНК) эукариот, несущий генетическую информацию, кодирующую синтез продукта гена (белка).
Соответствующие экзонам участки ДНК, в отличие от интронов, полностью представлены в молекуле информационной РНК, кодирующей первичную структуру белка. По мнению некоторых исследователей Э. соответствуют доменам (структурно автономным областям) в белке и являются первичными генетическими единицами, рекомбинация которых приводит к возникновению в ходе эволюции новых генов и соответственно новых белков. Э. чередуются в структуре гена с другими фрагментами — интронами.
Иными словами, экзом - это совокупность всех участков ДНК, несущих информацию, определяющую экспрессию белка.

Здесь уместно вспомнить недавную видео-лекцию Павла Певзнера "Персональная медицина и ассемблирование геномов: паззл с миллиардом частей" (где-то на мордокніге я давал ссылку). Певзнер, в числе прочего, мимоходом упоминул про недавную работу одного из ведущих сотрудников института Сангера (ведущего центра персональной геномики, одним из исследовательских направлений как раз и является -The 500 Exome Project with collaborators from WTSI, GSK and Lausanne University ).
Речь идет о нашумевшей работе, в котором ученый описывает как на протяжении полугода он в рутинном режиме ежемесячно "проверял экзомы" на предмет анализа экспрессии белков. В ходе работы был не только выявлен целый ряд ранее неизвестных вариантов генов, ответственных за предрасположенность к диабету второго типа, но и произведен анализ динамики белковых изменений.
Этот тщательный анализ позволил "излечить" пациентов от диабета.
После того как медиа взбудоражила общественное сознание этой новостью, целая группа коммерческих компаний обратилась к этому, ранее коммерчески неосвоенному типу генотипирования (хотя некоммерческіе исследования ведутся уже не менее десятка лет). Чутко следящая за коньюктурой геномного рынка компания Illumina сразу опустила планку цен на "экзомы" до 200 долларов. Чем не приминула воспользоваться компания 23andme, предлагающая (в качестве посредника, т.к. само типирование проводится в лабах Иллюмины) конечному потребителю продукт по цене 999 долларов.

Легкая доступность экзомного тестирования будет иметь свои преимущества, поскольку позволит не только проводить анализ генетических маркеров, определяющие риски, но и анализировать экспрессию белков под воздействием определенных эпигенетических факторов (тип приминяемых медикаментов, питания и т.д.).

Сейчас врачи посылают пациентов на анализ крови, cлюны, мочи и прочих биологических субстанций.
Лет этак через 10 врач будет писать в истории болезнии: "Пациенту назначено прохождение годового курса экзомного генотипирования и анализа"

Как выглядит конечный продукт экзомного тестирования предлагаемый 23andme за 999 зеленых американских рублей?
Это набор из четырех файлов:
1) x.bam
2) x.bai
3) x.pdf
4) x.vcf.

X -это кодовый номер участника. BAM файл являющийся бинарной версией формата SAM (формата множественного выравнивания ДНК по референсному сиквенсу), BAI - индекс контигов в BAM файле. Наконец, VCF - это файл содержащий все "задетектированные" в BAM файле варианты (прежде всего SNPs и INDELs)

Но вернемся к экзомному тестированию.
Cуществует определенная группа лиц, которых больше интересуют вопросы происхождения и генеалогии. Медицинские аспекты, как правило, им неинтересны.

Что интересного могут излечь из экзомных данных ДНК-генеалогии? Не трудно ответить. Большинство ДНК-генеалогов знает принципы наследования ДНК, в первую очередь Y-хромосомы и митохондриального генома (которые наследуются соответственно строго по мужской и женской линии).

После предварительного знакомства со структурой экзомных данных, я должен выделить две основные проблемы, возникающие при работе с указанными выше "однородительскими маркерами".

Первая и основная проблема - это характер экзомного типировния. При экзомном типировании определяются только те снипы и инделы, которые находятся в экзонах. С митохондрионом здесь проблем особых нет - в [человеческом] митогеноме практически все вариативные позиции, являются экзомными, т.е несут генетическую информацию ("код" синтеза белка). Поэтому фактически данные экзомного тестирования уже содержат полный сиквенс генома (аналог FGS от FTDNA). Остается только их извлечь. И вот тут появляется другая проблема. Для определения генетических вариантов (т.е различий нуклеотидов в локусах) необходмо провести "выравнивание" анализируемого по референсному сиквенсу. Как известно, в митохондрионе для этих целей используется "классический" сиквенс rCRS (Cambridge Reference Sequence, GenBank:NC_012920.1). Однако в геномных билдах-ассамблеях hg18 и hg19_Chr37, этот референс заменен другим. Поэтому результаты выравнивания митогенома по дефольтным вариантам вышеуказанных билдов дают результаты, сильно отличающиеся от привычного формата.

