Обсуждения дерева Q (версия Шада)

[Шад]

Разделение чисто филогенетическое. Названия условные - "хазарская" ветвь (DYS395S1=15-18) так названа в силу того, что она более старая. На самом деле в обоих ветвях евреи-ашкеназы с локализацией в Восточной Европе (Польша и сопредельные страны).

Предварительная кластеризация была описана здесь, но это было ещё до построения дерева в Мурке.

[Овод]

Разделение чисто филогенетическое. Названия условные - "хазарская" ветвь так названа в силу того, что она более старая. На самом деле в обоих ветвях евреи-ашкеназы с локализацией в Восточной Европе (Польша и сопредельные страны).

Спасибо, я так и думал.
 
Ваше дерево мне понравилось. Очередной "плюсик" Вам.

[Шад]

С согласия уважаемого Овода выкладываю выдержки из нашей переписки по обсуждению дерева. Думаю, что затронутые в ней вопросы интересны не только нам.

Добрый день,

Основные вопросы:
1. какая должна быть скорость? Я брал скорость у Маугли (для N). У Вас R - думаю, что Q должна быть ближе к R по своим характеристикам. Наверное.
2. у меня в корне оказались L245+, а дальше несколько веток L245-. Либо это обратная мутация, либо ошибка.

 

1. Я не признаю калибровок по известным генеалогиям - слишком мала и ненадёжна их статистика. Опираюсь на среднюю скорость микросателлитных повторов в парах отец-сын по данным попгенетиков. У разных исследователей она колеблется в интервале 0.0022-0.0025. Хотя у Клёсова она - 0.0018, а у Маугли приближается к 0.003. Сейчас я использую 0.0025. Не убежден, что это - самая верная оценка. Но уверен, что она не должна зависеть от гаплогруппы.
 
2.Конечно, это ошибка. Но не Ваша конкретно, а метода СТР-филогении вообще. Иногда можно скорректировать ошибку, "поиграв" с весами. Но никогда не знаешь, не увеличит ли это ошибку в отношении других членов выборки, с неизвестными снипами. Поэтому использую равные веса, а с ошибками - мирюсь, оговаривая их, где они очевидны.
 

Спасибо за ответ. А Вы не применяете методики задания явного корня? Из другой гаплогруппы или некоего синтетического гаплотипа (не знаю как его подбирают). Или может ввести в данные гаплотипы другой ветви - Q1a?

Преимущественно использую "посторонний" гаплотип из ближайшнй сестринской ветки. Но для контроля иногда ввожу в выборку расчётно-предковые гаплотипы ветвей, чтобы по ним следить за стабильностью дерева.
 
P.S Подобные вопросы (если не сугубо личного характера) лучше задавать не в личке, а на форуме. Поскольку у других форумчан также могут быть свои, более интересные версии ответа. Форум для того и создан, чтобы совместно искать ответы на такие вопросы.

[mouglley]

P.S Подобные вопросы (если не сугубо личного характера) лучше задавать не в личке, а на форуме. Поскольку у других форумчан также могут быть свои, более интересные версии ответа. Форум для того и создан, чтобы совместно искать ответы на такие вопросы.

Полностью согласен с Оводом.
Такие вопросы должны обсуждаться публично.

Те сообщения из нашей переписки, которые Вы сочтёте нужным, предлагаю тоже выложить на обсуждение.

[asan-kaygy]

смотрю два ресурса:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%C3%E0%EF%EB%EE%E3%F0%F3%EF%EF%E0_Q_(Y-%C4%CD%CA)
и
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpQ.html
И там деревья разные. Насколько кто прав?
Где должны находиться эти субклады:
Q1a4 (P48)
Q1a5 (P89)
Q1a3b (M322)

[asan-kaygy]

Со вторым понятно:
Removed P89.1 from the Private SNP listing and put on tree as private on 11 March 2011.

[asan-kaygy]

Нашел и по первому:
This is now considered a private SNP. The positive sample from Karafet 2008 was retested at the Family Tree DNA GRC and was found to be negative.

[Шад]

С помощью уважаемого Маугли и программы Мурка было получено изображение дерева гаплогруппы Q. Использовались 67-маркерные гаплотипы с ранее опубликованного мною дерева Q1b, дополненные гаплотипами Q1a из проекта Q_yDNA.

Обозначения:
Q1a-MEH2, hexagon
Q1b-M378, octagon
Q-M242, septagon

[mouglley]

Обозначения:
Q1a-MEH2, hexagon
Q1b-M378, octagon
Q-M242, septagon

По офф-лайн предиктору Урасина.
Он-лайн предиктор считал-считал пару часов. Я его и отключил.

