Обсуждения дерева Q (версия Шада)

[Шад]

С помощью уважаемого Маугли (а также других форумчан, дававших советы по освоению Мурки) наконец-то получено относительно вменяемое дерево гаплогруппы Q1b.
Дерево построено по 152 67-маркерным гаплотипам (спасибо уважаемому Вертнеру и его неутомимому роботу).
В целом, дерево подтвердило ранее выявленные тенденции:
1. четко выделено две ашеназийские ветви (более старая Khazarim и более молодая Ashkenazim). 
2. также четко определены два европейских субкластера (очевидно, что они не связаны с ашкеназами и гораздо старше) - североевропейских (NordSea) и центральноевропейский (CentralEurope).
3. у корня - "древние", некластеризированные гаплотипы. Обращает на себя внимание концентрация у корня анатолийских армян, иранцев, индийцев и пакистанцев.
К сожалению, много интересных гаплотипов (потенциально близких к корню) осталось за кадром как имеющие менее 67 маркеров.



Ссылка для скачивания.

[mouglley]

Чрезвычайно интересно!

На мой взгляд, три нижних гаплотипа должны быть на отдельной(ых) ветках, отходящих от корня.
Это не противоречит снипам?

Кстати, желательно указывать скорость мутаций, при которых получены данные возраста.

[Шад]

Как вы понимаете это одно из множества деревьев, которое я выбрал по причине соответствия моим представлениям о географическом распределении гаплотипов. Но, в принципе, все генерируемые Муркой деревья, имели примерно одинаковый вид - отличия были только в расположении отдельных гаплотипов.

Скорость взята в соответствии с рекомендацией - 0,00288.

Относительно снипов. Все 152 гаплотипа М378+. Не нашлось ни одного М378- с 67 маркерами, что пока прискорбно.
Насчет L245. В основном все положительны.

L245- имеют:
N78873 Индия
178026 Иран
53682   происхождение неизестно (усыновлен)
13254   Португалия
193005  Казахстан
С их размещением есть определенные проблемы -они не собираются в одну ветвь (хотя явно старше L245+). Но отчасти группируются вместе. Есть над чем работать...

Насчет трех нижних гаплотипов. Имеется ввиду армянская ветвь? По ним нет данных по снипам - по предиктору их относят к L245+, но тогда они не должны быть в корне...

[Valery]

Ув. Шад, не завышена ли у Вас скорость? На дереве одна мутация вскакивает примерно за 130 лет, в то время как на 67 должно быть за 170-180 лет.

[Шад]

Ув. Шад, не завышена ли у Вас скорость? На дереве одна мутация вскакивает примерно за 130 лет, в то время как на 67 должно быть за 170-180 лет.

Порекомендуйте, пожалуйста, какую взять. Я брал mutation rate у уважаемого Маугли, который ее калибровал для своей гаплогруппы N. Отсюда возможно и проистекают некоторые искажения. 

[Valery]

-N 175 например

[Yurgan]

-N 175 например

А у Вас она не сильно завышена. В среднем раз в 80 лет и то много.

[wertner]

L245- имеют:
...
С их размещением есть определенные проблемы -они не собираются в одну ветвь (хотя явно старше L245+).

И не должны. Главное, чтобы L245+ были вместе и среди них не было L245-.
А ветвей L245- может быть несколько.

[Шад]

Мысли относительно калибровки.
Гаплотип 137432 является предковым для ветви CentralEurope, которая практически полностью относиться к семейному проекту Shockey.
Их общий предок родился в Kirchheimbolanden, Pfalz, Bayern, Germany в 1720. Его отец жил в  Sankt Stephan, Upper Simmental, Bern, Switzerland. Все участники проекта являются его потомками, даже тот кто носит фамилию Jäggi (так произноситься Shockey на одном из швейцарских диалектов).
Так вот: 137432 имеет по текущей версии дерева возраст 518 +-177 лет. Если все сводить к 1740 году, то он не должен превышать 270 лет.
Получается, что скорость завышена примерно в 2 раза? Насколько репрезентативна генеалогия одной семьи для вывода о скорости мутации всей гаплогруппы?