После замены дефолтного сиквенса на rCRS все получилось. Вот фрагмент из VCF файла, содержащий интересующие нас отличия от rCRS:
#CHROM POS REF ALT
MT 73 A G
MT 195 T C
MT 263 A G
MT 709 G A
MT 750 A G
MT 1438 A G
MT 1888 G A
MT 2141 T C
MT 2706 A G
MT 3106 CN C
MT 4216 T C
MT 4917 A G
MT 5894 A G
MT 7028 C T
MT 8697 G A
MT 8860 A G
MT 9117 T C
MT 10463 T C
MT 11191 C T
MT 11251 A G
MT 11719 G A
MT 11812 A G
MT 12741 C T
MT 13260 T C
MT 13368 G A
MT 13965 T C
MT 13966 A G
MT 14233 A G
MT 14687 A G
MT 14766 C T
MT 14905 G A
MT 15326 A G
MT 15452 C A
MT 15607 A G
MT 15928 G A
MT 16126 T C
MT 16294 C T
MT 16296 C T
MT 16324 T C
MT 16519 T C

Теперь о Y-хромосоме. В отличии от митохондриона, где практически все снипы локализуются в экзонах, больша часть снипов мужской Y-хромосомы лежит в "информационно бесполезных" интроных зонах. Поскольку экзомное тестирование не покрывает интроны, то большинство из известных Y-снипов просто выйдет за рамки теста

Убедился и я в этом на примере реальных данных (это представитель Y хромосомной гаплогруппы R1a1).
samtools view -h x.bam Y > Y.sam
samtools view -h -b -S Y.sam > Y.bam
samtools/samtools mpileup -C 50 -ugf chrY.fa Y.bam | /samtools/bcftools/bcftools view -vcg - > Y.raw.vcf