[Шад]

Есть интересный вопрос по филогении (применительно к Q1b).
В целом для Q1b прослеживается следующая закономерность.
DYF395S1 для ашкеназов находится в границах 15-18 / 15-19. У нееврейского кластера L245 (европейцы и анатолийские армяне) - 15-17.
Но есть исключения.
Свежее - аварец из научных образцов. У него 14-17.
И три из старых запасов.
Ашкеназ Юдсон из Минска - 15-15.
В отношении него я консультировался у уважаемого VVR:

Я думаю, что это достаточно близкий к Вам гаплотип - Q1b1a. Ребекка права. С очень большой вероятностью можно предположить RecLOH DYF395=15-19 в 15-15.
Гипотеза навскидку (без глубокого анализа): Можно предположить(хотя бы как вариант), что у всех Р (Q и R) предковое значение было 15-17. У многих Q так и осталось. У R1a RecLOH в 17-17(почти у всех). У R1b мутировало в 15-16, хотя встречаются и 15-15,и 16-16 и др.У Ваших предков мутировало в 15-18, а затем в 15-19.
Также с большой вероятностью можно предположить у Вашего предка(общего для большинства или для всех Q1b) RecLOH в маркере YCA 19-23 в 19-19. У большинства Q значение этого маркера 19-23. У большинства R1a 19-23, хотя встречаются и др., в том числе 19-19 У большинства R1b тоже 19-23. Врядли это случайное совпадение. Вероятно предковое значение для всех Р(Q и R). В субкладе Q1b произошла мутация - RecLOH в 19-19.

Regis Msallam - мароканский еврей, живущий во Франции. У него 17-17.

С учетом того, что именно этот маркер я положил в основу своей классификации, вопрос о том, что делать в случае подобных исключений приобретает важность.
Как относиться к 14-17? Это может быть RecLOH?

[Шад]

Обновлено дерево гаплогруппы Q1b-L275. В него вошли 67-маркерные гаплотипы L275+, М378+ и М378-, L245+ и L245-.

[Шад]

Дублирую здесь вопрос, заданный в другом разделе.

Небольшой вопрос к "коллективному разуму" МолГена.
Опубликовал на днях обновленную версию дерева гаплогруппы Q1b-L275, изготовленного в Мурке.
В целом все вышло достаточно понятно - все евреи L245+ четко разделились на две ветви - "старую" (DYS395S1=15-18), которую я также условно назвал "хазарской", и "новую" (DYS395S1=15-19).
За пределами этих двух еврейских кластеров оказались следующие гаплотипы:

Первый эксцесс
144028
156948
Оба этих гаплотипа принадлежат представителям семьи Shavinsky.

Boruch Shavinsky, b. 1841, Kobrin Belarus Boruch (Barnett) Shavinsky, was born in Kobrin, Russia (now Belarus) in 1841. He came to the United States in 1888 and settled in New York City. Later he emigrated to Jerusalem where he died about 1917. His descendants remained in the USA and adopted the surname Shevin. There were other Shavinsky/Shevinsky families who lived in Drohichyn, which is about 25 miles east of Kobrin. Mayer Shavinsky was born about 1873 in what is now Belarus, possibly in Kobrin. He immigrated to the U.S. in 1902 with his wife Rose and their first two children. They were living in Jamesburg, New Jersey in 1910. Mayer died in 1945. One of his descendants has joined our project. Aaron Shavinsky (1903-1962) came to the USA stopping first in Augusta, Georgia. Aaron eventually made his home in Miami, Florida. His father's name was Samuel. There are other families with the name Shavinsky or Shevin who settled in Chicago, Philadelphia, Georgia, Alabama, and other states. Their relationships, if any, are unknown at this time.

Несмотря на их явную принадлежность к ашкеназам их уволокло в корень ветки North Sea, представленной не-ашеназами из Великобритании, Голландии, Германии и Ирландии.

Второй эксцесс
93461
Недалекий предок - ашкеназ из Миниска. Вроде самый ординарный случай. А отнесло его в корень еврейскогго кластера L245+. К самому началу ветвления.

Третий эксцесс
N86649
Ну тут я на 100% не уверен, что это эксцесс. Несмотря на принадлежность к магрибским евреям можно допустить, что это отдельная ветвь Q1b, которая пришла к иудаизму каким-то своим особым путем, не пересекаясь с европейским еврейством.

И причина этого, в принципе достаточно ясна. Даже несмотря на вес 99, проставленный для показателя принадлежности к снипу L245, их увели в сторону значения DYS395S1.
У Шавинских - 15-17, характерное как раз для ветви North Sea.
У Юдсона - 15-15, вообще не имеющее аналогов в Q1b.
У Msallam - 17-17. Есть ещё два близких к нему североафриканских гаплотипа, но у них нет результатов по DYS395S1. Поэтому невозможно сказать является ли такое значение флуктуацией, или определяющим признаком подветви.