Справочно:

Первое письмо.

Our common Shockey ancestor was born in Kirchheimbolanden, Pfalz, Bayern, Germany in 1720.  The German spelling was Schäcke.  His father was born in Sankt Stephan, Upper Simmental, Bern, Switzerland and in that regional dialect the spelling was Jäggi.  His father was born in Steering, Simmental, Bern, Switzerland with the spelling as Jäcky.  I am told that all are pronounced to sound the same.
All but three of those with the Shockey surname are male descendants of this one ancestor.  There are three who are not Q1b who do carry the Shockey surname but actually have a female Shockey as an ancestor.

Второе письмо.

Our common ancestor was born 1720 and died in 1775.  He had six sons by his first wife and one son by his second wife.  The results that I listed below are from male descendants of the first six sons.  We have not found anyone willing to test that is a male descendant of the 7th son who would have been a half brother to the other six.  Each of the six sons are represented in the project by at least two different male descendants but you left some of them out of your examples before.  All come from different grandsons of the original ancestor.

Приложение 1.

Kit #        distance to common ancestor with group
115454        7 generations  (6 generations to common with 120860)
119556        7 generations  (5 generations to common with 120859 and 4 to common with 179058)
120859        8 generations  (6 generations to common with 119556 and 5 to common with 179058)
120860        5 generations  (4 generations to common with 115454)
122954        6 generations
124773        7 generations
151567        6 generations  (4 generations to common with 184450)
163316        8 generations  (7 generations to common with 124773)
179058        8 generations  (5 generations to common with 119556 and 6 to 120869)
184450        8 generations  (6 generations to common with 151567)

Приложение 2.

I made an error in my last post.

120859, 119556 and 17908 are from different great grandsons.  They share a common ancestor at the grandson level.

Приложение 3.

115454 is the 4th great grandson of son Abraham.
120860 is the 2nd great grandson of son Abraham
They are 2nd cousins twice removed.

184450 it the 5th great grandson of son Jacob.
151567 is the 3rd great grandson of son Jacob.
They are 3rd cousins twice removed.

[Valery]

Я умаю они просто перемутировали 

[Шад]

Ещё одна возможность калибровки.
Развилка перед гаплотипами 153520 и N16165 имеет возраст 306+/-127 лет.
Вот данные по их общему предку (семейный проект Хафф/Хофф):

However, nost of them are thought to be descendants of  Derrick Pauluszen Hoff(1649-1730), who came to New Amsterdam before 1660.  When the British purchased New Amsterdam, they required
all Dutch persons in New Amsterdam to take up surnames. For an unknown reason, Derrick chose "Hoff".  He had many sons and began a dynasty of Hoffs,
most of whom changed their names to "Huff" within the next 2 generations.

В данном случае датировка ветви выглядит достаточно достоверной...
И как относиться к такому расхождению данных для калибровки?

[wertner]

Относится спокойно
Калибровку лучше делать по семьям с минимум двадцатью 67-маркерными гаплотипами.
Или собрать статистику по нескольким десяткам небольших семей.

[Valery]

-N 175 например

А у Вас она не сильно завышена. В среднем раз в 80 лет и то много.

Почему так?

[Шад]

Как-то неправильно получилось... Проверил Armenian DNA Project - все армянские Q1b, стоящие в корне дерева (при обоих рекомендованных скоростях), являются L245+ (Q1b1a).
Соответственно дальше от них не могли пойти L245- или это обратная мутация?

Кстати, оба неашкеназских европейских кластера тоже L245+. Так что по снипам дерево получилось не сильно кудрявое. Один L272.2 (95307) и несколько L245-.

[Овод]

На Ваши вопросы ко мне ответил в личке же.
 
Вопрос к Вам - имеют ли Ваши "ашкеназийские" и "хазарские" ветки хоть какое-то географическое разделение. Или только филогенетическое?
 
Если последнее - то нет оснований говорить о их разном племенном происхождении - две ветки вполне могли "вырасти" и из одной популяции.