Данный подход позволил обнаружить у тестанта около сотни генетических полиморфизмов (координаты данные по билду hg19):
Y 4058546 0 A C
Y 4058566 0 ta t
Y 4457069 0 tctctcct tct
Y 6028350 0 A T
Y 8149348 0 G A
Y 8566853 0 GCCC GCCCC
Y 8783761 0 C T
Y 8881927 0 GGTGT GGTGTGT
Y 9198243 0 T A
Y 9304866 0 G A
Y 9368340 0 tg tGNg
Y 9384631 0 A C
Y 9385720 0 CGG CG
Y 9909058 0 T A
Y 9930114 0 C A
Y 9931330 0 T A
Y 9938790 0 C A
Y 9938851 0 A T
Y 9938982 0 T C
Y 9939117 0 T A
Y 9952497 0 A G
Y 9982892 0 G A
Y 9982917 0 C A
Y 10007709 0 C A
Y 10007727 0 G A
Y 10007741 0 G A
Y 10011344 0 A G
Y 10011487 0 A G
Y 10011498 0 G C
Y 10011502 0 A G
Y 10011545 0 T G
Y 10011604 0 C CTT
Y 10011648 0 T G
Y 10011673 0 G A
Y 10011677 0 G A
Y 10011698 0 A G
Y 10011878 0 G A
Y 10011935 0 C CT
Y 10011960 0 T C
Y 10011966 0 ATT AT
Y 10012012 0 T A
Y 10013318 0 A G
Y 10028123 0 C T
Y 10028180 0 A G
Y 10029163 0 A G
Y 10029228 0 G A
Y 10029308 0 A T
Y 10029322 0 T C
Y 10029340 0 T C
Y 10029485 0 G C
Y 10029487 0 T A
Y 10029513 0 A G
Y 10029610 0 G A
Y 10029616 0 G T
Y 10029623 0 C T
Y 10029629 0 A G
Y 10029649 0 C G
Y 10029711 0 A C
Y 10043269 0 C T
Y 13241432 0 G T
Y 13241656 0 G A
Y 13243050 0 C G
Y 13243352 0 G A
Y 13244666 0 C T
Y 13244690 0 A G
Y 13254228 0 C T
Y 13262943 0 ACCC ACC
Y 13263091 0 G A
Y 13263304 0 C T
Y 13263364 0 A G
Y 13263374 0 C G
Y 13266266 0 G A
Y 13266286 0 C T
Y 13266301 0 A G
Y 13266368 0 T G
Y 13266377 0 G C
Y 13266499 0 A G
Y 13266520 0 G T
Y 13266556 0 T G
Y 13266560 0 C T
Y 13266587 0 C G
Y 13268187 0 T C
Y 13268361 0 T C
Y 13268377 0 A G
Y 13268521 0 C T
Y 13307425 0 G T
Y 13307562 0 G A
Y 13309174 0 A T
Y 13309226 0 A C
Y 13309239 0 G C
Y 13309262 0 T C
Y 13309348 0 C T
Y 13311223 0 T A
Y 13311491 0 C T
Y 13311501 0 G A
Y 13312579 0 G A
Y 13312666 0 G C
Y 13312729 0 C T
Y 13312756 0 A G
Y 13312789 0 A G
Y 13332277 0 C T
Y 13357224 0 C T
Y 13370991 0 C A
Y 13445929 0 G C
Y 13445957 0 C G
Y 13463779 0 A C
Y 13463831 0 T A
Y 13463837 0 G A
Y 13463860 0 C G
Y 13465055 0 A G
Y 13470805 0 G A
Y 13470834 0 T C
Y 13470855 0 T G
Y 13470880 0 G A
Y 13470897 0 G A
Y 13475849 0 C T
Y 13476553 0 T C
Y 13478387 0 A T
Y 13478445 0 G C,A
Y 13478569 0 T G
Y 13478583 0 T G
Y 13478613 0 A G
Y 13485671 0 T G
Y 13488312 0 C A
Y 13488330 0 A G
Y 13488337 0 C T
Y 13488370 0 G A
Y 13488395 0 A G
Y 13488410 0 A T
Y 13488429 0 A G
Y 13488601 0 A C
Y 13488621 0 A G
Y 13488946 0 A C
Y 13488952 0 T C
Y 13488972 0 C G,T,A
Y 13488988 0 A G
Y 13488992 0 T C
Y 13489043 0 G A
Y 13489069 0 A C,G
Y 13489077 0 T C
Y 13489206 0 C G
Y 13489220 0 T C
Y 13489234 0 T C
Y 13489255 0 A G
Y 13489292 0 A G
Y 13489300 0 A G
Y 13492264 0 C A
Y 13500410 0 T G
Y 13500424 0 T C
Y 13500443 0 T C
Y 13502048 0 C T
Y 13524378 0 T C
Y 13524752 0 G T
Y 13524761 0 C T
Y 13524873 0 T C
Y 13537129 0 G A
Y 13537569 0 A T
Y 13537581 0 C T
Y 13541022 0 C A
Y 13541053 0 CA CATA
Y 13541068 0 T C
Y 13541199 0 A G
Y 13541232 0 A T
Y 13541288 0 G A
Y 13541293 0 ATTT ATT
Y 13541420 0 A C
Y 13541454 0 T C
Y 13541478 0 G T
Y 13541520 0 C T
Y 13541556 0 A C
Y 13541561 0 T G
Y 13541584 0 C G
Y 13572922 0 A C
Y 13572932 0 T C
Y 13572999 0 A G
Y 13573033 0 A C
Y 13573108 0 G C
Y 13573152 0 C A
Y 13573216 0 G A
Y 13573240 0 C T
Y 13573271 0 G T
Y 13595280 0 T C
Y 13687807 0 T G
Y 13688825 0 C G
Y 13689634 0 T C
Y 13689668 0 C G
Y 13689755 0 G C
Y 13690562 0 C T
Y 13694899 0 G A
Y 13694929 0 G A
Y 13694956 0 C G
Y 13694983 0 T A
Y 13695051 0 T G
Y 13726074 0 T A
Y 13726129 0 C G
Y 13842718 0 G C
Y 14482235 0 C A
Y 14485120 0 G A
Y 14498990 0 C T
Y 14771478 0 A T
Y 14898094 0 A G
Y 14958218 0 C T
Y 15026424 0 A C
Y 15027529 0 T G
Y 15930958 0 ccttcttcctc cCTTCTTCCTCCTcttcttcctc
Y 16751825 0 A G
Y 16832517 0 T C
Y 17231616 0 A G
Y 21154004 0 A C
Y 21154323 0 G A
Y 21154426 0 G A
Y 21154466 0 T A
Y 21208056 0 A G
Y 21208066 0 C G
Y 22260237 0 C T
Y 22510104 0 G A
Y 22510163 0 T A
Y 23473201 0 T A
Y 23800360 0 T G
Y 23805478 0 C A
Y 24008079 0 T A
Y 28582510 0 G C
Y 28582566 0 C G
Y 28582605 0 T C
Y 28582622 0 G A
Y 28582676 0 G A
Y 28582685 0 C A
Y 28582863 0 A G
Y 28582865 0 A G
Y 28582921 0 A G
Y 28582932 0 G A
Y 28583310 0 C T
Y 28583314 0 A G
Y 28583382 0 G C
Y 28583394 0 T C
Y 28583410 0 C G
Y 28583415 0 T C
Y 28583431 0 A T
Y 28583432 0 A G
Y 28583590 0 A C
Y 28586782 0 G A
Y 28586959 0 T C
Y 28587232 0 T C
Y 28689055 0 G T
Y 28709343 0 A G
Y 28780767 0 A C
Y 28780823 0 T A
Y 28780883 0 G A
Y 28815270 0 C A
Y 28815656 0 T C
Y 28816806 0 T C
Y 28816831 0 C T
Y 28816870 0 T G
Y 28816948 0 C G
Y 28817276 0 T G
Y 28817286 0 T G
Y 28817559 0 T G
Y 28817636 0 G A
Y 58856145 0 G C
Y 58883603 0 A T,C
Y 58883784 0 T A
Y 58883834 0 A T
Y 58893627 0 A T
Y 58968939 0 G A
Y 58975896 0 T C
Y 58981639 0 cctccactcca cCTCCActccactcca
Y 58982160 0 G T
Y 58982559 0 A C
Y 58982671 0 tcttccttc tcttc
Y 58985524 0 T G
Y 58996230 0 G A
Y 58996257 0 G T
Y 58999765 0 C T
Y 58999773 0 G A
Y 59001429 0 G A
Y 59001608 0 C T
Y 59001620 0 A C
Y 59001647 0 G A
Y 59001685 0 G C
Y 59001722 0 G A
Y 59001753 0 T C
Y 59001773 0 A C
Y 59001782 0 C A
Y 59001792 0 T C
Y 59001960 0 T A
Y 59002047 0 C G
Y 59002139 0 G T,A
Y 59005179 0 C A
Y 59010280 0 A G
Y 59015256 0 T A
Y 59017005 0 A G
Y 59017181 0 T A
Y 59017206 0 A G
Y 59017378 0 T G
Y 59017384 0 ag aGg
Y 59018341 0 C G
Y 59020728 0 A G
Y 59022718 0 A G
Y 59022723 0 C T
Y 59022734 0 C T
Y 59022768 0 A G
Y 59027525 0 A G
Y 59027700 0 A C
Y 59027882 0 T G
Y 59029728 0 C T