Вопрос. Что с этим делать с точки зрения филогении?
Уважаемый VVR как-то уже высказывал мнение по Юдсону:

С очень большой вероятностью можно предположить RecLOH DYF395=15-19 в 15-15.
Гипотеза навскидку (без глубокого анализа): Можно предположить(хотя бы как вариант), что у всех Р (Q и R) предковое значение было 15-17. У многих Q так и осталось. У R1a RecLOH в 17-17(почти у всех). У R1b мутировало в 15-16, хотя встречаются и 15-15,и 16-16 и др.У Ваших предков мутировало в 15-18, а затем в 15-19.
Также с большой вероятностью можно предположить у Вашего предка(общего для большинства или для всех Q1b) RecLOH в маркере YCA 19-23 в 19-19. У большинства Q значение этого маркера 19-23. У большинства R1a 19-23, хотя встречаются и др., в том числе 19-19 У большинства R1b тоже 19-23. Врядли это случайное совпадение. Вероятно предковое значение для всех Р(Q и R). В субкладе Q1b произошла мутация - RecLOH в 19-19.

Если в, как минимум, в двух их трех случаев мы имеем дело с RecLOH, то может быть для целей филогении эти галотипы "нормировать"? Или вообще исключить из обсчета, как "портящие статистику"?

В дополнение вопрос из этой же темы на который (увы) с января никто не ответил.

[VVR]

Как относиться к 14-17? Это может быть RecLOH?

Ни в коем случае. При RecLOH обе копии(a,b) маркера у сына копируются по одной из отцовских. Т.е становятся одинаковыми (равными по значению). Из 15-17 при RecLOH может получиться либо 15-15, либо 17-17.
Поэтому у аврца вероятно обычная одношаговая  мутация из 15-17. Возможно он относится к анатолийско-кавказской ветви неашкенази.
После мутации 15-17 - 15-18, у части ашкенази прошла  мутация в 15-19. Практически с таким же успехом могла бы пройти возвратная мутация из 15-18 в 15-17. Вероятно, именно это и произошло у Шавинских. Кстати, эта мутация ни в коем случае не должна перевешивать снип. Значит надо давать снипу больший вес.
У Юдсона очевидно RecLOH 15-15. А вот из какого значения 15-18 или 15-19 надо смотреть по остальным маркерам. К какой ветви ашкенази он будет ближе.
Также вероятно RecLOH у Мсаллам из 15-17 в 17-17. То ли  у него как и у Шавинских произошёл возврат, а затем RecLOH, то ли он из другой ветви, не имеющей отношения к европейским ашкенази. На мой взгляд, второй вариант более вероятен.

[Шад]

Как относиться к 14-17? Это может быть RecLOH?

Ни в коем случае. При RecLOH обе копии(a,b) маркера у сына копируются по одной из отцовских. Т.е становятся одинаковыми (равными по значению). Из 15-17 при RecLOH может получиться либо 15-15, либо 17-17.
Поэтому у аврца вероятно обычная одношаговая  мутация из 15-17. Возможно он относится к анатолийско-кавказской ветви неашкенази.
После мутации 15-17 - 15-18, у части ашкенази прошла  мутация в 15-19. Практически с таким же успехом могла бы пройти возвратная мутация из 15-18 в 15-17. Вероятно, именно это и произошло у Шавинских. Кстати, эта мутация ни в коем случае не должна перевешивать снип. Значит надо давать снипу больший вес.
У Юдсона очевидно RecLOH 15-15. А вот из какого значения 15-18 или 15-19 надо смотреть по остальным маркерам. К какой ветви ашкенази он будет ближе.
Также вероятно RecLOH у Мсаллам из 15-17 в 17-17. То ли  у него как и у Шавинских произошёл возврат, а затем RecLOH, то ли он из другой ветви, не имеющей отношения к европейским ашкенази. На мой взгляд, второй вариант более вероятен.

Большое спасибо, уважаемый VVR.
А имеет смысл вручную отредактировать маркеры, подвергшиеся RecLOH? Чтобы эти гаплотипы "стали на свое место" на дереве?
По аварцу понял, полностью согласен.   
Ещё один интерсный момент, возникший в этом раскладе по Q1b. Центральноевропейская (CE) ветвь Q1b-L245, почему-то притянуло к самому корню, от которого пошло ветвление на M378+ и L378-. В предыдущих вариантах дерева такого не наблюдалось.
Сейчас даже трудно сказать что привело к такому результату - добавились ли новые гаплотипы L245- или это эффект от добавления в исходные данные для расчета двух снипов  (M378 и L245) с весами 99...
Уважаемый Валерий, правда, советовал перейти на четырехзначные веса и дать снипам вес 1000. Я этому совету не внял... Будет время - попробую.

[Шад]

У Юдсона очевидно RecLOH 15-15. А вот из какого значения 15-18 или 15-19 надо смотреть по остальным маркерам. К какой ветви ашкенази он будет ближе.

У Юдсона все ближайшие совпаденцы имеют 15-19. Из того соответствующий вывод. И провожу корректировку гаплотипа для уточнения филогении.
Аналогичная картина по обоим Шавинским.
По любому лучше ошибиться в их отнесении по разным ветвям ашеназского кластера, чем оставить их "за бортом".