В продолжение о Y-хромосоме. Совершенно ясно, что большинство из снипов, обнаруженных у протестированного ранее не были известны, и поэтому отсутсвуют в официальном списке ISOGG.
C помощью незамысловатой комманды grep -f snps ISOGGsnps я нашел лист известных ISOGG-снипов, которые также присутствуют и в данных тестанта>

L146 R1a M420 rs17250535 21882589 23473201 T->A
L265 R1b1a2 rs9786882 8209348 8149348 A->G
L269 G 13467612 14958218 T->C
M173 R1 P241; Page29 rs2032624 13535818 15026424 A->C
M201 G rs2032636 13536923 15027529 G->T
M379 I2a2a2 rs2032636 13536923..13536924 15027529..15027530 GT->del
M420 R1a L146 rs17250535 21882589 23473201 T->A
P241 R1 M173; Page29 rs2032624 13535818 15026424 A->C
Page7 R1a1a1 rs34297606 13008998 14498990 C->T
Page29 R1 M173; P241 rs2032624 13535818 15026424 A->C
Page83 P rs35361051 13407488 14898094 A->G

Исходя из вышеприведенной таблицы, Y-хромосомная сигнатура тестируемого в классическом ФТДНА-шном виде будет выглядеть следущим образом:

L269-:M201-:M379-:Page83+:L265-:Page29(M173+,P241+):M420+:Page7+.

Из чего еrgo (следует), что тестант принадлежит к группе R1a1a1

[Naeel]

- заявите, заявите, а то мы сами заявим!

и что с этим добром делать ?

mt полностью совпадает с mt full sequence родного брата протестированного Exome

[Agni]

"возможности анализа экзома от 23andMe."
Это было бы хорошо если бы нашли больше снипов. В частности, в Z92 разделяющих балтов и восточных славян. Снипы они надежнее.

[Naeel]

если сотня неизвестных, WTY где искало ? 

Тест Exome сына, по WTY у меня

L269    T-
M201    G-

мутант, чтоли ?

[Шад]

Пока FDA пытается надругаться над беззащитной 23&Me бельгийская компания Gentle Labs предлагает интерпретацию экзома за скромные 1990 долларов:)
https://gentlelabs.com/

Комментарий Дебби Кеннет: http://cruwys.blogspot.ru/2013/12/a-new-exome-sequencing-and.html